Repository 'hmmer_hmmfetch'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/hmmer_hmmfetch

Changeset 8:1fca13688921 (2023-11-06)
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Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/hmmer3 commit 061757dd7b3bfe66b7738fd54bd6c5e135d9afe8
modified:
hmmfetch.xml
macros.xml
added:
test-data/cut_ga_test.out
b
diff -r a28fd001de59 -r 1fca13688921 hmmfetch.xml
--- a/hmmfetch.xml Wed Jul 21 14:14:16 2021 +0000
+++ b/hmmfetch.xml Mon Nov 06 20:23:52 2023 +0000
[
@@ -1,12 +1,13 @@
 <?xml version="1.0"?>
 <tool id="hmmer_hmmfetch" name="hmmfetch" version="@TOOL_VERSION@">
-  <description>retrieve profile HMM(s) from a file</description>
-  <macros>
-    <import>macros.xml</import>
-  </macros>
-  <expand macro="requirements"/>
-  <expand macro="stdio"/>
-  <command><![CDATA[
+    <description>retrieve profile HMM(s) from a file</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="bio_tools"/>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <expand macro="stdio"/>
+    <command><![CDATA[
 hmmfetch -f '$hmmfile' '$keyfile' > '$output'
   ]]></command>
   <inputs>
b
diff -r a28fd001de59 -r 1fca13688921 macros.xml
--- a/macros.xml Wed Jul 21 14:14:16 2021 +0000
+++ b/macros.xml Mon Nov 06 20:23:52 2023 +0000
[
b'@@ -6,6 +6,11 @@\n       <yield/>\n     </requirements>\n   </xml>\n+  <xml name="bio_tools">\n+      <xrefs>\n+          <xref type="bio.tools">hmmer3</xref>\n+      </xrefs>\n+  </xml>\n   <token name="@TOOL_VERSION@">3.3.2</token>\n   <xml name="stdio">\n     <stdio>\n@@ -17,69 +22,135 @@\n       <regex match="Exception:"/>\n     </stdio>\n   </xml>\n+\n+  <!-- command line for thresholds_* -->\n   <token name="@THRESHOLDS@">\n--E $E\n---domE $domE\n-\n-#if str($T):\n-    -T $T\n-#end if\n-\n-#if str($domT):\n-    --domT $domT\n+#if $repopt.repopt_sel == "evalue"\n+  -E $repopt.E\n+  #if str($repopt.incE) != ""\n+    --incE $repopt.incE\n+  #end if\n+#elif $repopt.repopt_sel == "score"\n+  -T $repopt.T\n+  #if str($repopt.incT) != ""\n+    --incT $repopt.incT\n+  #end if\n+#else\n+  $repopt.repopt_sel\n #end if\n-\n-#if str($incE):\n-    --incE $incE\n-#end if\n-\n-#if str($incdomE):\n-    --incdomE $incdomE\n-#end if\n-\n-#if str($incT):\n-    --incT $incT\n-#end if\n-\n-#if str($incdomT):\n-    --incdomT $incdomT\n+  </token>\n+  <!-- additional command line thresholds*dom* -->\n+  <token name="@THRESHOLDS_DOM@">\n+#if $repopt.repopt_sel == "evalue"\n+  --domE $repopt.domE\n+  #if str($repopt.incdomE) != ""\n+    --incdomE $repopt.incdomE\n+  #end if\n+#elif $repopt.repopt_sel == "score"\n+  --domT $repopt.domT\n+  #if str($repopt.incdomT) != ""\n+    --incdomT $repopt.incdomT\n+  #end if\n #end if\n   </token>\n+\n   <xml name="thresholds_xml">\n-    <!-- Options controlling reporting thresholds -->\n-    <param argument="-E" type="float" min="0" value="10.0" label="report sequences &lt;= this E-Value threshold in output" />\n-    <param argument="--domE" type="float" min="0" value="10.0" label="report domains &lt;= this E-Value threshold in output" />\n-    <param argument="-T" type="float" optional="true" label="report sequences &gt;= this score threshold in output" />\n-    <param argument="--domT" type="float" optional="true" label="report domains &gt;= this score threshold in output" />\n     <!-- Options controlling inclusion (significance) thresholds -->\n-    <param argument="--incE" type="float" optional="true" label="consider sequences &lt;= this E-Value threshold as significant" />\n+    <conditional name="repopt">\n+      <param name="repopt_sel" type="select" label="Threshold option">\n+        <option value="evalue" selected="true">E-value (reporting threshold)</option>\n+        <option value="score">Score (reporting threshold)</option>\n+        <yield name="additional_options"/>\n+      </param>\n+      <when value="evalue">\n+        <param argument="-E" type="float" min="0" value="10" label="E-value threshold" help="Report sequences &lt;= this E-Value threshold in output. Default: 10.0" />\n+        <param argument="--incE" type="float" optional="true" label="consider sequences &lt;= this E-Value threshold as significant" />\n+        <yield name="edom_params"/>\n+      </when>\n+      <when value="score">\n+        <param argument="-T" type="float" value="" label="Score Threshold" help="Report sequences &gt;= this score threshold in output. This option is incompatible with -E, --cut_ga,--cut_nc" />\n+        <param argument="--incT" type="float" optional="true" label="consider sequences &gt;= this score threshold as significant" />\n+        <yield name="tdom_params"/>\n+      </when>\n+      <yield name="additional_whens"/>\n+    </conditional>\n+  </xml>\n+\n+  <xml name="thresholds_dom_xml">\n+    <expand macro="thresholds_xml">\n+      <token name="edom_params">\n+        <expand macro="dome_thresholds"/>\n+      </token>\n+      <token name="tdom_params">\n+        <expand macro="domt_thresholds"/>\n+      </token>\n+    </expand>\n+  </xml>\n+\n+  <xml name="thresholds_cut_xml">\n+    <expand macro="thresholds_xml">\n+      <token name="additional_options">\n+        <expand macro="model_specific_options"/>\n+      </token>\n+      <token name="additional_whens">\n+        <expand macro="model_specific_whens"/>\n+      </token>\n+    </expand>\n+  </xml>\n+  \n+  <xml name="thresholds_cut_dom_xml">\n+    <expand ma'..b't;= this score threshold in output. This option is incompatible with --domE, --cut_ga" />\n     <param argument="--incdomT" type="float" optional="true" label="consider domains &gt;= this score threshold as significant" />\n   </xml>\n-  <token name="@THRESHOLDS_NODOM@">\n--E $E\n \n-#if str($T):\n-    -T $T\n-#end if\n-\n-#if str($incE):\n-    --incE $incE\n-#end if\n-\n-#if str($incT):\n-    --incT $incT\n-#end if\n-  </token>\n   <xml name="thresholds_nodom">\n     <!-- Options controlling reporting thresholds -->\n-    <param argument="-E" type="float" min="0" value="10.0" label="report sequences &lt;= this E-Value threshold in output" />\n-    <param argument="-T" type="float" optional="true" label="report sequences &gt;= this score threshold in output" />\n+    <param argument="-E" type="float" min="0" optional="true" label="E-Value Threshold" help="Report sequences &lt;= this E-Value threshold in output. Default: 10.0. This option is incompatible with option -T,--cut_ga, --cut_nc"  />\n+    <param argument="-T" type="float" optional="true" label="Score Threshold" help="Report sequences &gt;= this score threshold in output. This option is incompatible with -E, --cut_ga,--cut_nc"  />\n     <!-- Options controlling inclusion (significance) thresholds -->\n     <param argument="--incE" type="float" optional="true" label="consider sequences &lt;= this E-Value threshold as significant" />\n     <param argument="--incT" type="float" optional="true" label="consider sequences &gt;= this score threshold as significant" />\n   </xml>\n+  <xml name="cut">\n+    <param argument="--cut_ga" type="boolean" truevalue="--cut_ga" falsevalue="" label="use profile\'s GA gathering cutoffs to set all thresholding" help="This option is incompatible with options -E,-T,--domE,--domT" />\n+    <param argument="--cut_nc" type="boolean" truevalue="--cut_nc" falsevalue="" label="use profile\'s NC gathering cutoffs to set all thresholding" help="This option is incompatible with options -E,-T,--domE,--domT"  />\n+    <param argument="--cut_tc" type="boolean" truevalue="--cut_tc" falsevalue="" label="use profile\'s TC gathering cutoffs to set all thresholding" />\n+  </xml>\n+\n   <token name="@ACCEL_HEUR@">\n $max\n --F1 $F1\n@@ -115,7 +186,7 @@\n     <param argument="--Eft" type="float" min="0" max="1" value="0.04" label="tail mass for Forward exponential tail tau fit" />\n   </xml>\n   <token name="@OFORMAT_WITH_OPTS@">\n-#if $oformat:      \n+#if $oformat:\n     #for o in str($oformat).split(\',\'):\n         --$o \'$getVar($o, \'MISSING_OUTPUT\'+$o)\'\n     #end for\n@@ -144,7 +215,7 @@\n     <expand macro="oformat_with_opts_dom">\n       <option value="pfamtblout" selected="true">Table of hits and domains in Pfam format (--pfamtblout)</option>\n     </expand>\n-  </xml>  \n+  </xml>\n \n   <xml name="oformat_with_opts_dfam_alisc">\n     <!-- Options directing output -->\n@@ -192,14 +263,14 @@\n       <has_line_matching expression="# @TOOL@.*"/>\n       <has_line_matching expression="\\[ok\\]"/>\n     </assert_contents>\n-  </xml> \n+  </xml>\n \n   <xml name="assert_tblout" token_tool="">\n     <assert_contents>\n       <has_line_matching expression="# Program:         @TOOL@"/>\n       <has_line_matching expression="# \\[ok\\]"/>\n     </assert_contents>\n-  </xml> \n+  </xml>\n \n   <xml name="oformat_test">\n       <param name="notextw" value="true" />\n@@ -342,16 +413,6 @@\n       </when>\n     </conditional>\n   </xml>\n-  <token name="@CUT@">\n-$cut_ga\n-$cut_nc\n-$cut_tc\n-  </token>\n-  <xml name="cut">\n-    <param argument="--cut_ga" type="boolean" truevalue="--cut_ga" falsevalue="" label="use profile\'s GA gathering cutoffs to set all thresholding" />\n-    <param argument="--cut_nc" type="boolean" truevalue="--cut_nc" falsevalue="" label="use profile\'s NC gathering cutoffs to set all thresholding" />\n-    <param argument="--cut_tc" type="boolean" truevalue="--cut_tc" falsevalue="" label="use profile\'s TC gathering cutoffs to set all thresholding" />\n-  </xml>\n   <token name="@MCSS@">\n --$mcs.model_construction_strategy_select\n \n'
b
diff -r a28fd001de59 -r 1fca13688921 test-data/cut_ga_test.out
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cut_ga_test.out Mon Nov 06 20:23:52 2023 +0000
[
@@ -0,0 +1,45 @@
+# hmmsearch :: search profile(s) against a sequence database
+# HMMER 3.3.2 (Nov 2020); http://hmmer.org/
+# Copyright (C) 2020 Howard Hughes Medical Institute.
+# Freely distributed under the BSD open source license.
+# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
+# query HMM file:                  /tmp/saskia/tmpug0qcpsy/files/9/9/b/dataset_99bcd3c6-6d16-4e09-9878-7117f928bb24.dat
+# target sequence database:        /tmp/saskia/tmpug0qcpsy/files/f/9/9/dataset_f99d0a82-fcb5-4323-b2d4-8b218045c72e.dat
+# max ASCII text line length:      unlimited
+# model-specific thresholding:     GA cutoffs
+# Vit filter P threshold:       <= 0.001
+# Fwd filter P threshold:       <= 1e-05
+# random number seed set to:       4
+# number of worker threads:        0
+# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
+
+Query:       fn3  [M=86]
+Accession:   PF00041.13
+Description: Fibronectin type III domain
+Scores for complete sequences (score includes all domains):
+   --- full sequence ---   --- best 1 domain ---    -#dom-
+    E-value  score  bias    E-value  score  bias    exp  N  Sequence Description
+    ------- ------ -----    ------- ------ -----   ---- --  -------- -----------
+
+   [No hits detected that satisfy reporting thresholds]
+
+
+Domain annotation for each sequence (and alignments):
+
+   [No targets detected that satisfy reporting thresholds]
+
+
+Internal pipeline statistics summary:
+-------------------------------------
+Query model(s):                            1  (86 nodes)
+Target sequences:                          2  (301 residues searched)
+Passed MSV filter:                         0  (0); expected 0.0 (0.02)
+Passed bias filter:                        0  (0); expected 0.0 (0.02)
+Passed Vit filter:                         0  (0); expected 0.0 (0.001)
+Passed Fwd filter:                         0  (0); expected 0.0 (1e-05)
+Initial search space (Z):                  2  [actual number of targets]
+Domain search space  (domZ):               0  [number of targets reported over threshold]
+# CPU time: 0.00u 0.00s 00:00:00.00 Elapsed: 00:00:00.00
+# Mc/sec: 144.45
+//
+[ok]