Repository 'nanopolish_methylation'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/bgruening/nanopolish_methylation

Changeset 7:be95355fef8d (2021-07-30)
Previous changeset 6:74a02959470f (2021-05-07) Next changeset 8:90a922f32523 (2023-11-30)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/nanopolish commit 23969530e590419a54d93156c5791e75a94a3837"
added:
test-data/all_fasta.loc
tool-data/all_fasta.loc.sample
removed:
test-data/all_fasta.loc.test
b
diff -r 74a02959470f -r be95355fef8d test-data/all_fasta.loc
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/all_fasta.loc Fri Jul 30 06:27:46 2021 +0000
b
@@ -0,0 +1,1 @@
+draft draft draft ${__HERE__}/draft.fa
\ No newline at end of file
b
diff -r 74a02959470f -r be95355fef8d test-data/all_fasta.loc.test
--- a/test-data/all_fasta.loc.test Fri May 07 06:47:20 2021 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,1 +0,0 @@
-draft draft draft ${__HERE__}/draft.fa
\ No newline at end of file
b
diff -r 74a02959470f -r be95355fef8d tool-data/all_fasta.loc.sample
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/all_fasta.loc.sample Fri Jul 30 06:27:46 2021 +0000
b
@@ -0,0 +1,19 @@
+#This file lists the locations and dbkeys of all the fasta files
+#under the "genome" directory (a directory that contains a directory
+#for each build). The script extract_fasta.py will generate the file
+#all_fasta.loc. This file has the format (white space characters are
+#TAB characters):
+#
+#<unique_build_id> <dbkey> <display_name> <file_path>
+#
+#So, all_fasta.loc could look something like this:
+#
+#apiMel3 apiMel3 Honeybee (Apis mellifera): apiMel3 /path/to/genome/apiMel3/apiMel3.fa
+#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /path/to/genome/hg19/hg19canon.fa
+#hg19full hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Full /path/to/genome/hg19/hg19full.fa
+#
+#Your all_fasta.loc file should contain an entry for each individual
+#fasta file. So there will be multiple fasta files for each build,
+#such as with hg19 above.
+#
+#Arabidopsis_thaliana Arabidopsis_thaliana_TAIR10 Arabidopsis_thaliana: TAIR 10 /export/home1/users/biocomp/chbernar/galaxy_testing/tool-data/from_personal_data/Fasta/TAIR10.fa