Repository 'fastq_mcf'
http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/jjohnson/fastq_mcf/217aedbdd0d0
fastq_mcf
unrestricted
FastqMcf from ea-utils: remove barcodes and primers,filter and clip
http://code.google.com/p/ea-utils/wiki/FastqMcf

fastq-mcf attempts to:

Detect X remove sequencing adapters and primers
Detect limited skewing at the ends of reads and clip
Detect poor quality at the ends of reads and clip
Detect N's, and remove from ends
Remove reads with CASAVA 'Y' flag (purity filtering)
Discard sequences that are too short after all of the above
Keep multiple mate-reads in sync while doing all of the above
0:217aedbdd0d0
jjohnson
False
181

Categories
Sequence Analysis
Fasta Manipulation