# HG changeset patch
# User abims-sbr
# Date 1549034596 18000
# Node ID 90b57ab0bd1d4f98b44dae3640e5abc9eb376082
planemo upload for repository https://github.com/abims-sbr/adaptsearch commit 3c7982d775b6f3b472f6514d791edcb43cd258a1-dirty
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d README.rst
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.rst Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,14 @@
+Changelog
+---------
+
+**Version 2.0 - 18/04/2017**
+
+ - NEW: Replace the zip between tools by Dataset Collection
+
+
+**Version 1.0 - 13/04/2017**
+
+ - TEST: Add funtional test with planemo
+
+ - IMPROVEMENT: Use conda dependencies for blast, samtools and python
+
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,32 @@
+
+
+
+ python
+
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Authors** Eric Fontanillas created the version 1 of this pipeline. Victor Mataigne developped version 2.
+
+.. class:: infomark
+
+**Galaxy integration** Julie Baffard and ABiMS TEAM, Roscoff Marine Station
+
+ | Contact support.abims@sb-roscoff.fr for any questions or concerns about the Galaxy implementation of this tool.
+ | Credits : Gildas le Corguillé, Misharl Monsoor
+
+---------------------------------------------------
+
+
+
+
+
+ Credits : ABIMS team, Roscoff Marine Station
+ Contact support.abims@sb-roscoff.fr for any questions or concerns about the Galaxy implementation of this tool.
+ Version 1 : Scripts by Eric Fontanillas -- Galaxy integration by Julie Baffard
+ Version 2 : improvments by Victor Mataigne, Gildas le Corguillé, Misharl Monsoor
+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d pairwise.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/pairwise.xml Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,243 @@
+
+
+
+ Find homologous couples by blast with RBH
+
+
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+ biopython
+ diamond
+ blast-legacy
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+
+ ${output};
+ ]]>
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+
+
+
+
+
+
+ @HELP_AUTHORS@
+
+Gene_A_species_X_homologous_to_Gene_B_species_Y
+| Nucleic_sequence_from_filter_assemblies
+| >Gene_B_species_Y_homologous_to_Gene_A_species_X
+| Nucleic_sequence_from_filter_assemblies
+| >Gene_C_species_X_homologous_to_Gene_D_species_Y
+| Nucleic_sequence_from_filter_assemblies
+| >Gene_D_species_Y_homologous_to_Gene_C_species_X
+| Nucleic_sequence_from_filter_assemblies
+
+
+--------
+
+**The AdaptSearch Pipeline**
+
+.. image:: adaptsearch_picture_helps.png
+
+---------
+
+Changelog
+---------
+
+**Version 2.1 - 03/07/2018**
+
+ - Add the possibility to use Diamond instead of tblastx
+
+**Version 2.0 - 18/04/2017**
+
+ - NEW: Replace the zip between tools by Dataset Collection
+
+
+**Version 1.0 - 13/04/2017**
+
+ - TEST: Add functional test with planemo
+
+ - IMPROVEMENT: Use conda dependencies for blast, samtools and python
+
+ ]]>
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d scripts/S01_run_first_blast.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/scripts/S01_run_first_blast.py Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,170 @@
+#!/usr/bin/env python
+# coding: utf-8
+# Author : Victor Mataigne
+
+import itertools, argparse, os
+
+"""
+IMPROVMENTS :
+ - Maybe a bit of code factoring
+ - See if it possible to avoid build several times the same db
+"""
+
+# The script (and S03_run_second_blast.py as well) must be launched with the python '-W ignore' option if tested with planemo
+
+def main():
+ parser = argparse.ArgumentParser()
+ parser.add_argument('files', help='fasta files separated by commas')
+ parser.add_argument('evalue', help='evalue for blast')
+ parser.add_argument('method', choices=['tblastx', 'diamond'], help='alignment tool (tblastx or diamond)')
+ args = parser.parse_args()
+
+ in_files = args.files.split(',')
+
+ if args.method == 'diamond':
+ in_files_translated = []
+ from Bio.Seq import Seq
+ from Bio.Alphabet import IUPAC
+
+ # From every sequence, make three sequences (translations in the three reading frames)
+ print 'Translating every sequence in all reading frames ...'
+ for file in in_files:
+ name = 'translated_%s' %file
+ in_files_translated.append(name)
+ translated_file = open(name, 'w')
+ with open(file, 'r') as file:
+ for name, seq in itertools.izip_longest(*[file]*2):
+ s = Seq(seq.strip('\n').upper(), IUPAC.ambiguous_dna)
+ translated_file.write(name.strip('\n')+'_orf_1\n')
+ translated_file.write(s.translate()._data+'\n')
+ translated_file.write(name.strip('\n')+'_orf_2\n')
+ translated_file.write(s[1:].translate()._data+'\n')
+ translated_file.write(name.strip('\n')+'_orf_3\n')
+ translated_file.write(s[2:].translate()._data+'\n')
+ translated_file.close()
+
+ # Make the list of all pairwise combinations
+ list_pairwise = itertools.combinations(in_files_translated, 2)
+
+ elif args.method == 'tblastx':
+ list_pairwise = itertools.combinations(in_files, 2)
+
+ else :
+ print 'Mispecified alignment tool'
+ exit()
+
+ os.mkdir('outputs_RBH_dna')
+
+ # Main loop
+
+ if args.method == 'diamond':
+ for pairwise in list_pairwise:
+ print "Pair of species:"
+ print pairwise
+
+ sp1, sp2 = pairwise[0].split('_')[1], pairwise[1].split('_')[1] #rename 'translated_Xx_transcriptom.fasta'
+ sub_directory_name = sp1 + '_' + sp2
+ os.mkdir('./blast_%s' %sub_directory_name)
+
+ print 'Running first blast with Diamond ...'
+
+ # Run diamond
+ os.system('diamond makedb --in %s -d %s >> log_diamond.log' %(pairwise[1], sp2))
+ os.system('diamond blastp -q %s -d %s --max-target-seqs 1 -o matches_blast1_%s -e %s --more-sensitive >> log_diamond.log' %(pairwise[0], sp2, sub_directory_name, args.evalue))
+
+ # tabular output :
+ # qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore
+
+ a = pairwise[1].replace('translated_', '')
+ b = pairwise[0].replace('translated_', '')
+
+ # There is a chance to have no hits returned
+ if os.path.getsize('matches_blast1_%s' %sub_directory_name) == 0:
+ print 'No hits found. Processing next species pair ...'
+ else :
+
+ # Record only one best_hit per transcript (best of the 6 orfs)
+ os.system('python S02_04_keep_one_hit_from_blast.py matches_blast1_%s %s %s %s %s %s' %(sub_directory_name, a, b, sub_directory_name, '1', args.method))
+
+ # 2d blast with only best hits as db
+ print 'Running second blast with Diamond ... '
+
+ os.system('python -W ignore S03_run_second_blast.py best_hits_db_blast1_%s %s %s %s %s' %(sub_directory_name, pairwise[0], sub_directory_name, args.evalue, args.method))
+
+ # Record only one best_hit per transcript (best of the 6 orfs)
+ os.system('python S02_04_keep_one_hit_from_blast.py matches_blast2_%s %s %s %s %s %s' %(sub_directory_name, b, a, sub_directory_name, '2', args.method))
+
+ # Find Reciprocical Best Hits
+ name1 = 'best_hits_q_blast1_{}'.format(sub_directory_name)
+ name2 = 'best_hits_q_blast2_{}'.format(sub_directory_name)
+ os.system('python S05_find_rbh.py %s %s ' %(name1, name2))
+
+ os.system('mv log_diamond.log ./blast_%s' %sub_directory_name)
+ os.system('rm -f *.dmnd')
+
+ # Those files exist obly if hits were found during the first blast
+ if os.path.getsize('matches_blast1_%s' %sub_directory_name) != 0:
+ os.system('mv *best_hits* ./blast_%s' %sub_directory_name)
+ os.system('mv RBH* outputs_RBH_dna')
+
+ os.system('mv matches_blast* ./blast_%s' %(sub_directory_name))
+
+ os.mkdir('translated_seqs')
+ os.system('mv translated*.fasta ./translated_seqs')
+
+ elif args.method == 'tblastx':
+ for pairwise in list_pairwise:
+ print "Pair of species:"
+ print pairwise
+
+ sp1, sp2 = pairwise[0].split('_')[0], pairwise[1].split('_')[0]
+ sub_directory_name = sp1 + '_' + sp2
+ os.mkdir('./blast_%s' %sub_directory_name)
+
+ print 'Running first tblastx ...'
+
+ # Run diamond
+ os.system('formatdb -i %s -p F -o T >> log_tblastx.log' %(pairwise[1]))
+ os.system('blastall -p tblastx -d %s -i %s -o matches_blast1_%s -T F -e %s -F "mS" -b1 -v1 -K 1 -m 8 >> log_tblastx.log' %(pairwise[1], pairwise[0], sub_directory_name, args.evalue))
+
+ # tabular output :
+ # qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore
+
+ # There is a chance to have no hits returned
+ if os.path.getsize('matches_blast1_%s' %sub_directory_name) == 0:
+ print 'No hits found. Processing next species pair ...'
+ else:
+
+ # Record only one best_hit per transcript (best of the 6 orfs)
+ os.system('python S02_04_keep_one_hit_from_blast.py matches_blast1_%s %s %s %s %s %s' %(sub_directory_name, pairwise[1], pairwise[0], sub_directory_name, '1', args.method))
+
+ # 2d blast with only best hits as db
+ print 'Running second blast with Diamond ... '
+
+ os.system('python S03_run_second_blast.py best_hits_db_blast1_%s %s %s %s %s' %(sub_directory_name, pairwise[0], sub_directory_name, args.evalue, args.method))
+
+ # Record only one best_hit per transcript (best of the 6 orfs)
+ os.system('python S02_04_keep_one_hit_from_blast.py matches_blast2_%s %s %s %s %s %s' %(sub_directory_name, pairwise[0], pairwise[1], sub_directory_name, '2', args.method))
+
+ # Find Reciprocical Best Hits
+ name1 = 'best_hits_q_blast1_{}'.format(sub_directory_name)
+ name2 = 'best_hits_q_blast2_{}'.format(sub_directory_name)
+ os.system('python S05_find_rbh.py %s %s ' %(name1, name2))
+
+ os.system('mv log_tblastx.log ./blast_%s' %sub_directory_name)
+ os.system('rm -f *.nhr')
+ os.system('rm -f *.nin')
+ os.system('rm -f *.nsd')
+ os.system('rm -f *.nsi')
+ os.system('rm -f *.nsq')
+
+ # Those files exist obly if hits were found during the first blast
+ if os.path.getsize('matches_blast1_%s' %sub_directory_name) != 0:
+ os.system('mv *best_hits* ./blast_%s' %sub_directory_name)
+ os.system('mv RBH* outputs_RBH_dna')
+
+ os.system('mv matches_blast* ./blast_%s' %(sub_directory_name))
+ #os.system('mv matches_blast2_%s ./blast_%s' %(sub_directory_name, sub_directory_name))
+
+if __name__ == "__main__":
+ main()
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d scripts/S02_04_keep_one_hit_from_blast.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/scripts/S02_04_keep_one_hit_from_blast.py Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,140 @@
+#!/usr/bin/env python
+# coding: utf-8
+# Author : Victor Mataigne
+
+import argparse, itertools, pickle
+
+def list_with_max_score(list_of_hits):
+ """ Among a list of blast hits of the same query, returns the one which has the highest score """
+ max_score = 0
+ ind_max_score = 0
+ i = 0
+
+ for hit in list_of_hits:
+ if float(hit[11]) > max_score:
+ max_score, ind_max_score = hit[11], i
+ i += 1
+
+ return list_of_hits[ind_max_score]
+
+def main():
+ parser = argparse.ArgumentParser()
+ parser.add_argument('matches', help='diamond blastp output file (tabular) between two species')
+ parser.add_argument('nucleic_file_db', help='Sequence file used as DB for the first blast')
+ parser.add_argument('nucleic_file_q', help='Sequence used as query for the first blast')
+ parser.add_argument('file_subname', help='keyword for output file name')
+ parser.add_argument('step', help='1 or 2 according to which blast has been performed')
+ parser.add_argument('method', choices=['tblastx', 'diamond'], help='alignment tool (tblastx or diamond)')
+ args = parser.parse_args()
+
+ print 'Keeping best hits in {}'.format(args.matches)
+
+ # read tab file in a list (a line = a list elem)
+ list_hits = []
+ dic_hits_common = {} # unique matches for query
+ dic_hits_common_db = {} # unique matches for db
+ with open(args.matches, 'r') as hits:
+ for hit in hits.readlines():
+ h = hit.strip('\n')
+ h2 = h.split('\t')
+ list_hits.append(h2)
+
+ if args.method == 'diamond':
+ if h2[0][0:-6] not in dic_hits_common.keys():
+ dic_hits_common[h2[0][0:-6]] = []
+ if h2[1][0:-6] not in dic_hits_common_db.keys():
+ dic_hits_common_db[h2[1][0:-6]] = []
+
+ elif args.method == 'tblastx':
+ if h2[0] not in dic_hits_common.keys():
+ dic_hits_common[h2[0]] = []
+ if h2[1] not in dic_hits_common_db.keys():
+ dic_hits_common_db[h2[1]] = []
+
+ # Gather in a list of lists elems with common query
+ for hit in list_hits:
+ if args.method == 'diamond':
+ dic_hits_common[hit[0][0:-6]].append(hit)
+ dic_hits_common_db[hit[1][0:-6]].append(hit)
+
+ elif args.method == 'tblastx':
+ dic_hits_common[hit[0]].append(hit)
+ dic_hits_common_db[hit[1]].append(hit)
+
+ # Keep only the best hits in queries
+ list_best_hits_q = []
+ for list_hits in dic_hits_common.values():
+ list_best_hits_q.append(list_with_max_score(list_hits))
+
+ # Keep only the best hits in db
+ list_best_hits_db = []
+ for list_hits in dic_hits_common_db.values():
+ list_best_hits_db.append(list_with_max_score(list_hits))
+
+ del list_hits
+
+ # This dict (exported then with pickle) stores the best hit in the db for the query
+ # A similar dict is built after the second blast, in which query and db are switched
+ # The comparison of the dicts allow to spot RBH
+ dico_best_hits_q = {}
+ for hit in list_best_hits_q:
+ if args.method == 'diamond':
+ dico_best_hits_q[hit[0][0:-6]] = hit[1][0:-6]
+ elif args.method == 'tblastx':
+ dico_best_hits_q[hit[0]] = hit[1]
+
+ n = 'dict_best_hits_from_blast_{}'.format(args.step)
+ pickle_dic_besthits_q = open(n, 'w')
+ pickle.dump(dico_best_hits_q, pickle_dic_besthits_q)
+ pickle_dic_besthits_q.close()
+
+ ## Other temp files :
+
+ # Make big dictionary with initial query fasta file
+ initial_seqs_q = {}
+ with open(args.nucleic_file_q, 'r') as nf :
+ for h, s in itertools.izip_longest(*[nf]*2):
+ header = h.strip('\n')
+ sequence = s.strip('\n')
+ initial_seqs_q[header] = sequence
+
+ # Make big dictionary with initial DB fasta file
+ initial_seqs_db = {}
+ with open(args.nucleic_file_db, 'r') as nf :
+ for h, s in itertools.izip_longest(*[nf]*2):
+ header = h.strip('\n')
+ sequence = s.strip('\n')
+ initial_seqs_db[header] = sequence
+
+ # Write best_hits from query with nucleic sequence in output file
+ name = 'best_hits_q_blast{}_{}'.format(args.step, args.file_subname)
+ output = open(name, 'w')
+ for hit in list_best_hits_q:
+ if args.method == 'diamond':
+ output.write('>'+hit[0][0:-6]+'\n')
+ output.write(initial_seqs_q['>'+hit[0][0:-6]]+'\n')
+ elif args.method == 'tblastx':
+ output.write('>'+hit[0]+'\n')
+ output.write(initial_seqs_q['>'+hit[0]]+'\n')
+ output.close()
+
+ # Write best_hits on db with nucleic sequence in output file
+ name = 'best_hits_db_blast{}_{}'.format(args.step, args.file_subname)
+ output = open(name, 'w')
+ for hit in list_best_hits_db:
+ if args.method == 'diamond':
+ output.write('>'+hit[1][0:-6]+'\n')
+ output.write(initial_seqs_db['>'+hit[1][0:-6]]+'\n')
+ elif args.method == 'tblastx':
+ output.write('>'+hit[1]+'\n')
+ output.write(initial_seqs_db['>'+hit[1]]+'\n')
+
+ output.close()
+
+ del initial_seqs_q
+ del initial_seqs_db
+
+ print 'Done'
+
+if __name__ == "__main__":
+ main()
\ No newline at end of file
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d scripts/S03_run_second_blast.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/scripts/S03_run_second_blast.py Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,45 @@
+#!/usr/bin/env python
+# coding: utf-8
+# Author : Victor Mataigne
+
+import itertools, argparse, os
+
+def main():
+ parser = argparse.ArgumentParser()
+ parser.add_argument('query_file', help='fasta file (to translate) for query')
+ parser.add_argument('db_file', help='fasta files (already translated) for db')
+ parser.add_argument('file_subname', help='keyword for output file name')
+ parser.add_argument('evalue', help='evalue for blast')
+ parser.add_argument('method', choices=['tblastx', 'diamond'], help='alignment tool (tblastx or diamond)')
+ args = parser.parse_args()
+
+ if args.method == 'diamond':
+ from Bio.Seq import Seq
+ from Bio.Alphabet import IUPAC
+ # Traduire les best hits
+ f_name = 'translated_{}'.format(args.query_file)
+ translated_file = open(f_name, 'w')
+ with open(args.query_file, 'r') as file:
+ for name, seq in itertools.izip_longest(*[file]*2):
+ s = Seq(seq.strip('\n').upper(), IUPAC.ambiguous_dna)
+ translated_file.write(name.strip('\n')+'_orf_1\n')
+ translated_file.write(s.translate()._data+'\n')
+ translated_file.write(name.strip('\n')+'_orf_2\n')
+ translated_file.write(s[1:].translate()._data+'\n')
+ translated_file.write(name.strip('\n')+'_orf_3\n')
+ translated_file.write(s[2:].translate()._data+'\n')
+ translated_file.close()
+
+ os.system('diamond makedb --in %s -d %s >> log_diamond.log' %(args.db_file, args.db_file.split('_')[1]))
+ os.system('diamond blastp -q %s -d %s --max-target-seqs 1 -o matches_blast2_%s -e %s --more-sensitive >> log_diamond.log' %(f_name, args.db_file.split('_')[1], args.file_subname, args.evalue))
+
+ elif args.method == 'tblastx':
+ os.system('formatdb -i %s -p F -o T >> log_tblastx.log' %(args.db_file))
+ os.system('blastall -p tblastx -d %s -i %s -o matches_blast2_%s -T F -e %s -F "mS" -b1 -v1 -K 1 -m 8 >> log_tblastx.log' %(args.db_file, args.query_file, args.file_subname, args.evalue))
+
+ else :
+ print 'Mispecified alignment tool'
+ exit()
+
+if __name__ == "__main__":
+ main()
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d scripts/S05_find_rbh.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/scripts/S05_find_rbh.py Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,53 @@
+#!/usr/bin/env python
+# coding: utf-8
+# Author : Victor Mataigne
+
+import argparse, pickle, itertools
+
+def main():
+ parser = argparse.ArgumentParser()
+ parser.add_argument('besthits_file1', help='')
+ parser.add_argument('besthits_file2', help='')
+ args = parser.parse_args()
+
+ # Open dict of best hits
+ file_best_hit_dict_q = open('dict_best_hits_from_blast_1')
+ file_best_hit_dict_db = open('dict_best_hits_from_blast_2')
+ best_hit_dict_q = pickle.load(file_best_hit_dict_q)
+ best_hit_dict_db = pickle.load(file_best_hit_dict_db)
+ file_best_hit_dict_q.close()
+ file_best_hit_dict_db.close()
+
+ best_h1 = {}
+ with open(args.besthits_file1, 'r') as bh1 :
+ for h, s in itertools.izip_longest(*[bh1]*2):
+ header = h.strip('>\n')
+ sequence = s.strip('\n')
+ best_h1[header] = sequence
+
+ best_h2 = {}
+ with open(args.besthits_file2, 'r') as bh2 :
+ for h, s in itertools.izip_longest(*[bh2]*2):
+ header = h.strip('>\n')
+ sequence = s.strip('\n')
+ best_h2[header] = sequence
+
+ # Find RBH:
+ reverse_best_hit_dict_db = dict((v,k) for k,v in best_hit_dict_db.iteritems())
+
+ rbh = set(best_hit_dict_q.items()).intersection(set(reverse_best_hit_dict_db.items()))
+
+ s = args.besthits_file1.split('_')
+ suffix = s[4] + '_' + s[5]
+ out_name = 'RBH_{}_dna.fasta'.format(suffix)
+ output = open(out_name, 'w')
+
+ for pairwise_couple in rbh :
+ output.write('>'+pairwise_couple[0]+'\n')
+ output.write(best_h1[pairwise_couple[0]]+'\n')
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+
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@@ -0,0 +1,500 @@
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+GTTTGTGTATCTTGGTGTAGAGATATTTCGTTGGTAATGTACAGAAACTTAGATTTATTTCAAATAGCCGGAGGGGTCGGATTTGGTGTTATTTTAGGTTGGGTTTTAAGAAATGGCGTCCGCCCAAGAAATATCGGCCGTGCATTGGGAGCCGCTCAGATGGAAACTTCATCTATGGGAGAAAATGGCGAAACTAAACTTGTTCTTGTGGTGCGAACAGATCTTAAGATGGGAAAAGGAAAAATAGCAGCACAGTGCGCCCATGCTGCTGTAATGGCTTATGAAAAACTGGCAAAACATAATCCTGAACTTCTGAATGATTGGAGATATCATGGACAGCCAAAGGTTGTTGTCAAAATAGACAGTGAAGAGGCA
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+GGCGAGTCAAAGAAGACGGCCTTCTTCTGCAAGACGTGTCCAGTTGTCGTCTGGTCGAAGTGTGCCCAGAGTGCGCACGCTCGCATTCACAAAAACAGTCTGCCTTATGTCTGTCCAGAATGTGGCCAAGTGATCCATGGTTCACACAATGTATTCTGGAAACACCTGCATGTCAAGTGTGCACACCACATTCGCCAGGTGTTGTTTGTCTGCAAGTTTTGCAAGAAGGAGTACGTTGACCCAAAGAAGCTCGTCACACACACAATTAATCACCATTCAACCAAGTTCCACAAGTGTCAGCTGTGTCCGATGGCATTCAAGGTTCAAAGTGGAGTCGTTCAACATGCCAAGTCCAACCATAACGGAAATGTTTCACAGAAGGTCATCTTCAGGTGTCCTTTCTGTGTTGCTGTGTACAAAGAAGACACATATACCAGCCACCTAGAGCAGCACGTCAATGAGACC
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+>Ap68_1/1_1.000_323
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+>Ap69_1/1_1.000_207
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+>Ap76_1/1_1.000_279
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+>Ap77_1/1_1.000_337
+TGCATGGCCCCGCCACATTCTCCAATGCAGTACACGTGGCCATTTGGACATTTATACCAGTGTCCTCTGGACAGGCCCATTGCTGTAAGTATCTGCTTTCTTTCTTCGTCGCTAATTCCCAATCCAGTACGAAACACGAATCGCTGTAGTTCTTTCAGAGCATCCTCCACATCATTCTTGTCCACTTCGGTCAGTGGAGTTTTCCTGTTTAATAACTGCTTGGCTTTCTCGAATTTCAGCTCAACGACTGCGTTTATATTTGGCTTTGTTTCCTGGATTCTGATGTCATATTCAATCGTTTTTGCCAGAAGACGCAGGCGTATTTTTTCCATCTCGG
+>Ap78_1/1_1.000_325
+GCACTCGCAGTTCGAGAACCAGGCGACGGCCTCGCAGACGGAGACCGAAGGAGCCGAATTCGGATACGCCACGATGATCCGGACGGCAGAAACGGAGCAGATCCAGTCGGCCGAGCTAGAAGAGAAGAAAACATTCATAATACGGTCGGTCGTGAACCCGTACGACAACACGGACATCTCTCTGCAGCAGGCCATCGTCGAAGGATTCATTCGGCCGACAGAGGGCGTTTACGTCAATCCGAGATCCGGAACAGCCATTCCCATCCCGGAAGCGATGTCCAAGGGCCTGATAAAGGTGGCCTTCACGACGGTAAGCCGGAGCGAA
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+TTTGACATTCTCAGTGGAGAGGTAGACCGACCAAATGCATGCTTTGCCTTGTATGATGTCTTGGAAAGGCACCAGCTGATGTATTTGAATGCAATGGAGGCATCGCTGAAAAGACAAGCTCGTCTGGAGGCTGAACAGTCAACGGAGGCGGAAGACAGATGGACGAACTACGGCGCAGACAAAAGTCACAATCCCCGACAGACAAGTAGCTCCACTGAGAAGTCAAACTTTGTCACCAGGGTCAAGAGC
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+>Ap86_1/1_1.000_187
+CAACAGACGGACATGGATGACACTGGACATGCTGCTTGTCAGTACTTTAAACATCTTGAATGCTACTCATCACCGTACTCAACGAAATCAACAGCAAATGGTCAACCAGCGAAAACAGATTTAACTGGCATTTCTTTTAGGAAATGTTCAATGTCAAAACAGCGAAAACACGAGCAGCAGGTTACCG
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+>Ap88_1/1_1.000_268
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+CCAGTTCTAGGGTCTCAGTTTGGCTGTGTGTGTGTGTTAGGGTGTACCTCTGGGTGTTTGTGTATTTACATTCTGCTTCAGAGGACCGTGTGTATGCAGGTTAAGGTCGGCATCCGAGTGTTTATGCACACGGGCTTAGGTCTGTGTATGCATGATGTTTGTAGGAGAAGGCGAATGCGACATGTTGGCCAATGTGTTGAGGGTAAAGCTGCCCTCTGGGATAAAGCTGTCCATTATACTGTGTTATTGTTTGTTTTTTTAGATGTATTCTTTGATTCTTGTTATCACTTAGTTGTAGCG
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/outputs_dna_tblastx/RBH_AmAmphi_PfPfiji_dna Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,8 @@
+>Am8_1/1_1.000_160
+GTATTAATAAAAGGACAAGACTATTATTTAATACCAAGAAATCTGGCCTTAATAAGCATGGTTGCTTATATCATAAGCATGGTAAATCACATTGTGTTTTCCATGTGTTTACCCATCAGATGTAAAAATATTCTGCATGAAATAAAGAGCTTCTATGGTT
+>Pf9_1/1_1.000_160
+GTATTAATAAAAGGACAAGACTATTATTTAATACCAAGAAATCTGGCCTTAATAAGCATGGTTGCTTATATCATAAGCATGGTAAATCACATTGTGTTTTCCATGTGTTTACCCATCAGATGTAAAAATATTCTGCATGAAATAGGTAATTTCCCGATTA
+>Am1_1/1_1.000_160
+GCACCGGGATGCGGATTTGCTGACGATATGGCAAAAGCATTGTCAGCGTGCGGAACCTGTTTATGTCACACCACTGGCATCTTCCTGGCCGTCGCAGCCTTCGTTCTGACGGCACTCGGTATTGTCTGCGTCACGCGATCAGCTGACCCGAGCCTTTGGT
+>Pf7_1/1_1.000_160
+GCACCGGGATGCGGATTTGCTGACGATATGGCAAAAGCATTGTCAGCGTGCGGAACCTGTTTATGTCACACCACTGGCATCTTCCTGGCCGTCGCAGCCTTCGTTCTGACGGCACTCGGTATTGTCTGCGTCACGCGATCAGCTGACCCGAGCCTTTGGT
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d test-data/outputs_dna_tblastx/RBH_ApApomp_PfPfiji_dna
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/outputs_dna_tblastx/RBH_ApApomp_PfPfiji_dna Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,16 @@
+>Ap2_1/1_1.000_160
+ATACTCAGGCACACAGCATTTGTCGTACTAGGCGAGAGAGAGAGAGGAACGACTAATTGCAACCACGATTACGTTACATTTGTTTACAAACCAAACGTACTGGCGTCGAAGATAATTAAGAGGAAGCTGACTGAATGCGATTGGCGTTGGTCTACGGGTT
+>Pf5_1/1_1.000_160
+ATACTCAGGCACACAGCATTTGTCGTACTAGGCGAGAGAGAGAGAGGAACGACTAATTGCAACCACGATTACGTTACATTTGTTTACAAACCAAACGTACTGGCGTCGAAGATAATTAAGAGGAAGCTGACTGAATGCGATTGGCGTTGGTCTACGGGTT
+>Ap4_1/1_1.000_135
+CGTTTAACCAGGCCCTGCTACCCTCCAATCTCGTCCAATCGGTCTCTACGCATCCACTCAATAATTATTGACATATTACAATTGATTCGGATTAAAAAAATGGCGCTAGGCTTAAAACACAGACAGTTCGCTAGC
+>Pf10_1/1_1.000_160
+CGGCCGCGGCGCGTCGTTCTCAGCCAAGCTGACTTCGACTTGAGCCGTCCATTCGCTTATTTACACGACGACTGCTCGACCCTTTACGACTTAGTCACACTTCCGTTTAACCAGGCCCTGCTACCCTCCAATCTCGTCCAATCGGTCTCTACGCATCCGA
+>Ap1_1/1_1.000_160
+GGTCGCCTTATAAAAACCAATCCGAAACAGTTTTCCTTTGAAACGTGCCAAAAACCAAAAACATACTTCAAATCTTCCAGTGTCTGTTATAAAGGGGTGAGCGTAGAGAGGGCACTTGTGAGATTGGTGTCTGGGTTAAAGATTTTGCCAAAAAGCGATT
+>Pf4_1/1_1.000_160
+GGTCGCCTTATAAAAACCAATCCGAAACAGTTTTCCTTTGAAACGTGCCAAAAACCAAAAACATACTTCAAATCTTCCAGTGTCTGTTATAAAGGGGTGAGCGTAGAGAGGGCACTTGTGAGATTGGTGTCTGGGTTAAAGATTTTGCCAAAAAGCGATT
+>Ap3_1/1_1.000_160
+GCCATGCAGTACACTGGACTTCTGTTATTCTGTTTGTTTGCCTTGACGGCAGCCAAACCCGCGGAAGACCTTCAAATGCTCATCCGAGCCCTGCTCCATGAAATAGAAGAGGAAGGTGAACTCCAAGAGCGAGGCATTGGCGCCGTGAAGTATGGTGGAA
+>Pf6_1/1_1.000_160
+GCCATGCAGTACACTGGACTTCTGTTATTCTGTTTGTTTGCCTTGACGGCAGCCAAACCCGCGGAAGACCTTCAAATGCTCATCCGAGCCCTGCTCCATGAAATAGAAGAGGAAGGTGAACTCCAAGAGCGAGGCATTGGCGCCGTGAAGTATGGTGGAA
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d test-data/outputs_prot/ReciprocalBestHits_AmAmphi_AcAcaud.fasta
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/outputs_prot/ReciprocalBestHits_AmAmphi_AcAcaud.fasta Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,12 @@
+>Ac7_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+APRITRSCLAIATPNGRHDICRKKACGTIGNRQAFPQPCGSCPSAPVFDLEHQ
+>Am3_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+APRITRSCLAIATPNGRHDICRKKACGTIGNRQAFPQPCGSCPSAPVFDLEHQ
+>Ac5_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+APGCGFADDMAKALSACGTCLCHTTGIFLAVAAFVLTALGIVCVTRSADPSLW
+>Am1_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+APGCGFADDMAKALSACGTCLCHTTGIFLAVAAFVLTALGIVCVTRSADPSLW
+>Ac6_1/1_1.000_160||2...160||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+SL*YVPVESCHHHFDYCHCRCRRHDHVLHYHPLYDHHFYPSKTC*SISSQW*A
+>Am2_1/1_1.000_160||2...160||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+SL*YVPVESCHHHFDYCHCRCRRHDHVLHYHPLYDHHFYPSKTC*SISSQW*A
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d test-data/outputs_prot/ReciprocalBestHits_ApApomp_AcAcaud.fasta
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/outputs_prot/ReciprocalBestHits_ApApomp_AcAcaud.fasta Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,4 @@
+>Ac23_1/1_1.000_366||3...188||[[1/1]][[1/6]]||3.22580645161||0||3.22580645161||62.0
+TFWVLAHHDDRLWLYCLALSVYSTWSTP*LSNAATSTTLLATCCNILLSADCSSPFCCVRAS
+>Ap46_1/1_1.000_217||30...215||[[1/1]][[1/6]]||3.22580645161||0||3.22580645161||62.0
+TFWVVAHHDDRLWLYCLALSVYST*STP*LSNAATSTTLLATCCNILLRADCSSPFCCVRAS
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d test-data/outputs_prot/ReciprocalBestHits_ApApomp_AmAmphi.fasta
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d test-data/outputs_prot/ReciprocalBestHits_PfPfiji_AcAcaud.fasta
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/outputs_prot/ReciprocalBestHits_PfPfiji_AcAcaud.fasta Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,8 @@
+>Ac8_1/1_1.000_160||3...158||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||52.0
+QRRATSSYWHWQWNPNYSRNKHWLPVVWVSNW**RCSC*RSWGQSRTDAFG*
+>Pf8_1/1_1.000_160||3...158||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||52.0
+QRRATSSYWHWQWNPNYSRNKHWLPVVWVSNW**RCSC*RSWGQSRTDAFG*
+>Ac5_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+APGCGFADDMAKALSACGTCLCHTTGIFLAVAAFVLTALGIVCVTRSADPSLW
+>Pf7_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+APGCGFADDMAKALSACGTCLCHTTGIFLAVAAFVLTALGIVCVTRSADPSLW
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d test-data/outputs_prot/ReciprocalBestHits_PfPfiji_AmAmphi.fasta
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/outputs_prot/ReciprocalBestHits_PfPfiji_AmAmphi.fasta Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,8 @@
+>Am1_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+APGCGFADDMAKALSACGTCLCHTTGIFLAVAAFVLTALGIVCVTRSADPSLW
+>Pf7_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+APGCGFADDMAKALSACGTCLCHTTGIFLAVAAFVLTALGIVCVTRSADPSLW
+>Am8_1/1_1.000_160||2...145||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||48.0
+LFHAEYFYI*WVNTWKTQCDLPCL*YKQPCLLRPDFLVLNNSLVLLLI
+>Pf9_1/1_1.000_160||2...145||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||48.0
+LFHAEYFYI*WVNTWKTQCDLPCL*YKQPCLLRPDFLVLNNSLVLLLI
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d test-data/outputs_prot/ReciprocalBestHits_PfPfiji_ApApomp.fasta
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/outputs_prot/ReciprocalBestHits_PfPfiji_ApApomp.fasta Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,20 @@
+>Ap3_1/1_1.000_160||3...158||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||52.0
+HAVHWTSVILFVCLDGSQTRGRPSNAHPSPAP*NRRGR*TPRARHWRREVWW
+>Pf6_1/1_1.000_160||3...158||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||52.0
+HAVHWTSVILFVCLDGSQTRGRPSNAHPSPAP*NRRGR*TPRARHWRREVWW
+>Ap1_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+IAFWQNL*PRHQSHKCPLYAHPFITDTGRFEVCFWFLARFKGKLFRIGFYKAT
+>Pf4_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+IAFWQNL*PRHQSHKCPLYAHPFITDTGRFEVCFWFLARFKGKLFRIGFYKAT
+>Ap130_1/1_1.000_300||18...68||[[1/1]][[1/2]]||23.5294117647||0||23.5294117647||17.0
+VWLCVCVRVYLWVFVYL
+>Pf172_1/1_1.000_246||137...187||[[1/1]][[1/2]]||23.5294117647||0||23.5294117647||17.0
+LWVCICACVYLRLFAYV
+>Ap4_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+RPRRVVLSQADFDLSRPFAYLHDDCSTLYDLVTLPFNQALLPSNLVQSVSTHP
+>Pf10_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+RPRRVVLSQADFDLSRPFAYLHDDCSTLYDLVTLPFNQALLPSNLVQSVSTHP
+>Ap2_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+ILRHTAFVVLGERERGTTNCNHDYVTFVYKPNVLASKIIKRKLTECDWRWSTG
+>Pf5_1/1_1.000_160||1...159||[[1/1]][[1/6]]||0.0||0||0.0||53.0
+ILRHTAFVVLGERERGTTNCNHDYVTFVYKPNVLASKIIKRKLTECDWRWSTG
diff -r 000000000000 -r 90b57ab0bd1d test-data/pairwise.out
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/pairwise.out Fri Feb 01 10:23:16 2019 -0500
@@ -0,0 +1,120 @@
+Pair of species:
+('PfPfiji_Trinity.fasta', 'ApApomp_Trinity.fasta')
+Pair of species:
+('PfPfiji_Trinity.fasta', 'AmAmphi_Trinity.fasta')
+Pair of species:
+('PfPfiji_Trinity.fasta', 'AcAcaud_Trinity.fasta')
+Pair of species:
+('ApApomp_Trinity.fasta', 'AmAmphi_Trinity.fasta')
+Pair of species:
+('ApApomp_Trinity.fasta', 'AcAcaud_Trinity.fasta')
+Pair of species:
+('AmAmphi_Trinity.fasta', 'AcAcaud_Trinity.fasta')
+-------------------- Pairwise PfPfiji_AmAmphi --------------------
+
+database : PfPfiji_Trinity.fasta
+query file : AmAmphi_Trinity.fasta
+
+***** RUN FIRST BLAST *****
+
+
+database : AmAmphi_Trinity.fasta
+query file : only the sequences of PfPfiji_Trinity.fasta which matched during the last BLAST
+
+***** RUN SECOND BLAST *****
+
+
+Number of pairwises parsed = 2
+
+
+
+-------------------- Pairwise AmAmphi_AcAcaud --------------------
+
+database : AmAmphi_Trinity.fasta
+query file : AcAcaud_Trinity.fasta
+
+***** RUN FIRST BLAST *****
+
+
+database : AcAcaud_Trinity.fasta
+query file : only the sequences of AmAmphi_Trinity.fasta which matched during the last BLAST
+
+***** RUN SECOND BLAST *****
+
+
+Number of pairwises parsed = 3
+
+
+
+-------------------- Pairwise ApApomp_AmAmphi --------------------
+
+database : ApApomp_Trinity.fasta
+query file : AmAmphi_Trinity.fasta
+
+***** RUN FIRST BLAST *****
+
+
+database : AmAmphi_Trinity.fasta
+query file : only the sequences of ApApomp_Trinity.fasta which matched during the last BLAST
+
+***** RUN SECOND BLAST *****
+
+
+Number of pairwises parsed = 0
+
+
+
+-------------------- Pairwise PfPfiji_ApApomp --------------------
+
+database : PfPfiji_Trinity.fasta
+query file : ApApomp_Trinity.fasta
+
+***** RUN FIRST BLAST *****
+
+
+database : ApApomp_Trinity.fasta
+query file : only the sequences of PfPfiji_Trinity.fasta which matched during the last BLAST
+
+***** RUN SECOND BLAST *****
+
+
+Number of pairwises parsed = 5
+
+
+
+-------------------- Pairwise PfPfiji_AcAcaud --------------------
+
+database : PfPfiji_Trinity.fasta
+query file : AcAcaud_Trinity.fasta
+
+***** RUN FIRST BLAST *****
+
+
+database : AcAcaud_Trinity.fasta
+query file : only the sequences of PfPfiji_Trinity.fasta which matched during the last BLAST
+
+***** RUN SECOND BLAST *****
+
+
+Number of pairwises parsed = 2
+
+
+
+-------------------- Pairwise ApApomp_AcAcaud --------------------
+
+database : ApApomp_Trinity.fasta
+query file : AcAcaud_Trinity.fasta
+
+***** RUN FIRST BLAST *****
+
+
+database : AcAcaud_Trinity.fasta
+query file : only the sequences of ApApomp_Trinity.fasta which matched during the last BLAST
+
+***** RUN SECOND BLAST *****
+
+
+Number of pairwises parsed = 1
+
+
+