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39 #::::::::::::::::::::::::::::::::75B@@@@@EEEtt;:::::::::;zz@@@@BEEEtz:::::
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40 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::?9@@@@@@@@@@@E2Ezg@@@@@B@@@EEEE1t::::
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41 #:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@EEEEEEEzzz::
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42 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE5ttttt
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43 #:::::::::::::::::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEEEEEtzt
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44 #::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@EEEEEEEEEEEE@@@
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45 #::::::::::::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE3EEEE@@@@@@@
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46 #:::::::::::::::::::::;;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEt33@@@@@@@@@@
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47 #:::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@@@@@EEEtg@@@@@@@@@@@@
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48 #::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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49 #:::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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50 #::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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51 #
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52 # Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
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53 # Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
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54 # Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
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55 # This software is distributed under the terms of the GNU General
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56 # Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
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57
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58 #!/bin/bash
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59
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60 CONTROLFILE=""
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61
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62 while getopts "f:c:t:o:s:q:p:" optionName; do
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63 case "$optionName" in
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64
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65 f) CHIPFILE="$OPTARG";;
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66 c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
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67 t) TYPE="$OPTARG";;
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68 s) CHIPOUTPUT="$OPTARG";;
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69 o) CONTROLOUTPUT="$OPTARG";;
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70 q) IFPROCSAMPLE="$OPTARG";;
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71 p) IFOUTSAM="$OPTARG";;
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72
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73 esac
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74 done
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75
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76
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77 LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
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78
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79 if [[ $IFPROCSAMPLE == "Yes" ]]
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80 then
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81 perl $LOCAL_PATH/createControlSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -t $TYPE -s $CHIPOUTPUT -o $CONTROLOUTPUT >/dev/null 2>>/dev/null
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82 else
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|
83 perl $LOCAL_PATH/createControlSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -t $TYPE -o $CONTROLOUTPUT >>/dev/null 2>>/dev/null
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84 fi
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85
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86 if [[ $TYPE == "bam" && $IFOUTSAM == "No" ]]
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87 then
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88
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89 samtools view -S -b $CONTROLOUTPUT 2>>/dev/null | samtools sort -m 4000000000 - $CONTROLOUTPUT 2>>/dev/null
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90 rm $CONTROLOUTPUT
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91 mv $CONTROLOUTPUT.bam $CONTROLOUTPUT
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92
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93 if [[ $IFPROCSAMPLE == "Yes" ]]
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94 then
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95 samtools view -S -b $CHIPOUTPUT 2>>/dev/null | samtools sort -m 4000000000 - $CHIPOUTPUT 2>>/dev/null
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96 rm $CHIPOUTPUT
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|
97 mv $CHIPOUTPUT.bam $CHIPOUTPUT
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98 fi
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99 fi
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