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47 #:::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@@@@@EEEtg@@@@@@@@@@@@
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51 #
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52 # Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
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53 # Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
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54 # Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
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55 # This software is distributed under the terms of the GNU General
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56 # Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
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58 #!/bin/bash
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61 while getopts "f:c:m:o:s:u:p:" optionName; do
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62 case "$optionName" in
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63
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64 f) CHIPFILE="$OPTARG";;
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65 c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
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66 m) MINVAL="$OPTARG";;
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67 s) MAXVAL="$OPTARG";;
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68 o) OUTPUT="$OPTARG";;
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69 u) OUTSTAT="$OPTARG";;
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70 p) PDF="$OPTARG";;
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71
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72 esac
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73 done
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76 LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
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79 cat $LOCAL_PATH/makeStatsChIPSeq.R | R --slave --args $MINVAL $MAXVAL $CHIPFILE $CONTROLFILE $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>/dev/null
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80
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