comparison [APliBio]Nebula tools suite/Nebula/FastaFromBed/fastaFromBed_wrapper.sh @ 0:2ec3ba0e9e70 draft

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0:2ec3ba0e9e70

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# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
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# This software is distributed under the terms of the GNU General
# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007

#!/bin/bash


while getopts "a:b:o:" optionName; do
case "$optionName" in

a) REFERENCE="$OPTARG";;
b) BED="$OPTARG";;
o) OUTFILE="$OPTARG";;

esac
done

bedtools getfasta -fi $REFERENCE -bed $BED -fo $OUTFILE 2>/dev/null