diff [APliBio]Nebula tools suite/Nebula/AnnotatePeaks/annotatePeaks_wrapper.sh @ 0:2ec3ba0e9e70 draft

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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/[APliBio]Nebula tools suite/Nebula/AnnotatePeaks/annotatePeaks_wrapper.sh	Thu Oct 25 08:18:25 2012 -0400
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+#
+# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
+# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
+# Contact: [e-mail], [e-mail]
+# This software is distributed under the terms of the GNU General
+# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
+
+#!/bin/bash
+
+REG="NA"
+CONTROLFILE="NA"
+PDF=0
+
+while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:m:h:d:x:y:p:" optionName; do
+case "$optionName" in
+
+f) CHIPFILE="$OPTARG";;
+c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
+l) LEFTPROM="$OPTARG";;
+r) RIGHTPROM="$OPTARG";;
+o) OUTPUT="$OPTARG";;
+u) OUTSTAT="$OPTARG";;
+v) GENOME="$OPTARG";;
+e) REG="$OPTARG";;
+m) MINSCORE="$OPTARG";;
+h) ENH="$OPTARG";;
+d) DOWNGENE="$OPTARG";;
+x) CONTROLSTAT="$OPTARG";;
+y) LOG="$OPTARG";;
+p) PDF="$OPTARG";;
+esac
+done
+
+LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
+
+echo "ChIP:" >$LOG
+
+if [ -r $REG ]; then
+  perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -selG $REG -o $OUTSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG 2>>/dev/null
+ else
+  perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -o $OUTSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG 2>>/dev/null
+fi
+
+
+
+if [ -r $CONTROLFILE ]; then
+echo "" >>$LOG
+echo "Control:" >>$LOG
+  #create a subset of control peaks (highest peaks, the same number as in the sample) 
+   perl createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o $CONTROLFILE.tmp  >>$LOGTMP 2>>/dev/null
+  if [ -r $REG ]; then
+    perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp -selG $REG -o $CONTROLSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG 2>>/dev/null
+  else
+    perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp -o $CONTROLSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG 2>>/dev/null
+  fi
+  grep -v chrM $OUTSTAT > $OUTSTAT.tmp
+  cat $LOCAL_PATH/catDist.R | R --slave --args $OUTSTAT.tmp $OUTPUT $CONTROLSTAT $PDF 2>>/dev/null >>/dev/null
+
+else
+  grep -v chrM $OUTSTAT > $OUTSTAT.tmp
+  cat $LOCAL_PATH/catDist.R | R --slave --args $OUTSTAT.tmp $OUTPUT $PDF 2>>/dev/null >>/dev/null
+fi
+
+if [ -r $CONTROLFILE ]; then
+ # rm $OUTPUT.control.annotated*
+  rm $CONTROLFILE.tmp
+fi
+
+if [ -r $OUTSTAT.tmp ]; then
+  rm $OUTSTAT.tmp
+fi
+
+