diff [APliBio]Nebula tools suite/Nebula/MakeStatsCHiPSeq/makeStatsChIPSeq_wrapper.sh @ 0:2ec3ba0e9e70 draft

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+++ b/[APliBio]Nebula tools suite/Nebula/MakeStatsCHiPSeq/makeStatsChIPSeq_wrapper.sh	Thu Oct 25 08:18:25 2012 -0400
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+# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
+# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
+# Contact: [e-mail], [e-mail]
+# This software is distributed under the terms of the GNU General
+# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
+
+#!/bin/bash
+
+
+while getopts "f:c:m:o:s:u:p:" optionName; do
+case "$optionName" in
+
+f) CHIPFILE="$OPTARG";;
+c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
+m) MINVAL="$OPTARG";;
+s) MAXVAL="$OPTARG";;
+o) OUTPUT="$OPTARG";;
+u) OUTSTAT="$OPTARG";;
+p) PDF="$OPTARG";;
+
+esac
+done
+
+
+LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
+
+
+cat $LOCAL_PATH/makeStatsChIPSeq.R | R --slave --args $MINVAL $MAXVAL $CHIPFILE $CONTROLFILE $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>/dev/null
+