diff [APliBio]Nebula tools suite/Nebula/MotifDiscovery/chipmunk.sh @ 0:2ec3ba0e9e70 draft

Uploaded

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/[APliBio]Nebula tools suite/Nebula/MotifDiscovery/chipmunk.sh	Thu Oct 25 08:18:25 2012 -0400
@@ -0,0 +1,113 @@
+#:t:::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+#:t::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+#:::::::::::::z;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+#::::::::::::i@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+#::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@
+#:::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEESSE5EEEEBBM@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEEEEE35EE55E2355E5SBMB@@@@@@@@@@@@@@@@@$
+#::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE55533t3tttt::::::!!!!7755E755SBBMMM@@@MM
+#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE2t3ttttt:::::::::::::::::::::::!7?5225EE
+#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE31t::::::::::::::::::::::::::::::::3E5@
+#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEtt:::::::::::::::::::::::::::::::::353
+#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE1ttz::::::::::::::::::::::::::::::::35
+#:::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEtz1::::::::::::::::::::::::::::::::t:
+#:::::::::!3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt::::::::::::::::::::::::::::::::;zz
+#::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt:::::z;z:::::::::::::::::::::::::13
+#::::::::::3B@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE3tt:czzztti;:::::::::::::::::::::::3
+#::::ttt::::3@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE5EE25Ezt1EEEz5Etzzz;;;;:::::::::::::::::
+#:::::::::::I9@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE@@@@@@@@@@@@@@Ez;:::::::::::
+#:::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@Ez::::::
+#::::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BE5EBB@@@@@@@@@@@@@@@EEE:::::
+#:::::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E1::35@@@@@@@@@@ME3MMME2::::::
+#:::::::::::::::?@@@@@@@@@@@@@@@@@@M@@@@@@@EE:::::3SB@@BBESEEt::::::::::::
+#::::::::::::::::J$@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@EE:::::::!35E33t:::::::::::::::
+#:::::::::::::::::3@E@@@EE5EESE5EESE@@@@@@@Et::::::::::::tz:::::::::::::::
+#:::::::::::::::::J@E$@EEE5133555SE@@@@@@@@Et:::::::::::::::::::::::::::::
+#::::::::::::::::::E@E@EEEEtt3523EEE@@@@@@@E::::::::::::::::::::::::::::::
+#:t::::::::::::::::JEE3@@@EEEEEEEEEE@@@@@@@E:::::::::t;:::::::::::::::::::
+#:t:::::::::::::::::!5ES@EEEEEEEEES@@@@@@@@@E;:::;;;:3Ez::::::::::::::::::
+#:t::::::::::::::::::::JE@@EEEEEEE@@@@@@@@@@@@@@@@ME!:::;:::::::::::::::::
+#:tz::::::::::::::::::::JE@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@EE!:::::::t::::::::::::::::
+#:t::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@ESBE::::::::::::::::::::::::::
+#:::::::::::::::::::::::::Q@@@@@@@@@@@@@@@@EE3EE;:::::zzzz::::::::::::::::
+#:::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@NN@@@@@@Ez:::::::::::::::
+#:zt:::::::::::::::::::::::3@@@@EE@@@@@@@@@@EEEEt::;z113E5t:::::::::::::::
+#::tt:::::::::::::::::::::::3@@@E@@@@@@@@@@@@@@@@BEt::::::::::::::::t:::::
+#:tt:t:::::::::::::::::::::::?S@@@@@@@@@@@BBEEE51!::::::::::::::zzzEt:::::
+#::::::::::::::::::::::::::::::3Q@@@@@@@BEEEEEt:::::::::::::;zz@@@EE::::::
+#::::::::::::::::::::::::::::::::75B@@@@@EEEtt;:::::::::;zz@@@@BEEEtz:::::
+#::::::::::::::::::::::::::::::::::::?9@@@@@@@@@@@E2Ezg@@@@@B@@@EEEE1t::::
+#:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@EEEEEEEzzz::
+#::::::::::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE5ttttt
+#:::::::::::::::::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEEEEEtzt
+#::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@EEEEEEEEEEEE@@@
+#::::::::::::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE3EEEE@@@@@@@
+#:::::::::::::::::::::;;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEt33@@@@@@@@@@
+#:::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@@@@@EEEtg@@@@@@@@@@@@
+#::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+#:::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+#::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+#
+# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
+# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
+# Contact: [e-mail], [e-mail]
+# This software is distributed under the terms of the GNU General
+# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
+
+#!/bin/bash
+
+while getopts "f:n:m:v:o:z:p:i:x:y:" optionName; do
+case "$optionName" in
+
+f) inputfile="$OPTARG";;
+n) NUMBER="$OPTARG";;
+m) minW="$OPTARG";;
+v) maxW="$OPTARG";;
+o) LOG="$OPTARG";;
+z) MODE="$OPTARG";;
+p) PROCOUT="$OPTARG";;
+i) OUTPNG="$OPTARG";;
+x) NAME="$OPTARG";;
+y) SHARED_PATH="$OPTARG";;
+esac
+done
+
+
+CHIPMUNK_BIN_DIR=$SHARED_PATH/shared/jars/ChIPMunk
+LOCAL_DIR=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
+
+motifs="$minW:$maxW"
+fastaFiles=$LOG.1.txt
+for (( c=2; c<=$NUMBER; c++ ))
+do
+   motifs="$motifs,$minW:$maxW"
+done
+
+ruby $CHIPMUNK_BIN_DIR/run_chiphorde.rb $LOG $motifs $MODE yes 1.0 s:$inputfile 100 10 1 4 >> /dev/null 2>> /dev/null
+
+cp $LOG\_chiphorde.log $LOG
+rm $LOG\_chiphorde.log
+
+perl $LOCAL_DIR/parseChipmunkOutput.pl -f $LOG -o $PROCOUT >$OUTPNG.tmp.log.tmp.tmp
+CN=( $( cat $OUTPNG.tmp.log.tmp.tmp))
+rm $OUTPNG.tmp.log.tmp.tmp
+
+mv $LOG\_0.xml.png $LOG.0.xml.png
+myPng=$LOG.0.xml.png
+for (( c=1; c<$CN; c++ ))
+do
+   mv $LOG\_$c.xml.png $LOG.$c.xml.png
+   myPng="$myPng $LOG.$c.xml.png"
+done
+
+montage -tile 1x$CN -mode Concatenate $myPng $OUTPNG.png 2>/dev/null
+
+mv $OUTPNG.png $OUTPNG
+
+for (( c=0; c<$CN; c++ ))
+do
+   rm $LOG\_$c\_occurrences.txt
+   rm $LOG\_$c.xml
+   rm $LOG.$c.xml.png
+done