view [APliBio]Nebula tools suite/Nebula/FilterControlPeaks/FilterControlPeaks.sh @ 1:0ec82f1785af draft

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# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
# Contact: [e-mail], [e-mail]
# This software is distributed under the terms of the GNU General
# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.

#!/bin/bash

nameBed=" "

while getopts "f:c:t:v:o:m:w:n:q:l:" optionName; do
case "$optionName" in

f) inputfile="$OPTARG";;
c) controlfile="$OPTARG";;
t) minHeight="$OPTARG";;
v) minRatio="$OPTARG";;
o) output="$OPTARG";;
m) minHeightControl="$OPTARG";;
w) outputControl="$OPTARG";;
n) nameBed="$OPTARG";;
q) nameBedControl="$OPTARG";;
l) lenfile="$OPTARG";;
esac
done

LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`

java -classpath $LOCAL_PATH/ -Xmx6g FilterPeaks -f $inputfile -c $controlfile -t $minHeight -v $minRatio -o $output >/dev/null
java -classpath $LOCAL_PATH/ -Xmx6g FilterPeaks -c $inputfile -f $controlfile -t $minHeightControl -v $minRatio -o $outputControl >/dev/null

if [ ! "$nameBed" == " " ]; then
  perl $LOCAL_PATH/peak2bed.pl -f $output -t 0 -o $output.tmp -g $lenfile -n $nameBed >/dev/null
  perl $LOCAL_PATH/peak2bed.pl -f $outputControl -t 0 -o $outputControl.tmp -g $lenfile -n $nameBedControl >/dev/null
  cp $output.tmp $output
  rm $output.tmp
  cp $outputControl.tmp $outputControl
  rm $outputControl.tmp
fi