view [APliBio]Nebula tools suite/Nebula/FindPeaks/findPeaks_wrapper.sh @ 1:0ec82f1785af draft

Uploaded

#:t:::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
#:t::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
#:::::::::::::z;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
#::::::::::::i@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
#::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@
#:::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEESSE5EEEEBBM@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEEEEE35EE55E2355E5SBMB@@@@@@@@@@@@@@@@@$
#::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE55533t3tttt::::::!!!!7755E755SBBMMM@@@MM
#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE2t3ttttt:::::::::::::::::::::::!7?5225EE
#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE31t::::::::::::::::::::::::::::::::3E5@
#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEtt:::::::::::::::::::::::::::::::::353
#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE1ttz::::::::::::::::::::::::::::::::35
#:::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEtz1::::::::::::::::::::::::::::::::t:
#:::::::::!3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt::::::::::::::::::::::::::::::::;zz
#::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt:::::z;z:::::::::::::::::::::::::13
#::::::::::3B@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE3tt:czzztti;:::::::::::::::::::::::3
#::::ttt::::3@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE5EE25Ezt1EEEz5Etzzz;;;;:::::::::::::::::
#:::::::::::I9@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE@@@@@@@@@@@@@@Ez;:::::::::::
#:::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@Ez::::::
#::::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BE5EBB@@@@@@@@@@@@@@@EEE:::::
#:::::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E1::35@@@@@@@@@@ME3MMME2::::::
#:::::::::::::::?@@@@@@@@@@@@@@@@@@M@@@@@@@EE:::::3SB@@BBESEEt::::::::::::
#::::::::::::::::J$@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@EE:::::::!35E33t:::::::::::::::
#:::::::::::::::::3@E@@@EE5EESE5EESE@@@@@@@Et::::::::::::tz:::::::::::::::
#:::::::::::::::::J@E$@EEE5133555SE@@@@@@@@Et:::::::::::::::::::::::::::::
#::::::::::::::::::E@E@EEEEtt3523EEE@@@@@@@E::::::::::::::::::::::::::::::
#:t::::::::::::::::JEE3@@@EEEEEEEEEE@@@@@@@E:::::::::t;:::::::::::::::::::
#:t:::::::::::::::::!5ES@EEEEEEEEES@@@@@@@@@E;:::;;;:3Ez::::::::::::::::::
#:t::::::::::::::::::::JE@@EEEEEEE@@@@@@@@@@@@@@@@ME!:::;:::::::::::::::::
#:tz::::::::::::::::::::JE@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@EE!:::::::t::::::::::::::::
#:t::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@ESBE::::::::::::::::::::::::::
#:::::::::::::::::::::::::Q@@@@@@@@@@@@@@@@EE3EE;:::::zzzz::::::::::::::::
#:::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@NN@@@@@@Ez:::::::::::::::
#:zt:::::::::::::::::::::::3@@@@EE@@@@@@@@@@EEEEt::;z113E5t:::::::::::::::
#::tt:::::::::::::::::::::::3@@@E@@@@@@@@@@@@@@@@BEt::::::::::::::::t:::::
#:tt:t:::::::::::::::::::::::?S@@@@@@@@@@@BBEEE51!::::::::::::::zzzEt:::::
#::::::::::::::::::::::::::::::3Q@@@@@@@BEEEEEt:::::::::::::;zz@@@EE::::::
#::::::::::::::::::::::::::::::::75B@@@@@EEEtt;:::::::::;zz@@@@BEEEtz:::::
#::::::::::::::::::::::::::::::::::::?9@@@@@@@@@@@E2Ezg@@@@@B@@@EEEE1t::::
#:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@EEEEEEEzzz::
#::::::::::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE5ttttt
#:::::::::::::::::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEEEEEtzt
#::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@EEEEEEEEEEEE@@@
#::::::::::::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE3EEEE@@@@@@@
#:::::::::::::::::::::;;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEt33@@@@@@@@@@
#:::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@@@@@EEEtg@@@@@@@@@@@@
#::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
#:::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
#::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
#
# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
# Contact: [e-mail], [e-mail]
# This software is distributed under the terms of the GNU General
# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.

#!/bin/bash


while getopts "r:p:w:a:m:h:l:i:k:s:y:e:x:" optionName; do
case "$optionName" in

r) OLOG="$OPTARG";;
p) OPEAKS="$OPTARG";;
w) OWIG="$OPTARG";;
a) ALIGNER="$OPTARG";;
m) MED="$OPTARG";;
h) HIGH="$OPTARG";;
l) LOW="$OPTARG";;
i) INPUT="$OPTARG";;
k) MIN="$OPTARG";;
s) SUBPEAKS="$OPTARG";;
y) WIGSTEP="$OPTARG";;
e) PREPEND="$OPTARG";;
x) SHARED_PATH="$OPTARG";;

esac
done

FINDPEAKS_BIN_DIR=$SHARED_PATH/shared/jars/FindPeaks

PREPS=" -prepend chr"

if [[ $PREPEND == "No" ]]
 then
   PREPS=""
fi


OUTDIR=`dirname $OPEAKS`
NAME=`basename $OPEAKS .dat`


if [[ $ALIGNER == "sam" || $ALIGNER == "maq" ||  $ALIGNER == "sam-filter" || $ALIGNER == "sam-ignore-deletion"  || $ALIGNER == "mapview" ]]
 then
  
    FORMAT=$ALIGNER
    FILE=$INPUT

    file $INPUT| grep -c gzip >$INPUT.tmp.tmp.txt

    IFBAM=( $( cat $INPUT.tmp.tmp.txt))

    if [ -r $INPUT.tmp.tmp.txt ]; then
       rm $INPUT.tmp.tmp.txt
    fi

    if [[ $ALIGNER == "sam" && $IFBAM == 0 ]]; then
       samtools view -S -h $INPUT -b |  $SAMTOOLS_BIN_DIR/samtools sort -m 4000000000 -o - $INPUT.sorted | /bioinfo/local/samtools/samtools view -h - >$INPUT.tmp.sam 2>> $OLOG
    fi

    if [[ $ALIGNER == "sam" && $IFBAM == 1 ]]; then
       samtools sort -m 14000000000 -o $INPUT $INPUT.sorted | samtools view -h - >$INPUT.tmp.sam 2>> $OLOG
       FILE=$INPUT.tmp.sam
    fi

 
    java -Xmx20G -jar $FINDPEAKS_BIN_DIR/FindPeaks.jar -aligner $FORMAT -duplicatefilter -no_peaks_header$PREPS -dist_type 1 $MED $HIGH $LOW -input $FILE -minimum $MIN -name $NAME -output $OUTDIR -subpeaks $SUBPEAKS -wig_step_size $WIGSTEP 2>> $OLOG >> $OLOG

 
    if [ -r $INPUT.tmp.sam ]; then
       rm $INPUT.tmp.sam
    fi

    if [ -r $INPUT.sorted ]; then
       rm $INPUT.sorted
    fi

    mv $OUTDIR/$NAME\_triangle_subpeaks.peaks $OPEAKS
    mv $OUTDIR/$NAME\_triangle_subpeaks.wig.gz $OWIG


 else 
        echo "Use SAM format.."
fi