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view [APliBio]Nebula tools suite/Nebula/MotifDiscovery/chipmunk.sh @ 1:0ec82f1785af draft
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author | alermine |
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date | Wed, 14 Nov 2012 05:59:25 -0500 |
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do case "$optionName" in f) inputfile="$OPTARG";; n) NUMBER="$OPTARG";; m) minW="$OPTARG";; v) maxW="$OPTARG";; o) LOG="$OPTARG";; z) MODE="$OPTARG";; p) PROCOUT="$OPTARG";; i) OUTPNG="$OPTARG";; x) NAME="$OPTARG";; y) SHARED_PATH="$OPTARG";; esac done CHIPMUNK_BIN_DIR=$SHARED_PATH/shared/jars/ChIPMunk LOCAL_DIR=`( cd -P $(dirname $0); pwd)` motifs="$minW:$maxW" fastaFiles=$LOG.1.txt for (( c=2; c<=$NUMBER; c++ )) do motifs="$motifs,$minW:$maxW" done ruby $CHIPMUNK_BIN_DIR/run_chiphorde.rb $LOG $motifs $MODE yes 1.0 s:$inputfile 100 10 1 4 >> /dev/null 2>> /dev/null cp $LOG\_chiphorde.log $LOG rm $LOG\_chiphorde.log perl $LOCAL_DIR/parseChipmunkOutput.pl -f $LOG -o $PROCOUT >$OUTPNG.tmp.log.tmp.tmp CN=( $( cat $OUTPNG.tmp.log.tmp.tmp)) rm $OUTPNG.tmp.log.tmp.tmp mv $LOG\_0.xml.png $LOG.0.xml.png myPng=$LOG.0.xml.png for (( c=1; c<$CN; c++ )) do mv $LOG\_$c.xml.png $LOG.$c.xml.png myPng="$myPng $LOG.$c.xml.png" done montage -tile 1x$CN -mode Concatenate $myPng $OUTPNG.png 2>/dev/null mv $OUTPNG.png $OUTPNG for (( c=0; 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