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# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
# Contact: [e-mail], [e-mail]
# This software is distributed under the terms of the GNU General
# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.

#!/bin/bash


while getopts "f:c:m:o:s:u:p:" optionName; do
case "$optionName" in

f) CHIPFILE="$OPTARG";;
c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
m) MINVAL="$OPTARG";;
s) MAXVAL="$OPTARG";;
o) OUTPUT="$OPTARG";;
u) OUTSTAT="$OPTARG";;
p) PDF="$OPTARG";;

esac
done


LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`


cat $LOCAL_PATH/makeStatsChIPSeq.R | R --slave --args $MINVAL $MAXVAL $CHIPFILE $CONTROLFILE $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>/dev/null