Mercurial > repos > artbio > basicplot

changeset 0:4b684a42d677 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
"planemo upload for repository https://github.com/artbio/tools-artbio/tree/master/tools/basicplot commit 0dff19dd491024012ea5145323c9f8c527578ca7"
author artbio
date Mon, 06 Jan 2020 12:47:07 -0500
parents
children 42c753143178
files basicplot.xml test-data/basicplot.pdf test-data/data.tab
diffstat 3 files changed, 404 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/basicplot.xml	Mon Jan 06 12:47:07 2020 -0500
@@ -0,0 +1,89 @@
+<tool id="Basicplot" name="basicplot" version="0.9.1">
+	<description>Basic plot</description>
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="3.5.0">r-base</requirement>
+        </requirements>
+        <command><![CDATA[
+            Rscript '$basicplot' "\${GALAXY_SLOTS:-1}"
+    ]]></command>
+  <configfiles>
+    <configfile name="basicplot">
+    <![CDATA[
+      ## Setup R error handling to go to stderr
+      options( show.error.messages=F,  error = function () { cat( geterrmessage(), file=stderr() ); q( "no", 1, F ) } )
+      options(warn=-1)
+      Table = read.delim("${input}", header=TRUE)
+      pdf("${output}")
+      pairs(Table[ ,-1], main="${title}", log="xy", pch = 20)
+      dev.off()
+    ]]>
+    </configfile>
+  </configfiles>
+        <inputs>
+                <param name="input" type="data" format="tabular" label="tabular file"/>
+                <param name="title" type="text" size="25" value="Title" label="Main Title"/>
+        </inputs>
+        <outputs>
+                <data name="output" format="pdf" label="plot" />
+        </outputs>
+<tests>
+    <test>
+        <param name="input" value="data.tab" ftype="tabular"/>
+        <param name="title" value="Title"/>
+        <output name="output" file="basicplot.pdf" ftype="pdf"/>
+    </test>
+</tests>
+<help>
+
+**What it does**
+
+Takes a tabular file of numerical data as input and produces pairwise plots of numerical data, in log-log scale.
+The first column of the data frame is ignored.
+
+Example of input data:
+
+<![CDATA[
+
+gene	sample1	sample2	sample3	sample4	sample5	sample6
+
+tRNA:Ala-AGC-2-3	4407	4506	2267	2423	2736	1153
+
+tRNA:Asp-GTC-1-10	2111	2931	3302	3499	3809	1682
+
+tRNA:Asp-GTC-1-11	2099	2936	3349	3556	4124	1629
+
+tRNA:Glu-TTC-1-6	1095	1376	1189	1162	1120	561
+
+tRNA:Glu-TTC-1-5	1022	1415	1156	1081	1120	578
+
+tRNA:Glu-TTC-1-4	1047	1336	1156	1182	1127	602
+
+tRNA:Glu-CTC-3-4	3613	3414	8161	9021	9776	5248
+
+tRNA:Glu-CTC-3-5	3741	3292	7893	8845	9833	5074
+
+tRNA:Glu-CTC-3-6	3619	3379	7663	8737	9513	5021
+
+tRNA:Glu-CTC-3-8	7249	5809	80760	39479	62652	27404
+
+tRNA:Glu-CTC-3-9	3770	3367	8007	8969	9976	5100
+
+]]>
+
+
+</help>
+<citations>
+        <citation type="bibtex">
+@Manual{,
+     title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
+     author = {{R Core Team}},
+     organization = {R Foundation for Statistical Computing},
+     address = {Vienna, Austria},
+     year = {2014},
+     url = {http://www.R-project.org/},
+   }
+        </citation>
+    </citations>
+    
+</tool>
+
Binary file test-data/basicplot.pdf has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/data.tab	Mon Jan 06 12:47:07 2020 -0500
@@ -0,0 +1,315 @@
+gene	sample1	sample2	sample3	sample4	sample5	sample6
+tRNA:Ala-AGC-2-3	4407	4506	2267	2423	2736	1153
+tRNA:Asp-GTC-1-10	2111	2931	3302	3499	3809	1682
+tRNA:Asp-GTC-1-11	2099	2936	3349	3556	4124	1629
+tRNA:Glu-TTC-1-6	1095	1376	1189	1162	1120	561
+tRNA:Glu-TTC-1-5	1022	1415	1156	1081	1120	578
+tRNA:Glu-TTC-1-4	1047	1336	1156	1182	1127	602
+tRNA:Glu-CTC-3-4	3613	3414	8161	9021	9776	5248
+tRNA:Glu-CTC-3-5	3741	3292	7893	8845	9833	5074
+tRNA:Glu-CTC-3-6	3619	3379	7663	8737	9513	5021
+tRNA:Glu-CTC-3-8	7249	5809	80760	39479	62652	27404
+tRNA:Glu-CTC-3-9	3770	3367	8007	8969	9976	5100
+tRNA:Phe-GAA-1-8	643	2989	666	739	587	174
+tRNA:Gly-GCC-1-1	12814	13201	7120	6420	6356	2666
+tRNA:Gly-GCC-1-2	12633	12847	7030	6383	6387	2620
+tRNA:Gly-GCC-1-3	13025	13045	7068	6367	6502	2571
+tRNA:Gly-GCC-1-4	12714	13076	7009	6563	6620	2579
+tRNA:Gly-GCC-1-5	12888	13220	7231	6513	6421	2657
+tRNA:Gly-GCC-1-6	12852	13061	7109	6334	6481	2593
+tRNA:Gly-GCC-1-7	12573	13053	7078	6511	6714	2590
+tRNA:Gly-GCC-2-1	12819	12784	6973	6305	6276	2635
+tRNA:Gly-GCC-1-8	12868	13112	7401	6246	6379	2617
+tRNA:Gly-GCC-1-9	13095	13221	6971	6442	6614	2714
+tRNA:Gly-GCC-1-10	12709	12973	7233	6402	6510	2584
+tRNA:Gly-GCC-1-11	12883	13180	7172	6437	6656	2657
+tRNA:Gly-GCC-1-12	13002	13101	6948	6451	6491	2579
+tRNA:Gly-GCC-1-13	12571	13071	7121	6446	6448	2613
+tRNA:His-GTG-1-4	7316	10889	3975	3530	4804	1844
+tRNA:Ala-TGC-2-1	4718	6157	2509	2117	3548	837
+tRNA:Ile-AAT-1-1	152	713	108	151	92	27
+tRNA:Ile-AAT-1-3	145	690	101	149	80	42
+tRNA:Ile-AAT-1-4	140	663	86	129	88	35
+tRNA:Ile-AAT-1-5	111	747	86	155	106	28
+tRNA:Ile-AAT-1-6	140	750	96	173	96	27
+tRNA:Ile-AAT-1-7	137	710	116	145	81	27
+tRNA:Lys-CTT-1-4	5121	10210	4309	3995	4380	1508
+tRNA:Lys-CTT-1-3	5311	13055	4776	4514	4681	1614
+tRNA:Lys-CTT-1-2	5213	10390	4334	3842	4550	1547
+tRNA:Lys-CTT-1-5	5154	9982	4220	3890	4377	1439
+tRNA:Lys-CTT-1-1	5235	10006	4220	3813	4409	1551
+tRNA:Lys-CTT-1-6	5287	10212	4337	3938	4466	1599
+tRNA:Lys-CTT-1-7	5169	10143	4079	3978	4515	1485
+tRNA:Lys-CTT-1-8	5340	10445	4331	4013	4450	1551
+tRNA:Lys-CTT-1-9	5245	9909	4270	3891	4485	1485
+tRNA:Lys-CTT-1-10	5218	10293	4289	3878	4558	1546
+tRNA:Lys-CTT-1-11	5275	9977	4499	4043	4385	1530
+tRNA:Lys-TTT-1-1	3266	10276	2311	2703	2140	871
+tRNA:Lys-TTT-2-4	9595	20989	8440	10144	7801	3391
+tRNA:Lys-TTT-2-5	9686	21288	8283	10019	7970	3200
+tRNA:Leu-CAG-1-1	2684	3413	974	861	1189	539
+tRNA:Leu-CAA-2-1	2443	3406	1048	885	1204	614
+tRNA:Leu-CAA-1-1	2421	3383	978	816	1147	620
+tRNA:Met-CAT-1-1	237	470	327	285	661	204
+tRNA:Met-CAT-1-2	79	244	205	167	364	105
+tRNA:Met-CAT-1-5	53	193	114	99	208	89
+tRNA:iMet-CAT-2-1	1494	17755	1947	2718	1286	989
+tRNA:iMet-CAT-1-4	1566	17948	2023	2628	1280	981
+tRNA:iMet-CAT-1-5	1589	18065	2003	2738	1416	1046
+tRNA:Asn-GTT-1-6	94	335	59	77	77	33
+tRNA:Asn-GTT-1-5	93	319	82	62	72	38
+tRNA:Asn-GTT-1-4	77	339	53	65	56	23
+tRNA:Asn-GTT-1-8	103	326	69	74	65	32
+tRNA:Asn-GTT-1-7	99	351	59	79	55	38
+tRNA:Asn-GTT-1-3	94	347	68	85	83	25
+tRNA:Asn-GTT-1-2	108	319	53	79	75	32
+tRNA:Asn-GTT-1-1	96	317	56	87	82	26
+tRNA:Pro-TGG-1-1	2231	2569	1055	896	1356	752
+tRNA:Pro-TGG-1-2	2230	2573	1031	925	1385	739
+tRNA:Arg-TCG-3-1	67	69	64	50	61	24
+tRNA:Arg-TCG-3-2	62	98	50	38	53	17
+tRNA:Arg-TCG-3-3	65	98	44	54	50	26
+tRNA:Arg-TCG-3-4	52	83	40	41	59	17
+tRNA:Arg-TCG-2-1	73	116	109	96	82	22
+tRNA:Arg-TCG-1-1	70	277	68	102	76	41
+tRNA:Arg-TCG-2-2	51	110	58	59	54	29
+tRNA:Arg-ACG-1-5	124	804	173	217	168	96
+tRNA:Arg-ACG-1-3	164	850	185	226	153	111
+tRNA:Arg-ACG-1-2	179	820	209	226	189	107
+tRNA:Arg-ACG-1-1	151	832	205	226	210	99
+tRNA:Arg-ACG-1-10	155	817	203	251	224	120
+tRNA:Arg-ACG-1-9	174	818	213	260	274	207
+tRNA:Arg-ACG-1-8	184	850	618	455	835	170
+tRNA:Arg-ACG-1-7	183	820	217	258	192	101
+tRNA:Arg-ACG-1-6	176	848	210	283	229	96
+tRNA:Arg-TCG-4-1	757	670	35	59	32	18
+tRNA:Arg-TCG-2-3	58	91	63	58	70	24
+tRNA:Ser-GCT-2-1	3684	22180	2738	3202	2952	1093
+tRNA:Ser-GCT-2-2	3619	21784	2711	3100	2895	1062
+tRNA:Ser-AGA-1-1	911	1415	462	511	522	264
+tRNA:Ser-CGA-1-1	1013	1493	681	714	875	489
+tRNA:Ser-CGA-1-2	966	1428	491	507	511	235
+tRNA:Ser-CGA-1-3	969	1410	518	582	674	284
+tRNA:Ser-AGA-3-1	1176	1604	645	649	726	354
+tRNA:Ser-AGA-3-2	1099	1533	560	604	697	313
+tRNA:Ser-AGA-2-1	982	1608	584	713	656	325
+tRNA:Ser-AGA-2-2	995	1591	578	659	681	277
+tRNA:Ser-AGA-2-4	1025	1575	1140	840	1966	428
+tRNA:Ser-AGA-2-3	1078	1739	3515	2266	6507	1056
+tRNA:Ser-AGA-2-5	971	1586	611	631	680	291
+tRNA:SeC-TCA-1-1	444	565	236	319	230	133
+tRNA:Thr-AGT-1-5	954	4433	676	837	704	271
+tRNA:Thr-AGT-1-6	1012	4466	775	952	805	282
+tRNA:Val-CAC-2-2	560	751	273	324	497	177
+tRNA:Val-CAC-2-1	612	779	295	301	492	177
+tRNA:Val-CAC-2-3	554	788	310	320	489	160
+tRNA:Val-CAC-2-4	538	736	296	340	473	202
+tRNA:Val-CAC-1-1	6119	5090	2462	2201	3738	915
+tRNA:Val-CAC-2-5	545	760	534	370	768	194
+tRNA:Val-CAC-2-6	530	824	328	306	476	186
+tRNA:Val-AAC-2-4	2250	4002	1624	737	1047	134
+tRNA:Val-AAC-2-3	2307	4087	1479	709	1040	144
+tRNA:Val-AAC-1-1	1924	3375	1323	536	865	72
+tRNA:Tyr-GTA-1-3	146	239	180	138	215	51
+tRNA:Tyr-GTA-1-2	124	199	125	120	126	51
+tRNA:Tyr-GTA-3-1	2333	2782	323	215	204	85
+tRNA:Tyr-GTA-1-8	144	196	179	141	179	73
+tRNA:Tyr-GTA-1-7	162	232	113	140	141	58
+tRNA:Tyr-GTA-1-6	176	227	197	159	187	41
+tRNA:Tyr-GTA-1-5	152	207	98	138	147	52
+tRNA:Tyr-GTA-1-4	167	185	135	142	149	84
+mt:tRNA:Ala-TGC	1815	1733	185	286	313	2186
+mt:tRNA:Cys-GCA	1711	1083	630	522	944	7223
+mt:tRNA:Asp-GTC	732	691	84	94	122	754
+mt:tRNA:Glu-TTC	26	50	2	5	12	40
+mt:tRNA:Phe-GAA	9081	5202	595	1210	1135	21591
+mt:tRNA:Gly-TCC	3396	1777	220	380	457	7957
+mt:tRNA:His-GTG	277	276	64	63	89	268
+mt:tRNA:Ile-GAT	8076	4589	1073	1485	1699	5260
+mt:tRNA:Lys-CTT	10028	9990	907	1007	1654	13669
+mt:tRNA:Leu-TAG	66	67	10	27	49	172
+mt:tRNA:Leu-TAA	366	289	49	71	75	263
+mt:tRNA:Met-CAT	176	140	127	37	123	214
+mt:tRNA:Asn-GTT	10178	5174	356	533	837	1591
+mt:tRNA:Pro-TGG	223	407	44	62	96	143
+mt:tRNA:Gln-TTG	43	47	12	16	13	130
+mt:tRNA:Arg-TCG	2898	1733	252	417	449	2859
+mt:tRNA:Ser-GCT	14366	8763	1511	2532	3146	6957
+mt:tRNA:Ser-TGA	25	30	7	3	9	25
+mt:tRNA:Thr-TGT	38	93	18	16	13	62
+mt:tRNA:Val-TAC	301	476	79	90	118	546
+mt:tRNA:Trp-TCA	385	249	58	111	106	537
+mt:tRNA:Tyr-GTA	593	589	598	295	748	375
+tRNA:Pro-CGG-3-1	446	2195	710	511	475	206
+tRNA:Lys-TTT-2-1	9677	21215	8099	9905	8035	3236
+tRNA:Lys-TTT-2-2	9606	21225	8265	9738	7914	3346
+tRNA:Lys-TTT-2-3	9668	21608	8305	10005	7962	3329
+tRNA:Pro-AGG-1-1	5603	10848	10719	9024	15880	3958
+tRNA:Leu-TAA-3-1	76	96	81	102	88	35
+tRNA:Gln-CTG-4-1	1622	3469	7953	3831	8945	1895
+tRNA:Pro-AGG-1-4	5825	11098	17929	12602	25414	5400
+tRNA:Pro-AGG-1-3	5620	11093	10958	9176	16151	4046
+tRNA:Pro-AGG-1-2	6311	11555	17504	13548	22839	5864
+tRNA:Ser-CGA-1-4	988	1414	446	559	627	272
+tRNA:Trp-CCA-1-1	156	657	105	122	112	44
+tRNA:Ala-CGC-1-1	1295	2586	533	402	635	189
+tRNA:Ala-CGC-1-2	1298	2598	7299	2809	9154	1282
+tRNA:Ala-CGC-1-3	1237	2466	602	447	713	203
+tRNA:Ser-TGA-1-1	128	478	139	109	226	74
+tRNA:Ser-TGA-2-1	315	961	273	290	353	156
+tRNA:Trp-CCA-2-3	286	803	241	195	224	88
+tRNA:Trp-CCA-2-4	279	738	217	223	260	82
+tRNA:Trp-CCA-2-6	320	853	858	468	456	468
+tRNA:Trp-CCA-1-2	134	697	89	104	106	40
+tRNA:Arg-CCT-1-2	308	374	257	177	271	78
+tRNA:Ile-AAT-1-9	158	674	94	161	63	34
+tRNA:iMet-CAT-1-2	1472	17928	2070	2767	1523	1043
+tRNA:Glu-CTC-2-2	5128	5101	11853	13043	16156	6094
+tRNA:His-GTG-1-5	7078	10929	3815	3476	4769	1733
+tRNA:Val-AAC-2-1	2343	4210	1656	774	1057	188
+tRNA:Trp-CCA-2-2	286	751	211	223	235	107
+tRNA:Leu-AAG-1-4	78	314	66	58	67	18
+tRNA:Phe-GAA-1-5	652	3006	601	745	592	173
+tRNA:Ala-TGC-1-1	5788	9268	3514	2962	4448	1455
+tRNA:Leu-AAG-1-2	99	266	45	55	73	15
+tRNA:Leu-AAG-1-3	76	271	52	75	76	19
+tRNA:Gln-CTG-1-1	1712	5025	834	965	1109	316
+tRNA:Glu-TTC-1-1	1061	1395	1060	1096	1080	538
+tRNA:Glu-CTC-1-1	3992	3588	7786	9234	10149	5181
+tRNA:Glu-TTC-1-2	1019	1430	1158	1088	1062	550
+tRNA:Leu-AAG-1-1	75	294	68	66	75	33
+tRNA:His-GTG-1-1	7206	10773	4057	3467	4695	1742
+tRNA:His-GTG-1-2	7514	10765	4152	3505	4889	1881
+tRNA:His-GTG-1-3	7278	10789	4016	3531	4715	1794
+tRNA:Arg-TCT-1-1	415	1151	450	374	391	218
+tRNA:Thr-TGT-2-1	91	427	827	296	960	290
+tRNA:Ile-AAT-1-2	154	667	106	141	92	33
+tRNA:Thr-AGT-2-1	97	628	264	194	257	100
+tRNA:Thr-AGT-1-2	2292	5037	1134	1227	1510	654
+tRNA:Arg-ACG-1-4	179	816	200	233	189	81
+tRNA:Val-AAC-2-2	2236	4179	1572	720	1049	153
+tRNA:Phe-GAA-1-4	695	3063	683	765	604	193
+tRNA:Gly-TCC-2-2	5246	7315	6510	6198	6933	2767
+tRNA:Gly-TCC-2-1	5284	7199	6460	5852	7199	2887
+tRNA:Glu-CTC-5-1Psi	288	292	193	243	271	117
+tRNA:iMet-CAT-1-1	1588	17979	2059	2746	1398	1001
+tRNA:Glu-CTC-2-1	5031	5069	11714	12753	16213	5894
+tRNA:Thr-TGT-2-2	35	408	82	135	57	20
+tRNA:Ile-AAT-1-8	126	685	100	177	88	44
+tRNA:Leu-TAG-1-2	591	1120	427	345	514	167
+tRNA:Gln-TTG-1-3	1675	3225	1038	1129	1563	436
+tRNA:Gln-TTG-1-2	1545	3240	1020	1113	1518	430
+tRNA:Leu-TAA-4-1	1484	2744	4073	1868	3716	928
+tRNA:Leu-CAA-2-3	2484	3421	983	871	1201	608
+tRNA:Ser-GCT-2-4	3666	21551	2721	3182	3005	1107
+tRNA:Ser-GCT-2-3	3732	22298	3056	3413	3395	1201
+tRNA:Ser-GCT-2-5	3707	21849	2776	3184	3105	1098
+tRNA:Ser-GCT-1-1	3797	22146	2968	3146	3366	1279
+tRNA:Ala-AGC-2-11	4322	4493	2240	2445	2688	1117
+tRNA:Pro-TGG-1-5	2223	2521	1010	927	1341	766
+tRNA:Gly-TCC-1-3	10751	12708	8156	8038	9273	3113
+tRNA:Thr-AGT-1-4	1017	4536	666	845	717	261
+tRNA:Phe-GAA-1-7	612	2991	694	746	593	183
+tRNA:Thr-CGT-1-3	108	174	236	246	277	97
+tRNA:Thr-CGT-1-2	92	163	194	226	313	76
+tRNA:Thr-TGT-1-1	35	51	62	40	39	13
+tRNA:Asp-GTC-1-12	2093	2897	3243	3410	3827	1652
+tRNA:Leu-TAG-1-1	611	1118	395	319	520	167
+tRNA:Asp-GTC-3-1	999	1129	1935	1629	2673	903
+tRNA:Thr-TGT-2-5	38	420	95	135	78	19
+tRNA:Thr-AGT-1-7	952	4504	732	890	767	285
+tRNA:Thr-CGT-1-1	86	155	184	180	227	63
+tRNA:Gly-TCC-1-2	10828	12251	8280	8029	9340	3220
+tRNA:Gly-TCC-1-1	10797	12797	8274	7948	9459	3241
+tRNA:Thr-AGT-1-3	1024	4434	682	824	670	248
+tRNA:Leu-TAA-1-1	334	970	242	180	214	83
+tRNA:Gly-TCC-1-4	10812	12667	8336	8057	9351	3229
+tRNA:Ala-AGC-2-6	4556	4507	2353	2531	2728	1182
+tRNA:Ala-AGC-2-5	4519	4523	2200	2499	2693	1138
+tRNA:Ala-AGC-2-2	4305	4412	2310	2457	2788	1199
+tRNA:Pro-TGG-1-3	2191	2699	1003	973	1451	719
+tRNA:Ala-AGC-2-9	4348	4524	2217	2339	2646	1127
+tRNA:Ala-AGC-2-10	4388	4539	2204	2425	2714	1204
+tRNA:Ala-AGC-1-1	4400	4636	2294	2326	2648	1073
+tRNA:Pro-TGG-1-4	2128	2567	1058	938	1355	747
+tRNA:Ala-AGC-2-7	4460	4494	2192	2383	2647	1100
+tRNA:Ala-AGC-2-8	4456	4497	2254	2401	2709	1128
+tRNA:Asn-GTT-1-10	93	345	59	62	90	30
+tRNA:Phe-GAA-1-6	626	3000	689	774	654	223
+tRNA:Val-AAC-1-2	2022	3326	1374	474	836	72
+tRNA:Asp-GTC-1-6	2037	2889	3162	3454	3843	1636
+tRNA:Asp-GTC-1-5	2059	2941	3257	3425	3794	1664
+tRNA:Asp-GTC-1-4	2092	2796	3084	3461	3725	1584
+tRNA:Arg-CCT-1-1	320	375	240	169	255	85
+tRNA:Gln-CTG-2-5	2657	6892	1990	2146	2741	809
+tRNA:Thr-AGT-1-1	2577	4321	4456	839	15667	255
+tRNA:Asp-GTC-1-9	2020	2941	3302	3513	3744	1609
+tRNA:Asp-GTC-1-7	2074	2841	3430	3515	4363	1789
+tRNA:Asp-GTC-1-8	2076	2790	3206	3517	3747	1645
+tRNA:Asp-GTC-1-3	2046	2803	3220	3420	3742	1692
+tRNA:Phe-GAA-1-3	707	2965	681	790	588	190
+tRNA:Asp-GTC-1-2	2168	2962	7408	4900	8905	2609
+tRNA:Asp-GTC-1-1	2071	2765	3190	3404	3788	1627
+tRNA:Gln-CTG-2-4	2749	7126	1942	2108	2647	744
+tRNA:Gln-CTG-3-1	2308	4895	1690	1941	2456	701
+tRNA:Arg-TCT-2-1	7	50	15	10	19	6
+tRNA:Gln-CTG-2-2	2879	7184	5438	3746	8954	1430
+tRNA:Gln-CTG-2-3	2765	7244	2042	2194	2745	812
+tRNA:Arg-TCT-3-1	0	6	0	1	5	0
+tRNA:Trp-CCA-2-1	285	823	223	208	225	101
+tRNA:Asp-GTC-2-1	1944	2314	2815	3085	3464	1463
+tRNA:Thr-AGT-3-1Psi	9	0	6	3	13	3
+tRNA:Gln-TTG-1-1	1588	3272	988	1138	1521	498
+tRNA:Pro-AGG-1-7	5616	11013	10703	9079	15579	4001
+tRNA:Leu-CAA-2-2	2310	3313	1056	875	1231	559
+tRNA:Pro-AGG-1-6	5533	11036	10934	9192	16057	4018
+tRNA:Pro-AGG-1-5	5623	11024	10826	9211	16144	4181
+tRNA:Met-CAT-1-3	43	183	103	93	233	100
+tRNA:Pro-CGG-2-2	1213	3314	1241	1051	1386	551
+tRNA:Pro-CGG-2-3	1443	3151	3325	2037	2776	1302
+tRNA:Lys-CTT-1-13	5229	10076	4339	3923	4447	1523
+tRNA:Met-CAT-2-1	119	1035	240	259	329	148
+tRNA:Lys-CTT-1-12	5401	10443	4432	4034	4502	1582
+tRNA:Cys-GCA-1-4	4642	4530	7287	6574	8176	2506
+tRNA:Cys-GCA-1-3	4680	4592	7300	6354	8143	2403
+tRNA:Cys-GCA-1-1	4630	4506	7450	6412	8090	2437
+tRNA:Cys-GCA-1-2	4621	4622	7192	6411	8028	2506
+tRNA:Cys-GCA-3-1	2435	2157	1447	1339	1585	600
+tRNA:Cys-GCA-2-1	57	79	31	48	44	26
+tRNA:Glu-CTC-3-7	3727	3426	8119	9074	9798	5113
+tRNA:Glu-CTC-3-2	3699	3455	7866	9028	9818	5056
+tRNA:Glu-CTC-3-3	3720	3434	7945	8859	9800	5103
+tRNA:Glu-CTC-3-1	3769	3391	8047	8798	9699	5085
+tRNA:Met-CAT-1-4	38	194	131	99	236	88
+tRNA:Leu-CAG-1-2	2515	3408	910	885	1233	561
+tRNA:Leu-CAG-1-3	2547	3261	941	810	1131	551
+tRNA:Leu-CAG-1-4	2567	3434	901	809	1139	575
+tRNA:Leu-CAG-1-5	2620	3269	907	870	1171	562
+tRNA:Leu-CAG-1-6	2561	3226	901	837	1132	574
+tRNA:Leu-CAG-1-7	2583	3310	924	838	1125	558
+tRNA:Ala-AGC-2-1	4318	4409	2184	2403	2616	1024
+tRNA:Val-TAC-1-1	9250	23338	12449	7476	16453	4168
+tRNA:Val-TAC-1-2	5846	20236	4515	3102	6231	1078
+tRNA:Cys-GCA-4-1	87	112	70	99	105	75
+tRNA:Glu-CTC-4-1	5291	5143	11877	12928	16410	6067
+tRNA:Ile-TAT-1-1	240	698	484	468	532	275
+tRNA:Ile-TAT-1-2	157	618	239	232	217	110
+tRNA:iMet-CAT-1-3	1511	17719	1965	2637	1334	993
+tRNA:Gln-TTG-2-1	1205	2654	726	912	1041	366
+tRNA:Tyr-GTA-1-1	153	224	227	166	196	89
+tRNA:Tyr-GTA-2-1	216	1179	75	59	119	45
+tRNA:Pro-CGG-2-1	1412	3039	10900	6275	10443	4808
+tRNA:Phe-GAA-1-2	606	2908	677	735	581	189
+tRNA:Phe-GAA-1-1	665	2956	632	755	581	163
+tRNA:Gln-CTG-2-1	2696	7117	1967	2139	2498	736
+tRNA:Pro-CGG-1-1	1828	7683	1301	1345	1645	377
+tRNA:Ala-AGC-2-4	4386	4574	2227	2386	2634	1091
+tRNA:Glu-TTC-1-3	1047	1386	1111	1127	1113	588
+tRNA:Leu-TAA-2-1	408	1007	259	237	247	106
+tRNA:Asn-GTT-1-9	111	320	58	80	76	19
+tRNA:Arg-CCT-1-3	369	400	220	161	255	78
+tRNA:Trp-CCA-2-5	271	825	378	350	320	179
+tRNA:Arg-TCG-2-4	80	125	74	58	102	34
+tRNA:Thr-TGT-2-3	32	431	105	133	78	23
+tRNA:Thr-TGT-2-4	48	432	128	159	94	33
+tRNA:Leu-CAG-1-8	2608	3387	959	813	1208	552