# HG changeset patch # User artbio # Date 1697152658 0 # Node ID a36a1acd5807f93e838c91398249e8ba004423e1 # Parent d76a0d8a9eace477d788e56e1888ac4fc54a4ac2 planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/main/tools/cap3 commit 3bb28761a3768b3b84616be41efc40683653da60 diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 cap3.xml --- a/cap3.xml Sat Sep 02 07:09:11 2017 -0400 +++ b/cap3.xml Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000 @@ -1,7 +1,7 @@ - + Sequence Assembly tool - cap3 + cap3 diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/ace.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/newtests/ace.txt Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000 @@ -0,0 +1,296 @@ +AS 4 13 + +CO Contig1 1372 7 2 U +GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG +GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG +TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG +GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC +TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC +ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA +ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT +CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG +TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA +TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT +CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA +ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC +CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC +TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC +TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC +TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC +GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT +GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC +TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC +TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC +AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG +AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG +TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC + +BQ +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 +25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 +25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 + +AF 9 U 1 +AF 2 U 1 +AF 6 U 172 +AF 1 U 370 +AF 17 U 351 +AF 15 U 1 +AF 13 U 746 +BS 1 395 2 +BS 396 1372 15 + +RD 9 197 0 0 +GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG +GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG +TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG +GTATGGTGGCTGTGGGC + +QA 1 197 1 197 +DS + +RD 2 395 0 0 +GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG +GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG +TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG +GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC +TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC +ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA +ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTAC + +QA 1 395 1 395 +DS + +RD 6 224 0 0 +ACATCCTGGGTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTT +GGCCGTACCTCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGG +ACATATGCCATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGAT +ACTCCTGCAACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTAC + +QA 1 224 1 224 +DS + +RD 1 409 0 0 +TTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTTCTGGCTGCA +GTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTGTCCTGCAAT +GTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCATCTCCAGTA +GTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCTCCAACTTTA +TCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTAACGACGGCT +TGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATCCGAACTACT +TTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGT +TTAAGAG + +QA 1 402 1 402 +DS + +RD 17 421 0 0 +TACTCCTGCAACGTCCAGATTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAA +AGCTGACGTTCTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTC +TCTTTGACTGTCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTC +TCCAAGTTCATCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTA +GGCACTAGCTCCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGT +AAGCCATCTAACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACT +TTCTGTGATCCGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGG +T + +QA 1 421 1 421 +DS + +RD 15 1372 0 0 +GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG +GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG +TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG +GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC +TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC +ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA +ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT +CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG +TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA +TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT +CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA +ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC +CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC +TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC +TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC +TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC +GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT +GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC +TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC +TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC +AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG +AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG +TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC + +QA 1 1372 1 1372 +DS + +RD 13 627 0 0 +GTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCCTCAAACACTTTGTACTCATCATTCA +GATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACCTCCTTGACATCATAGTCGTTGGATT +GGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTCTGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGA +ATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCCGCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAAT +AGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCTGACGAATCTGGATATTCAAAGTCCT +GGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGCTCTTGCGTTTGCATGACAATAATCT +CGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTCTCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATC +CCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATACAGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAG +ATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAGAGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCT +CAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTGTGGTACACTCCCATAATTTGTACGC +CAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC + +QA 1 627 1 627 +DS + +CO Contig2 515 2 3 U +TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC +AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA +GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA +GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA +GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC +CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC +TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT +GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG +GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCAAAGAGGGAA + +BQ +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 + +AF 7 U 1 +AF 10 U 1 +BS 1 498 7 +BS 499 499 10 +BS 500 515 7 + +RD 7 515 0 0 +TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC +AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA +GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA +GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA +GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC +CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC +TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT +GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG +GATGAAGAGACAAGGCTTGGTTGTCAAAGAGGGAA + +QA 1 515 1 515 +DS + +RD 10 506 0 0 +TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC +AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA +GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA +GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA +GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC +CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC +TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT +GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG +GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCA + +QA 1 506 1 506 +DS + +CO Contig3 284 2 3 U +AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG +TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG +AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG +AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG +TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT + +BQ +10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 + +AF 11 U 1 +AF 4 U 49 +BS 1 73 11 +BS 74 74 4 +BS 75 284 11 + +RD 11 284 0 0 +AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG +TGAATCAGGTTTATGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG +AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG +AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG +TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT + +QA 1 284 1 284 +DS + +RD 4 236 0 0 +ATAGAAGCACTGTGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTG +CCTATCTCCAGGAGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTC +TCCATGAGTCGGAAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTG +ACACTAAGAAAGTTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT + +QA 1 236 1 236 +DS + +CO Contig4 253 2 1 U +TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA +CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA +ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC +GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA +ACAGTTCTTGTTA + +BQ +10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 + +AF 18 U 1 +AF 12 U 3 +BS 1 253 18 + +RD 18 253 0 0 +TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA +CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA +ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC +GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA +ACAGTTCTTGTTA + +QA 1 253 1 253 +DS + +RD 12 251 0 0 +T +GGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCACCG +AGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACAATT +TCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTCGTT +CCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCAACA +GTTCTTGTTA + +QA 2 251 2 251 +DS + diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/cap3stdout.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/newtests/cap3stdout.txt Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000 @@ -0,0 +1,299 @@ +Number of segment pairs = 342; number of pairwise comparisons = 14 +'+' means given segment; '-' means reverse complement + +Overlaps Containments No. of Constraints Supporting Overlap + +******************* Contig 1 ******************** +2+ + 9+ is in 2+ + 6+ is in 2+ +15+ + 1+ is in 15+ + 17+ is in 15+ +13+ +******************* Contig 2 ******************** +7+ + 10+ is in 7+ +******************* Contig 3 ******************** +11+ +4+ +******************* Contig 4 ******************** +18+ +12+ + +DETAILED DISPLAY OF CONTIGS +******************* Contig 1 ******************** + . : . : . : . : . : . : +2+ GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG +9+ GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG +15+ GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG + ____________________________________________________________ +consensus GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG + + . : . : . : . : . : . : +2+ GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG +9+ GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG +15+ GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG + ____________________________________________________________ +consensus GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG + + . : . : . : . : . : . : +2+ TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG +9+ TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG +6+ ACATCCTGG +15+ TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG + ____________________________________________________________ +consensus TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG + + . : . : . : . : . : . : +2+ GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC +9+ GTATGGTGGCTGTGGGC +6+ GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC +15+ GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC + ____________________________________________________________ +consensus GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC + + . : . : . : . : . : . : +2+ TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC +6+ TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC +15+ TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC + ____________________________________________________________ +consensus TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC + + . : . : . : . : . : . : +2+ ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA +6+ ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA +15+ ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA +17+ TACTCCTGCA + ____________________________________________________________ +consensus ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA + + . : . : . : . : . : . : +2+ ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTAC +6+ ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTAC +15+ ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT +1+ TTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT +17+ ACGTCCAGATTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT + ____________________________________________________________ +consensus ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT + + . : . : . : . : . : . : +15+ CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG +1+ CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG +17+ CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG + ____________________________________________________________ +consensus CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG + + . : . : . : . : . : . : +15+ TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA +1+ TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA +17+ TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA + ____________________________________________________________ +consensus TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA + + . : . : . : . : . : . : +15+ TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT +1+ TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT +17+ TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT + ____________________________________________________________ +consensus TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT + + . : . : . : . : . : . : +15+ CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA +1+ CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA +17+ CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA + ____________________________________________________________ +consensus CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA + + . : . : . : . : . : . : +15+ ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC +1+ ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC +17+ ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC + ____________________________________________________________ +consensus ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC + + . : . : . : . : . : . : +15+ CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC +1+ CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGT +17+ CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGT +13+ GTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC + ____________________________________________________________ +consensus CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC + + . : . : . : . : . : . : +15+ TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC +13+ TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC + ____________________________________________________________ +consensus TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC + + . : . : . : . : . : . : +15+ TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC +13+ TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC + ____________________________________________________________ +consensus TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC + + . : . : . : . : . : . : +15+ TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC +13+ TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC + ____________________________________________________________ +consensus TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC + + . : . : . : . : . : . : +15+ GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT +13+ GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT + ____________________________________________________________ +consensus GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT + + . : . : . : . : . : . : +15+ GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC +13+ GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC + ____________________________________________________________ +consensus GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC + + . : . : . : . : . : . : +15+ TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC +13+ TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC + ____________________________________________________________ +consensus TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC + + . : . : . : . : . : . : +15+ TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC +13+ TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC + ____________________________________________________________ +consensus TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC + + . : . : . : . : . : . : +15+ AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG +13+ AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG + ____________________________________________________________ +consensus AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG + + . : . : . : . : . : . : +15+ AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG +13+ AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG + ____________________________________________________________ +consensus AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG + + . : . : . : . : . : . : +15+ TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC +13+ TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC + ____________________________________________________________ +consensus TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC + +******************* Contig 2 ******************** + . : . : . : . : . : . : +7+ TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC +10+ TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC + ____________________________________________________________ +consensus TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC + + . : . : . : . : . : . : +7+ AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA +10+ AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA + ____________________________________________________________ +consensus AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA + + . : . : . : . : . : . : +7+ GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA +10+ GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA + ____________________________________________________________ +consensus GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA + + . : . : . : . : . : . : +7+ GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA +10+ GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA + ____________________________________________________________ +consensus GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA + + . : . : . : . : . : . : +7+ GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC +10+ GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC + ____________________________________________________________ +consensus GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC + + . : . : . : . : . : . : +7+ CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC +10+ CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC + ____________________________________________________________ +consensus CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC + + . : . : . : . : . : . : +7+ TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT +10+ TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT + ____________________________________________________________ +consensus TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT + + . : . : . : . : . : . : +7+ GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG +10+ GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG + ____________________________________________________________ +consensus GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG + + . : . : . : . : . : . : +7+ GATGAAGAGACAAGGCTTGGTTGTCAAAGAGGGAA +10+ GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCA + ____________________________________________________________ +consensus GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCAAAGAGGGAA + +******************* Contig 3 ******************** + . : . : . : . : . : . : +11+ AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG +4+ ATAGAAGCACTG + ____________________________________________________________ +consensus AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG + + . : . : . : . : . : . : +11+ TGAATCAGGTTTATGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG +4+ TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG + ____________________________________________________________ +consensus TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG + + . : . : . : . : . : . : +11+ AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG +4+ AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG + ____________________________________________________________ +consensus AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG + + . : . : . : . : . : . : +11+ AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG +4+ AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG + ____________________________________________________________ +consensus AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG + + . : . : . : . : . : . : +11+ TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT +4+ TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT + ____________________________________________________________ +consensus TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT + +******************* Contig 4 ******************** + . : . : . : . : . : . : +18+ TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA +12+ GGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA + ____________________________________________________________ +consensus TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA + + . : . : . : . : . : . : +18+ CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA +12+ CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA + ____________________________________________________________ +consensus CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA + + . : . : . : . : . : . : +18+ ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC +12+ ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC + ____________________________________________________________ +consensus ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC + + . : . : . : . : . : . : +18+ GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA +12+ GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA + ____________________________________________________________ +consensus GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA + + . : . : . : . : . : . : +18+ ACAGTTCTTGTTA +12+ ACAGTTCTTGTTA + ____________________________________________________________ +consensus ACAGTTCTTGTTA + diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/contigs.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/newtests/contigs.fa Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000 @@ -0,0 +1,46 @@ +>Contig1 +GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG +GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG +TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG +GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC +TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC +ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA +ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT +CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG +TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA +TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT +CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA +ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC +CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC +TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC +TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC +TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC +GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT +GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC +TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC +TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC +AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG +AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG +TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC +>Contig2 +TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC +AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA +GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA +GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA +GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC +CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC +TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT +GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG +GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCAAAGAGGGAA +>Contig3 +AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG +TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG +AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG +AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG +TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT +>Contig4 +TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA +CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA +ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC +GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA +ACAGTTCTTGTTA diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/contigsandsinglets.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/newtests/contigsandsinglets.fa Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000 @@ -0,0 +1,91 @@ +>Contig1 +GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG +GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG +TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG +GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC +TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC +ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA +ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT +CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG +TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA +TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT +CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA +ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC +CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC +TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC +TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC +TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC +GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT +GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC +TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC +TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC +AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG +AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG +TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC +>Contig2 +TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC +AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA +GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA +GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA +GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC +CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC +TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT +GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG +GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCAAAGAGGGAA +>Contig3 +AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG +TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG +AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG +AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG +TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT +>Contig4 +TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA +CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA +ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC +GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA +ACAGTTCTTGTTA +>3 +ACGCCCGAGAGCGTGGTCTTGGGCATGGCACTGTAGGCGACCTGACTCCCAGACTTTCGA +GGGCGATTTCGCCCTCTTCGACGGGGTCCTTGAACCATTGAGCAATTCTTTCCCACAATT +TGACGAGAAGATACACTCTGTACGGTAACCTTGGGGGAACGACGGTTTCTGGTGGAAAGA +TTGTTTCCACTGTTGTTTGATATGCGCTTTGTAGTTGTGACGATGGTGGCCATGGCATAA +TATTTACAAATTGTATTCTTGATTTGAGTTTGGGTTGTTTGATGTTATAGGGTCGGCAAG +AGCTTACTTGCAGTTCTCTTCCTCTTTTTGCGGTCGAGAGTCTTTTTGTTGAGTCTCGTC +CTTTGTTCTGCGGTCAGCAGTGATCTCTTCGATGCTACTTTAGGAGGTGGAAACCGGGAG +AATAAGTCTTGAATTCTCACACGGTAGTCATCAGGATTTTTATGACTAACCTCTCTAATA +AGCATCTGCACCTGGCGGGGACAGTGCCCCGGGAATTGCTGCATTATACTGTGAAACAGC +TCCAAATCCAGGGTTTCATGAACGGGCACAATCTGTGGCACAGCTTTAGGGGCAGTTGCA +TATTCAA +>5 +GCAAAAAGAATGCCTCTGATAGGGCAATCATAAAACTGTTAAACAAATACATGCCTAGGA +CAGGAAATAAGAACTGGCCTGGTGTCCATACAACCCCGGAAGAAGGCATACTTGATGGTA +TTAAGATAACGGCCAAATCCAGTGCAGGCGCTCCCTATTGGAGACACAAGGGGGAATGCC +TAGACCATATAATTGATACTGGACTTCCTGTTGTGCTAAAGCATATAAAGGAAGGAACCC +TCAATCAGTTGTGGCGGGAAAACCCTGAGATGTTCCTCGTTGAAGTTAAGAACAAACTTG +ATAGATACGAGGTTTCGAAGCTTAAAGAGAAGACTAGACCCTATGTGTGTGTACCTGCGC +ACTGGGCTCTCCTATTCTCGTGCTTGACTCAAGGATTCCAAGAAGGACTTCAAGTTTTTA +GTAACTTGGACCCCAGTACAGAATGCTCGAATGCATATGGATTTTCATCCA +>8 +TGTCCCGTTGCACCCCCCATCCATTAACAATCGGGGTGGGCATACTCATGTCACTCGCCA +GATGGGCGGAGTACCTCACCCTCCTCTTGGTCTAATACCCATAGCTCAGAAGTACGGGGT +AGAGATCTTGGACCAGAAACATGTCTACACAGGAGGCACTTGGGATGGCTTTCTTAATAG +ACTCGCCCAACAGATGGGCCGGACAACGGT +>14 +ACCATTTGTCCCCCATGGTGCATTTTCATGGTAAGGTAGTCACTGTTCCAGGAACCATCT +GAGGTGGTAAAAAGGTCCTGGAAACCAGTATCTGGAGTGATATCCTCGTCAATGGAGACA +GCTCCTAATTCAGCACCTTCAAACTCAATCACCCATTCGAGTGTGACAGTGAAGGTGGTG +CTTCCTGTGTATCCACCGGTGGTAGAGGCAACAACCACATTGATGAAGCCATGATTGGCG +TCATCAGGGTTGCCTTTGGTGAGATACCACTTACGGGTGG +>16 +GGCCTGCAGGCCATAACTCGGTTGAGGTTTTGAGTGTCATTGCCTGAGATATTGTTGGCG +GGGTCTGGAGACCATCCTATGGCAAGGGATCCAAAAGTATTTGCACTTCCAGATCCCACT +ACCAGCACTCGGAGTTTCTTGGGTCGCCAGCGGGAATATAGCTTACTCTGCTGCTGAAGC +CTAGAATCACTCATAGCCGTTGGACATATGGCTTGAGCAAAAAGGCTAGCTCCCACTGCG +CGCTGCGGTTGTACCTCAATAACGCCTATAATGTCCACGCCCGAGAGCG +>19 +GCATTCACTGCTCTAAGTTGCTCGGTCAGCTGGTCAATGCGGCGAAGTAGATTAGTTTCG +ACAGTCTGAACTGCTTCATCAGCCACCCTAAATTTAGGGATGGGAGGGCTAATGACAGGA +CCTTGGGTGTAATACTTGAGACATTTGCCAGTATCTCCAGTGCGGATATAATCTTTTGCA +TCTGTGTAACTGGCAAACATAACAAAACCTGGGATAGAGTAACCTTGTATAACTGCAAAG +AAGTTTGCTGTCTTCAAGGTCGTCTTGTCCTCAAGGTAGTAGGTTACATTTGTCCCTGGT +GCATTTGTATACACATAAGCCTGGTGGGCAGCCGAAAAGGGGACCATTTGTC diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/contigslink.txt diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/contigsqual.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/newtests/contigsqual.txt Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000 @@ -0,0 +1,127 @@ +>Contig1 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 +25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 +25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 +30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 +20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 +25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +>Contig2 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 +15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 +>Contig3 +10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 +10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 +10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 +>Contig4 +10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 +15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/info.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/newtests/info.txt Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000 @@ -0,0 +1,23 @@ +No file of quality values (.qual) is found +No file of constraints (.con) is found. +Number of overlaps saved: 12 +ComputeOverlap done +IdentifyChimeras done +Number of overlaps removed: 0 +RemovePoorOverlaps done +ASSEM done +ComputDistForContigs done +PresentLayout done +Clip 2 left clip: 1, right clip: 395, length: 395, right size 0 +Clip 9 left clip: 1, right clip: 197, length: 197, right size 0 +Clip 6 left clip: 1, right clip: 224, length: 224, right size 0 +Clip 15 left clip: 1, right clip: 1372, length: 1372, right size 0 +Clip 1 left clip: 1, right clip: 402, length: 409, right size 7 +Clip 17 left clip: 1, right clip: 421, length: 421, right size 0 +Clip 13 left clip: 1, right clip: 627, length: 627, right size 0 +Clip 7 left clip: 1, right clip: 515, length: 515, right size 0 +Clip 10 left clip: 1, right clip: 506, length: 506, right size 0 +Clip 11 left clip: 1, right clip: 284, length: 284, right size 0 +Clip 4 left clip: 1, right clip: 236, length: 236, right size 0 +Clip 18 left clip: 4, right clip: 253, length: 253, right size 0 +Clip 12 left clip: 2, right clip: 251, length: 251, right size 0 diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/singlets.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/newtests/singlets.fa Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000 @@ -0,0 +1,45 @@ +>3 +ACGCCCGAGAGCGTGGTCTTGGGCATGGCACTGTAGGCGACCTGACTCCCAGACTTTCGA +GGGCGATTTCGCCCTCTTCGACGGGGTCCTTGAACCATTGAGCAATTCTTTCCCACAATT +TGACGAGAAGATACACTCTGTACGGTAACCTTGGGGGAACGACGGTTTCTGGTGGAAAGA +TTGTTTCCACTGTTGTTTGATATGCGCTTTGTAGTTGTGACGATGGTGGCCATGGCATAA +TATTTACAAATTGTATTCTTGATTTGAGTTTGGGTTGTTTGATGTTATAGGGTCGGCAAG +AGCTTACTTGCAGTTCTCTTCCTCTTTTTGCGGTCGAGAGTCTTTTTGTTGAGTCTCGTC +CTTTGTTCTGCGGTCAGCAGTGATCTCTTCGATGCTACTTTAGGAGGTGGAAACCGGGAG +AATAAGTCTTGAATTCTCACACGGTAGTCATCAGGATTTTTATGACTAACCTCTCTAATA +AGCATCTGCACCTGGCGGGGACAGTGCCCCGGGAATTGCTGCATTATACTGTGAAACAGC +TCCAAATCCAGGGTTTCATGAACGGGCACAATCTGTGGCACAGCTTTAGGGGCAGTTGCA +TATTCAA +>5 +GCAAAAAGAATGCCTCTGATAGGGCAATCATAAAACTGTTAAACAAATACATGCCTAGGA +CAGGAAATAAGAACTGGCCTGGTGTCCATACAACCCCGGAAGAAGGCATACTTGATGGTA +TTAAGATAACGGCCAAATCCAGTGCAGGCGCTCCCTATTGGAGACACAAGGGGGAATGCC +TAGACCATATAATTGATACTGGACTTCCTGTTGTGCTAAAGCATATAAAGGAAGGAACCC +TCAATCAGTTGTGGCGGGAAAACCCTGAGATGTTCCTCGTTGAAGTTAAGAACAAACTTG +ATAGATACGAGGTTTCGAAGCTTAAAGAGAAGACTAGACCCTATGTGTGTGTACCTGCGC +ACTGGGCTCTCCTATTCTCGTGCTTGACTCAAGGATTCCAAGAAGGACTTCAAGTTTTTA +GTAACTTGGACCCCAGTACAGAATGCTCGAATGCATATGGATTTTCATCCA +>8 +TGTCCCGTTGCACCCCCCATCCATTAACAATCGGGGTGGGCATACTCATGTCACTCGCCA +GATGGGCGGAGTACCTCACCCTCCTCTTGGTCTAATACCCATAGCTCAGAAGTACGGGGT +AGAGATCTTGGACCAGAAACATGTCTACACAGGAGGCACTTGGGATGGCTTTCTTAATAG +ACTCGCCCAACAGATGGGCCGGACAACGGT +>14 +ACCATTTGTCCCCCATGGTGCATTTTCATGGTAAGGTAGTCACTGTTCCAGGAACCATCT +GAGGTGGTAAAAAGGTCCTGGAAACCAGTATCTGGAGTGATATCCTCGTCAATGGAGACA +GCTCCTAATTCAGCACCTTCAAACTCAATCACCCATTCGAGTGTGACAGTGAAGGTGGTG +CTTCCTGTGTATCCACCGGTGGTAGAGGCAACAACCACATTGATGAAGCCATGATTGGCG +TCATCAGGGTTGCCTTTGGTGAGATACCACTTACGGGTGG +>16 +GGCCTGCAGGCCATAACTCGGTTGAGGTTTTGAGTGTCATTGCCTGAGATATTGTTGGCG +GGGTCTGGAGACCATCCTATGGCAAGGGATCCAAAAGTATTTGCACTTCCAGATCCCACT +ACCAGCACTCGGAGTTTCTTGGGTCGCCAGCGGGAATATAGCTTACTCTGCTGCTGAAGC +CTAGAATCACTCATAGCCGTTGGACATATGGCTTGAGCAAAAAGGCTAGCTCCCACTGCG +CGCTGCGGTTGTACCTCAATAACGCCTATAATGTCCACGCCCGAGAGCG +>19 +GCATTCACTGCTCTAAGTTGCTCGGTCAGCTGGTCAATGCGGCGAAGTAGATTAGTTTCG +ACAGTCTGAACTGCTTCATCAGCCACCCTAAATTTAGGGATGGGAGGGCTAATGACAGGA +CCTTGGGTGTAATACTTGAGACATTTGCCAGTATCTCCAGTGCGGATATAATCTTTTGCA +TCTGTGTAACTGGCAAACATAACAAAACCTGGGATAGAGTAACCTTGTATAACTGCAAAG +AAGTTTGCTGTCTTCAAGGTCGTCTTGTCCTCAAGGTAGTAGGTTACATTTGTCCCTGGT +GCATTTGTATACACATAAGCCTGGTGGGCAGCCGAAAAGGGGACCATTTGTC