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planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/main/tools/cap3 commit 3bb28761a3768b3b84616be41efc40683653da60
author artbio
date Thu, 12 Oct 2023 23:17:38 +0000
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+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
+
+AF 7 U 1
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+BS 499 499 10
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+
+RD 7 515 0 0
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+
+QA 1 515 1 515
+DS 
+
+RD 10 506 0 0
+TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC
+AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA
+GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA
+GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA
+GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC
+CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC
+TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT
+GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG
+GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCA
+
+QA 1 506 1 506
+DS 
+
+CO Contig3 284 2 3 U
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+
+BQ
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+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+
+AF 11 U 1
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+BS 74 74 4
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+
+RD 11 284 0 0
+AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG
+TGAATCAGGTTTATGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG
+AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG
+AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG
+TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT
+
+QA 1 284 1 284
+DS 
+
+RD 4 236 0 0
+ATAGAAGCACTGTGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTG
+CCTATCTCCAGGAGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTC
+TCCATGAGTCGGAAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTG
+ACACTAAGAAAGTTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT
+
+QA 1 236 1 236
+DS 
+
+CO Contig4 253 2 1 U
+TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA
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+
+BQ
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+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+
+AF 18 U 1
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+BS 1 253 18
+
+RD 18 253 0 0
+TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA
+CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA
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+GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA
+ACAGTTCTTGTTA
+
+QA 1 253 1 253
+DS 
+
+RD 12 251 0 0
+T
+GGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCACCG
+AGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACAATT
+TCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTCGTT
+CCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCAACA
+GTTCTTGTTA
+
+QA 2 251 2 251
+DS 
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/newtests/cap3stdout.txt	Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000
@@ -0,0 +1,299 @@
+Number of segment pairs = 342; number of pairwise comparisons = 14
+'+' means given segment; '-' means reverse complement
+
+Overlaps            Containments  No. of Constraints Supporting Overlap
+
+******************* Contig 1 ********************
+2+
+                    9+ is in 2+
+                    6+ is in 2+
+15+
+                    1+ is in 15+
+                    17+ is in 15+
+13+
+******************* Contig 2 ********************
+7+
+                    10+ is in 7+
+******************* Contig 3 ********************
+11+
+4+
+******************* Contig 4 ********************
+18+
+12+
+
+DETAILED DISPLAY OF CONTIGS
+******************* Contig 1 ********************
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+2+                    GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG
+9+                    GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG
+15+                   GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG
+                      ____________________________________________________________
+consensus             GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+2+                    GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG
+9+                    GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG
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+                      ____________________________________________________________
+consensus             GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+2+                    TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG
+9+                    TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG
+6+                                                                       ACATCCTGG
+15+                   TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+2+                    GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC
+9+                    GTATGGTGGCTGTGGGC                                           
+6+                    GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC
+15+                   GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+2+                    TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC
+6+                    TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC
+15+                   TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+2+                    ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA
+6+                    ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA
+15+                   ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA
+17+                                                                     TACTCCTGCA
+                      ____________________________________________________________
+consensus             ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+2+                    ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTAC                         
+6+                    ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTAC                         
+15+                   ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT
+1+                             TTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT
+17+                   ACGTCCAGATTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT
+                      ____________________________________________________________
+consensus             ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG
+1+                    CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG
+17+                   CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG
+                      ____________________________________________________________
+consensus             CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA
+1+                    TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA
+17+                   TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT
+1+                    TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT
+17+                   TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA
+1+                    CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA
+17+                   CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA
+                      ____________________________________________________________
+consensus             CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC
+1+                    ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC
+17+                   ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC
+1+                    CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGT         
+17+                   CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGT         
+13+                                            GTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC
+13+                   TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC
+13+                   TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC
+13+                   TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT
+13+                   GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT
+                      ____________________________________________________________
+consensus             GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC
+13+                   GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC
+13+                   TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC
+13+                   TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG
+13+                   AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG
+                      ____________________________________________________________
+consensus             AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG
+13+                   AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG
+                      ____________________________________________________________
+consensus             AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+15+                   TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC
+13+                   TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC
+
+******************* Contig 2 ********************
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+7+                    TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC
+10+                   TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+7+                    AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA
+10+                   AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA
+                      ____________________________________________________________
+consensus             AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+7+                    GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA
+10+                   GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA
+                      ____________________________________________________________
+consensus             GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+7+                    GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA
+10+                   GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA
+                      ____________________________________________________________
+consensus             GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+7+                    GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC
+10+                   GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+7+                    CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC
+10+                   CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC
+                      ____________________________________________________________
+consensus             CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+7+                    TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT
+10+                   TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+7+                    GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG
+10+                   GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG
+                      ____________________________________________________________
+consensus             GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+7+                    GATGAAGAGACAAGGCTTGGTTGTCAAAGAGGGAA
+10+                   GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCA         
+                      ____________________________________________________________
+consensus             GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCAAAGAGGGAA
+
+******************* Contig 3 ********************
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+11+                   AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG
+4+                                                                    ATAGAAGCACTG
+                      ____________________________________________________________
+consensus             AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+11+                   TGAATCAGGTTTATGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG
+4+                    TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+11+                   AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG
+4+                    AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG
+                      ____________________________________________________________
+consensus             AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+11+                   AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG
+4+                    AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG
+                      ____________________________________________________________
+consensus             AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+11+                   TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT
+4+                    TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT
+
+******************* Contig 4 ********************
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+18+                   TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA
+12+                      GGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA
+                      ____________________________________________________________
+consensus             TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+18+                   CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA
+12+                   CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA
+                      ____________________________________________________________
+consensus             CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA
+
+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
+18+                   ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC
+12+                   ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC
+                      ____________________________________________________________
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+>Contig2
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+>Contig4
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+No file of quality values (.qual) is found
+No file of constraints (.con) is found.
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