# HG changeset patch # User artbio # Date 1621589654 0 # Node ID c282a8a47dd9d0ba0d0b325a45e60063b9161970 # Parent 321cad0eb507a9a956d8a6d4714c604ec7a11872 "planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/cherry_pick_fasta commit d637de6c1090314bd34bdffc2fdf979cb55b870b" diff -r 321cad0eb507 -r c282a8a47dd9 cherry_pick_fasta.py --- a/cherry_pick_fasta.py Tue Mar 16 23:25:57 2021 +0000 +++ b/cherry_pick_fasta.py Fri May 21 09:34:14 2021 +0000 @@ -1,51 +1,63 @@ #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- -""" -Chery pick of fasta sequences satisfying a query string in their header/name -""" +# Chery pick of fasta sequences satisfying a query string in their header/name +import argparse -import argparse +from Bio import SeqIO def Parser(): the_parser = argparse.ArgumentParser( - description="Cherry pick fasta sequences") - the_parser.add_argument('--input', action="store", type=str, - help="input fasta file") - the_parser.add_argument('--searchfor', action="store", type=str, - help="with, without, or withlist, withoutlist") - the_parser.add_argument('--query-string', dest="query_string", - action="store", type=str, - help="headers containing the string will be \ + description='Cherry pick fasta sequences') + the_parser.add_argument('--input', action='store', type=str, + help='input fasta file') + the_parser.add_argument('--searchfor', action='store', type=str, + help='with, without, or withlist, withoutlist') + the_parser.add_argument('--mode', action='store', type=str, + default='includes', help='exact or includes') + the_parser.add_argument('--query-string', dest='query_string', + action='store', type=str, + help='headers containing the string will be \ extracted or excluded as well as the \ - corresponding sequence") - the_parser.add_argument('--query-file', dest="query_file", - action="store", type=str, - help="headers containing any of the strings provided in the \ - text file (1 string per line) will be \ - extracted or excluded as well as the \ - corresponding sequence") - - the_parser.add_argument( - '--output', action="store", type=str, help="output fasta file") + corresponding sequence') + the_parser.add_argument('--query-file', dest='query_file', + action='store', type=str, + help='headers containing any of the strings \ + provided in the text file (1 string per \ + line) will be extracted or excluded as well \ + as the corresponding sequence') + the_parser.add_argument('--output', action='store', type=str, + help='output fasta file') args = the_parser.parse_args() return args -def parse_fasta_with(query, FastaListe): +def parse_fasta_dict(query, fasta_dict, mode): if not isinstance(query, list): query = [query] accumulator = [] - for sequence in FastaListe: - for string in query: - if string in sequence: - accumulator.append(sequence) - continue - return accumulator + if mode == 'includes': + for seq_id in fasta_dict: + for string in query: + if string in seq_id: + accumulator.append(seq_id) + continue + elif mode == 'exact': + for seq_id in fasta_dict: + for string in query: + if string == seq_id: + accumulator.append(seq_id) + continue + res_dict = {k: fasta_dict[k] for k in fasta_dict if k in accumulator} + return res_dict -def complement_fasta(fullfasta, subfasta): - return sorted(list(set(fullfasta) - set(subfasta))) +def complement_fasta_dict(fasta_dict, subfasta_dict): + fasta_ids = list(fasta_dict.keys()) + subfasta_ids = list(subfasta_dict.keys()) + complement_ids = list(set(fasta_ids) - set(subfasta_ids)) + sub_dict = {k: fasta_dict[k] for k in fasta_dict if k in complement_ids} + return sub_dict def getquerylist(file): @@ -55,37 +67,37 @@ return querylist -def __main__(): - """ main function """ - args = Parser() - searchterm = args.query_string - CrudeFasta = open(args.input, "r").read() - Output = open(args.output, "w") - FastaListe = CrudeFasta.split(">")[1:] - if args.query_string: - if args.searchfor == 'with': - contList = parse_fasta_with(searchterm, FastaListe) - contFasta = ">%s" % ">".join(contList) - Output.write(contFasta) - elif args.searchfor == 'without': - notcontList = complement_fasta(FastaListe, - parse_fasta_with(searchterm, - FastaListe)) - notcontFasta = ">%s" % ">".join(notcontList) - Output.write(notcontFasta) - if args.query_file: - searchlist = getquerylist(args.query_file) - if args.searchfor == 'with': - contList = parse_fasta_with(searchlist, FastaListe) - contFasta = ">%s" % ">".join(contList) - Output.write(contFasta) - elif args.searchfor == 'without': - notcontList = complement_fasta(FastaListe, parse_fasta_with( - searchlist, FastaListe)) - notcontFasta = ">%s" % ">".join(notcontList) - Output.write(notcontFasta) - Output.close() +def buid_fasta_dict(fasta): + seq_dict = {rec.id: rec.seq for rec in SeqIO.parse(fasta, "fasta")} + return seq_dict + + +def write_fasta_result(fasta_dict, file): + line_length = 60 + with open(file, 'w') as f: + for header in sorted(fasta_dict): + f.write('>%s\n' % header) + for i in range(line_length, len(fasta_dict[header]), line_length): + f.write('%s\n' % fasta_dict[header][i-line_length:i]) + f.write('%s\n' % fasta_dict[header][i:]) -if __name__ == "__main__": +def __main__(): + ''' main function ''' + args = Parser() + fasta_dict = buid_fasta_dict(args.input) + if args.query_string: + query = args.query_string + elif args.query_file: + query = getquerylist(args.query_file) + if args.searchfor == 'with': + fasta_result_dict = parse_fasta_dict(query, fasta_dict, args.mode) + elif args.searchfor == 'without': + fasta_result_dict = complement_fasta_dict(fasta_dict, parse_fasta_dict( + query, fasta_dict, + args.mode)) + write_fasta_result(fasta_result_dict, args.output) + + +if __name__ == '__main__': __main__() diff -r 321cad0eb507 -r c282a8a47dd9 cherry_pick_fasta.xml --- a/cherry_pick_fasta.xml Tue Mar 16 23:25:57 2021 +0000 +++ b/cherry_pick_fasta.xml Fri May 21 09:34:14 2021 +0000 @@ -1,15 +1,23 @@ - + with header satisfying a string query - python + biopython cherry_pick_fasta.py --input $input --searchfor '$search.searchfor' #if $search.options_selector == 'single': - --query-string '$search.query' + #if $search.match == 'exact': + --query-string '$search.query' --mode exact + #else: + --query-string '$search.query' --mode includes + #end if #else: - --query-file '$search.query' + #if $search.match == 'exact': + --query-file '$search.query' --mode exact + #else: + --query-file '$search.query' --mode includes + #end if #end if --output $output @@ -18,11 +26,19 @@ - - - + + + + + + + + + + + @@ -35,17 +51,17 @@ - - - - - - - - + + + + + + + + @@ -53,16 +69,50 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - @@ -82,17 +132,11 @@ - **What it does** This tool retrieves nucleotide/peptide sequences from a fasta file whose headers match -or do not match a given string. - -It is Copyright © 2019 `CNRS and Sorbonne-Université`_ and is released under the `MIT license`_. - -.. _CNRS and Sorbonne-Université: http://www.sorbonne-universite.fr/en -.. _MIT license: http://opensource.org/licenses/MIT +or do not match a given string, or a list of strings. diff -r 321cad0eb507 -r c282a8a47dd9 test-data/alt_termlist.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/alt_termlist.txt Fri May 21 09:34:14 2021 +0000 @@ -0,0 +1,5 @@ +Locus_65_ +Locus_63_ +Pro--Locus_50 +gi|21321709|ref|NP_647481.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_63_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_343_hit1_IdMatch=50.86,AligLength=116,E-val=6e-30 +gi|2388673|gb|AAC58807.1|_replicase_polyprotein__Drosophila_C_virus--Locus_65_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_1344_hit1_IdMatch=46.44,AligLength=450,E-val=8e-138 diff -r 321cad0eb507 -r c282a8a47dd9 test-data/output.fa --- a/test-data/output.fa Tue Mar 16 23:25:57 2021 +0000 +++ b/test-data/output.fa Fri May 21 09:34:14 2021 +0000 @@ -1,27 +1,29 @@ ->gi|81971654|sp|Q9IJX4.1|POLN_CRPVC_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_65_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_1344_hit1_IdMatch=43.46,AligLength=451,E-val=2e-122 -TAGATAAGGTTTGCTCATTTCTTGAGGATGCTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGC -TCGTAGCACAAAATACATCCGCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAA -TGCTTTGCATTGTTTTGATTTGCTTGTTGATTGAAACCAAGTTCTATAAGACCGCTTTCG -CGGTACTTATAGTGGTTGCTCTACGTGTTTTCGGGTACAGTGAGCAAATAATTGAGACAG -CTATGGACATGTATCGCGTAATTAGGGCTCCAAAGGCTCAAGGTAATATGGAAGATGTCG -TTTTCCATCCGTGGTTGAACACGTGTGGAAAGTTGATTTTCCTACTTATCGCTGTCCTGT -GTCTCAAGAAATTACCAGGAAAGAACGACGTAGACACTTTCATGCGCAGGCTCGACAGCT -TACCCAAAGCTGTTAAGGGTGCGACACAACTACATGAATGGGTGTCAAAATACTTCGATC -TCTCTTTGGATCACGTCAAGGCGATGATTGTTGGTAAATCTTGTGCCGAAATGAAGAAGG -CTGAATCATCAAGCGCCAAAGTTTTGGCTTGGGCCGCTAGAGTTCAAGATTTCGTCAGAT -TGGAACAACGAAGTAAAATCGATAGTGATATCGCTGTCGCCAACGAGGCTGAAGCCTTGT -ATCACACTGGATTGCAATTTGCAGGAGACACTCTGTTACCTCCAGAATTGCACAAGGTCG -TGAACAGTGCGCTAAGACCAGCCCGCGATATATATGAGTACGTCACCCGCTCCCCAATAA -AAGGAGGGAGTCGTAAGATGAGACCCTTGATGATTTGGCTAGCTGGCCAGTCAGGAATTG -GGAAAACCTCTATGGTGGATCCTCTATGTATCGATTTGCTTCGAGCAATGGGTTATGTGG -GACCTGAACATCTCCACTCGTTGGTGTATGGCCGCCAAGTTGAGACGGAGTACTGGGATG -GTTACAAAGCCCACAAGATAGTGATCTATGATGATGCTTTTCAGCTGAAAGATGATGCTG -TGAACAGGAATTTGGAGGTATTTGAGGTTATACGTTCTTGCAACACGTATCCTCAACACC -TTCATATGGCTTGTCTCTCGGATAAAAACACTTTTTCAGTAGCGGAAGTGTACATCTACA -CTACCAACGAAATGAATGTCAAACTTGAGTCGCTGACTCATGAACAAGCATTCTACAACC -GCATGAGTGAAAACGCGTTCACTGTGCGTCCAAAAGAGGCTTATCGTCTAGTCGAAGAAG -GATCAACCGGCAATAAGCAGTATCGTTTGGACAAAACGAAAACCAAAGGAGCTATCGATC -TCGATGTGTACGAATTCGTGCGC +>gi|81971654|sp|Q9IJX4.1|POLN_CRPVC_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_50_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_1442_hit1_IdMatch=24.95,AligLength=537,E-val=8e-47 +GAATTCGTGCGCATGCAAAGAATAAATGACCACCCTTCGGGTTGGAAAGCTACGGATGAA +GTATATGGCTATGCAGAGTTCTCGAAACTAATGTGTGCTGAATGGAAGAGAAGGAAGACA 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->gi|81971654|sp|Q9IJX4.1|POLN_CRPVC_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_50_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_1442_hit1_IdMatch=24.95,AligLength=537,E-val=8e-47 -GAATTCGTGCGCATGCAAAGAATAAATGACCACCCTTCGGGTTGGAAAGCTACGGATGAA -GTATATGGCTATGCAGAGTTCTCGAAACTAATGTGTGCTGAATGGAAGAGAAGGAAGACA -GAACATCAGAATACTGTTGACTTCCTTAAGAAGTATGCAGAGCGACCCTTCGAGACCAAC -CCCGGACCAGTGGAGGATATCCCAATAAGACACGATGATGTCGAGCAGGGGGTAGAAGCG -CAGATGGGTCGAGATGCAGATTGGTTTAACAATGACATAGCGGAACGTATAGCGCGTGGA -CAGGATATTACTGATATCTTGTATGAGTATGCTGAAGATGACGAGTTGCATGAGGATTAC -ATGGCTTACAAGAAACAGCAGGCCCAGCCTAGTAAGTGGGACAAATACGCGCGCCGTCTC -GAAAGTGCAATTACGGAAGGAAAGAATTTCCTTGCCCGTGTGGTTTCAAAAATAGCCAGC -GTCATTCGGGAGAACCCATATTTGACCATGATGGCAACTGTGGGGAGCGTTCTCGCTCTG -TATGGAGCTATGCGTTGGTTTTCGAAAGGAGTAACGGAGACTTTTGACGCTGAAGAAGTT -ACTATTCCCAACGAAACCAAGGTAGAGAACGTTGTGCGTACGGAGGGTTTTGAATCTTAC -GACCATCGGACTCCGCGCGCTCATCGAGCCAACAGGCAATATGTGCGAGCTGAGGCGATG 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ACACAGTCCACAGTCCGAAGACCAAAGCGTTGGATAGGACACGAATACACAGATGAAACG AAAACAGGCGAGGCTGCGCCCTATCGGACATTGGAAGAAGTCCGTTTCCTTAAAAGAGGG @@ -83,6 +59,30 @@ GAAATGCTTAATTGGACGCGCAAAGGGATTAACCCAGATGATGTGACGATGATGATCATT GATACAGCATTTAGGGAGATCTCTTATCACGGAAGGGAAGCTTTCGAGAAGCTGCGAGGG CAGATACTTGAGCAGCGGGATGTGTTGGTTGAATATCCTCAA +>gi|81971654|sp|Q9IJX4.1|POLN_CRPVC_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_65_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_1344_hit1_IdMatch=43.46,AligLength=451,E-val=2e-122 +TAGATAAGGTTTGCTCATTTCTTGAGGATGCTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGC +TCGTAGCACAAAATACATCCGCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAA +TGCTTTGCATTGTTTTGATTTGCTTGTTGATTGAAACCAAGTTCTATAAGACCGCTTTCG +CGGTACTTATAGTGGTTGCTCTACGTGTTTTCGGGTACAGTGAGCAAATAATTGAGACAG +CTATGGACATGTATCGCGTAATTAGGGCTCCAAAGGCTCAAGGTAATATGGAAGATGTCG +TTTTCCATCCGTGGTTGAACACGTGTGGAAAGTTGATTTTCCTACTTATCGCTGTCCTGT +GTCTCAAGAAATTACCAGGAAAGAACGACGTAGACACTTTCATGCGCAGGCTCGACAGCT +TACCCAAAGCTGTTAAGGGTGCGACACAACTACATGAATGGGTGTCAAAATACTTCGATC +TCTCTTTGGATCACGTCAAGGCGATGATTGTTGGTAAATCTTGTGCCGAAATGAAGAAGG +CTGAATCATCAAGCGCCAAAGTTTTGGCTTGGGCCGCTAGAGTTCAAGATTTCGTCAGAT +TGGAACAACGAAGTAAAATCGATAGTGATATCGCTGTCGCCAACGAGGCTGAAGCCTTGT +ATCACACTGGATTGCAATTTGCAGGAGACACTCTGTTACCTCCAGAATTGCACAAGGTCG +TGAACAGTGCGCTAAGACCAGCCCGCGATATATATGAGTACGTCACCCGCTCCCCAATAA +AAGGAGGGAGTCGTAAGATGAGACCCTTGATGATTTGGCTAGCTGGCCAGTCAGGAATTG +GGAAAACCTCTATGGTGGATCCTCTATGTATCGATTTGCTTCGAGCAATGGGTTATGTGG +GACCTGAACATCTCCACTCGTTGGTGTATGGCCGCCAAGTTGAGACGGAGTACTGGGATG +GTTACAAAGCCCACAAGATAGTGATCTATGATGATGCTTTTCAGCTGAAAGATGATGCTG +TGAACAGGAATTTGGAGGTATTTGAGGTTATACGTTCTTGCAACACGTATCCTCAACACC +TTCATATGGCTTGTCTCTCGGATAAAAACACTTTTTCAGTAGCGGAAGTGTACATCTACA +CTACCAACGAAATGAATGTCAAACTTGAGTCGCTGACTCATGAACAAGCATTCTACAACC +GCATGAGTGAAAACGCGTTCACTGTGCGTCCAAAAGAGGCTTATCGTCTAGTCGAAGAAG +GATCAACCGGCAATAAGCAGTATCGTTTGGACAAAACGAAAACCAAAGGAGCTATCGATC +TCGATGTGTACGAATTCGTGCGC 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