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"planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/mutational_patterns commit 109570d3d5f2c232d3bc976590295c1b83bfc9c3"
author artbio
date Mon, 19 Oct 2020 14:55:54 +0000
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#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	TUMOR
chr1	269731	.	G	T	0	PASS	DP=55;GPV=1;SPV=0.016586;SS=2;SSC=17;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:25,7:9,2:16,5
chr1	271443	.	G	T	0	PASS	DP=64;GPV=1;SPV=0.0016182;SS=2;SSC=27;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:38:27,11:15,4:12,7
chr1	1248267	.	A	AC	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:23,4:6,1:17,3
chr1	2020828	.	A	C	0	PASS	DP=64;GPV=1;SPV=0.00080797;SS=2;SSC=30;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:36:25,11:13,4:12,7
chr1	2085733	.	C	T	0	PASS	DP=74;GPV=1;SPV=0.012493;SS=2;SSC=19;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:41:34,7:16,2:18,5
chr1	2348700	.	C	T	0	PASS	DP=52;GPV=1;SPV=0.0026931;SS=2;SSC=25;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:14,11:5,6:9,5
chr1	2366985	.	T	C	0	PASS	DP=69;GPV=1;SPV=0.034197;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:26,6:13,3:13,3
chr1	2658795	.	A	T	0	PASS	DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:13:9,4:9,4:0,0
chr1	2672087	.	G	A	0	PASS	DP=51;GPV=1;SPV=0.11845;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:34:29,5:12,3:17,2
chr1	3668055	.	C	A	0	PASS	DP=54;GPV=1;SPV=0.00031346;SS=2;SSC=35;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:19,13:10,5:9,8
chr1	4066911	.	A	ACT	0	PASS	DP=24;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:15:9,6:5,3:4,3
chr1	4111429	.	A	C	0	PASS	DP=70;GPV=1;SPV=0.0011142;SS=2;SSC=29;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:24,8:14,6:10,2
chr1	4206589	.	G	A	0	PASS	DP=72;GPV=1;SPV=0.00094617;SS=2;SSC=30;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:48:33,15:17,7:16,8
chr1	6498731	.	TACGGG	T	0	PASS	DP=75;GPV=1;SPV=0.00022147;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:35:25,10:13,4:12,6
chr1	8327243	.	C	A	0	PASS	DP=68;GPV=1;SPV=7.8465e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:38:24,14:11,10:13,4
chr1	8556639	.	A	G	0	PASS	DP=70;GPV=1;SPV=0.000154;SS=2;SSC=38;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:20,9:10,3:10,6
chr1	9108397	.	G	T	0	PASS	DP=65;GPV=1;SPV=0.025922;SS=2;SSC=15;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:23,4:14,2:9,2
chr1	10758330	.	T	C	0	PASS	DP=35;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:17,7:14,4:3,3
chr1	10791081	.	C	CA	0	PASS	DP=47;GPV=1;SPV=0.034636;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:20,5:14,2:6,3
chr1	10964151	.	G	A	0	PASS	DP=63;GPV=1;SPV=0.00022074;SS=2;SSC=36;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:36:23,13:13,7:10,6
chr1	11877601	.	C	T	0	PASS	DP=62;GPV=1;SPV=0.0019011;SS=2;SSC=27;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:33:24,9:10,3:14,6
chr1	12888921	.	T	TCC	0	PASS	DP=34;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:19:14,5:8,3:6,2
chr1	12938147	.	C	A	0	PASS	DP=73;GPV=1;SPV=0.049083;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:40:31,9:15,1:16,8
chr1	13070264	.	T	C	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:26:22,4:8,2:14,2
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chr1	13597732	.	G	C	0	PASS	DP=55;GPV=1;SPV=0.0010783;SS=2;SSC=29;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:21,11:14,6:7,5
chr1	14557666	.	G	GTGTGGT	0	PASS	DP=54;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:27,4:14,2:13,2
chr1	14883334	.	G	A	0	PASS	DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:8:5,3:2,2:3,1
chr1	15206627	.	T	TGTGTTTAGGAATCGGGTGAGTTTA	0	PASS	DP=45;GPV=1;SPV=0.0062786;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:19,10:5,6:14,4
chr1	16180433	.	A	C	0	PASS	DP=51;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:3,2:2,1:1,1
chr1	16356168	.	C	CT	0	PASS	DP=33;GPV=1;SPV=0.035315;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:15,8:11,2:4,6
chr1	16408869	.	CAAA	C	0	PASS	DP=32;GPV=1;SPV=0.010143;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:17:8,8:7,7:1,1
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chr1	16509719	.	C	A	0	PASS	DP=130;GPV=1;SPV=0.039535;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:76:59,17:32,8:27,9
chr1	16512994	.	A	G	0	PASS	DP=119;GPV=1;SPV=0.0097219;SS=2;SSC=20;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:63:46,17:19,8:27,9
chr1	16513547	.	G	A	0	PASS	DP=216;GPV=1;SPV=0.044761;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:130:114,16:61,7:53,9
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chr1	16601216	.	C	A	0	PASS	DP=226;GPV=1;SPV=0.018555;SS=2;SSC=17;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:129:103,26:39,14:64,12
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chr1	16934842	.	C	T	0	PASS	DP=62;GPV=1;SPV=0.34103;SS=2;SSC=4;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:39:17,4:9,3:8,1
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chr1	18273462	.	C	CTCTT	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:21:9,6:2,5:7,1
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chr1	20668564	.	C	A	0	PASS	DP=78;GPV=1;SPV=5.9655e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:23,14:9,8:14,6
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chr1	22069170	.	CTTTT	C	0	PASS	DP=27;GPV=1;SPV=0.0081269;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:11:4,5:2,2:2,3
chr1	23142700	.	T	C	0	PASS	DP=33;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:17:1,2:0,1:1,1
chr1	23992096	.	T	TTTC	0	PASS	DP=40;GPV=1;SPV=0.0016669;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:14,13:5,7:9,6
chr1	24017891	.	T	G	0	PASS	DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:12:8,4:3,3:5,1
chr1	24196544	.	A	C	0	PASS	DP=33;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:19:0,2:0,2:0,0
chr1	24553122	.	T	C	0	PASS	DP=50;GPV=1;SPV=0.021038;SS=2;SSC=16;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:16,4:9,2:7,2
chr1	27489252	.	G	A	0	PASS	DP=27;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:16:6,5:2,4:4,1
chr1	27666312	.	A	AAT	0	PASS	DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:8:6,2:6,2:0,0
chr1	28658736	.	G	A	0	PASS	DP=51;GPV=1;SPV=0.022713;SS=2;SSC=16;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:31:24,7:13,5:11,2
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chr1	31251996	.	C	T	0	PASS	DP=44;GPV=1;SPV=0.090497;SS=2;SSC=10;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:28:23,5:3,4:20,1
chr1	31552470	.	G	A	0	PASS	DP=74;GPV=1;SPV=0.00017822;SS=2;SSC=37;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:39:27,12:19,10:8,2
chr1	32093399	.	CT	C	0	PASS	DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:9:5,4:1,2:4,2
chr1	32753269	.	G	C	0	PASS	DP=41;GPV=1;SPV=0.0057147;SS=2;SSC=22;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:13,16:11,11:2,5
chr1	32976485	.	A	AACACACACAC	0	PASS	DP=37;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:16:8,5:6,2:2,3
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