Mercurial > repos > artbio > mutational_patterns

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##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)">
##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value">
##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls">
##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls">
##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand">
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#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	TUMOR
chr1	38775	.	C	A	0	PASS	DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:8:6,2:6,2:0,0
chr1	52058	.	G	C	0	PASS	DP=89;GPV=1;SPV=0.041853;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:47:40,7:18,4:22,3
chr1	93819	.	C	T	0	PASS	DP=57;GPV=1;SPV=0.076076;SS=2;SSC=11;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:38:32,6:23,1:9,5
chr1	136733	.	G	T	0	PASS	DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:14:10,4:4,2:6,2
chr1	136764	.	A	C	0	PASS	DP=30;GPV=1;SPV=0.32759;SS=2;SSC=4;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:21:18,3:9,2:9,1
chr1	181917	.	G	T	0	PASS	DP=123;GPV=1;SPV=0.0094908;SS=2;SSC=20;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:75:55,20:34,8:21,12
chr1	188252	.	G	T	0	PASS	DP=72;GPV=1;SPV=0.067805;SS=2;SSC=11;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:50:43,7:22,2:21,5
chr1	610844	.	G	A	0	PASS	DP=132;GPV=1;SPV=9.8076e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:61:40,21:18,11:22,10
chr1	692574	.	T	C	0	PASS	DP=158;GPV=1;SPV=0.024095;SS=2;SSC=16;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:94:84,10:49,1:35,9
chr1	872970	.	C	T	0	PASS	DP=47;GPV=1;SPV=0.17641;SS=2;SSC=7;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:31:27,4:17,1:10,3
chr1	2675066	.	G	A	0	PASS	DP=183;GPV=1;SPV=0.014863;SS=2;SSC=18;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:94:79,14:63,12:16,2
chr1	3287407	.	G	A	0	PASS	DP=38;GPV=1;SPV=0.20253;SS=2;SSC=6;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:26:22,4:9,2:13,2
chr1	3908420	.	GTCTCTCTCTC	G	0	PASS	DP=29;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:17:9,5:6,4:3,1
chr1	4751034	.	G	A	0	PASS	DP=77;GPV=1;SPV=1.0893e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:52:25,27:14,18:11,9
chr1	6421408	.	C	T	0	PASS	DP=74;GPV=1;SPV=0.00012338;SS=2;SSC=39;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:38:26,12:14,6:12,6
chr1	6929498	.	G	A	0	PASS	DP=85;GPV=1;SPV=3.5271e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:41:26,15:15,8:11,7
chr1	6963302	.	C	T	0	PASS	DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:17:13,4:2,3:11,1
chr1	8366915	.	AC	A	0	PASS	DP=50;GPV=1;SPV=0.015626;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:22,7:15,2:7,5
chr1	8490999	.	C	T	0	PASS	DP=92;GPV=1;SPV=1.6895e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:51:29,22:14,12:15,10
chr1	9131231	.	T	A	0	PASS	DP=58;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:7,2:7,1:0,1
chr1	9845814	.	CAA	C	0	PASS	DP=36;GPV=1;SPV=0.00090577;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:8,12:6,10:2,2
chr1	10332501	.	ATT	A	0	PASS	DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:17:11,6:6,1:5,5
chr1	11041404	.	G	GTGGATGGA	0	PASS	DP=21;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:13:7,5:5,4:2,1
chr1	11771031	.	ATG	A	0	PASS	DP=29;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:18:8,5:3,3:5,2
chr1	12285929	.	CTTCCT	C	0	PASS	DP=37;GPV=1;SPV=0.035568;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:15,5:7,3:8,2
chr1	12809352	.	C	CAAAA	0	PASS	DP=59;GPV=1;SPV=0.041843;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:23,11:12,9:11,2
chr1	12867528	.	TTTCTTTC	T	0	PASS	DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:15:8,7:2,1:6,6
chr1	12877779	.	A	G	0	PASS	DP=33;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:19,4:11,3:8,1
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chr1	13391530	.	C	T	0	PASS	DP=82;GPV=1;SPV=2.9796e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:35:24,11:13,3:11,8
chr1	14497335	.	TAAA	T	0	PASS	DP=41;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:21:8,8:5,7:3,1
chr1	15448170	.	C	CT	0	PASS	DP=35;GPV=1;SPV=0.059571;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:26:17,9:7,6:10,3
chr1	16513214	.	C	G	0	PASS	DP=162;GPV=1;SPV=0.022218;SS=2;SSC=16;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:85:73,12:49,6:24,6
chr1	16533137	.	A	G	0	PASS	DP=125;GPV=1;SPV=0.012934;SS=2;SSC=18;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:70:60,10:30,4:30,6
chr1	16534573	.	C	T	0	PASS	DP=150;GPV=1;SPV=0.021029;SS=2;SSC=16;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:72:56,16:21,3:35,13
chr1	16572153	.	G	A	0	PASS	DP=181;GPV=1;SPV=0.018439;SS=2;SSC=17;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:105:88,17:53,8:35,9
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chr1	16674332	.	G	A	0	PASS	DP=86;GPV=1;SPV=0.043448;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:49:39,10:26,3:13,7
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chr1	19874142	.	C	CCACCACCACCATCACCACCACCACCAT	0	PASS	DP=55;GPV=1;SPV=0.16794;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:34:26,4:12,3:14,1
chr1	19965980	.	CTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	C	0	PASS	DP=26;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:15:10,5:7,2:3,3
chr1	20475026	.	G	A	0	PASS	DP=100;GPV=1;SPV=1.4245e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:49:30,19:12,9:18,10
chr1	20559688	.	GGTGTGT	G	0	PASS	DP=29;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:17:8,5:7,3:1,2
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chr1	21435430	.	G	C	0	PASS	DP=80;GPV=1;SPV=4.1499e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:43:26,17:15,10:11,7
chr1	21576218	.	T	TGATG	0	PASS	DP=52;GPV=1;SPV=0.010902;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:22,8:10,5:12,3
chr1	21576287	.	G	A	0	PASS	DP=57;GPV=1;SPV=0.034034;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:30:25,5:18,4:7,1
chr1	22898118	.	C	CA	0	PASS	DP=45;GPV=1;SPV=0.041509;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:33:17,13:10,10:7,3
chr1	23837636	.	A	G	0	PASS	DP=31;GPV=1;SPV=0.1371;SS=2;SSC=8;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:17,6:12,3:5,3
chr1	26109124	.	G	GT	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.0058313;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:16,9:6,7:10,2
chr1	27204812	.	G	GTTT	0	PASS	DP=30;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:18:13,4:8,2:5,2
chr1	27680860	.	T	C	0	PASS	DP=31;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:17:7,2:3,1:4,1
chr1	27899512	.	AG	A	0	PASS	DP=49;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:28:24,4:15,1:9,3
chr1	28847055	.	G	GTCCCCTTTCCTT	0	PASS	DP=49;GPV=1;SPV=0.010106;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:22:11,8:5,4:6,4
chr1	29307749	.	CT	C	0	PASS	DP=31;GPV=1;SPV=0.091248;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:15,5:7,2:8,3
chr1	29503981	.	G	A	0	PASS	DP=86;GPV=1;SPV=3.8811e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:48:27,21:15,11:12,10
chr1	30465017	.	G	A	0	PASS	DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:12:8,4:5,3:3,1
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