comparison test-data/X_100000_Hum1.bam_Inversions.txt @ 1:078c6ab38858 draft default tip

planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/pindel commit 90fe127eb55d6ec4f99a37f7049527b6898e66a4
author artbio
date Tue, 13 Feb 2024 10:53:40 +0000
parents decc6b5631dc
children
comparison
equal deleted inserted replaced
0:decc6b5631dc 1:078c6ab38858
1 #################################################################################################### 1 ####################################################################################################
2 0 INV 63 NT 0:0 "":"" ChrID X BP 67129 67193 BP_range 67129 67193 Supports 2 1 + 2 1 - 0 0 S1 3 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 29 32 2 1 0 0 2 0 INV 8723 NT 0:0 "":"" ChrID X BP 51132 59854 BP_range 51132 59854 Supports 4 2 + 0 0 - 4 2 S1 5 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 18 12 0 0 4 2
3 CCCCCCCCGCCGGCCCTCGCCTGCAGCATCAATGCCTCTGCTCGCAGCGCAGCGGCGCCACCCGGGATCGCCCCCCTACCCCCTCATAATACAGATGCAGAGCTGCCTCCATGGAAAATCGTGCCcacgattttccatggaggcagctctgcatctgtattatgagggggtaggggggcgatcccgggtggcgccgctgcgctgcgagcagaggcattgatgctgcaggcgagggccggcggggggggtc
4 ----------------------------------------------------------------------------------------------------
5 ccccgtttccttctatagccctagtagtatagctggagactcctgctgtgtagttcagcttttccagtagaggtacaatttcctttacatcattgacgagtataggaggtgctctacggctctggCCCCAGAGCCGTAGAGCACCTCCTATACTCGTCAATGATGTAAAGGAAATTGTACCTCTACTGGAAAAGCTGAACTACACAGCAGGAGTCTCCAGCTATACTACTAGGGCTATAGAAGGAAACGG
6 ACGGCTCTGGGCCCAGAGCCGTAGAGCACCTCCTATACTCGTCAACGATGTAAAGGAAATTGTACCTCTACTGGAAAAGCTGAACTACACAGCAGGAGTCTCCAGCTATACTACTAGGGCTATAG - 59992 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-13737715/2
7 ACGGCTCTGGGCCCAGAGCCGTAGAGCACCTCCTATACTCGTCAACGATGTAAAGGAAATTGTACCTCTACTGGAAAAGCTGAACTACACAGCAGGAGTCTCCAGCTATACTACTAGGGCTATAG - 59992 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-24777041/2
8 CTATAGCCCTAGTAGTATAGCTGGAGACTCCTGCTGTGTAGTTCAGCTTTTCCAGTAGAGGTACAATTTCCTTTACATCGTTGACGAGTATAGGAGGTGCTCTACGGCTCTGGGCCCAGAGCCGT - 51269 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-5955461/1
9 CTATAGCCCTAGTAGTATAGCTGGAGACTCCTGCTGTGTAGTTCAGCTTTTCCAGTAGAGGTACAATTTCCTTTACATCGTTGACGAGTATAGGAGGTGCTCTACGGCTCTGGGCCCAGAGCCGT - 51269 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-25983170/2
10 ####################################################################################################
11 1 INV 63 NT 0:0 "":"" ChrID X BP 67129 67193 BP_range 67129 67193 Supports 2 1 + 2 1 - 0 0 S1 3 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 29 32 2 1 0 0
3 CACACTAAAGCAGCTACACACACTTACACCGACGCTTCTCAAGAAGAGAATATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACGGATGCAGAACTTAAAAGCGCCAAAACgagctgaggttaatgctgccatcactgtgtgagagggaggggaagatttccaaagcttcgctcgttttggcgcttttaagttctgcatccgtatgagtgggtgcagctgcgttagtgcatgtcgc 12 CACACTAAAGCAGCTACACACACTTACACCGACGCTTCTCAAGAAGAGAATATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACGGATGCAGAACTTAAAAGCGCCAAAACgagctgaggttaatgctgccatcactgtgtgagagggaggggaagatttccaaagcttcgctcgttttggcgcttttaagttctgcatccgtatgagtgggtgcagctgcgttagtgcatgtcgc
4 ATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACAGATGCAGAACTTAAAGGCGCCAAAACGAGCTAAGCTT + 67055 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-42297995/2 13 ATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACAGATGCAGAACTTAAAGGCGCCAAAACGAGCTAAGCTT + 67055 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-42297995/2
5 ATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACAGATGCAGAACTTAAAGGCGCCAAAACGAGCTAAGCTT + 67055 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-42297995/2 14 ATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACAGATGCAGAACTTAAAGGCGCCAAAACGAGCTAAGCTT + 67055 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-42297995/2
6 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 15 ----------------------------------------------------------------------------------------------------
7 tgtttgtgttagtgtgtgcatgagaaagaggggaaatagtattgcgtccaattttggtggaagagctgaggttaatgctgccatcactgtgtgagagggaggggaagatttccaaagcttcgctcTTCCACCAAAATTGGACGCAATACTATTTCCCCTCTTTCTCATGCACACACTAACACAAACAAGGCCACAAACTCAAGCACAGAAAGGCGCTCAAAATGTCCCGCGCTTATTATTACAGACGCAA 16 tgtttgtgttagtgtgtgcatgagaaagaggggaaatagtattgcgtccaattttggtggaagagctgaggttaatgctgccatcactgtgtgagagggaggggaagatttccaaagcttcgctcTTCCACCAAAATTGGACGCAATACTATTTCCCCTCTTTCTCATGCACACACTAACACAAACAAGGCCACAAACTCAAGCACAGAAAGGCGCTCAAAATGTCCCGCGCTTATTATTACAGACGCAA
8 #################################################################################################### 17 ####################################################################################################
9 1 INV 87 NT 16:0 "GCTTTTTTTTGCTGGT":"" ChrID X BP 5407 5495 BP_range 5407 5495 Supports 4 1 + 4 1 - 0 0 S1 5 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 1 4 1 0 0 18 2 INV 87 NT 16:0 "GCTTTTTTTTGCTGGT":"" ChrID X BP 5407 5495 BP_range 5407 5495 Supports 4 1 + 4 1 - 0 0 S1 5 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 1 4 1 0 0
10 CCAGCCAGAATGCCAAAATTACTCACCTGCAATGTTTCCTGAGGCCTCCAGCGACTCGGTGCTTCCGTCCTTCCGACGGGGGTACCTGAAAAGAATAAATCAATAACAATGTTAGTTTTAAATTT ttttgacagtaattaggacaggtaacattatcatattgtatggtatgtttacaatttacaattgaaatgattttatagaaaacattgaaatttaaaactaacattgttattgatttattcttttc 19 CCAGCCAGAATGCCAAAATTACTCACCTGCAATGTTTCCTGAGGCCTCCAGCGACTCGGTGCTTCCGTCCTTCCGACGGGGGTACCTGAAAAGAATAAATCAATAACAATGTTAGTTTTAAATTT ttttgacagtaattaggacaggtaacattatcatattgtatggtatgtttacaatttacaattgaaatgattttatagaaaacattgaaatttaaaactaacattgttattgatttattcttttc
11 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35741779/1 20 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35741779/1
12 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-40771345/2 21 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-40771345/2
13 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-40771345/2 22 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-40771345/2
14 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35741779/1 23 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35741779/1
15 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 24 ----------------------------------------------------------------------------------------------------
16 aataatgtaaaagtagttagtattttgtagacttaggcttttgacagtaattaggacaggtaacattatcatattgtatggtatgtttacaatttacaattgaaatgattttatagaaaacattgGCCTAAGTCTACAAAATACTAACTACTTTTACATTATTACTAACTATGTCCAACCCCCAAACTCACCACATGTAATGTTACATTCAAAAATGCAAATTATTGTACCTATATATTACAAACTCTGT 25 aataatgtaaaagtagttagtattttgtagacttaggcttttgacagtaattaggacaggtaacattatcatattgtatggtatgtttacaatttacaattgaaatgattttatagaaaacattgGCCTAAGTCTACAAAATACTAACTACTTTTACATTATTACTAACTATGTCCAACCCCCAAACTCACCACATGTAATGTTACATTCAAAAATGCAAATTATTGTACCTATATATTACAAACTCTGT
17 #################################################################################################### 26 ####################################################################################################
18 2 INV 98 NT 7:0 "CCTATAT":"" ChrID X BP 39131 39230 BP_range 39131 39230 Supports 1 1 + 1 1 - 0 0 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 1 2 1 1 0 0 27 3 INV 98 NT 7:0 "CCTATAT":"" ChrID X BP 39131 39230 BP_range 39131 39230 Supports 1 1 + 1 1 - 0 0 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 1 2 1 1 0 0
19 GGAGGATGGGCATCGGTTTTATCCATCTCATCGGACGATGGTAACTGCTCATCCTCGCCGCCATCAGCTATAGTCTCATCGCTGGATACCACGCCAACGTCAAATGAAACCACCATAGTAAGAAG caaataaagggtctggcaatatggtatttttattttcatttaatacaatattttcaaaatcgtaagatttcatgtcggcatttgtttgatataggcttcttcttactatggtggtttcatttgac 28 GGAGGATGGGCATCGGTTTTATCCATCTCATCGGACGATGGTAACTGCTCATCCTCGCCGCCATCAGCTATAGTCTCATCGCTGGATACCACGCCAACGTCAAATGAAACCACCATAGTAAGAAG caaataaagggtctggcaatatggtatttttattttcatttaatacaatattttcaaaatcgtaagatttcatgtcggcatttgtttgatataggcttcttcttactatggtggtttcatttgac
20 TTATCCATCTCATCGGACGATGGTAACTGCTCATCCTCGCCGCCATCAGCTATAGTCTCATCGCTGGATACCACGCCAACGTCAAATGAAACCACCATAGTAAGAAGCCTATATCAAACAAATGG + 39024 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-19317189/2 29 TTATCCATCTCATCGGACGATGGTAACTGCTCATCCTCGCCGCCATCAGCTATAGTCTCATCGCTGGATACCACGCCAACGTCAAATGAAACCACCATAGTAAGAAGCCTATATCAAACAAATGG + 39024 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-19317189/2
21 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 30 ----------------------------------------------------------------------------------------------------
22 tattagcagtactcccgcatttatcaacaaataaagggtctggcaatatggtatttttattttcatttaatacaatattttcaaaatcgtaagatttcatgtcggcatttgtttgatataggcttTTGATAAATGCGGGAGTACTGCTAATACCACAGAAGCCAATGAAAAACAGCCTGCCGATAGCCCCTTCCCCATTTCCATAAGCAAAAATTTTAGCACTTCCTCGCCACTAACACATGTAGACACG 31 tattagcagtactcccgcatttatcaacaaataaagggtctggcaatatggtatttttattttcatttaatacaatattttcaaaatcgtaagatttcatgtcggcatttgtttgatataggcttTTGATAAATGCGGGAGTACTGCTAATACCACAGAAGCCAATGAAAAACAGCCTGCCGATAGCCCCTTCCCCATTTCCATAAGCAAAAATTTTAGCACTTCCTCGCCACTAACACATGTAGACACG
23 #################################################################################################### 32 ####################################################################################################
24 3 INV 95 NT 39:0 "ACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAA":"" ChrID X BP 73286 73382 BP_range 73286 73382 Supports 2 1 + 2 1 - 0 0 S1 3 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 28 49 2 1 0 0 33 4 INV 95 NT 39:0 "ACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAA":"" ChrID X BP 73286 73382 BP_range 73286 73382 Supports 2 1 + 2 1 - 0 0 S1 3 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 28 49 2 1 0 0
25 TCAATAACATAAAATCCGCAGCCAATGAAGCCACCCCACCTAATCGCCCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTAAAAGGTTACTT tctttagacagtctattttgcacgttcttaaaccatcttcgggcttcgtcagttcctactgctctaaagattcgatttagctcctttttctcctcaagtaaccttttagttgcttcatctagcct 34 TCAATAACATAAAATCCGCAGCCAATGAAGCCACCCCACCTAATCGCCCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTAAAAGGTTACTT tctttagacagtctattttgcacgttcttaaaccatcttcgggcttcgtcagttcctactgctctaaagattcgatttagctcctttttctcctcaagtaaccttttagttgcttcatctagcct
26 CCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAATCTTTAGA + 73208 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-2406974/1 35 CCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAATCTTTAGA + 73208 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-2406974/1
27 CCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAATCTTTAGA + 73208 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-2406974/1 36 CCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAATCTTTAGA + 73208 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-2406974/1
28 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 37 ----------------------------------------------------------------------------------------------------
29 ttgagtagtttttgtttgagctttctgatttctttagacagtctattttgcacgttcttaaaccatcttcgggcttcgtcagttcctactgctctaaagattcgatttagctcctttttctcctcAATCAGAAAGCTCAAACAAAAACTACTCAACCGCAACCTACAAGATATTGACACTACGGACCGATATAGAATGCAAAAACTATGGAAAACCACAAATACAATTAAAATGCAACCTCGACCCTGCT 38 ttgagtagtttttgtttgagctttctgatttctttagacagtctattttgcacgttcttaaaccatcttcgggcttcgtcagttcctactgctctaaagattcgatttagctcctttttctcctcAATCAGAAAGCTCAAACAAAAACTACTCAACCGCAACCTACAAGATATTGACACTACGGACCGATATAGAATGCAAAAACTATGGAAAACCACAAATACAATTAAAATGCAACCTCGACCCTGCT
30 #################################################################################################### 39 ####################################################################################################
31 4 INV 85 NT 0:33 "":"ATATATTCTACATACGTACATCCCTTCGTCCTT" ChrID X BP 97985 98071 BP_range 97985 98071 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 16 10 0 0 1 1 40 5 INV 85 NT 0:33 "":"ATATATTCTACATACGTACATCCCTTCGTCCTT" ChrID X BP 97985 98071 BP_range 97985 98071 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 15 10 0 0 1 1
32 CGATCTGGATTGCTCAAATTTTAAGACGCCCAATAAAAAATTATGCGCGACATCCAATTTTGTAACTCCCTGCATTTTTCCCCCGCTCATCACACCAGTTTTCAAAAGCAAGGCAGCTCAATCTGgccgctgcgctgcaagcagagacattgatgctacagggtaacggctggcgggtgggtccgtttctggcttttgattcctcataaacagattgagctgccttgcttttgaaaactggtgtgatgag 41 CGATCTGGATTGCTCAAATTTTAAGACGCCCAATAAAAAATTATGCGCGACATCCAATTTTGTAACTCCCTGCATTTTTCCCCCGCTCATCACACCAGTTTTCAAAAGCAAGGCAGCTCAATCTGgccgctgcgctgcaagcagagacattgatgctacagggtaacggctggcgggtgggtccgtttctggcttttgattcctcataaacagattgagctgccttgcttttgaaaactggtgtgatgag
33 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 42 ----------------------------------------------------------------------------------------------------
34 atctgtattttgagggggtaggggggcgataacgggtggcgccgctgcgctgcaagcagagacattgatgctacagggtaacggctggcgggtgggtccgtttctggcttttgattcctcataaa GCCACCCGTTATCGCCCCCCTACCCCCTCAAAATACAGATGCACAGCTGCCTCCATGGAAAATCGTGCCCCAGAGCCGTAGAGCACCCCCTATACTCGTCAATGATGTGAAGGAAATTGTCCCTC 43 atctgtattttgagggggtaggggggcgataacgggtggcgccgctgcgctgcaagcagagacattgatgctacagggtaacggctggcgggtgggtccgtttctggcttttgattcctcataaa GCCACCCGTTATCGCCCCCCTACCCCCTCAAAATACAGATGCACAGCTGCCTCCATGGAAAATCGTGCCCCAGAGCCGTAGAGCACCCCCTATACTCGTCAATGATGTGAAGGAAATTGTCCCTC
35 CCACATAAAATATATTCTACATACGTACATCCCTTCGTCCTTGCCACCCGTTATCGCCCCCCTACCCCCTCAAAATACAGATGCACAGCTGCCTCCATGGAAAATCGTGCCCCAGAGCCGTAGAG - 98195 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-22154325/1 44 CCACATAAAATATATTCTACATACGTACATCCCTTCGTCCTTGCCACCCGTTATCGCCCCCCTACCCCCTCAAAATACAGATGCACAGCTGCCTCCATGGAAAATCGTGCCCCAGAGCCGTAGAG - 98195 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-22154325/1