Mercurial > repos > artbio > pindel
comparison test-data/X_100000_Hum1.bam_Inversions.txt @ 1:078c6ab38858 draft default tip
planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/pindel commit 90fe127eb55d6ec4f99a37f7049527b6898e66a4
author | artbio |
---|---|
date | Tue, 13 Feb 2024 10:53:40 +0000 |
parents | decc6b5631dc |
children |
comparison
equal
deleted
inserted
replaced
0:decc6b5631dc | 1:078c6ab38858 |
---|---|
1 #################################################################################################### | 1 #################################################################################################### |
2 0 INV 63 NT 0:0 "":"" ChrID X BP 67129 67193 BP_range 67129 67193 Supports 2 1 + 2 1 - 0 0 S1 3 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 29 32 2 1 0 0 | 2 0 INV 8723 NT 0:0 "":"" ChrID X BP 51132 59854 BP_range 51132 59854 Supports 4 2 + 0 0 - 4 2 S1 5 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 18 12 0 0 4 2 |
3 CCCCCCCCGCCGGCCCTCGCCTGCAGCATCAATGCCTCTGCTCGCAGCGCAGCGGCGCCACCCGGGATCGCCCCCCTACCCCCTCATAATACAGATGCAGAGCTGCCTCCATGGAAAATCGTGCCcacgattttccatggaggcagctctgcatctgtattatgagggggtaggggggcgatcccgggtggcgccgctgcgctgcgagcagaggcattgatgctgcaggcgagggccggcggggggggtc | |
4 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
5 ccccgtttccttctatagccctagtagtatagctggagactcctgctgtgtagttcagcttttccagtagaggtacaatttcctttacatcattgacgagtataggaggtgctctacggctctggCCCCAGAGCCGTAGAGCACCTCCTATACTCGTCAATGATGTAAAGGAAATTGTACCTCTACTGGAAAAGCTGAACTACACAGCAGGAGTCTCCAGCTATACTACTAGGGCTATAGAAGGAAACGG | |
6 ACGGCTCTGGGCCCAGAGCCGTAGAGCACCTCCTATACTCGTCAACGATGTAAAGGAAATTGTACCTCTACTGGAAAAGCTGAACTACACAGCAGGAGTCTCCAGCTATACTACTAGGGCTATAG - 59992 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-13737715/2 | |
7 ACGGCTCTGGGCCCAGAGCCGTAGAGCACCTCCTATACTCGTCAACGATGTAAAGGAAATTGTACCTCTACTGGAAAAGCTGAACTACACAGCAGGAGTCTCCAGCTATACTACTAGGGCTATAG - 59992 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-24777041/2 | |
8 CTATAGCCCTAGTAGTATAGCTGGAGACTCCTGCTGTGTAGTTCAGCTTTTCCAGTAGAGGTACAATTTCCTTTACATCGTTGACGAGTATAGGAGGTGCTCTACGGCTCTGGGCCCAGAGCCGT - 51269 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-5955461/1 | |
9 CTATAGCCCTAGTAGTATAGCTGGAGACTCCTGCTGTGTAGTTCAGCTTTTCCAGTAGAGGTACAATTTCCTTTACATCGTTGACGAGTATAGGAGGTGCTCTACGGCTCTGGGCCCAGAGCCGT - 51269 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-25983170/2 | |
10 #################################################################################################### | |
11 1 INV 63 NT 0:0 "":"" ChrID X BP 67129 67193 BP_range 67129 67193 Supports 2 1 + 2 1 - 0 0 S1 3 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 29 32 2 1 0 0 | |
3 CACACTAAAGCAGCTACACACACTTACACCGACGCTTCTCAAGAAGAGAATATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACGGATGCAGAACTTAAAAGCGCCAAAACgagctgaggttaatgctgccatcactgtgtgagagggaggggaagatttccaaagcttcgctcgttttggcgcttttaagttctgcatccgtatgagtgggtgcagctgcgttagtgcatgtcgc | 12 CACACTAAAGCAGCTACACACACTTACACCGACGCTTCTCAAGAAGAGAATATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACGGATGCAGAACTTAAAAGCGCCAAAACgagctgaggttaatgctgccatcactgtgtgagagggaggggaagatttccaaagcttcgctcgttttggcgcttttaagttctgcatccgtatgagtgggtgcagctgcgttagtgcatgtcgc |
4 ATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACAGATGCAGAACTTAAAGGCGCCAAAACGAGCTAAGCTT + 67055 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-42297995/2 | 13 ATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACAGATGCAGAACTTAAAGGCGCCAAAACGAGCTAAGCTT + 67055 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-42297995/2 |
5 ATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACAGATGCAGAACTTAAAGGCGCCAAAACGAGCTAAGCTT + 67055 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-42297995/2 | 14 ATATTCACCTCAGCGACATGCACTAACGCAGCTGCACCCACTCATACAGATGCAGAACTTAAAGGCGCCAAAACGAGCTAAGCTT + 67055 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-42297995/2 |
6 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- | 15 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- |
7 tgtttgtgttagtgtgtgcatgagaaagaggggaaatagtattgcgtccaattttggtggaagagctgaggttaatgctgccatcactgtgtgagagggaggggaagatttccaaagcttcgctcTTCCACCAAAATTGGACGCAATACTATTTCCCCTCTTTCTCATGCACACACTAACACAAACAAGGCCACAAACTCAAGCACAGAAAGGCGCTCAAAATGTCCCGCGCTTATTATTACAGACGCAA | 16 tgtttgtgttagtgtgtgcatgagaaagaggggaaatagtattgcgtccaattttggtggaagagctgaggttaatgctgccatcactgtgtgagagggaggggaagatttccaaagcttcgctcTTCCACCAAAATTGGACGCAATACTATTTCCCCTCTTTCTCATGCACACACTAACACAAACAAGGCCACAAACTCAAGCACAGAAAGGCGCTCAAAATGTCCCGCGCTTATTATTACAGACGCAA |
8 #################################################################################################### | 17 #################################################################################################### |
9 1 INV 87 NT 16:0 "GCTTTTTTTTGCTGGT":"" ChrID X BP 5407 5495 BP_range 5407 5495 Supports 4 1 + 4 1 - 0 0 S1 5 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 1 4 1 0 0 | 18 2 INV 87 NT 16:0 "GCTTTTTTTTGCTGGT":"" ChrID X BP 5407 5495 BP_range 5407 5495 Supports 4 1 + 4 1 - 0 0 S1 5 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 1 4 1 0 0 |
10 CCAGCCAGAATGCCAAAATTACTCACCTGCAATGTTTCCTGAGGCCTCCAGCGACTCGGTGCTTCCGTCCTTCCGACGGGGGTACCTGAAAAGAATAAATCAATAACAATGTTAGTTTTAAATTT ttttgacagtaattaggacaggtaacattatcatattgtatggtatgtttacaatttacaattgaaatgattttatagaaaacattgaaatttaaaactaacattgttattgatttattcttttc | 19 CCAGCCAGAATGCCAAAATTACTCACCTGCAATGTTTCCTGAGGCCTCCAGCGACTCGGTGCTTCCGTCCTTCCGACGGGGGTACCTGAAAAGAATAAATCAATAACAATGTTAGTTTTAAATTT ttttgacagtaattaggacaggtaacattatcatattgtatggtatgtttacaatttacaattgaaatgattttatagaaaacattgaaatttaaaactaacattgttattgatttattcttttc |
11 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35741779/1 | 20 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35741779/1 |
12 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-40771345/2 | 21 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-40771345/2 |
13 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-40771345/2 | 22 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-40771345/2 |
14 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35741779/1 | 23 AGTTTTAAATTTCAATGTTTTCTATAAAATCATTTCAATTGTAAATTGTAAACATACCATACAATATGATAATGTTACCTGTCCTAATTACTGTCAAAAACCAGCAAAAAAAAGCAAAGTTAAAA + 5395 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35741779/1 |
15 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- | 24 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- |
16 aataatgtaaaagtagttagtattttgtagacttaggcttttgacagtaattaggacaggtaacattatcatattgtatggtatgtttacaatttacaattgaaatgattttatagaaaacattgGCCTAAGTCTACAAAATACTAACTACTTTTACATTATTACTAACTATGTCCAACCCCCAAACTCACCACATGTAATGTTACATTCAAAAATGCAAATTATTGTACCTATATATTACAAACTCTGT | 25 aataatgtaaaagtagttagtattttgtagacttaggcttttgacagtaattaggacaggtaacattatcatattgtatggtatgtttacaatttacaattgaaatgattttatagaaaacattgGCCTAAGTCTACAAAATACTAACTACTTTTACATTATTACTAACTATGTCCAACCCCCAAACTCACCACATGTAATGTTACATTCAAAAATGCAAATTATTGTACCTATATATTACAAACTCTGT |
17 #################################################################################################### | 26 #################################################################################################### |
18 2 INV 98 NT 7:0 "CCTATAT":"" ChrID X BP 39131 39230 BP_range 39131 39230 Supports 1 1 + 1 1 - 0 0 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 1 2 1 1 0 0 | 27 3 INV 98 NT 7:0 "CCTATAT":"" ChrID X BP 39131 39230 BP_range 39131 39230 Supports 1 1 + 1 1 - 0 0 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 1 2 1 1 0 0 |
19 GGAGGATGGGCATCGGTTTTATCCATCTCATCGGACGATGGTAACTGCTCATCCTCGCCGCCATCAGCTATAGTCTCATCGCTGGATACCACGCCAACGTCAAATGAAACCACCATAGTAAGAAG caaataaagggtctggcaatatggtatttttattttcatttaatacaatattttcaaaatcgtaagatttcatgtcggcatttgtttgatataggcttcttcttactatggtggtttcatttgac | 28 GGAGGATGGGCATCGGTTTTATCCATCTCATCGGACGATGGTAACTGCTCATCCTCGCCGCCATCAGCTATAGTCTCATCGCTGGATACCACGCCAACGTCAAATGAAACCACCATAGTAAGAAG caaataaagggtctggcaatatggtatttttattttcatttaatacaatattttcaaaatcgtaagatttcatgtcggcatttgtttgatataggcttcttcttactatggtggtttcatttgac |
20 TTATCCATCTCATCGGACGATGGTAACTGCTCATCCTCGCCGCCATCAGCTATAGTCTCATCGCTGGATACCACGCCAACGTCAAATGAAACCACCATAGTAAGAAGCCTATATCAAACAAATGG + 39024 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-19317189/2 | 29 TTATCCATCTCATCGGACGATGGTAACTGCTCATCCTCGCCGCCATCAGCTATAGTCTCATCGCTGGATACCACGCCAACGTCAAATGAAACCACCATAGTAAGAAGCCTATATCAAACAAATGG + 39024 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-19317189/2 |
21 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- | 30 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- |
22 tattagcagtactcccgcatttatcaacaaataaagggtctggcaatatggtatttttattttcatttaatacaatattttcaaaatcgtaagatttcatgtcggcatttgtttgatataggcttTTGATAAATGCGGGAGTACTGCTAATACCACAGAAGCCAATGAAAAACAGCCTGCCGATAGCCCCTTCCCCATTTCCATAAGCAAAAATTTTAGCACTTCCTCGCCACTAACACATGTAGACACG | 31 tattagcagtactcccgcatttatcaacaaataaagggtctggcaatatggtatttttattttcatttaatacaatattttcaaaatcgtaagatttcatgtcggcatttgtttgatataggcttTTGATAAATGCGGGAGTACTGCTAATACCACAGAAGCCAATGAAAAACAGCCTGCCGATAGCCCCTTCCCCATTTCCATAAGCAAAAATTTTAGCACTTCCTCGCCACTAACACATGTAGACACG |
23 #################################################################################################### | 32 #################################################################################################### |
24 3 INV 95 NT 39:0 "ACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAA":"" ChrID X BP 73286 73382 BP_range 73286 73382 Supports 2 1 + 2 1 - 0 0 S1 3 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 28 49 2 1 0 0 | 33 4 INV 95 NT 39:0 "ACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAA":"" ChrID X BP 73286 73382 BP_range 73286 73382 Supports 2 1 + 2 1 - 0 0 S1 3 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 28 49 2 1 0 0 |
25 TCAATAACATAAAATCCGCAGCCAATGAAGCCACCCCACCTAATCGCCCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTAAAAGGTTACTT tctttagacagtctattttgcacgttcttaaaccatcttcgggcttcgtcagttcctactgctctaaagattcgatttagctcctttttctcctcaagtaaccttttagttgcttcatctagcct | 34 TCAATAACATAAAATCCGCAGCCAATGAAGCCACCCCACCTAATCGCCCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTAAAAGGTTACTT tctttagacagtctattttgcacgttcttaaaccatcttcgggcttcgtcagttcctactgctctaaagattcgatttagctcctttttctcctcaagtaaccttttagttgcttcatctagcct |
26 CCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAATCTTTAGA + 73208 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-2406974/1 | 35 CCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAATCTTTAGA + 73208 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-2406974/1 |
27 CCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAATCTTTAGA + 73208 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-2406974/1 | 36 CCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAATCTTTAGA + 73208 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-2406974/1 |
28 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- | 37 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- |
29 ttgagtagtttttgtttgagctttctgatttctttagacagtctattttgcacgttcttaaaccatcttcgggcttcgtcagttcctactgctctaaagattcgatttagctcctttttctcctcAATCAGAAAGCTCAAACAAAAACTACTCAACCGCAACCTACAAGATATTGACACTACGGACCGATATAGAATGCAAAAACTATGGAAAACCACAAATACAATTAAAATGCAACCTCGACCCTGCT | 38 ttgagtagtttttgtttgagctttctgatttctttagacagtctattttgcacgttcttaaaccatcttcgggcttcgtcagttcctactgctctaaagattcgatttagctcctttttctcctcAATCAGAAAGCTCAAACAAAAACTACTCAACCGCAACCTACAAGATATTGACACTACGGACCGATATAGAATGCAAAAACTATGGAAAACCACAAATACAATTAAAATGCAACCTCGACCCTGCT |
30 #################################################################################################### | 39 #################################################################################################### |
31 4 INV 85 NT 0:33 "":"ATATATTCTACATACGTACATCCCTTCGTCCTT" ChrID X BP 97985 98071 BP_range 97985 98071 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 16 10 0 0 1 1 | 40 5 INV 85 NT 0:33 "":"ATATATTCTACATACGTACATCCCTTCGTCCTT" ChrID X BP 97985 98071 BP_range 97985 98071 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 15 10 0 0 1 1 |
32 CGATCTGGATTGCTCAAATTTTAAGACGCCCAATAAAAAATTATGCGCGACATCCAATTTTGTAACTCCCTGCATTTTTCCCCCGCTCATCACACCAGTTTTCAAAAGCAAGGCAGCTCAATCTGgccgctgcgctgcaagcagagacattgatgctacagggtaacggctggcgggtgggtccgtttctggcttttgattcctcataaacagattgagctgccttgcttttgaaaactggtgtgatgag | 41 CGATCTGGATTGCTCAAATTTTAAGACGCCCAATAAAAAATTATGCGCGACATCCAATTTTGTAACTCCCTGCATTTTTCCCCCGCTCATCACACCAGTTTTCAAAAGCAAGGCAGCTCAATCTGgccgctgcgctgcaagcagagacattgatgctacagggtaacggctggcgggtgggtccgtttctggcttttgattcctcataaacagattgagctgccttgcttttgaaaactggtgtgatgag |
33 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- | 42 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- |
34 atctgtattttgagggggtaggggggcgataacgggtggcgccgctgcgctgcaagcagagacattgatgctacagggtaacggctggcgggtgggtccgtttctggcttttgattcctcataaa GCCACCCGTTATCGCCCCCCTACCCCCTCAAAATACAGATGCACAGCTGCCTCCATGGAAAATCGTGCCCCAGAGCCGTAGAGCACCCCCTATACTCGTCAATGATGTGAAGGAAATTGTCCCTC | 43 atctgtattttgagggggtaggggggcgataacgggtggcgccgctgcgctgcaagcagagacattgatgctacagggtaacggctggcgggtgggtccgtttctggcttttgattcctcataaa GCCACCCGTTATCGCCCCCCTACCCCCTCAAAATACAGATGCACAGCTGCCTCCATGGAAAATCGTGCCCCAGAGCCGTAGAGCACCCCCTATACTCGTCAATGATGTGAAGGAAATTGTCCCTC |
35 CCACATAAAATATATTCTACATACGTACATCCCTTCGTCCTTGCCACCCGTTATCGCCCCCCTACCCCCTCAAAATACAGATGCACAGCTGCCTCCATGGAAAATCGTGCCCCAGAGCCGTAGAG - 98195 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-22154325/1 | 44 CCACATAAAATATATTCTACATACGTACATCCCTTCGTCCTTGCCACCCGTTATCGCCCCCCTACCCCCTCAAAATACAGATGCACAGCTGCCTCCATGGAAAATCGTGCCCCAGAGCCGTAGAG - 98195 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-22154325/1 |