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planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/pindel commit 90fe127eb55d6ec4f99a37f7049527b6898e66a4
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1 1 S1 4 SUM_MS 120 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 87 87 1 1 1 1 +33 D 1 NT 0 "" ChrID X BP 61453 61455 BP_range 61453 61460 Supports 2 2 + 1 1 - 1 1 S1 4 SUM_MS 120 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 82 82 1 1 1 1 GGAGCCTAATTTATTGGAAAAATAAATCAATTATATGTTGGCACAAAAATGTAAACACACACTCACCTAAACGCACCCGGACGAACAAGCCTATGACAACGCACTCCAGCTGATCTGTAAGAAACaAAAAATATGAATAGATAGATCGATATGAAAAGGATAAGTGCGGCAGAAACATGATGAGCAAAAGGCGACTCGCTGCAGCAACTTATGCACAACGTCACTTACCTGAAATTTCTTGCCGTACGAT CACAAAAATGTAAACACACACTCACCTAAACGCACCCGGACGAACAAGCCTATGACAACGCACTCCAGCTGATCTGTAAGAAAC AAAAATATGAATAGATAGATCGATATGAAAAGGATAAG + 61347 60 X_100000_Hum1.bam @HWI-22871936/2 AAATAAATCAATTATATGTTGGCACAAAAATGTAAACACACACTCACCTAAACGCACCCGGACGAACAAGCCTATGACAACGCACTCCAGCTGATCTGTAAGAAAC AAAAATATGAATAGATAGA - 61490 60 X_100000_Hum1.bam @HWI-22871936/1 #################################################################################################### -34 D 1 NT 0 "" ChrID X BP 61688 61690 BP_range 61688 61690 Supports 1 1 + 1 1 - 0 0 S1 2 SUM_MS 60 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 100 100 1 1 0 0 +34 D 1 NT 0 "" ChrID X BP 61688 61690 BP_range 61688 61690 Supports 1 1 + 1 1 - 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1 1 S1 6 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 35 35 2 2 1 1 +36 D 1 NT 0 "" ChrID X BP 62833 62835 BP_range 62833 62845 Supports 3 3 + 2 2 - 1 1 S1 6 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 3 3 2 2 1 1 CAATTAATTACAAAATGTACCTGAAAAACATAAAATTAACGCAACCATAATTAACGCAATTAATAAATCAAATAAATACAAGTATAATACTTACCTCCAAGCAAACGTACCTGAAAAACAAAACCaAAAAAAAAAATTAATGCAATAAATAAATCAAATAAATACAAACATAATACTTACCTCCAATTTACCTCCCAGCCAATGTACCTGAAAAACATAATCTAATACAATCTCAAAAACAAATAACAAA AAACGTACCTGAAAAACAAAACC AAAAAAAAAATTAATGCAATAAATAAATCAAATAAATACAAACATAATACTTACCTCCAATTTACCTCCCAGCCAATGTACCT + 62697 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-44395624/2 TACCTCCAAGCAAACGTACCTGAAAAACAAAACC AAAAAAAAAATTAATGCAATAAATAAATCAAATAAATACAAACATAATACTTACCTCCAATTTACCTCCCAGCCAATGTACCT + 62697 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-5928132/1 CATAAAATTAACGCAACCATAATTAACGCAATTAATAAATCAAATAAATACAAGTATAATACTTACCTCCAAGCAAACGTACCTGAAAAACAAAACC AAAAAAAAAATTAATGCAATAAATAAAT - 62993 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-5781178/2 #################################################################################################### -37 D 2 NT 0 "" ChrID X BP 62833 62836 BP_range 62833 62845 Supports 40 40 + 25 25 - 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0 0 S1 7 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 72 72 6 6 0 0 +40 D 1 NT 0 "" ChrID X BP 76327 76329 BP_range 76327 76329 Supports 6 6 + 6 6 - 0 0 S1 7 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 65 65 6 6 0 0 TTCGACGAGCGCCTACAGCGAATTGCCGCTAAAACCTAAAAACAAAAAATTTATTAACAAATGAAATACAAATATACAAAATTCAAATAAAACAAAGCACTTACCTCACTGACCGCATCCAACTGcACGCAACACATCCATATCCAACATAACAGACAAGAGGAGACGGGCCCTCAAACGTAAAACAATATCGCCAACTTTGCGCTTACAAACACAAAAAAATTTACAATTTTATGATGCCGTCTCCTCT ATAAAACAAAGCACTTACCTCACTGACCGCATCCAACTG ACGCAACACATCCATATCCA + 76190 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35097117/1 ATAAAACAAAGCACTTACCTCACTGACCGCATCCAACTG ACGCAACACATCCATATCCA + 76190 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-32493598/1 @@ -348,7 +348,7 @@ ATAAAACAAAGCACTTACCTCACTGACCGCATCCAACTG ACGCAACACATCCATATCCA + 76190 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-3762767/2 CAAATGAAATACAAATATACAAAATTCAAATAAAACAAAGCACTTACCTCACTGACCGCATCCAACTG ACGCAACACATCCATATCCAACATAACAGACAAGAGGAGACGGGCCCTCAAACGTAA + 76259 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-20565367/1 #################################################################################################### -41 D 1 NT 0 "" ChrID X BP 77385 77387 BP_range 77385 77393 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 1 1 0 0 1 1 +41 D 1 NT 0 "" ChrID X BP 77385 77387 BP_range 77385 77393 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 0 0 0 1 1 AAATTAGCTGACGATAAATTACAACACCATCCTGCTGACGTCACGCACGAAAATTCTCTCTCCTAAAACACGGGATCCCAGCGGCGATGTCCTTAACTTTAGCTGCTACAAATGTACCTGAAAACaAAAAAACAAAAATTAATTCAATTATAAAAACAAACATAATACTTACCTCCAGACTATTTTTCCTCCCGAAAAACATACCTGGAAAACAAAAACAAGGCAACTATATAAACAAATAAATACATAT CCTTAACTTTAGCTGCTACAAATGTACCTGAAAAC AAAAAACAAAAATTAATTCAATTATAAAAACAAACATAATACTTACCTCCAGACTATTTTTCCTCCCGAAAAACATACCTGGAAAACAAA - 77492 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-2188462/1 #################################################################################################### @@ -374,14 +374,14 @@ ACACCATCCTGCTGACGTCACGCACGAAAATCCTCTCTCC AAGACCGCAGAAACTGAAAAAGGAAACACAAGCTAATACTGG + 77955 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-34835809/1 ACACCATCCTGCTGACGTCACGCACGAAAATCCTCTCTCC AAGACCGCAGAAACTGAAAAAGGAAACACAAGCTAATACTGGGAA + 78041 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-7685870/2 #################################################################################################### -44 D 1 NT 0 "" ChrID X BP 78353 78355 BP_range 78353 78360 Supports 4 4 + 0 0 - 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5 5 S1 24 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 1 0 3 3 5 5 CTATTTTTCCTCCCGAAAAACATACCTGGAAAACAAAAACAAGGCAACTATATAAACAAATAAATACATATATAATACTTACATCCAAACTACATTCCACCTAATGTATCTGAGAAATACAAAAA TTTAATATTACATCCATTCCCATGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCCTGACCCGGAACATCCTAAAATAAAAGGCAAATAAAATAACACACATAAAATAGCAAACCTGACAGG TCTGAGAAATACAAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCACGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAAT + 55769 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-19871417/1 ATGTATCTGAGAAATACAAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCACGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAAT - 55988 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-37632218/1 @@ -587,56 +620,56 @@ CATCCAAACTACATTCCACCTAATGTATCTGAGAAATACAAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCACGGCCCAATCGT - 56151 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-17390279/2 AATACTTACATCCAAACTACATTCCACCTAATGTATCTGAGAAATACAAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCACGGC - 56079 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-46241246/2 #################################################################################################### -78 D 2 NT 1 "T" ChrID X BP 55931 55934 BP_range 55931 55934 Supports 4 4 + 4 4 - 0 0 S1 5 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 3 3 4 4 0 0 +79 D 2 NT 1 "T" ChrID X BP 55931 55934 BP_range 55931 55934 Supports 4 4 + 4 4 - 0 0 S1 5 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 0 4 4 0 0 AACTATATAAACAAATAAATACATATATAATACTTACATCCAAACTACATTCCACCTAATGTATCTGAGAAATACAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAA TTTAATATTACATCCATTCCCATGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCCTGACCCGGAACATCCTAAAATAAAAGGCAAATAAAATAACACACATAAAATAGCAAACCTGACAGG TACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCACGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCCTGACCCGGAACATCCTAAAATAAAAGGCAAATAAAATAACACACATAAAATAGC + 55920 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-24687226/1 AACAAAGGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCGTTCCCACGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCCTGACCCGGAACATCCTAAAATAAAAGGCAAATAAAATAACACA + 55909 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-17662060/1 AGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCACGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCCTGACCCGGAACATCCTAAAATAAA + 55890 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-20297375/2 ATACAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCATGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCCTGACCCGGAAC + 55877 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-27539376/2 #################################################################################################### -79 D 3 NT 4 "CTTC" ChrID X BP 56502 56506 BP_range 56502 56506 Supports 3 3 + 3 3 - 0 0 S1 4 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 10 10 3 3 0 0 +80 D 3 NT 4 "CTTC" ChrID X BP 56502 56506 BP_range 56502 56506 Supports 3 3 + 3 3 - 0 0 S1 4 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 10 10 3 3 0 0 CTGACAGGCAAACTAGCAGATGCTAATTTGCAACACCATCATGCTGACGTCACGCACGAAAATCCTTTCTCCTAAGACCGCAAAAGCTGAAAAAGGAAACACAAGCTAATACTGGGAAATATATA TTAACAAAATACTTATCTAAACTGCCAAATTGACGACTTCAAAGCTGCGGCATCATAACTACAACGACCTCCAAAATAACTTTCAAAAAATGTACCTGAAAAACAGAAACTAATGAAATCATAAA CTGGGAAATATATACTTCTTAACAAAATACTTATCTAAATTGCCAAATTGACGACTTCAAAGCTGCGGCATCATAACTACAACGACCTCCAAAATAACTTTCAAAAAATGTACCTGAAAAACAGA + 56488 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-45325275/1 GCTAACACTGGGAAATATATACTTCTTAACAAAATACTTATCTAAATTGCCAAATTGACGACTTCAAAGCTGCGGCATCATAACTACAACGACCTCCAAAATAACTTTCAAAAAATGTACCTGAA + 56481 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-1144677/1 ACAAGCTAACACTGGGAAATATATACTTCTTAACAAAATACTTATCTAAATTGCCAAATTGACGACTTCAAAGCTGCGGCATCATAACTACAACGACCTCCAAAATAACTTTCAAAAAATGTACC + 56477 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-11843196/1 #################################################################################################### -80 D 56 NT 70 "AAAACTCTTGCATGAAGCCACCAAGATGCATGAAATGCGCTGGCGATCACCTATCATCCTGTTGCACCAA" ChrID X BP 60333 60390 BP_range 60333 60390 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 39 27 0 0 1 1 +81 D 56 NT 70 "AAAACTCTTGCATGAAGCCACCAAGATGCATGAAATGCGCTGGCGATCACCTATCATCCTGTTGCACCAA" ChrID X BP 60333 60390 BP_range 60333 60390 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 39 27 0 0 1 1 CCATGCGAATGTTTGAAGTGGAGATCGTCATGGCCAAAGACGGCAGTCATGACAAAATACTCTCACTCAAACAAATCGGTGGGCAAAGGGTGGACATTGAAAGGAAAAACAGGACACGGGAGCCA GCCAAGATGCATGAAATGCGCTGGCGAACACCTGTCTTCCTGTTGCACCAAACCAAGAACCACCCCCGCCACCTGCGTAAATTGCTCTGGGCAGCATATTAGCGCGTACAAAGGATGCCCTGCAT GTGGGCAAAGGGTGGATATTGAAAGGAAAAACAGGACACGGGAGCCAAAAACTCTTGCATGAAGCCACCAAGATGCATGAAATGCGCTGGCGATCACCTATCATCCTGTTGCACCAAGCCAAGAT - 60333 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-42598949/1 #################################################################################################### -81 D 93 NT 94 "CTATCTTAACAATAAATATATCCGATGAAAAGCGTAGTCTGTCTGCTTCCAAATTCCTGCATGTCATCACCTTCCTCGACGGAGCCTAATTTAT" ChrID X BP 61248 61342 BP_range 61248 61342 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 95 81 0 0 1 1 +82 D 93 NT 94 "CTATCTTAACAATAAATATATCCGATGAAAAGCGTAGTCTGTCTGCTTCCAAATTCCTGCATGTCATCACCTTCCTCGACGGAGCCTAATTTAT" ChrID X BP 61248 61342 BP_range 61248 61342 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 95 75 0 0 1 1 CAAGCTTAGCTAATAGAGTCGACAATTTAGAAAAGAAAATTGACATTTTAATGGCCTTAATCATACAAGGAAGAAATAACAATCTTGACATGGATACATCCAATTAATCTTACAACTACTTATAT TTGGAAAAATAAATCAATTATATGTTGGCACAAAAATGTAAACACACACTCACCTAAACGCACCCGGACGAACAAGCCTATGACAACGCACTCCAGCTGATCTGTAAGAAACAAAAAATATGAAT CAACTAATTATATCTATCTTAACAATAAATATATCCGATGAAAAGCGTAGTCTGTCTGCTTCCAAATTCCTGCATGTCATCACCTTCCTCGACGGAGCCTAATTTATTTGGAAAAATAAATCAAT - 61684 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-350764/1 #################################################################################################### -82 D 97 NT 5 "AAACC" ChrID X BP 62738 62836 BP_range 62738 62836 Supports 2 2 + 2 2 - 0 0 S1 3 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 48 36 2 2 0 0 +83 D 97 NT 5 "AAACC" ChrID X BP 62738 62836 BP_range 62738 62836 Supports 2 2 + 2 2 - 0 0 S1 3 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 47 4 2 2 0 0 TATTTATTTAAACAAAAATACTTATCTAATTGCCAATTCGACGACTCCAAATCCGCGGCACACCGGCGGCGATGGCCCATAAATAAAGGGCCTCCCAATTAATTACAAAATGTACCTGAAAAACA AAAAAAAAATTAATGCAATAAATAAATCAAATAAATACAAACATAATACTTACCTCCAATTTACCTCCCAGCCAATGTACCTGAAAAACATAATCTAATACAATCTCAAAAACAAATAACAAATG TACCTGAAAAACAAAACCAAAAAAAAATTAATGCAATAAATAAATCAAATAAATACAAACATAATACTTACCTCCAATTTACCTCCCAGCCAATGT + 62486 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-29058890/1 GTACCTGAAAAACAAAACCAAAAAAAAATTAATGCAATAAATAAATCA + 62544 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-36318467/1 #################################################################################################### -83 D 69 NT 69 "TGGCGAACAACGATCTACAATTCCATGACGACTCCTCTGTCACGACGAGACAGAAGACACCACCATAAT" ChrID X BP 63103 63173 BP_range 63103 63173 Supports 2 2 + 1 1 - 1 1 S1 4 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 27 32 1 1 1 1 +84 D 69 NT 69 "TGGCGAACAACGATCTACAATTCCATGACGACTCCTCTGTCACGACGAGACAGAAGACACCACCATAAT" ChrID X BP 63103 63173 BP_range 63103 63173 Supports 2 2 + 1 1 - 1 1 S1 4 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 27 32 1 1 1 1 AATTTTGTATTCATTTCCATGACCCCAACGCTGCAACTGTCCTCGGCAACAATTCCTGTTCCGGCGGCTCCATGCTGCCAATCCTGACGCACTGGCCACAAGACGCGGCGCTGCTGGCAATCTCT GCCAGCAGCTCCAAAACAATACAACGACGGCCGCGCGGAACCCATCTTCAGAATTCCCTCTTCCTGACGACCGGCGAAGCAGTTCTGGAATAAACAATGTATTAATTGCAAACATCTACCGATGA CTGGCAATCTCTTGGCGAACAACGATCTACAATTCCATGACGACTCCTCTGTCACGACGAGACAGAAGACACCACCATAATGCCAGCAGCTCCAAAGCAATACAACGACGGCCGCGCGGAACCCA + 63091 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35558188/1 CTGGCAATCTCTTGGCGAACAACGATCTACAATTCCATGACGACTCCTCTGTCACGACGAGACAGAAGACACCACCATAATGCCAGCAGCTCCAAAGCAATACAACGACGGCCGCGCGGAACCCA - 63256 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35558188/1 #################################################################################################### -84 D 32 NT 9 "TAAAAAAAA" ChrID X BP 63808 63841 BP_range 63808 63841 Supports 2 2 + 1 1 - 1 1 S1 4 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 0 1 1 1 1 +85 D 32 NT 9 "TAAAAAAAA" ChrID X BP 63808 63841 BP_range 63808 63841 Supports 2 2 + 1 1 - 1 1 S1 4 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 0 1 1 1 1 TGCAATGTTAAACCTATAAATTCAAATAATTGTACCTATATATTGCACATACTGTAATCAAAGGCAAAATAAATCGTGGATGCGGAACAGAATTTACTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGT CAATCTACATACATTGATGCAGCGCAAAAGACGGTCAACCATGTCGTCTCCGAGTCGATCAGGACACCTTGCTGCTCTCAAAAACCTCCAGCCTGACGAGCGCCAACAGCGAGTTGACGCTAAAA CTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAAACAATCTACATACATTGATGCAGCGCAAAAGACGGTCAACCATGTCGTCTCCGAGTCGATCAGGACACCTTGCTGCTCTCAAAAACCTCC - 63965 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-44544144/1 GGAACAGAATTTATTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAAACAATCTACATACATTGATGCAGCGCAAAAGACGGTCAACCATGTCGTCTCCGAGTCGATCAGGACACCTTGCTG + 63766 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-16139812/2 #################################################################################################### -85 D 77 NT 8 "TAAAAAAA" ChrID X BP 63808 63886 BP_range 63808 63886 Supports 1 1 + 1 1 - 0 0 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 2 1 1 0 0 +86 D 77 NT 8 "TAAAAAAA" ChrID X BP 63808 63886 BP_range 63808 63886 Supports 1 1 + 1 1 - 0 0 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 2 1 1 0 0 TGCAATGTTAAACCTATAAATTCAAATAATTGTACCTATATATTGCACATACTGTAATCAAAGGCAAAATAAATCGTGGATGCGGAACAGAATTTACTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGT GTCTCCGAGTCGATCAGGACACCTTGCTGCTCTCAAAAACCTCCAGCCTGACGAGCGCCAACAGCGAGTTGACGCTAAAACCTAAAAACAAACAACAACAAATTAAATACAAACAAATAAAATCA GTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAAGTCTCCGAGTCGATCAGGACACCTTGCTGCTCTCAAAAACCTCCAGCCTGACGAGCGCCAACAGCGAGTTGACGCTAAAACCTAAAA + 63885 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-8364547/1 #################################################################################################### -86 D 76 NT 29 "ATTGTTCTTAATATTGCATAGGCACATAC" ChrID X BP 65441 65518 BP_range 65441 65518 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 15 9 0 0 1 1 +87 D 76 NT 29 "ATTGTTCTTAATATTGCATAGGCACATAC" ChrID X BP 65441 65518 BP_range 65441 65518 Supports 1 1 + 0 0 - 1 1 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 15 9 0 0 1 1 GCAACGTCTCCTGAAGCTTCCTGCGACTCGGTGCTTCCGTCCTTCTGGCGGGGGTACCTGAAAAGAAACAAATTAAGCAATGTTAGTCTTAAATGTCAATGTTTTTTGTAAAATAATTTTATTTA TACTAGCTACTTTAACATTAACATTAACTATGTCCAACCCCCAAACTCACCACATGCAATGTTAAAATCTAAAAATCGAAATTATTGTACCTATATATTACAAAAACTGTAATCAAAGGCAAAAT ATTTTATTTAATTGTTCTTAATATTGCATAGGCACATACTACAAGCTACTTTAACATTAACATTAACTATGTCCAACCCCCAAACTCACCACATGCAATGTTAAAATCTAAAAATCGAAATTATT - 65646 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-34622816/2 #################################################################################################### -87 D 6 NT 6 "CAAAGT" ChrID X BP 65791 65798 BP_range 65791 65798 Supports 2 2 + 1 1 - 1 1 S1 4 SUM_MS 81 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 1 6 1 1 1 1 +88 D 6 NT 6 "CAAAGT" ChrID X BP 65791 65798 BP_range 65791 65798 Supports 2 2 + 1 1 - 1 1 S1 4 SUM_MS 81 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 1 6 1 1 1 1 TTATTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAGGCAAAATAAATTGTGGATGCGGAACAGAATTCATTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAACCACCAGCAAAGTTAAAA TAAATAAAATAAAATTAAATAATTTAAACAAATAATAACAAATAATAAATAAATAATAAATTAAATAAATATTTAATAAAATAATCCGCGCTTTCCCTTGCTAAATATTCTGACGCGCAAATATA AAACCACCAGCAAAGTTTAAACAAAGTTAAATAAAATAAAATTAAATAATTTAAACAAATAATAACAAATAATAAATAAATAATAAATTAAATAAATATTTAATAAAATAATCCGCGCTTTCACT + 65770 41 X_100000_Hum1.bam @HWI-5907661/2 AAACCACCAGCAAAGTTTAAACAAAGTTAAATAAAATAAAATTAAATAATTTAAACAAATAATAACAAATAATAAATAAATAATAAATTAAATAAATATTTAATAAAATAATCCGCGCTTTCACT - 65938 40 X_100000_Hum1.bam @HWI-5907661/2 #################################################################################################### -88 D 1 NT 15 "ACTAAGGTTAGTTAA" ChrID X BP 73286 73288 BP_range 73286 73288 Supports 16 16 + 9 9 - 7 7 S1 80 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 28 28 9 9 7 7 +89 D 1 NT 15 "ACTAAGGTTAGTTAA" ChrID X BP 73286 73288 BP_range 73286 73288 Supports 16 16 + 9 9 - 7 7 S1 80 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 28 28 9 9 7 7 TCAATAACATAAAATCCGCAGCCAATGAAGCCACCCCACCTAATCGCCCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTAAAAGGTTACTT AGGAGAAAAAGGAGCTAAATCGAATCTTTAGAGCAGTAGGAACTGACGAAGCCCGAAGATGGTTTAAGAACGTGCAAAATAGACTGTCTAAAGAAATCAGAAAGCTCAAACAAAAACTACTCAAC AACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAATCTTTAGAGCAGTAGGAACTGACGAAGCCCGAAGATGGTTTAAGAACGTGCAAAATAGACTGTCTAAAGA - 73412 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-35879412/1 CAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAATCTTTAGAGCAGTAGGAACTGACGAAGCCCGAAGATGGTTTAAGAACG + 73208 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-2406974/2 @@ -655,7 +688,7 @@ AGCCACCCCATCTAATCGCCCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGA + 73189 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-43401778/2 AGCCACCCCATCTAATCGCCCCCAAAATAACCGCACCTACAATTCTTCAAGAAGATCCACAAACCTAAGGCTAGATGAAGCAACTTAAAGGTTACTTACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGA - 73349 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-43401778/2 #################################################################################################### -89 D 3 NT 2 "TC" ChrID X BP 74133 74137 BP_range 74133 74137 Supports 8 8 + 6 6 - 2 2 S1 21 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 29 28 6 6 2 2 +90 D 3 NT 2 "TC" ChrID X BP 74133 74137 BP_range 74133 74137 Supports 8 8 + 6 6 - 2 2 S1 21 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 29 28 6 6 2 2 ACTACTGAAACGACTGTATGACATTGACTCTTTTGCCAAAGCAATCCCTTCCCATCAATTTGGTTTCAGAAAGGATCATGGAGCGGAACATCAGCTGGCCAGGGTGACCCAATTTATTCTAAAAG TTGATGAAAAAGATGTCTGTTCTGCCACATTCCTTGACATTACGGAAGCCTTTGACCGAGTATGGCACGACGGCTTGCTATATAAACTATCCAGACTCATCCCCAGATACCTATTCGACCTACTT TCTTTTGCCAAAGCAATCCCTTCCCATCAATTTGGTTTCAGAAAGGATCATGGAGCGGAACATCAACTGGCCAGGGTGACCCAATTTATTTTAAAAGTCTTGATGAAAAAGATGTCTGTTCTGCC + 74036 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-12488803/2 ACTCTTTTGCCAAAGCAATCCCTTCCCATCAATTTGGTTTCAGAAAGGATCATGGAGCGGAACATCAACTGGCCAGGGTGACCCAATTTATTTTAAAAGTCTTGATGAAAAAGATGTCTGTTCTG + 74034 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-27349460/2 @@ -666,7 +699,7 @@ GTATGACATTGACTCTTTTGCCAAAGCAATCCCTTCCCATCAATTTGGTTTCAGAAAGGATCATGGAGCGGAACATCAACTGGCCAGGGTGACCCAATTTATTTTAAAAGTCTTGATGAAAAAGA + 74023 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-220659/2 TGTATGACATTGACTCTTTTGCCAAAGCAATCCCTTCCCATCAATTTGGTTTCAGAAAGGATCATGGAGCGGAACATCAACTGGCCAGGGTGACCCAATTTATTTTAAAAGTCTTGATGAAAAAG + 73966 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-13683091/2 #################################################################################################### -90 D 47 NT 47 "ATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAAT" ChrID X BP 77564 77612 BP_range 77564 77612 Supports 7 7 + 4 4 - 3 3 S1 20 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 18 6 4 4 3 3 +91 D 47 NT 47 "ATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAAT" ChrID X BP 77564 77612 BP_range 77564 77612 Supports 7 7 + 4 4 - 3 3 S1 20 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 5 2 4 4 3 3 CTATTTTTCCTCCCGAAAAACATACCTGGAAAACAAAAACAAGGCAACTATATAAACAAATAAATACATATATAATACTTACATCCAAACTACATTCCACCTAATGTATCTGAGAAATACAAAAA TTTAATATTACATCCATTCCCATGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCCTGACCCGGAACATCCTAAAATAAAAGGCAAATAAAATAACACACATAAAATAGCAAACCTGACAGG TATCTGAGAAATACAAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCACGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCC + 77545 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-32552961/2 TATCTGAGAAATACAAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCACGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCC - 77712 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-32552961/2 @@ -676,7 +709,7 @@ CATTCCACCTAATGTATCTGAGAAATACAAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCACGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCC - 77723 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-1239853/2 CATTCCACCTAATGTATCTGAGAAATACAAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCACGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCC + 77531 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-1239853/2 #################################################################################################### -91 D 2 NT 1 "T" ChrID X BP 77609 77612 BP_range 77609 77612 Supports 10 10 + 8 8 - 2 2 S1 27 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 6 6 8 8 2 2 +92 D 2 NT 1 "T" ChrID X BP 77609 77612 BP_range 77609 77612 Supports 10 10 + 8 8 - 2 2 S1 27 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 2 2 8 8 2 2 AACTATATAAACAAATAAATACATATATAATACTTACATCCAAACTACATTCCACCTAATGTATCTGAGAAATACAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAA TTTAATATTACATCCATTCCCATGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCCTGACCCGGAACATCCTAAAATAAAAGGCAAATAAAATAACACACATAAAATAGCAAACCTGACAGG GGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCATGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCCTGACCCGGAACATCCTAAAATAAAAGGCAAATAAAATAACACACATAAA + 77593 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-45647343/1 GGTTATACTTACCTAATTTTAATATTACATCCATTCCCATGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCCTGACCCGGAACATCCTAAAATAAAAGGCAAATAAAATAACACACATAAA - 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1 1 S1 4 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 6 1 1 1 1 +94 D 58 NT 55 "TACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAATAAAAACCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAA" ChrID X BP 79439 79498 BP_range 79439 79498 Supports 2 2 + 1 1 - 1 1 S1 4 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 0 1 1 1 1 TCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAATCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAAATAAATTGTGGATGCGGAACAGAATTTATTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAA AAAATAAACAAAATAAAATAAATTAAACAATTAAATTAAATAAAATAAATTAAACAAATAATTAAACTAAACTTATTTAACAACATAATCCGCGCTTCCACCTGCAAAATTTTTTCTGACGCGCA - AGAATTTATTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAATACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAATAAAAACCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAATAAACAAAATAAAATAAATTA + 79394 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-19161730/2 + AGAATTTATTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAATACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAATAAAAACCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAATAAACAAAATAAAATAAATTA + 79394 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-9511017/1 AGAATTTATTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAATACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAATAAAAACCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAATAAACAAAATAAAATAAATTA - 79674 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-9511017/1 #################################################################################################### -94 D 62 NT 22 "GATAAGCCTCCACCAGCAAAGT" ChrID X BP 79439 79502 BP_range 79439 79502 Supports 2 2 + 1 1 - 1 1 S1 4 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 7 1 1 1 1 +95 D 62 NT 22 "GATAAGCCTCCACCAGCAAAGT" ChrID X BP 79439 79502 BP_range 79439 79502 Supports 2 2 + 1 1 - 1 1 S1 4 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 0 1 1 1 1 1 TCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAATCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAAATAAATTGTGGATGCGGAACAGAATTTATTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAA TAAACAAAATAAAATAAATTAAACAATTAAATTAAATAAAATAAATTAAACAAATAATTAAACTAAACTTATTTAACAACATAATCCGCGCTTCCACCTGCAAAATTTTTTCTGACGCGCAAATA - TTATACTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAAGATAAGCCTCCACCAGCAAAGTTAAACAAAATAAAATAAATTAAACAATTAAATTAAATAAAACAAATTAAACAAATAATTAAAC - 79784 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-14156964/1 - GCGGAACAGAATTTATACTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAAGATAAGCCTCCACCAGCAAAGTTAAACAAAATAAAATAAATTAAACAATTAAATTAAATAAAACAAATTAAAC + 79387 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-3298349/1 + TTATACTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAAGATAAGCCTCCACCAGCAAAGTTAAACAAAATAAAATAAATTAAACAATTAAATTAAATAAAACAAATTAAACAAATAATTAAAC - 79784 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-3777251/1 + GCGGAACAGAATTTATACTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAAGATAAGCCTCCACCAGCAAAGTTAAACAAAATAAAATAAATTAAACAATTAAATTAAATAAAACAAATTAAAC + 79387 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-5494287/1 #################################################################################################### -95 D 80 NT 90 "TAGTACATGGATAATTAATCACATGACAACGCACACCAGCTGATCCTGACGAAGCGACACGAAGAAGTACAACACCAAGACATGGAAGAT" ChrID X BP 83324 83405 BP_range 83324 83405 Supports 5 5 + 3 3 - 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0 0 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 1 2 1 1 0 0 +3 INV 98 NT 7:0 "CCTATAT":"" ChrID X BP 39131 39230 BP_range 39131 39230 Supports 1 1 + 1 1 - 0 0 S1 2 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 1 2 1 1 0 0 GGAGGATGGGCATCGGTTTTATCCATCTCATCGGACGATGGTAACTGCTCATCCTCGCCGCCATCAGCTATAGTCTCATCGCTGGATACCACGCCAACGTCAAATGAAACCACCATAGTAAGAAG caaataaagggtctggcaatatggtatttttattttcatttaatacaatattttcaaaatcgtaagatttcatgtcggcatttgtttgatataggcttcttcttactatggtggtttcatttgac TTATCCATCTCATCGGACGATGGTAACTGCTCATCCTCGCCGCCATCAGCTATAGTCTCATCGCTGGATACCACGCCAACGTCAAATGAAACCACCATAGTAAGAAGCCTATATCAAACAAATGG + 39024 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-19317189/2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- tattagcagtactcccgcatttatcaacaaataaagggtctggcaatatggtatttttattttcatttaatacaatattttcaaaatcgtaagatttcatgtcggcatttgtttgatataggcttTTGATAAATGCGGGAGTACTGCTAATACCACAGAAGCCAATGAAAAACAGCCTGCCGATAGCCCCTTCCCCATTTCCATAAGCAAAAATTTTAGCACTTCCTCGCCACTAACACATGTAGACACG #################################################################################################### -3 INV 95 NT 39:0 "ACTAAGGTTAGTTAAAGGAGAAAAAGGAGCTAAACCGAA":"" ChrID X BP 73286 73382 BP_range 73286 73382 Supports 2 1 + 2 1 - 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--- a/test-data/X_100000_Hum1.bam_Short_Insertions.txt Wed Sep 29 21:30:31 2021 +0000 +++ b/test-data/X_100000_Hum1.bam_Short_Insertions.txt Tue Feb 13 10:53:40 2024 +0000 @@ -5,7 +5,7 @@ AATAGAACCTTCTCAGTAAGGATCGACGGTGAAACAACGTCTAGGCAAAGACACTAGAATAATTATAATAATATAATAATTATTCTAGGGTCTTTGGTCTAGGATAGGTAATATTAGAGCAGGAG + 443 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-25769383/2 AATAGAACCTTCTCAGTAAGGATCGACGGTGAAACAACGTCTAGGCAAAGACACTAGAATAATTATAATAATATAATAATTATTCTAGGGTCTTTGGTCTAGGATAGGTAATATTAGAGCAGGAG + 443 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-1199625/2 #################################################################################################### -1 I 1 NT 1 "A" ChrID X BP 3910 3911 BP_range 3910 3916 Supports 9 9 + 9 9 - 0 0 S1 10 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 11 11 9 9 0 0 +1 I 1 NT 1 "A" ChrID X BP 3910 3911 BP_range 3910 3916 Supports 9 9 + 9 9 - 0 0 S1 10 SUM_MS 0 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 1 1 9 9 0 0 CCAGACTATTTTTCCTCCCGAAAAACATACCTGGAAAACAAAAACAAGGCAACTATATAAACAAATAAATACATATATAATACTTACATCCAAACTACATTCCACCTAATGTATCTGAGAAATAC AAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAAATAACAAAGGTTATACTTACCTAAAATTTAATATTACATCCATTCCCATGGCCCAATCGTTGCGGCGGTCCTCAGCAACAATTCCTGACCCGGAACATC ATGTATCTGAGAAATACAAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAA + 3746 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-34902444/1 CCTAATGTATCTGAGAAATACAAAAAATTAGAGAAATCACAAAAATAA + 3746 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-13892636/1 @@ -68,23 +68,23 @@ TCACCCCATGCAATGTTAAACCTATAAATTCAAATAATTGTACCTATATATTGCACATACTGTAATCAAAGGCAAAATAAATCGTGGATGCGGAACAGAATTTACTCTGTCTCCGTACCTCCACC AGCAAAGTTAAAATCCATGCATCCTTCTTCCAAGACTGCAAAACAGAAAGAAGGAAACACAAGCTATACTGGGAAAAATATATTAAATCACAATACTTATCTAATTGCCAATTTGAAGAATCCTA ATAATTGTACCTATATATTGCACATACTGTAATCAAAGGCAAAATAAATCGTGGATGCGGAACAGAATTTACTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTAAGCAAAGTTA + 54794 0 X_100000_Hum1.bam @HWI-28381653/1 #################################################################################################### -13 I 60 NT 60 "CCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAATACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAATAAAAA" ChrID X BP 57639 57640 BP_range 57639 57666 Supports 2 2 + 2 2 - 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2 2 S1 3 SUM_MS 98 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 4 4 0 0 2 2 +15 I 1 NT 1 "C" ChrID X BP 57665 57666 BP_range 57665 57666 Supports 2 2 + 0 0 - 2 2 S1 3 SUM_MS 98 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 2 2 0 0 2 2 TGTTACATTCAAAAATGCAAATTATTGTACCTATATATTACAAACTCTGTAATCAAAGGCAAAATAAATTGTGGATGCGGAACAGAATTTATTCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAA GTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAGTTAAAATAATAAAGTTAATAAAAAATAAACAAATTAAATAAATAAATAAAATAAATTAAACAATTAACTAAATAATTAAATAACTAAAATTAATAATA TCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAACGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAGTTAAAATAATAAAGTTAATAAAAAATAAACAAATTAAATAAATAAATAAAATAAATTAAACAAT - 57853 49 X_100000_Hum1.bam @HWI-30327738/2 TCTGTCTCCGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAACGTACCTCCACCAGCAAAGTTAAAAAAGTTAAAATAATAAAGTTAATAAAAAATAAACAAATTAAATAAATAAATAAAATAAATTAAACAAT - 57853 49 X_100000_Hum1.bam @HWI-21538020/1 #################################################################################################### -16 I 1 NT 1 "A" ChrID X BP 61384 61385 BP_range 61384 61386 Supports 5 5 + 5 5 - 0 0 S1 6 SUM_MS 300 1 NumSupSamples 1 1 X_100000_Hum1.bam 87 87 5 5 0 0 +16 I 1 NT 1 "A" ChrID X BP 61384 61385 BP_range 61384 61386 Supports 5 5 + 5 5 - 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