diff test-data/353_fraction_counts.tab @ 2:15e3e29f310e draft

planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/repenrich commit c89c33e5ea8fc63f3ea5c0f66ebc5fa822ac734b

--- a/test-data/353_fraction_counts.tab	Mon Sep 18 17:22:07 2017 -0400
+++ b/test-data/353_fraction_counts.tab	Tue Sep 19 17:23:15 2017 -0400
@@ -1,210 +1,210 @@
-LSU-rRNA_Dme	rRNA	rRNA	3078755
-FW3_DM	LINE	Jockey	913
-DMTOM1_LTR	LTR	Gypsy	1012
-R1_DM	LINE	R1	5407
-TAHRE	LINE	Jockey	3914
-G4_DM	LINE	Jockey	3407
-BS	LINE	Jockey	5001
-Stalker2_I-int	LTR	Gypsy	12474
-Stalker3_LTR	LTR	Gypsy	439
-TABOR_I-int	LTR	Gypsy	3081
-G7_DM	LINE	Jockey	98
-BEL_I-int	LTR	Pao	21860
-Gypsy6_I-int	LTR	Gypsy	6746
+5S_DM	RNA	RNA	10392
 ACCORD_I-int	LTR	Gypsy	2165
-DM412B_LTR	LTR	Gypsy	2910
-G2_DM	LINE	Jockey	1132
-SSU-rRNA_Hsa	rRNA	rRNA	172100
-TART_B1	LINE	Jockey	21513
-S2_DM	DNA	TcMar-Tc1	733
-LOOPER1_DM	DNA	PiggyBac	589
-HOBO	DNA	hAT-hobo	4404
+ACCORD_LTR	LTR	Gypsy	220
+ACCORD2_I-int	LTR	Gypsy	2458
+ACCORD2_LTR	LTR	Gypsy	192
+ALA_DM	Unknown	Unknown	6
 ARS406_DM	Unknown	Unknown	719
-G6_DM	LINE	Jockey	3473
-DOC2_DM	LINE	Jockey	4538
 Baggins1	LINE	LOA	3893
-NINJA_LTR	LTR	Pao	406
-TRANSIB2	DNA	CMC-Transib	3076
-Gypsy5_LTR	LTR	Gypsy	451
-MDG3_LTR	LTR	Gypsy	848
-Gypsy12A_LTR	LTR	Gypsy	2242
-Gypsy_LTR	LTR	Gypsy	917
-TIRANT_LTR	LTR	Gypsy	1279
-I_DM	LINE	I	7013
-DIVER2_I-int	LTR	Pao	5627
-P-1_DY	DNA	P	2
-Invader2_I-int	LTR	Gypsy	5510
-DOC6_DM	LINE	Jockey	1240
-BURDOCK_LTR	LTR	Gypsy	370
-SSU-rRNA_Dme	rRNA	rRNA	4153
-MAX_LTR	LTR	Pao	753
-STALKER4_LTR	LTR	Gypsy	1210
-XDMR_DM	Unknown	Unknown	4328
 BARI_DM	DNA	TcMar-Tc1	902
-Transib-N1_DM	DNA	CMC-Transib	371
-Gypsy5_I-int	LTR	Gypsy	2186
-XDMR	Unknown	Unknown	1440
-ACCORD2_LTR	LTR	Gypsy	192
-POGON1	DNA	TcMar-Pogo	403
+BARI1	DNA	TcMar-Tc1	322
+BATUMI_I-int	LTR	Pao	4789
+BATUMI_LTR	LTR	Pao	403
+BEL_I-int	LTR	Pao	21860
+BEL_LTR	LTR	Pao	858
+Bica_I-int	LTR	Gypsy	1390
+Bica_LTR	LTR	Gypsy	125
+BLASTOPIA_I-int	LTR	Gypsy	9540
+BLASTOPIA_LTR	LTR	Gypsy	478
+BLOOD_I-int	LTR	Gypsy	17222
+BLOOD_LTR	LTR	Gypsy	746
+BS	LINE	Jockey	5001
+BS2	LINE	Jockey	4991
+BS3_DM	LINE	Jockey	877
 BS4_DM	LINE	Jockey	21
-ALA_DM	Unknown	Unknown	6
-Gypsy1-I_DM	LTR	Gypsy	6297
-ACCORD_LTR	LTR	Gypsy	220
 BURDOCK_I-int	LTR	Gypsy	3332
-ZAM_I-int	LTR	Gypsy	4426
-Invader5_I-int	LTR	Gypsy	335
-G3_DM	LINE	Jockey	556
-ROOA_I-int	LTR	Pao	4589
-Gypsy1-LTR_DM	LTR	Gypsy	795
+BURDOCK_LTR	LTR	Gypsy	370
+Chimpo_I-int	LTR	Gypsy	1060
+Chimpo_LTR	LTR	Gypsy	120
+Chouto_I-int	LTR	Gypsy	1304
+Chouto_LTR	LTR	Gypsy	281
+CIRCE	LTR	Gypsy	3323
+Copia_I-int	LTR	Copia	26733
+Copia_LTR	LTR	Copia	1129
+Copia1-I_DM	LTR	Copia	3518
+Copia1-LTR_DM	LTR	Copia	566
+Copia2_I-int	LTR	Copia	3455
+Copia2_LTR_DM	LTR	Copia	486
+DIVER_I-int	LTR	Pao	15627
+DIVER_LTR	LTR	Pao	429
+DIVER2_I-int	LTR	Pao	5627
+DIVER2_LTR	LTR	Pao	535
 DM1731_I-int	LTR	Copia	4881
-ROO_I-int	LTR	Pao	28034
+DM1731_LTR	LTR	Copia	440
+DM176_I-int	LTR	Gypsy	2813
+DM176_LTR	LTR	Gypsy	872
+DM297_I-int	LTR	Gypsy	11530
+DM297_LTR	LTR	Gypsy	1478
 DM412	LTR	Gypsy	23566
-PROTOP	DNA	P	4353
-TART-A	LINE	Jockey	3408
-ROO_LTR	LTR	Pao	1851
-DIVER_LTR	LTR	Pao	429
-Gypsy3_I-int	LTR	Gypsy	2753
-BATUMI_LTR	LTR	Pao	403
-IDEFIX_LTR	LTR	Gypsy	1844
-G5_DM	LINE	Jockey	2551
-HETA	LINE	Jockey	24397
-Gypsy11_I-int	LTR	Gypsy	560
-R1-2_DM	LINE	R1	177
-Gypsy11_LTR	LTR	Gypsy	149
-HELENA_RT	LINE	Jockey	627
-FTZ_DM	Unknown	Unknown	0
-MICROPIA_I-int	LTR	Gypsy	10355
-Invader4_I-int	LTR	Gypsy	1219
-PLACW_DM	DNA	P	127
-BLOOD_LTR	LTR	Gypsy	746
-R2_DM	LINE	R2	8407
-Copia1-I_DM	LTR	Copia	3518
-Gypsy4_I-int	LTR	Gypsy	10056
-Chouto_LTR	LTR	Gypsy	281
-BATUMI_I-int	LTR	Pao	4789
-DNAREP1_DM	RC	Helitron	63954
+DM412B_LTR	LTR	Gypsy	2910
+DMCR1A	LINE	CR1	17957
+DMLTR5	LTR	Gypsy	160
+DMRP1	Unknown	Unknown	227
+DMRPR	Unknown	Unknown	187
+DMRT1A	LINE	R1	3540
 DMRT1B	LINE	R1	7119
 DMRT1C	LINE	R1	2087
-TLD2	LTR	Gypsy	17
-DMRT1A	LINE	R1	3540
-DM1731_LTR	LTR	Copia	440
-LSU-rRNA_Cel	rRNA	rRNA	326925
-Copia_LTR	LTR	Copia	1129
+DMTOM1_LTR	LTR	Gypsy	1012
+DNAREP1_DM	RC	Helitron	63954
+DOC	LINE	Jockey	16414
+DOC2_DM	LINE	Jockey	4538
+DOC3_DM	LINE	Jockey	10659
+DOC4_DM	LINE	Jockey	830
+DOC5_DM	LINE	Jockey	2183
+DOC6_DM	LINE	Jockey	1240
+FB4_DM	DNA	TcMar-Tc1	6939
+FROGGER_I-int	LTR	Copia	1361
+FROGGER_LTR	LTR	Copia	54
+FTZ_DM	Unknown	Unknown	0
+FUSHI_DM	Unknown	Unknown	0
+FW2_DM	LINE	Jockey	13847
+FW3_DM	LINE	Jockey	913
+G_DM	LINE	Jockey	8035
+G2_DM	LINE	Jockey	1132
+G3_DM	LINE	Jockey	556
+G4_DM	LINE	Jockey	3407
+G5_DM	LINE	Jockey	2551
+G5A_DM	LINE	Jockey	1595
+G6_DM	LINE	Jockey	3473
+G7_DM	LINE	Jockey	98
+GTWIN_I-int	LTR	Gypsy	5054
+GTWIN_LTR	LTR	Gypsy	467
+Gypsy_I-int	LTR	Gypsy	5634
+Gypsy_LTR	LTR	Gypsy	917
+Gypsy1-I_DM	LTR	Gypsy	6297
+Gypsy1-LTR_DM	LTR	Gypsy	795
+Gypsy10_I-int	LTR	Gypsy	1930
+Gypsy10_LTR	LTR	Gypsy	368
+Gypsy11_I-int	LTR	Gypsy	560
+Gypsy11_LTR	LTR	Gypsy	149
+Gypsy12_I-int	LTR	Gypsy	9627
+Gypsy12_LTR	LTR	Gypsy	5934
+Gypsy12A_LTR	LTR	Gypsy	2242
+Gypsy2_I-int	LTR	Gypsy	3453
+Gypsy2_LTR	LTR	Gypsy	485
+Gypsy2-I_DM	LTR	Gypsy	3896
+Gypsy2-LTR_DM	LTR	Gypsy	690
+Gypsy3_I-int	LTR	Gypsy	2753
+Gypsy3_LTR	LTR	Gypsy	447
+Gypsy4_I-int	LTR	Gypsy	10056
+Gypsy4_LTR	LTR	Gypsy	194
+Gypsy5_I-int	LTR	Gypsy	2186
+Gypsy5_LTR	LTR	Gypsy	451
+Gypsy6_I-int	LTR	Gypsy	6746
 Gypsy6_LTR	LTR	Gypsy	484
-Gypsy12_I-int	LTR	Gypsy	9627
-BLASTOPIA_LTR	LTR	Gypsy	478
-Bica_LTR	LTR	Gypsy	125
+Gypsy6A_LTR	LTR	Gypsy	573
+Gypsy7_I-int	LTR	Gypsy	1009
+Gypsy7_LTR	LTR	Gypsy	87
+Gypsy8_I-int	LTR	Gypsy	4083
 Gypsy8_LTR	LTR	Gypsy	1241
-NINJA_I-int	LTR	Pao	4503
-PROTOP_B	DNA	P	8285
-PROTOP_A	DNA	P	3384
+Gypsy9_I-int	LTR	Gypsy	474
+Gypsy9_LTR	LTR	Gypsy	42
+HELENA_RT	LINE	Jockey	627
+Helitron1_DM	RC	Helitron	6
+HETA	LINE	Jockey	24397
+HMSBEAGLE_I-int	LTR	Gypsy	5908
+HOBO	DNA	hAT-hobo	4404
+I_DM	LINE	I	7013
+IDEFIX_I-int	LTR	Gypsy	5547
+IDEFIX_LTR	LTR	Gypsy	1844
+Invader1_I-int	LTR	Gypsy	1672
+Invader1_LTR	LTR	Gypsy	1931
+Invader2_I-int	LTR	Gypsy	5510
+Invader2_LTR	LTR	Gypsy	472
+Invader3_I-int	LTR	Gypsy	3722
 Invader3_LTR	LTR	Gypsy	608
-Chimpo_LTR	LTR	Gypsy	120
-Invader2_LTR	LTR	Gypsy	472
-BLASTOPIA_I-int	LTR	Gypsy	9540
-FROGGER_LTR	LTR	Copia	54
+Invader4_I-int	LTR	Gypsy	1219
+Invader4_LTR	LTR	Gypsy	1228
+Invader5_I-int	LTR	Gypsy	335
+Invader5_LTR	LTR	Gypsy	64
+Invader6_I-int	LTR	Gypsy	6701
+Invader6_LTR	LTR	Gypsy	588
+IVK_DM	LINE	I	2921
+Jockey2	LINE	Jockey	1588
+LINEJ1_DM	LINE	Jockey	6329
+LmeSINE1c	SINE	tRNA-Deu-L2	1414
+LOOPER1_DM	DNA	PiggyBac	589
+LSU-rRNA_Cel	rRNA	rRNA	326925
+LSU-rRNA_Dme	rRNA	rRNA	3078755
+LSU-rRNA_Hsa	rRNA	rRNA	0
+M4DM	DNA	CMC-Transib	1650
+Mariner2_DM	DNA	TcMar-Tc1	1591
+MAX_I-int	LTR	Pao	9201
+MAX_LTR	LTR	Pao	753
+MDG1_I-int	LTR	Gypsy	13740
+MDG1_LTR	LTR	Gypsy	582
+MDG3_I-int	LTR	Gypsy	4971
+MDG3_LTR	LTR	Gypsy	848
+MICROPIA_I-int	LTR	Gypsy	10355
+MICROPIA_LTR	LTR	Gypsy	863
+MINOS	DNA	TcMar-Tc1	226
+MuDR-1_DEl	DNA	MULE-NOF	9
+NINJA_I-int	LTR	Pao	4503
+NINJA_LTR	LTR	Pao	406
+NOF_FB	DNA	MULE-NOF	960
 NOMAD_I-int	LTR	Gypsy	11594
+NOMAD_LTR	LTR	Gypsy	822
+NTS_DM	Other	Other	36205
+P-1_DY	DNA	P	2
+PLACW_DM	DNA	P	127
+POGO	DNA	TcMar-Pogo	2492
+POGON1	DNA	TcMar-Pogo	403
+PROTOP	DNA	P	4353
+PROTOP_A	DNA	P	3384
+PROTOP_B	DNA	P	8285
+QUASIMODO_I-int	LTR	Gypsy	13018
 QUASIMODO_LTR	LTR	Gypsy	1174
-TABOR_LTR	LTR	Gypsy	273
-Stalker2_LTR	LTR	Gypsy	672
-MICROPIA_LTR	LTR	Gypsy	863
-Gypsy9_I-int	LTR	Gypsy	474
-STALKER4_I-int	LTR	Gypsy	5741
-TRANSIB1	DNA	CMC-Transib	2116
-DOC	LINE	Jockey	16414
-TRANSIB3	DNA	CMC-Transib	1132
-Copia_I-int	LTR	Copia	26733
-TRANSIB4	DNA	CMC-Transib	571
-Gypsy10_LTR	LTR	Gypsy	368
-Invader3_I-int	LTR	Gypsy	3722
-Invader1_I-int	LTR	Gypsy	1672
-BS3_DM	LINE	Jockey	877
-Gypsy2-LTR_DM	LTR	Gypsy	690
-LSU-rRNA_Hsa	rRNA	rRNA	0
-NOMAD_LTR	LTR	Gypsy	822
-Helitron1_DM	RC	Helitron	6
-LINEJ1_DM	LINE	Jockey	6329
-Invader4_LTR	LTR	Gypsy	1228
-MDG3_I-int	LTR	Gypsy	4971
-LmeSINE1c	SINE	tRNA-Deu-L2	1414
+QUASIMODO2-I_DM	LTR	Gypsy	2225
+QUASIMODO2-LTR_DM	LTR	Gypsy	200
+R1_DM	LINE	R1	5407
+R1-2_DM	LINE	R1	177
+R2_DM	LINE	R2	8407
+ROO_I-int	LTR	Pao	28034
+ROO_LTR	LTR	Pao	1851
+ROOA_I-int	LTR	Pao	4589
+ROOA_LTR	LTR	Pao	483
+ROVER-I_DM	LTR	Gypsy	5589
 ROVER-LTR_DM	LTR	Gypsy	415
 S_DM	DNA	TcMar-Tc1	3476
-Invader6_I-int	LTR	Gypsy	6701
-ROVER-I_DM	LTR	Gypsy	5589
-QUASIMODO_I-int	LTR	Gypsy	13018
-Chouto_I-int	LTR	Gypsy	1304
-NTS_DM	Other	Other	36205
-Gypsy3_LTR	LTR	Gypsy	447
+S2_DM	DNA	TcMar-Tc1	733
 SSU-rRNA_Cel	rRNA	rRNA	2183
-MINOS	DNA	TcMar-Tc1	226
-DOC4_DM	LINE	Jockey	830
-ZAM_LTR	LTR	Gypsy	225
-QUASIMODO2-LTR_DM	LTR	Gypsy	200
-Gypsy2-I_DM	LTR	Gypsy	3896
-TRANSPAC_I-int	LTR	Gypsy	14982
-Bica_I-int	LTR	Gypsy	1390
-BS2	LINE	Jockey	4991
-BLOOD_I-int	LTR	Gypsy	17222
-DMCR1A	LINE	CR1	17957
-QUASIMODO2-I_DM	LTR	Gypsy	2225
-HMSBEAGLE_I-int	LTR	Gypsy	5908
-DMLTR5	LTR	Gypsy	160
-Gypsy7_LTR	LTR	Gypsy	87
-G5A_DM	LINE	Jockey	1595
-MDG1_I-int	LTR	Gypsy	13740
-Gypsy2_I-int	LTR	Gypsy	3453
-BARI1	DNA	TcMar-Tc1	322
-Invader5_LTR	LTR	Gypsy	64
-DM176_LTR	LTR	Gypsy	872
-DOC3_DM	LINE	Jockey	10659
-Copia1-LTR_DM	LTR	Copia	566
-TOM_I-int	LTR	Gypsy	2311
-NOF_FB	DNA	MULE-NOF	960
-Chimpo_I-int	LTR	Gypsy	1060
-DIVER_I-int	LTR	Pao	15627
+SSU-rRNA_Dme	rRNA	rRNA	4153
+SSU-rRNA_Hsa	rRNA	rRNA	172100
+Stalker2_I-int	LTR	Gypsy	12474
+Stalker2_LTR	LTR	Gypsy	672
+Stalker3_LTR	LTR	Gypsy	439
+STALKER4_I-int	LTR	Gypsy	5741
+STALKER4_LTR	LTR	Gypsy	1210
+TABOR_I-int	LTR	Gypsy	3081
+TABOR_LTR	LTR	Gypsy	273
+TAHRE	LINE	Jockey	3914
+TART_B1	LINE	Jockey	21513
+TART-A	LINE	Jockey	3408
+TC1_DM	DNA	TcMar-Tc1	1960
+TC1-2_DM	DNA	TcMar-Tc1	3948
 TIRANT_I-int	LTR	Gypsy	8559
-Gypsy2_LTR	LTR	Gypsy	485
-FB4_DM	DNA	TcMar-Tc1	6939
-GTWIN_LTR	LTR	Gypsy	467
-Invader6_LTR	LTR	Gypsy	588
-Gypsy8_I-int	LTR	Gypsy	4083
-G_DM	LINE	Jockey	8035
-TRANSPAC_LTR	LTR	Gypsy	555
-FUSHI_DM	Unknown	Unknown	0
+TIRANT_LTR	LTR	Gypsy	1279
+TLD2	LTR	Gypsy	17
+TOM_I-int	LTR	Gypsy	2311
+Transib-N1_DM	DNA	CMC-Transib	371
+TRANSIB1	DNA	CMC-Transib	2116
+TRANSIB2	DNA	CMC-Transib	3076
+TRANSIB3	DNA	CMC-Transib	1132
+TRANSIB4	DNA	CMC-Transib	571
 Transib5	DNA	CMC-Transib	965
-MuDR-1_DEl	DNA	MULE-NOF	9
-Mariner2_DM	DNA	TcMar-Tc1	1591
-DOC5_DM	LINE	Jockey	2183
-TC1_DM	DNA	TcMar-Tc1	1960
-Gypsy9_LTR	LTR	Gypsy	42
-DMRP1	Unknown	Unknown	227
-Gypsy10_I-int	LTR	Gypsy	1930
-Gypsy4_LTR	LTR	Gypsy	194
-DM297_LTR	LTR	Gypsy	1478
-ACCORD2_I-int	LTR	Gypsy	2458
-Invader1_LTR	LTR	Gypsy	1931
-BEL_LTR	LTR	Pao	858
-IVK_DM	LINE	I	2921
-M4DM	DNA	CMC-Transib	1650
-FW2_DM	LINE	Jockey	13847
-Copia2_I-int	LTR	Copia	3455
-MDG1_LTR	LTR	Gypsy	582
-Gypsy12_LTR	LTR	Gypsy	5934
-Gypsy7_I-int	LTR	Gypsy	1009
-FROGGER_I-int	LTR	Copia	1361
-Gypsy_I-int	LTR	Gypsy	5634
-5S_DM	RNA	RNA	10392
-GTWIN_I-int	LTR	Gypsy	5054
-CIRCE	LTR	Gypsy	3323
-DIVER2_LTR	LTR	Pao	535
-POGO	DNA	TcMar-Pogo	2492
-Gypsy6A_LTR	LTR	Gypsy	573
-MAX_I-int	LTR	Pao	9201
-ROOA_LTR	LTR	Pao	483
-DM176_I-int	LTR	Gypsy	2813
-Copia2_LTR_DM	LTR	Copia	486
-DM297_I-int	LTR	Gypsy	11530
-IDEFIX_I-int	LTR	Gypsy	5547
-Jockey2	LINE	Jockey	1588
-TC1-2_DM	DNA	TcMar-Tc1	3948
-DMRPR	Unknown	Unknown	187
+TRANSPAC_I-int	LTR	Gypsy	14982
+TRANSPAC_LTR	LTR	Gypsy	555
+XDMR	Unknown	Unknown	1440
+XDMR_DM	Unknown	Unknown	4328
+ZAM_I-int	LTR	Gypsy	4426
+ZAM_LTR	LTR	Gypsy	225