diff test-data/355_fraction_counts.tab @ 2:15e3e29f310e draft

planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/repenrich commit c89c33e5ea8fc63f3ea5c0f66ebc5fa822ac734b

--- a/test-data/355_fraction_counts.tab	Mon Sep 18 17:22:07 2017 -0400
+++ b/test-data/355_fraction_counts.tab	Tue Sep 19 17:23:15 2017 -0400
@@ -1,210 +1,210 @@
-LSU-rRNA_Dme	rRNA	rRNA	4126525
-FW3_DM	LINE	Jockey	376
-DMTOM1_LTR	LTR	Gypsy	458
-R1_DM	LINE	R1	6019
-TAHRE	LINE	Jockey	1417
-G4_DM	LINE	Jockey	1225
-BS	LINE	Jockey	4135
-Stalker2_I-int	LTR	Gypsy	4814
-Stalker3_LTR	LTR	Gypsy	235
-TABOR_I-int	LTR	Gypsy	3691
-G7_DM	LINE	Jockey	418
-BEL_I-int	LTR	Pao	15192
-Gypsy6_I-int	LTR	Gypsy	3763
+5S_DM	RNA	RNA	4146
 ACCORD_I-int	LTR	Gypsy	2031
-DM412B_LTR	LTR	Gypsy	3001
-G2_DM	LINE	Jockey	764
-SSU-rRNA_Hsa	rRNA	rRNA	301813
-TART_B1	LINE	Jockey	5089
-S2_DM	DNA	TcMar-Tc1	205
-LOOPER1_DM	DNA	PiggyBac	31
-HOBO	DNA	hAT-hobo	2119
+ACCORD_LTR	LTR	Gypsy	344
+ACCORD2_I-int	LTR	Gypsy	1200
+ACCORD2_LTR	LTR	Gypsy	76
+ALA_DM	Unknown	Unknown	0
 ARS406_DM	Unknown	Unknown	230
-G6_DM	LINE	Jockey	786
-DOC2_DM	LINE	Jockey	2052
 Baggins1	LINE	LOA	1832
-NINJA_LTR	LTR	Pao	114
-TRANSIB2	DNA	CMC-Transib	1484
-Gypsy5_LTR	LTR	Gypsy	326
-MDG3_LTR	LTR	Gypsy	454
-Gypsy12A_LTR	LTR	Gypsy	1077
-Gypsy_LTR	LTR	Gypsy	1737
-TIRANT_LTR	LTR	Gypsy	1596
-I_DM	LINE	I	11149
-DIVER2_I-int	LTR	Pao	2668
-P-1_DY	DNA	P	4
-Invader2_I-int	LTR	Gypsy	3157
-DOC6_DM	LINE	Jockey	768
-BURDOCK_LTR	LTR	Gypsy	193
-SSU-rRNA_Dme	rRNA	rRNA	3822
-MAX_LTR	LTR	Pao	343
-STALKER4_LTR	LTR	Gypsy	803
-XDMR_DM	Unknown	Unknown	1587
 BARI_DM	DNA	TcMar-Tc1	522
-Transib-N1_DM	DNA	CMC-Transib	130
-Gypsy5_I-int	LTR	Gypsy	1036
-XDMR	Unknown	Unknown	903
-ACCORD2_LTR	LTR	Gypsy	76
-POGON1	DNA	TcMar-Pogo	256
+BARI1	DNA	TcMar-Tc1	125
+BATUMI_I-int	LTR	Pao	1842
+BATUMI_LTR	LTR	Pao	169
+BEL_I-int	LTR	Pao	15192
+BEL_LTR	LTR	Pao	605
+Bica_I-int	LTR	Gypsy	618
+Bica_LTR	LTR	Gypsy	67
+BLASTOPIA_I-int	LTR	Gypsy	12045
+BLASTOPIA_LTR	LTR	Gypsy	919
+BLOOD_I-int	LTR	Gypsy	13280
+BLOOD_LTR	LTR	Gypsy	542
+BS	LINE	Jockey	4135
+BS2	LINE	Jockey	2086
+BS3_DM	LINE	Jockey	453
 BS4_DM	LINE	Jockey	23
-ALA_DM	Unknown	Unknown	0
-Gypsy1-I_DM	LTR	Gypsy	22753
-ACCORD_LTR	LTR	Gypsy	344
 BURDOCK_I-int	LTR	Gypsy	2232
-ZAM_I-int	LTR	Gypsy	2892
-Invader5_I-int	LTR	Gypsy	117
-G3_DM	LINE	Jockey	250
-ROOA_I-int	LTR	Pao	2579
-Gypsy1-LTR_DM	LTR	Gypsy	576
+BURDOCK_LTR	LTR	Gypsy	193
+Chimpo_I-int	LTR	Gypsy	370
+Chimpo_LTR	LTR	Gypsy	33
+Chouto_I-int	LTR	Gypsy	518
+Chouto_LTR	LTR	Gypsy	159
+CIRCE	LTR	Gypsy	1570
+Copia_I-int	LTR	Copia	87220
+Copia_LTR	LTR	Copia	3075
+Copia1-I_DM	LTR	Copia	1946
+Copia1-LTR_DM	LTR	Copia	389
+Copia2_I-int	LTR	Copia	1892
+Copia2_LTR_DM	LTR	Copia	460
+DIVER_I-int	LTR	Pao	11751
+DIVER_LTR	LTR	Pao	328
+DIVER2_I-int	LTR	Pao	2668
+DIVER2_LTR	LTR	Pao	240
 DM1731_I-int	LTR	Copia	6873
-ROO_I-int	LTR	Pao	22941
+DM1731_LTR	LTR	Copia	321
+DM176_I-int	LTR	Gypsy	2298
+DM176_LTR	LTR	Gypsy	330
+DM297_I-int	LTR	Gypsy	42705
+DM297_LTR	LTR	Gypsy	2516
 DM412	LTR	Gypsy	23508
-PROTOP	DNA	P	2059
-TART-A	LINE	Jockey	1825
-ROO_LTR	LTR	Pao	1453
-DIVER_LTR	LTR	Pao	328
-Gypsy3_I-int	LTR	Gypsy	2258
-BATUMI_LTR	LTR	Pao	169
-IDEFIX_LTR	LTR	Gypsy	1012
-G5_DM	LINE	Jockey	1300
-HETA	LINE	Jockey	10327
-Gypsy11_I-int	LTR	Gypsy	168
-R1-2_DM	LINE	R1	68
-Gypsy11_LTR	LTR	Gypsy	48
-HELENA_RT	LINE	Jockey	416
-FTZ_DM	Unknown	Unknown	0
-MICROPIA_I-int	LTR	Gypsy	3327
-Invader4_I-int	LTR	Gypsy	1180
-PLACW_DM	DNA	P	204
-BLOOD_LTR	LTR	Gypsy	542
-R2_DM	LINE	R2	15128
-Copia1-I_DM	LTR	Copia	1946
-Gypsy4_I-int	LTR	Gypsy	5348
-Chouto_LTR	LTR	Gypsy	159
-BATUMI_I-int	LTR	Pao	1842
-DNAREP1_DM	RC	Helitron	36953
+DM412B_LTR	LTR	Gypsy	3001
+DMCR1A	LINE	CR1	8072
+DMLTR5	LTR	Gypsy	94
+DMRP1	Unknown	Unknown	144
+DMRPR	Unknown	Unknown	136
+DMRT1A	LINE	R1	1235
 DMRT1B	LINE	R1	4115
 DMRT1C	LINE	R1	670
-TLD2	LTR	Gypsy	1
-DMRT1A	LINE	R1	1235
-DM1731_LTR	LTR	Copia	321
-LSU-rRNA_Cel	rRNA	rRNA	251671
-Copia_LTR	LTR	Copia	3075
+DMTOM1_LTR	LTR	Gypsy	458
+DNAREP1_DM	RC	Helitron	36953
+DOC	LINE	Jockey	21700
+DOC2_DM	LINE	Jockey	2052
+DOC3_DM	LINE	Jockey	5205
+DOC4_DM	LINE	Jockey	658
+DOC5_DM	LINE	Jockey	752
+DOC6_DM	LINE	Jockey	768
+FB4_DM	DNA	TcMar-Tc1	3348
+FROGGER_I-int	LTR	Copia	546
+FROGGER_LTR	LTR	Copia	57
+FTZ_DM	Unknown	Unknown	0
+FUSHI_DM	Unknown	Unknown	0
+FW2_DM	LINE	Jockey	8864
+FW3_DM	LINE	Jockey	376
+G_DM	LINE	Jockey	4582
+G2_DM	LINE	Jockey	764
+G3_DM	LINE	Jockey	250
+G4_DM	LINE	Jockey	1225
+G5_DM	LINE	Jockey	1300
+G5A_DM	LINE	Jockey	582
+G6_DM	LINE	Jockey	786
+G7_DM	LINE	Jockey	418
+GTWIN_I-int	LTR	Gypsy	2930
+GTWIN_LTR	LTR	Gypsy	938
+Gypsy_I-int	LTR	Gypsy	11161
+Gypsy_LTR	LTR	Gypsy	1737
+Gypsy1-I_DM	LTR	Gypsy	22753
+Gypsy1-LTR_DM	LTR	Gypsy	576
+Gypsy10_I-int	LTR	Gypsy	927
+Gypsy10_LTR	LTR	Gypsy	162
+Gypsy11_I-int	LTR	Gypsy	168
+Gypsy11_LTR	LTR	Gypsy	48
+Gypsy12_I-int	LTR	Gypsy	2466
+Gypsy12_LTR	LTR	Gypsy	2680
+Gypsy12A_LTR	LTR	Gypsy	1077
+Gypsy2_I-int	LTR	Gypsy	1552
+Gypsy2_LTR	LTR	Gypsy	250
+Gypsy2-I_DM	LTR	Gypsy	2658
+Gypsy2-LTR_DM	LTR	Gypsy	385
+Gypsy3_I-int	LTR	Gypsy	2258
+Gypsy3_LTR	LTR	Gypsy	212
+Gypsy4_I-int	LTR	Gypsy	5348
+Gypsy4_LTR	LTR	Gypsy	218
+Gypsy5_I-int	LTR	Gypsy	1036
+Gypsy5_LTR	LTR	Gypsy	326
+Gypsy6_I-int	LTR	Gypsy	3763
 Gypsy6_LTR	LTR	Gypsy	760
-Gypsy12_I-int	LTR	Gypsy	2466
-BLASTOPIA_LTR	LTR	Gypsy	919
-Bica_LTR	LTR	Gypsy	67
+Gypsy6A_LTR	LTR	Gypsy	219
+Gypsy7_I-int	LTR	Gypsy	742
+Gypsy7_LTR	LTR	Gypsy	39
+Gypsy8_I-int	LTR	Gypsy	1247
 Gypsy8_LTR	LTR	Gypsy	486
-NINJA_I-int	LTR	Pao	1146
-PROTOP_B	DNA	P	4300
-PROTOP_A	DNA	P	1988
+Gypsy9_I-int	LTR	Gypsy	188
+Gypsy9_LTR	LTR	Gypsy	8
+HELENA_RT	LINE	Jockey	416
+Helitron1_DM	RC	Helitron	0
+HETA	LINE	Jockey	10327
+HMSBEAGLE_I-int	LTR	Gypsy	4079
+HOBO	DNA	hAT-hobo	2119
+I_DM	LINE	I	11149
+IDEFIX_I-int	LTR	Gypsy	3286
+IDEFIX_LTR	LTR	Gypsy	1012
+Invader1_I-int	LTR	Gypsy	1768
+Invader1_LTR	LTR	Gypsy	1903
+Invader2_I-int	LTR	Gypsy	3157
+Invader2_LTR	LTR	Gypsy	213
+Invader3_I-int	LTR	Gypsy	2022
 Invader3_LTR	LTR	Gypsy	227
-Chimpo_LTR	LTR	Gypsy	33
-Invader2_LTR	LTR	Gypsy	213
-BLASTOPIA_I-int	LTR	Gypsy	12045
-FROGGER_LTR	LTR	Copia	57
+Invader4_I-int	LTR	Gypsy	1180
+Invader4_LTR	LTR	Gypsy	679
+Invader5_I-int	LTR	Gypsy	117
+Invader5_LTR	LTR	Gypsy	23
+Invader6_I-int	LTR	Gypsy	3298
+Invader6_LTR	LTR	Gypsy	146
+IVK_DM	LINE	I	1769
+Jockey2	LINE	Jockey	760
+LINEJ1_DM	LINE	Jockey	15939
+LmeSINE1c	SINE	tRNA-Deu-L2	653
+LOOPER1_DM	DNA	PiggyBac	31
+LSU-rRNA_Cel	rRNA	rRNA	251671
+LSU-rRNA_Dme	rRNA	rRNA	4126525
+LSU-rRNA_Hsa	rRNA	rRNA	11
+M4DM	DNA	CMC-Transib	918
+Mariner2_DM	DNA	TcMar-Tc1	926
+MAX_I-int	LTR	Pao	3905
+MAX_LTR	LTR	Pao	343
+MDG1_I-int	LTR	Gypsy	8043
+MDG1_LTR	LTR	Gypsy	281
+MDG3_I-int	LTR	Gypsy	3770
+MDG3_LTR	LTR	Gypsy	454
+MICROPIA_I-int	LTR	Gypsy	3327
+MICROPIA_LTR	LTR	Gypsy	149
+MINOS	DNA	TcMar-Tc1	93
+MuDR-1_DEl	DNA	MULE-NOF	4
+NINJA_I-int	LTR	Pao	1146
+NINJA_LTR	LTR	Pao	114
+NOF_FB	DNA	MULE-NOF	63
 NOMAD_I-int	LTR	Gypsy	8154
+NOMAD_LTR	LTR	Gypsy	277
+NTS_DM	Other	Other	21753
+P-1_DY	DNA	P	4
+PLACW_DM	DNA	P	204
+POGO	DNA	TcMar-Pogo	1032
+POGON1	DNA	TcMar-Pogo	256
+PROTOP	DNA	P	2059
+PROTOP_A	DNA	P	1988
+PROTOP_B	DNA	P	4300
+QUASIMODO_I-int	LTR	Gypsy	8000
 QUASIMODO_LTR	LTR	Gypsy	528
-TABOR_LTR	LTR	Gypsy	88
-Stalker2_LTR	LTR	Gypsy	356
-MICROPIA_LTR	LTR	Gypsy	149
-Gypsy9_I-int	LTR	Gypsy	188
-STALKER4_I-int	LTR	Gypsy	3132
-TRANSIB1	DNA	CMC-Transib	289
-DOC	LINE	Jockey	21700
-TRANSIB3	DNA	CMC-Transib	741
-Copia_I-int	LTR	Copia	87220
-TRANSIB4	DNA	CMC-Transib	153
-Gypsy10_LTR	LTR	Gypsy	162
-Invader3_I-int	LTR	Gypsy	2022
-Invader1_I-int	LTR	Gypsy	1768
-BS3_DM	LINE	Jockey	453
-Gypsy2-LTR_DM	LTR	Gypsy	385
-LSU-rRNA_Hsa	rRNA	rRNA	11
-NOMAD_LTR	LTR	Gypsy	277
-Helitron1_DM	RC	Helitron	0
-LINEJ1_DM	LINE	Jockey	15939
-Invader4_LTR	LTR	Gypsy	679
-MDG3_I-int	LTR	Gypsy	3770
-LmeSINE1c	SINE	tRNA-Deu-L2	653
+QUASIMODO2-I_DM	LTR	Gypsy	1811
+QUASIMODO2-LTR_DM	LTR	Gypsy	105
+R1_DM	LINE	R1	6019
+R1-2_DM	LINE	R1	68
+R2_DM	LINE	R2	15128
+ROO_I-int	LTR	Pao	22941
+ROO_LTR	LTR	Pao	1453
+ROOA_I-int	LTR	Pao	2579
+ROOA_LTR	LTR	Pao	276
+ROVER-I_DM	LTR	Gypsy	3069
 ROVER-LTR_DM	LTR	Gypsy	168
 S_DM	DNA	TcMar-Tc1	2041
-Invader6_I-int	LTR	Gypsy	3298
-ROVER-I_DM	LTR	Gypsy	3069
-QUASIMODO_I-int	LTR	Gypsy	8000
-Chouto_I-int	LTR	Gypsy	518
-NTS_DM	Other	Other	21753
-Gypsy3_LTR	LTR	Gypsy	212
+S2_DM	DNA	TcMar-Tc1	205
 SSU-rRNA_Cel	rRNA	rRNA	1817
-MINOS	DNA	TcMar-Tc1	93
-DOC4_DM	LINE	Jockey	658
-ZAM_LTR	LTR	Gypsy	118
-QUASIMODO2-LTR_DM	LTR	Gypsy	105
-Gypsy2-I_DM	LTR	Gypsy	2658
-TRANSPAC_I-int	LTR	Gypsy	16760
-Bica_I-int	LTR	Gypsy	618
-BS2	LINE	Jockey	2086
-BLOOD_I-int	LTR	Gypsy	13280
-DMCR1A	LINE	CR1	8072
-QUASIMODO2-I_DM	LTR	Gypsy	1811
-HMSBEAGLE_I-int	LTR	Gypsy	4079
-DMLTR5	LTR	Gypsy	94
-Gypsy7_LTR	LTR	Gypsy	39
-G5A_DM	LINE	Jockey	582
-MDG1_I-int	LTR	Gypsy	8043
-Gypsy2_I-int	LTR	Gypsy	1552
-BARI1	DNA	TcMar-Tc1	125
-Invader5_LTR	LTR	Gypsy	23
-DM176_LTR	LTR	Gypsy	330
-DOC3_DM	LINE	Jockey	5205
-Copia1-LTR_DM	LTR	Copia	389
-TOM_I-int	LTR	Gypsy	3390
-NOF_FB	DNA	MULE-NOF	63
-Chimpo_I-int	LTR	Gypsy	370
-DIVER_I-int	LTR	Pao	11751
+SSU-rRNA_Dme	rRNA	rRNA	3822
+SSU-rRNA_Hsa	rRNA	rRNA	301813
+Stalker2_I-int	LTR	Gypsy	4814
+Stalker2_LTR	LTR	Gypsy	356
+Stalker3_LTR	LTR	Gypsy	235
+STALKER4_I-int	LTR	Gypsy	3132
+STALKER4_LTR	LTR	Gypsy	803
+TABOR_I-int	LTR	Gypsy	3691
+TABOR_LTR	LTR	Gypsy	88
+TAHRE	LINE	Jockey	1417
+TART_B1	LINE	Jockey	5089
+TART-A	LINE	Jockey	1825
+TC1_DM	DNA	TcMar-Tc1	1485
+TC1-2_DM	DNA	TcMar-Tc1	2287
 TIRANT_I-int	LTR	Gypsy	12728
-Gypsy2_LTR	LTR	Gypsy	250
-FB4_DM	DNA	TcMar-Tc1	3348
-GTWIN_LTR	LTR	Gypsy	938
-Invader6_LTR	LTR	Gypsy	146
-Gypsy8_I-int	LTR	Gypsy	1247
-G_DM	LINE	Jockey	4582
-TRANSPAC_LTR	LTR	Gypsy	979
-FUSHI_DM	Unknown	Unknown	0
+TIRANT_LTR	LTR	Gypsy	1596
+TLD2	LTR	Gypsy	1
+TOM_I-int	LTR	Gypsy	3390
+Transib-N1_DM	DNA	CMC-Transib	130
+TRANSIB1	DNA	CMC-Transib	289
+TRANSIB2	DNA	CMC-Transib	1484
+TRANSIB3	DNA	CMC-Transib	741
+TRANSIB4	DNA	CMC-Transib	153
 Transib5	DNA	CMC-Transib	328
-MuDR-1_DEl	DNA	MULE-NOF	4
-Mariner2_DM	DNA	TcMar-Tc1	926
-DOC5_DM	LINE	Jockey	752
-TC1_DM	DNA	TcMar-Tc1	1485
-Gypsy9_LTR	LTR	Gypsy	8
-DMRP1	Unknown	Unknown	144
-Gypsy10_I-int	LTR	Gypsy	927
-Gypsy4_LTR	LTR	Gypsy	218
-DM297_LTR	LTR	Gypsy	2516
-ACCORD2_I-int	LTR	Gypsy	1200
-Invader1_LTR	LTR	Gypsy	1903
-BEL_LTR	LTR	Pao	605
-IVK_DM	LINE	I	1769
-M4DM	DNA	CMC-Transib	918
-FW2_DM	LINE	Jockey	8864
-Copia2_I-int	LTR	Copia	1892
-MDG1_LTR	LTR	Gypsy	281
-Gypsy12_LTR	LTR	Gypsy	2680
-Gypsy7_I-int	LTR	Gypsy	742
-FROGGER_I-int	LTR	Copia	546
-Gypsy_I-int	LTR	Gypsy	11161
-5S_DM	RNA	RNA	4146
-GTWIN_I-int	LTR	Gypsy	2930
-CIRCE	LTR	Gypsy	1570
-DIVER2_LTR	LTR	Pao	240
-POGO	DNA	TcMar-Pogo	1032
-Gypsy6A_LTR	LTR	Gypsy	219
-MAX_I-int	LTR	Pao	3905
-ROOA_LTR	LTR	Pao	276
-DM176_I-int	LTR	Gypsy	2298
-Copia2_LTR_DM	LTR	Copia	460
-DM297_I-int	LTR	Gypsy	42705
-IDEFIX_I-int	LTR	Gypsy	3286
-Jockey2	LINE	Jockey	760
-TC1-2_DM	DNA	TcMar-Tc1	2287
-DMRPR	Unknown	Unknown	136
+TRANSPAC_I-int	LTR	Gypsy	16760
+TRANSPAC_LTR	LTR	Gypsy	979
+XDMR	Unknown	Unknown	903
+XDMR_DM	Unknown	Unknown	1587
+ZAM_I-int	LTR	Gypsy	2892
+ZAM_LTR	LTR	Gypsy	118