Mercurial > repos > artbio > sambamba

comparison test-data/c1215_fixmate_sampled.sam @ 2:7ad3484aa5db draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
"planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/sambamba commit ea1ce99d707fcf2d64f6f2cd96fdd1754f344df1"
author artbio
date Thu, 30 Dec 2021 02:06:08 +0000
parents e3cbb848d8f7
children
comparison
equal deleted inserted replaced
1:6195f15d4541 2:7ad3484aa5db
1 @HD VN:1.3 SO:coordinate 1 @HD VN:1.3 SO:coordinate
2 @PG ID:sambamba CL:view -h -t 1 -f sam --subsampling-seed=123 -s 0.1 -o /tmp/tmpsodu2dip/files/2/b/e/dataset_2be4d6d2-9c36-480e-a69b-61d0f4ba66d5.dat input.bam VN:1.0 2 @PG ID:sambamba CL:view -h -t 1 -f sam --subsampling-seed=123 -s 0.1 -o /tmp/tmp1mtgiw55/files/1/2/e/dataset_12e22434-7749-4511-b122-b93c9487e848.dat input.bam VN:1.0
3 AL096846_2_151_2180 99 AL096846 2 60 35M = 117 150 ATATATAATTTAATAAATACATTCCGACGATACTG <<<<<<<<<<<<<<<:(<<<<<<<<<<:<<:5<;; XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:35 3 AL096846_2_151_2180 99 AL096846 2 60 35M = 117 150 ATATATAATTTAATAAATACATTCCGACGATACTG <<<<<<<<<<<<<<<:(<<<<<<<<<<:<<:5<;; XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:35
4 AL096846_11_168_117e 163 AL096846 11 60 35M = 134 158 TTAATAAATACATTCCGACGATACTGCCTCTATGG <<<<<<<<<<<<<<,2<<<<<<<<<<7<<<:<<<6 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:35 4 AL096846_11_168_117e 163 AL096846 11 60 35M = 134 158 TTAATAAATACATTCCGACGATACTGCCTCTATGG <<<<<<<<<<<<<<,2<<<<<<<<<<7<<<:<<<6 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:35
5 AL096846_15_201_212 163 AL096846 15 60 35M = 167 187 TAAATACATTCCGACGATACTGCCTCTATGGCTTA 8:<<<<<<<<<<;<<<;;<<<<<<<994<);<<29 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:35 5 AL096846_15_201_212 163 AL096846 15 60 35M = 167 187 TAAATACATTCCGACGATACTGCCTCTATGGCTTA 8:<<<<<<<<<<;<<<;;<<<<<<<994<);<<29 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:35
6 AL096846_18_177_544 163 AL096846 18 60 35M = 143 160 ATACATTCCGACGATACTGCCTCTATGGCTTAGTG <<<99<<<<<<<88<<3<<<<<2<<<<:;:;<::6 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:35 6 AL096846_18_177_544 163 AL096846 18 60 35M = 143 160 ATACATTCCGACGATACTGCCTCTATGGCTTAGTG <<<99<<<<<<<88<<3<<<<<2<<<<:;:;<::6 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:35
7 AL096846_21_188_26b9 163 AL096846 21 60 35M = 154 168 CATTCCGACGATACTGCCTCTATGGCTTAGTGGTA <<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<8<<5< XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:35 7 AL096846_21_188_26b9 163 AL096846 21 60 35M = 154 168 CATTCCGACGATACTGCCTCTATGGCTTAGTGGTA <<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<8<<5< XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:35