Mercurial > repos > artbio > snvtocnv

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#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	NORMAL	TUMOR
chr22	10510983	.	A	G	.	PASS	DP=35;SS=1;SSC=0;GPV=8.9137e-21;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:16:0,16:0,3:0,13	1/1:.:19:0,19:0,6:0,13
chr22	10511046	.	G	T	.	PASS	DP=33;SS=1;SSC=0;GPV=1.3852e-19;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:17:0,17:0,5:0,12	1/1:.:16:0,16:0,6:0,10
chr22	10511116	.	G	A	.	PASS	DP=33;SS=1;SSC=1;GPV=1.0623e-09;SPV=0.73003	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:16:5,11:3,5:2,6	0/1:.:17:6,11:3,6:3,5
chr22	10511193	.	T	C	.	PASS	DP=41;SS=1;SSC=0;GPV=2.3541e-24;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:17:0,17:0,11:0,6	1/1:.:24:0,24:0,17:0,7
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chr22	12136336	.	C	T	.	PASS	DP=40;SS=1;SSC=0;GPV=9.3017e-24;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:25:0,25:0,11:0,14	1/1:.:15:0,15:0,11:0,4
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chr22	17193405	.	G	A	.	PASS	DP=38;SS=1;SSC=5;GPV=2.0535e-06;SPV=0.26361	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:17,10:9,5:8,5	0/1:.:11:5,6:3,2:2,4
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chr22	19849387	.	G	A	.	PASS	DP=58;SS=1;SSC=3;GPV=4.8441e-11;SPV=0.40321	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:31:17,14:12,5:5,9	0/1:.:27:13,14:2,4:11,10
chr22	19849775	.	G	A	.	PASS	DP=85;SS=1;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0083455	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:49:33,16:17,11:16,5	0/1:.:36:14,22:8,10:6,12
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chr22	20195507	.	G	A	.	PASS	DP=75;SS=1;SSC=0;GPV=1.12104e-44;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:44:0,44:0,19:0,25	1/1:.:31:0,31:0,13:0,18
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chr22	20197069	.	A	G	.	PASS	DP=97;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:50:0,49:0,19:0,30	1/1:.:47:0,47:0,17:0,30
chr22	20197187	.	A	G	.	PASS	DP=99;SS=1;SSC=4;GPV=2.1398e-20;SPV=0.38355	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:67:33,34:11,17:22,17	0/1:.:32:14,18:4,7:10,11
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chr22	20714371	.	A	G	.	PASS	DP=84;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:41:0,41:0,26:0,15	1/1:.:43:0,43:0,26:0,17
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chr22	23390805	.	G	A	.	PASS	DP=78;SS=1;SSC=7;GPV=2.5259e-14;SPV=0.18227	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:39:23,16:12,3:11,13	0/1:.:39:18,21:9,9:9,12
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chr22	24152818	.	T	C	.	PASS	DP=84;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:44:0,44:0,28:0,16	1/1:.:40:0,40:0,22:0,18
chr22	24154335	.	T	C	.	PASS	DP=69;SS=1;SSC=0;GPV=4.23304e-41;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:42:0,42:0,21:0,21	1/1:.:27:0,27:0,12:0,15
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chr22	24168814	.	C	T	.	PASS	DP=85;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:53:0,53:0,26:0,27	1/1:.:32:0,32:0,16:0,16
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chr22	24228902	.	G	A	.	PASS	DP=66;SS=1;SSC=0;GPV=2.6498e-39;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:43:0,43:0,27:0,16	1/1:.:23:0,23:0,15:0,8
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chr22	24235154	.	A	G	.	PASS	DP=54;SS=1;SSC=0;GPV=4.0229e-32;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:33:0,33:0,15:0,18	1/1:.:21:0,21:0,12:0,9
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chr22	25070586	.	G	A	.	PASS	DP=74;SS=1;SSC=9;GPV=5.0242e-18;SPV=0.11837	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:42:20,22:8,14:12,8	0/1:.:32:10,22:4,9:6,13
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chr22	27698397	.	C	T	.	PASS	DP=63;SS=1;SSC=0;GPV=1.657e-37;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:34:0,34:0,21:0,13	1/1:.:29:0,29:0,9:0,20
chr22	27698847	.	G	A	.	PASS	DP=74;SS=1;SSC=4;GPV=5.8059e-16;SPV=0.37839	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:41:20,21:12,14:8,7	0/1:.:33:14,19:7,8:7,11
chr22	27699490	.	G	A	.	PASS	DP=75;SS=1;SSC=2;GPV=1.8524e-14;SPV=0.55608	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:45:23,22:13,13:10,9	0/1:.:30:15,15:7,7:8,8
chr22	27699785	.	G	A	.	PASS	DP=85;SS=1;SSC=0;GPV=8.3232e-17;SPV=0.96752	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:46:19,27:8,14:11,13	0/1:.:39:23,16:15,9:8,7
chr22	27700965	.	C	A	.	PASS	DP=76;SS=1;SSC=0;GPV=2.8026e-45;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:43:0,43:0,17:0,26	1/1:.:33:0,33:0,14:0,19
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chr22	30676766	.	A	G	.	PASS	DP=80;SS=1;SSC=1;GPV=4.3784e-17;SPV=0.72349	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:45:20,25:9,16:11,9	0/1:.:35:17,18:9,7:8,11
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chr22	30682858	.	G	A	.	PASS	DP=58;SS=1;SSC=3;GPV=1.0786e-09;SPV=0.40123	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:22,15:11,7:11,8	0/1:.:21:11,10:7,6:4,4
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chr22	31615943	.	T	C	.	PASS	DP=81;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:42:0,42:0,17:0,25	1/1:.:39:0,39:0,22:0,17
chr22	31624658	.	C	G	.	PASS	DP=69;SS=1;SSC=0;GPV=4.23304e-41;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:32:0,32:0,14:0,18	1/1:.:37:0,37:0,21:0,16
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chr22	32602746	.	T	C	.	PASS	DP=86;SS=1;SSC=0;GPV=3.1151e-17;SPV=0.97382	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:51:21,30:14,10:7,20	0/1:.:35:21,14:8,7:13,7
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chr22	32778735	.	G	A	.	PASS	DP=90;SS=1;SSC=0;GPV=1.6633e-17;SPV=0.80132	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:49:23,26:13,13:10,13	0/1:.:41:22,19:16,11:6,8
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chr22	32780464	.	C	T	.	PASS	DP=66;SS=1;SSC=0;GPV=2.6498e-39;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:35:0,35:0,18:0,17	1/1:.:31:0,31:0,8:0,23
chr22	32780546	.	G	A	.	PASS	DP=75;SS=1;SSC=4;GPV=2.1236e-16;SPV=0.33559	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:41:20,21:12,15:8,6	0/1:.:34:14,20:6,7:8,13
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chr22	33123766	.	T	C	.	PASS	DP=64;SS=1;SSC=0;GPV=1.2401e-12;SPV=0.89448	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:14,18:7,9:7,9	0/1:.:32:18,14:8,9:10,5
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chr22	33941394	.	C	T	.	PASS	DP=52;SS=1;SSC=4;GPV=2.1991e-10;SPV=0.39063	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:28:15,13:10,9:5,4	0/1:.:24:11,13:8,9:3,4
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chr22	35135401	.	T	G	.	PASS	DP=73;SS=1;SSC=2;GPV=1.5635e-16;SPV=0.56709	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:43:19,24:9,10:10,14	0/1:.:30:13,17:6,8:7,9
chr22	35135619	.	C	T	.	PASS	DP=76;SS=1;SSC=0;GPV=5.9795e-14;SPV=0.95252	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:42:19,23:9,18:10,5	0/1:.:34:21,13:11,8:10,5
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chr22	35379557	.	G	A	.	PASS	DP=60;SS=1;SSC=6;GPV=2.2591e-14;SPV=0.22907	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:14,15:7,5:7,10	0/1:.:31:11,20:4,14:7,6
chr22	35379696	.	T	G	.	PASS	DP=38;SS=1;SSC=2;GPV=1.0241e-15;SPV=0.61636	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:18:3,15:0,11:3,4	1/1:.:20:3,17:2,11:1,6
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chr22	36160916	.	C	T	.	PASS	DP=86;SS=1;SSC=8;GPV=2.553e-12;SPV=0.13314	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:57:38,19:17,8:21,11	0/1:.:29:15,14:11,8:4,6
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chr22	36161893	.	G	A	.	PASS	DP=69;SS=1;SSC=1;GPV=8.7033e-16;SPV=0.74421	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:41:17,24:9,12:8,12	0/1:.:28:13,15:6,5:7,10
chr22	36163389	.	C	T	.	PASS	DP=69;SS=1;SSC=6;GPV=7.191e-13;SPV=0.22164	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:46:26,20:11,9:15,11	0/1:.:23:10,13:5,8:5,5
chr22	36166188	.	G	T	.	PASS	DP=77;SS=1;SSC=1;GPV=8.6835e-16;SPV=0.76708	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:50:23,27:9,9:14,18	0/1:.:27:14,13:7,4:7,9
chr22	36166386	.	A	G	.	PASS	DP=67;SS=1;SSC=1;GPV=1.3693e-11;SPV=0.7689	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:38:20,18:12,10:8,8	0/1:.:29:17,12:9,8:8,4
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chr22	36469338	.	A	G	.	PASS	DP=67;SS=1;SSC=7;GPV=2.098e-14;SPV=0.17154	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:38:20,18:8,10:12,8	0/1:.:29:11,18:9,11:2,7
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chr22	36527097	.	C	T	.	PASS	DP=78;SS=1;SSC=2;GPV=8.7026e-15;SPV=0.5941	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:41:21,20:11,12:10,8	0/1:.:37:19,18:8,12:11,6
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chr22	36812762	.	T	C	.	PASS	DP=68;SS=1;SSC=0;GPV=1.6809e-40;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:39:0,39:0,21:0,18	1/1:.:29:0,29:0,15:0,14
chr22	36812908	.	A	G	.	PASS	DP=74;SS=1;SSC=0;GPV=4.34403e-44;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:42:0,42:0,20:0,22	1/1:.:32:0,32:0,21:0,11
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chr22	36814426	.	G	A	.	PASS	DP=81;SS=1;SSC=4;GPV=3.3238e-09;SPV=0.32953	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:27,10:9,5:18,5	0/1:.:44:29,15:14,10:15,5
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chr22	37381573	.	T	G	.	PASS	DP=76;SS=1;SSC=0;GPV=2.8026e-45;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:47:0,47:0,17:0,30	1/1:.:29:0,29:0,12:0,17
chr22	37382055	.	T	C	.	PASS	DP=48;SS=1;SSC=0;GPV=1.554e-28;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:30:0,30:0,14:0,16	1/1:.:18:0,18:0,10:0,8
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chr22	37382436	.	G	T	.	PASS	DP=63;SS=1;SSC=0;GPV=1.657e-37;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:40:0,40:0,19:0,21	1/1:.:23:0,23:0,13:0,10
chr22	37382616	.	C	G	.	PASS	DP=53;SS=1;SSC=0;GPV=1.5943e-31;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:27:0,27:0,10:0,17	1/1:.:26:0,26:0,13:0,13
chr22	37383179	.	G	A	.	PASS	DP=81;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:35:0,35:0,22:0,13	1/1:.:46:0,46:0,23:0,23
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chr22	37383673	.	G	T	.	PASS	DP=106;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:65:0,65:0,32:0,33	1/1:.:41:0,41:0,18:0,23
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chr22	37701352	.	C	G	.	PASS	DP=94;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:56:0,56:0,30:0,26	1/1:.:38:0,38:0,14:0,24
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chr22	37706938	.	T	A	.	PASS	DP=77;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:49:0,49:0,29:0,20	1/1:.:28:0,28:0,19:0,9
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chr22	37708602	.	C	G	.	PASS	DP=95;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:47:0,47:0,26:0,21	1/1:.:48:0,48:0,27:0,21
chr22	37709246	.	G	A	.	PASS	DP=77;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:46:0,46:0,18:0,28	1/1:.:31:0,31:0,16:0,15
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chr22	37962847	.	C	A	.	PASS	DP=68;SS=1;SSC=0;GPV=2.9254e-10;SPV=0.93536	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:39:21,18:9,8:12,10	0/1:.:29:20,9:6,2:14,7
chr22	37965116	.	A	G	.	PASS	DP=71;SS=1;SSC=1;GPV=2.4568e-12;SPV=0.74404	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:38:20,18:12,14:8,4	0/1:.:33:19,14:12,4:7,10
chr22	37965282	.	G	C	.	PASS	DP=78;SS=1;SSC=0;GPV=1.0364e-16;SPV=0.92461	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:55:23,32:14,16:9,16	0/1:.:23:13,10:6,5:7,5
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chr22	38362516	.	T	C	.	PASS	DP=56;SS=1;SSC=5;GPV=1.1473e-10;SPV=0.30803	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:18,14:11,6:7,8	0/1:.:24:11,13:3,4:8,9
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chr22	43309923	.	C	T	.	PASS	DP=86;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:52:0,52:0,29:0,23	1/1:.:34:0,34:0,14:0,20
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chr22	44184907	.	A	G	.	PASS	DP=73;SS=1;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046068	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:43:27,16:14,6:13,10	0/1:.:30:12,18:8,11:4,7
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chr22	44220338	.	C	G	.	PASS	DP=73;SS=1;SSC=0;GPV=1.69557e-43;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:43:0,43:0,23:0,20	1/1:.:30:0,30:0,9:0,21
chr22	44220495	.	G	A	.	PASS	DP=65;SS=1;SSC=3;GPV=1.3846e-12;SPV=0.4529	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:34:18,16:8,7:10,9	0/1:.:31:15,16:7,8:8,8
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chr22	44323919	.	A	G	.	PASS	DP=67;SS=1;SSC=1;GPV=6.2003e-16;SPV=0.75508	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:38:15,23:9,14:6,9	0/1:.:29:13,16:7,14:6,2
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chr22	46581342	.	A	G	.	PASS	DP=70;SS=1;SSC=1;GPV=7.8606e-18;SPV=0.67807	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:40:15,25:10,13:5,12	0/1:.:30:12,18:6,12:6,6
chr22	46583760	.	A	G	.	PASS	DP=86;SS=1;SSC=7;GPV=6.6189e-12;SPV=0.17058	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:50:34,16:13,9:21,7	0/1:.:36:20,16:11,7:9,9
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chr22	46584611	.	G	A	.	PASS	DP=77;SS=1;SSC=1;GPV=2.6279e-15;SPV=0.78509	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:43:20,23:11,12:9,11	0/1:.:34:18,16:11,7:7,9
chr22	46584639	.	G	C	.	PASS	DP=81;SS=1;SSC=6;GPV=1.3916e-15;SPV=0.22026	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:49:27,22:17,13:10,9	0/1:.:32:14,18:6,11:8,7
chr22	46586121	.	C	G	.	PASS	DP=76;SS=1;SSC=0;GPV=9.7292e-12;SPV=0.86868	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:47:26,21:13,11:13,10	0/1:.:29:19,10:9,6:10,4
chr22	46586824	.	T	C	.	PASS	DP=81;SS=1;SSC=5;GPV=4.0755e-15;SPV=0.30543	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:47:26,21:11,9:15,12	0/1:.:34:16,18:9,8:7,10
chr22	46586825	.	G	A	.	PASS	DP=83;SS=1;SSC=3;GPV=1.4126e-14;SPV=0.41565	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:48:27,21:12,9:15,12	0/1:.:35:18,17:11,6:7,11
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chr22	47097099	.	G	C	.	PASS	DP=58;SS=1;SSC=4;GPV=0.0064484;SPV=0.34388	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:33:30,3:13,1:17,2	0/1:.:25:21,4:11,1:10,3
chr22	47098550	.	A	G	.	PASS	DP=77;SS=1;SSC=1;GPV=8.5945e-18;SPV=0.64369	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:45:19,26:10,11:9,15	0/1:.:32:14,18:6,12:8,6
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chr22	48544061	.	A	C	.	PASS	DP=89;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:44:0,44:0,20:0,24	1/1:.:45:0,45:0,29:0,16
chr22	48544741	.	T	C	.	PASS	DP=101;SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:52:0,52:0,25:0,27	1/1:.:49:0,49:0,22:0,27
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chr22	48597923	.	G	A	.	PASS	DP=76;SS=1;SSC=4;GPV=6.9925e-15;SPV=0.31857	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:47:25,22:10,11:15,11	0/1:.:29:13,16:9,5:4,11
chr22	48598980	.	G	A	.	PASS	DP=67;SS=1;SSC=0;GPV=6.4906e-14;SPV=0.97999	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:39:15,24:8,18:7,6	0/1:.:28:17,11:8,2:9,9
chr22	48599383	.	C	T	.	PASS	DP=97;SS=1;SSC=5;GPV=9.6723e-17;SPV=0.26438	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:66:38,28:20,12:18,16	0/1:.:31:15,16:9,9:6,7
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chr22	48650810	.	C	A	.	PASS	DP=68;SS=1;SSC=7;GPV=4.0594e-37;SPV=0.17823	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:39:0,39:0,20:0,19	1/1:.:29:2,27:0,18:2,9
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chr22	50157413	.	T	C	.	PASS	DP=72;SS=1;SSC=0;GPV=6.75426e-43;SPV=1	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:45:0,45:0,23:0,22	1/1:.:27:0,27:0,14:0,13
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author	artbio
date	Thu, 19 May 2022 20:35:24 +0000
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