# HG changeset patch
# User artbio
# Date 1505168860 14400
# Node ID e7e7785e41d09370c81c414eb5bb565c29eb1767

planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/sr_bowtie_dataset_annotation commit 80b49bd722e8ea8d7dba6dcfe538537cd710d2a2

diff -r 000000000000 -r e7e7785e41d0 sr_bowtie_dataset_annotation.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sr_bowtie_dataset_annotation.xml	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,161 @@
+<tool id="sr_bowtie_dataset_annotation" name="Annotate smRNA dataset" version="2.0.0">
+  <description>by iterative alignments with sRbowtie</description>
+  <requirements>
+        <requirement type="package" version="1.1.2">bowtie</requirement>
+  </requirements>
+  <command  detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        #if $refGenomeSource1.genomeSource == "history":
+            bowtie-build -f $refGenomeSource1.ownFile genome  1>/dev/null &&
+            ln -s -f '$refGenomeSource1.ownFile' genome.fa &&
+            #set index_path = 'genome'
+        #else:
+            #set index_path = $refGenomeSource1.index.fields.path
+        #end if
+        #if $input.extension == "fasta":
+            #set format = "-f"
+        #elif $input.extension == "fastq":
+            #set format = "-q"
+        #end if
+        #if $format == '-f':
+            input_nbr_read=\$(( \$(wc -l < $input)/2)) &&
+        #elif $format == '-q':
+            input_nbr_read=\$(( \$(wc -l < $input)/4)) &&
+        #end if
+        #set method_prefix = "-v %s -k 1 --best" % str($mismatches)
+        bowtie -p \${GALAXY_SLOTS:-4}
+               $method_prefix
+               --al matched.fa
+               --un unmatched.fa
+               --suppress 6,7,8
+               $index_path $format '$input' > tabular_bowtie_output.tab &&
+        genome_aligned=\$(wc -l < matched.fa) &&
+        genome_aligned=\$(( \$genome_aligned/2)) &&
+        echo -e "$refGenomeSource1.ownFile.name Matched\t\${genome_aligned}\n" > $output &&
+        #set counter = 0
+        #for $i in $AdditionalQueries:
+            rm genome.fa &&
+            #set $counter += 1
+            #if $counter != 1:
+                #set input = "class_unmatched.fa"
+            #else:
+                #set input = "matched.fa"
+            #end if
+            touch temp_class_matched.fa temp_class_unmatched.fa &&
+            bowtie-build -f $i.ownFile genome  1>/dev/null &&
+            ln -s -f '$i.ownFile' genome.fa &&
+            #set index_path = 'genome'
+            bowtie -p \${GALAXY_SLOTS:-4}
+                $method_prefix
+                --al temp_class_matched.fa
+                --un temp_class_unmatched.fa
+                --suppress 6,7,8
+                $index_path $format '$input' > tabular_bowtie_output.tab &&
+            class_aligned=\$(( \$(wc -l < temp_class_matched.fa)/2)) &&
+            class_unaligned=\$(( \$(wc -l < temp_class_unmatched.fa)/2)) &&
+            mv temp_class_unmatched.fa class_unmatched.fa &&
+            echo -e "$i.ownFile.name Matched\t\${class_aligned}\n" >> $output &&
+        #end for
+        remaining=\$(( \$(wc -l < class_unmatched.fa)/2)) &&
+        echo -e "Unmatched to previous indexes\t\${remaining}\n" >> $output
+        ]]></command>
+  <inputs>
+      <param name="input" type="data" format="fasta,fastq" label="Input file: reads clipped from their adapter" help="Only with clipped, raw fasta or fastq files"/>
+    <param name="mismatches" type="select" label="Number of mismatches allowed" help="specify the number of mismatches allowed during alignments">
+        <option value="0">0</option>
+        <option value="1" selected="true">1</option>
+        <option value="2">2</option>
+        <option value="3">3</option>
+    </param>
+<!-- First bowtie index selection -->
+    <conditional name="refGenomeSource1">
+      <param name="genomeSource" type="select" label="Will you select a reference genome from your history or use a built-in index?" help="Bowtie Built-ins were indexed using default options">
+        <option value="indexed">Use a built-in index</option>
+        <option value="history">Use one from the history</option>
+      </param>
+      <when value="indexed">
+        <param name="index" type="select" label="Select a DNA reference index" help="if your genome of interest is not listed - contact instance administrator">
+          <options from_data_table="bowtie_indexes"/>
+        </param>
+      </when>
+      <when value="history">
+        <param name="ownFile" type="data" format="fasta" label="Select a fasta file, to serve as index reference" />
+      </when>
+    </conditional>
+<!-- End of first bowtie index selection -->
+<!-- other  bowtie index selections from fasta in history (mandatory) -->
+    <repeat name="AdditionalQueries" title="Additional Alignment Step">
+        <param name="ownFile" type="data" format="fasta" label="Select a fasta file, to serve as index reference" />
+    </repeat>
+<!-- End of other bowtie index selections -->
+   </inputs>
+   <outputs>
+   <data format="tabular" name="output" label="Cascade Annotation Analysis">
+       <actions>
+           <action name="column_names" type="metadata" default="Reference Index,Number of reads" />
+       </actions>
+    </data>
+   </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="input" value ="sample1.fa" ftype="fasta" />
+            <param name="genomeSource" value="history" />
+            <param name="ownFile" value ="2L-tail.fa" ftype="fasta" />
+            <param name="AdditionalQueries_0|ownFile" value="dme_miR21_hairpin.fa" ftype="fasta" />
+            <param name="AdditionalQueries_1|ownFile" value="Ensembl_transposon_set.fa" ftype="fasta" />
+            <output name="output" ftype="tabular" file="sample1_output.tab" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="input" value ="sample.fastq" ftype="fastq" />
+            <param name="genomeSource" value="history" />
+            <param name="ownFile" value ="2L-tail.fa" ftype="fasta" />
+            <param name="AdditionalQueries_0|ownFile" value="dme_miR21_hairpin.fa" ftype="fasta" />
+            <param name="AdditionalQueries_1|ownFile" value="Ensembl_transposon_set.fa" ftype="fasta" />
+            <output name="output" ftype="tabular" file="sample_output.tab" />
+        </test>
+    </tests>
+  <help>
+
+**Introduction**
+
+Bowtie_ is a short read aligner designed to be ultrafast and memory-efficient.
+A generic "Map with Bowtie for Illumina" Galaxy tool is available in the main Galaxy distribution.
+
+Here The sRbowtie wrapper specifically works with short reads FASTA or FASTQ inputs
+(-v bowtie mode, with -k 1) which has to be clipped from adapter before alignment.
+
+.. _Bowtie: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml
+
+
+------
+
+**What it does**
+
+.. class:: infomark
+
+This script uses the sRbowtie wrapper to iteratively match reads on a reference indexes.
+Read that aligned to the first reference are realigned to the second reference.
+From this point, unaligned reads are taken as input for alignment to the third reference, etc.
+
+
+Reads are Matched on DNA references (both strands) as fast as possible, without taking care of mapping issues
+
+*-v [0,1,2,3] -k 1 --best -p 12 --suppress 6,7,8*
+
+unaligned reads at step N are used as input for sRbowtie at step N+1
+
+-----
+
+**Input formats**
+
+.. class:: warningmark
+
+*Reads must be clipped from their adapter and provided in a FASTA or FASTQ format*
+
+-----
+
+**OUTPUTS**
+
+**Annotation table in a tabular format**
+
+  </help>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r e7e7785e41d0 test-data/2L-tail.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/2L-tail.fa	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,3001 @@
+>2L-tail
+CCCATTCATACAAAATCCTATAGGTACCCCTACATCCACAAAGAGGAAGTTAAAAAGCAAATAGAATCAATGCTAAACCA
+AGATATCATCAAATCTAGCTATTCTCCATGGAGCGCCCCTGTTTGGGTAGTCCCTGAAAAATTCACTCCTACAGGAGAAC
+AAAAATGGCGTCTTGTTATCGATTATAGAAAACTCAATGGAAAAACTATATCTGACAAGTATCACATCCTAATATTGCAG
+ACATTTTAGACAGATTGGGCAAAGCTAGATTGGACTTGATTGGTGGACTAGACACACGAGGACGTGTGAAAGGTCAGGAA
+GGCCGTGTCGGAGCGCAACTCTTCGCATTCTAGGATTCTTTCTGTGAATTCACATGCTGATGAAATTGTAATATATGCGC
+CATACGATTTTTTTGCATACGCTTTTTTCGCCGTGGCTTTAGAGGTGGCTCCAGGATCTCTCGAATTTTTGTTCGAGAGC
+GAGAGAGCGGAGAGCGCTACAGCGAACAGCTCTTTTCTACACATACAATGATAGCAGACAACTGTATGTGTGCACACGTA
+TGCTCATGCATTGTAAATTTGACAAAATATGCCCTTCAATTTAGAAGTTCTTGGACTTTAAACCTATATTATTTTTGATC
+AATTGCCACCATGCAAAAATTCTTCTTTTGCATTGCCTTAAAGTTATTATTATTTAAATAAAGCTTAGAAATAGTAATAG
+CCAAATCATAATATTACAAAATAAATTTCAAAAATGACTATATTAGAATAATTCTCATTAGAGTATTTAGCTTGCGACGT
+ATGAAAAATTAATAAGGCAATGATTGTTGAGTGCTTGTGTCCGCACATCTCGCCTCAAGATATGACTTTTGCTATTTTCA
+TTTATTTATTTATTTATTTGCTACTACGTATAATTGTTATGAAATATTTATATAGTTTTTTAATTGAGCCGAACAAATGA
+TCCGTATTTAAACTAAGATCAACGCTGAAAGTTAAATAGTTTTTATTTTTCAAGTCGAACAAATGATCCGTATTTAAACT
+AGGATCAACTCCGAAATAAATTAAACACTGAATTCGGTTTCGAAATTCGGTTTTGGTTTTTATTAAATATCGGTTTAAGA
+CTTATTGAACTTTACGGTATAACTTTCAACTTAAGACTGATTTCAAATGTGAGTGAGATTGAGAAGGGGCCTCTATGGGT
+TACAGAAATAAAGAATAGGAAAAAAACGGAATATCTCCCAAGGTTGTGAAGTGAAGTAATAACGATCGACACGCAGATAA
+CGCAGAAAATAGCTTTAAACGGTAAAATCATGTGATGTTCTTGGATGTTTACGTTGAGGAGAGCCTCAGAGAGAGCAGAC
+GAAACTGCTAGGTCAGGCTTGGGAATCCGTTTACAAGAGCGGCCCAGTTTGGGTGGCGCGAATATTCAATTAACTGAGCG
+TGATGAGTTGGCGTGAATACGTCACTATATATATATATTTTTTTTTCGCACTGGTCCCATAAAACAGAGAACAGAAACGA
+GGAAATGAATATAATGTAAAATAAATTTTATTAAAAAGTATTAAATATTAGTGTTAATAGGATCTAATTATGTTATCAAA
+AAGTTAATATTGATTGCTATTGAAAATACAAAAGTTACACTTATGCAGAGATGCGTGTATGTGGAGAGTGATGAGATTGG
+GAGGATCATGTAAGAGAGAACGCGCTCTATTATTGTTATCTTGGTACTCTGTCATCGTTGCCTGTTACATGCATGTTAGA
+GAGTAATCGTCCCATTCGCTTGCAGACAACGAGAGAGTGTAGTTCTATCGGTTGCTTAAATAAAATTATTAGTGAATAGT
+TAAAACAATGAAAGTGTTTCACTATTTGGTTGATGGGCTGGCTTATAATATACATACTTAAACGTATTATATTATATTAA
+ATTCAATAATTGCTTTAAGAGCGTCCGAGAGTCAAGACTACAGATAATAGGATAAAGTCTATTATAGTCAGAACATAATA
+CTCTGTAAGGGTCATGCAACTCATAGTTAGATCTACAATGATTTAAGATAAGGGGTATATAGTTTCCAGTAAATGTACTT
+GGAACCGAGAAGTTAAGCCGACTAATCAAGTCGGAAACCGAGGAGTTAAGCCGACTAAACAAGTAGGGACTCTCAACATC
+CCCACGAATAAGCTTACAAATAAAGACTGTTCCAAGCATAGTTCTACGGTTAGCTAGGGACGGTAAATTAATTAAAAGTA
+ATCTACTGGAATAAGGAGGTAATATATGGTTTGCATCCCAATTTAGGCGCCGCAAGTCAAAAAGTAAGAAGTTTTTTTGG
+ACCGATTCAATGCGGTCCGAGTTGACTACGTATTGTGGACTCCAAACAGGTGATCCGTACTCGAGAATTGGACGGACAAA
+CGAAATAAATAAGGTTTTAGTCAAGTAAGGATCATTAAATTCCTTAGACCACCTTTTTATAAAACCAAGCACACCCCTGG
+CCTTATTGACAATAGTCGAAATATGGTCAGAAAAGTTTAGTTTAGGGTCCAGAAGAACACCAAGATTATCAACCCGTGTT
+ATTCTGTCCAAAGGGCACCCACTTAGAGTGTAAGTCGTGCGTATTGGGTTGACACGACAAAAGGTCATAACTTTATACTT
+GGAGCCTTTTAAGTCTAATACGTTATCACGGCACCATATTTGAAATCTGTTTAGATCGGATTGTAAGTCCAAATGGCACG
+AAATGTCCTTGTGCTGGAGGAATAATTTAACATCGTCTGCGTACATAAGTACACGCGAATGTTTTATTACTAAGGGGAGG
+TAGTTAATGAATAAGGTAAAAAGAAGCGGGCCAAGATGGCTCCCTTGTGGGACACCGGTTGTGACTCGGAGAATACAAGA
+TAAAGAATTTATAAAGAGGACTTGTTGCGTCCTGGCATTCAGATAGCTTGAAAATTGGATTTCAGAAGATCAACAATCTA
+AAAGATCAAGTTTTCTTACTAGAAGGTAATGATTAACAGAGTCAAATGCTTTACTAAAGTCAGTGTAGATGACATCTGTT
+TGAAGATTTTTTTTGAAACCCTGTATTACGAATCAAGTTAGCTCTAAGAGGTTAGTGGTTGTTGATCTGCGTTTCATAAA
+ACCGCGCTGACACGGTAATTTGCCGATATTTTTTTTGATAGATCTAACAAAATTAACTATCAGGGCTTAGTGGATTTCAG
+GAAACAAGCGCTGGAAAAAGTTAGACGGCTCATCCAACGAAAACAGACCTTGTCGAACTTACATTCAAATAAAACTAGAC
+ATGATAAGGGGGACAGGATGTATGTGGCCAATAAGCAAATATAAACAAAAGAAAAGTTACGATATAGGGTCAAGGAGGTG
+GCCAGAAAGGATAAGCAACGTGGAATGTGTTCAATAAAGCTGCCTGGTGGGTTGTGTGACGATCCTTACCTTAGTGGGCG
+TGTTATAGGGCTGCATTATAGGCTGCGTATATAGGGCTGAAGTTAACGAAGTGAATTCGGCTCGTTTGCAAATGATCGTG
+CATTTAAACGCGCTCGCTGCCCACTTTAATTCATTCAATTCGAACGGCACATTTTGAAACAAATTACGTGAAGTCCGAGT
+AAAGTGAATAGGCGATTCAAATGTCTTGTCTGCGTATTAGTTTCAATAAAAGACAGTTATGGTATGCTGAGTTCGTGTTT
+TTATATTATTATTTATTATTACTTAAATGATTATACATTATATTCTTATTTTATAGATATACTCATATTTAATTTTCAAT
+ACTATTATGAAGAAACATTATTTAATTAATATTCTCTGAATTTAGAGAGATGGCAGAACGTTTGTCTGTTATTAAATTTC
+GAGCGTCGGAAAATGCTCTCTCAGAGGCAGCGCTAGTTGCTGGTATGCAAAAATTTGCAACTGGCTTTATATAAGTTTGG
+GAACATATTTTTATGATCGTTCCACCAAGCCAGACAGTTAAATCCGTCAACATATATAACATTTGTATTAATAAACATAT
+TAACTTCTTGATCGAATTGATCACTGCTATTGCTATCATTTGGTTTTTCGATGGAGTCGTCAAATGTATCATCATGCGCT
+GGTATGTTTTCTTTTTTTTCCATTTCGAGATTTTCAAATTAAAAACGGAACAAGAATTCTTTGCAATTCTCAATAATTTT
+TTTTTCTGCTGCAGAAAATATGATTAACTTATTTGTGGGTGGAAATATTGTTGAAGTAAAGCAATTTTGTGCAATTTGTC
+TGTTGGAGGAGAGTTGACTTTATATTGGAGACAAGGTCACTATCCGGCAAGTCAGGTTCACAGGCCTTTTTTAATTTGTT
+GATGTATGGTATTGTGAAATGAATTGTAGGAAATTGGCTGCTTTCAAAGTTATTTTATACATCGGTAAATGTTTCAAGAA
+CTCGTGTGATACCTGTAAGCTCGCTTATAGAAATGCATTCTATCCTATCTATTTGTTTTTTTTTTTTCTAAATGTTGGAA
+ATCTCAATCCAATTTTCCTCTATAGATTTCAATAAAAAGAAAACTGTGTTCCATCGTCGCATTAAAAAGAATTGATACTG
+ACTTCTTAAAAAACTGAACCAATTTACTTCATCTATCAACCATTTTAGGAAATTCTATAGTTTTTCTTACCGTTGCCTCT
+ACAACGTTGTGCAATAAATGATTGCCGCGGTGAATATGGTCGTATCCTTGGAAAGCCGCAATCATGTTAGAACCTCTATA
+CGTAACAATCACAGGCTGGTCTTCATCAAGGTTTGGTACTATATATATAATAATTAGCATTAATCATTTTGTTGGTGATT
+GAAAAGCATTCAATTTATATTTTAATTCAATTACCTGTGCATGATTCTCCTTTCATACACTTTATTGCCAAAAGTCGGTT
+TAACAATATGCCCTCTCTTATATAATGTATGGTACAGGACAGATAAGAAAATCTTTAATGATTGTCTGTCAAACATCTTG
+AATTTTACCATTTCTGCTTTAACTGGAACAAAGCCTCTTAATATAACGATGCCACGTTCCTTGAAATTGTTGTCGAATGG
+GGCAAAAGATTGTCGACATCTACGTTAGCACCGTACGTTGTTTCCACTTTGATCAAGAACGTGGCAAATTCTTTGAGGGC
+AGTATCGCCAATCACATTAAATGGCCGACAATTCCTTACAATCCATTTCGTAGCAATTGTGGTGACTTCCGTTTTTGTTT
+CAGAATTAACATTGATAAGAGCTTGGCTATTTAGGCAGCTTATTATATAGCACTTATGTTTAACTAAATTAGAAGTGTGA
+CCGGAAAATTTATAAACAATTTTACAGATCTTGCAGGCCACAAAATCTTTCATCTGCTTTCCTTCTGTATCATGTAGATA
+TAAAAAATAGTGTAATGAACTGATTTTCTTATTTCGCTCACTACGGATTGCAGCGGCTATCTCAGAGAGTTTGCGCGTTC
+GTCCCACCAAATTTATGATTTGTGTGATTGCCCGACCAAGGAAAAGCAATGGGTTCATATTAAAGCCGTATATTCTACTT
+TGTGCGAGTATGCGGACGGGAAAAACTCCGTTACTGGTACGGGCCCACGGAATAACGGCACAAGGAGCAGAAAGAAAACC
+GAGGTTTTGTCACGGAGAGTGCGGCTCGAGTCCGTCTTTTCAAATTTGAGATCGTCATGGCAGCACATATTGTTCACGCC
+CGGGAGGTACGAGAGACCGACGTCGGGGAACAGCCCGGGGCGATATGGAGTAGGGATTCCGATTCCTATCTCCAGCTCCT
+TGCGTCACCACTGGTGTCGCGATCTCCATCCCCGTGGAGTATGGAGAACCCGAAAGAGATGGACCCGTTATGGAGGCGAG
+AGTCGCCACCACAGGCACACGTCGGCCAGGTGGTCTGCACGGTCGAGACGGGAGGGCGTCTGTGGCACCAACAGTCGGTG
+AATTGGACGTGGCCCGCACCGATGGAGGCCGAGGACGCGGCGGAAGCCCGTGTTTTGGGGTGGCGGAAGCGATCGGCTGG
+AGGACGGCGGGCCAGGAGTCACGCGATCCGCAGCTACGCGCCCGAGCAGAAGGTAAGAGGCCGGAGGAGGAGATCCCGAA
+GGAGGCGAACCCGAGGGAGGAGAGATATATCAGATACCAGAAAAAATATAGATATCTTTCAACAAGGGGCTATTCTCATA
+AATGGAAATAATATTGTAAACAATTCCCATTTAGACGGGTCAAATTTAATAACATTCAACGACACAACTATAATAAAAAA
+TAATGTATACACCAATTTAGAAAACAAATGTAGTAAGCTAGAGGTACACAGACATAAGTTCAGTATAGCAACATAGTATA
+TAAACATTAAGTATATAAACATTAAGTCATTGTTCGCTTTCGGGTGGCATTCTCTCTTTTTCGCAACATCGGCTCTGTAG
+CAACAATCATAGAGGCAGATCGCAAACGGAGAGGGAGTCAGTCGAATGCTAAAGCTGAACACGTGAAGTACCAAATAAAC
+CAATGAGGCCAACTCCTGCGTTTGTGTTTTATTTAAATAAGAGGACTTATAGTACCCCTACATTATCAGAAGTGGGCCGA
+TCACGAGCCAAAGAAGAAAAAAAAATGGATATAAGCAATGCATCGACGGCGCAAATAAAAGGGTGGATGAGTGAAGTAAA
+AGAACCAACCACGGGAACAAAAAGGGAATTGATTTTGCGTTTGAATAATTTAACAAACGAAAAGCGAAATCAATTAAAAT
+TATTATTAAAAAGCGAGGAAGAAGATTTCTACGGAAGCAGCAATAATAATGTTCAAAAAGGAAAAAGAAATAACAGAAAA
+GTCGGAGAGCATAAAGACGACGAAAGTGACAGCGAAGCTGAAGATAGCAGCGAAGACGGCGATGAGAAGAGCACTGTGCG
+CAACAACAAAAGTAACGGCGAACATGACGACAGAAGCGGGGTACGCAGTTACAAGAACAACAGTGCAGACGGGGCCCGAG
+TTACCACCCCACCCCCTAAACCTCCACGCCTCTAACTCTGTCGGACACCGAACCGGGAAGACGAACAACTGGAACACCGC
+ATCCGGCCAAACGCTGACTTCGCGTACAAAGTTGCACAGCAACATTGTCTGCGAGGAACCCGGCCGGCCAAATGCTGAAG
+CGGCACAAAATATGTCTCTGTTTACATTAAAAACCTATGTACTCTTAAGACCTACACACTTATGTATAACCTCAAAAACA
+ACATTTTATACACATATTTACACATAATTTGACACAACGTACTCATGCACCACGTTCCCGCGTCAATGGGGAATCAAACG
+CTGATCACCACACTGACGACGAGTACGTATACATGCAATGTGGTTTATCATATTTCGAAACAAACAAAGTCTCATTCGGC
+ATATCATGACAACAACAAGGCCGCATGTGTGATTGCATACCCATGTCCAGGGAGTCGAAACAAAGAGTGAATGCTTGAGT
+ATCGTCAAGATATCTCGCCTTTTCGCTCCCCTGCGAAGTGCCGCTATATTTATGAAAACACACTCCAAATAGTAAAAACA
+ACAAAAAAAAAAAAGAGAAAAAAGGGGGTCGACATACAAGTATACTTTGTTCTTTTCGTAATATAATTTTACACATAAAC
+AAATATTAACACTCGTAACATTACAGAGCATAGAAAAAAAGGGGACGTATATACAAACGTACACACAAATCAGTAAATAC
+ACACAAAATTCAAAGTACTTACCCATACACAGGTGGAAATATATCATTACATTTAAAAATATTTTAAAATAAGCACACTA
+TCTACGTTTAAATACTCTATATACACATACACCCACACTTAAATAAGAACACAAATTACATTTAACTACACTATATACAA
+ACACATACTTAAATAAGTATATGATTTACATCTAAATACGTTATATATATACATACTTATATAAGTACACCATACTTGAG
+ATACATTATAGGCACACTCACGTATTTCCCTGAGGTAGAAAACTTGTTCATTGTTTTCCGGTCATATACGACAAATCGAG
+AGACTTAAAATTTAATGTCAAAAAAGCTGGTCTATAATCTAAGGAGGACTATGCGTTCCGTTGTCGCACCCTTCCTCTGC
+ACCCTACTAAACGTTCTGACCCTCTTCCCACGATTTCAGAAGAACCTAGATCAATTCCCCACCAAAAACTTACAATGGAC
+TCAGGTAATGGTTCTAATCACCCCACTCCACCTCTCTTAACACCCACTGTCAGTAGATTTGGCTCGGTAATCTCAACGAC
+TTTCAAGCCTAAAGACATTATGGCTTTCGTTGAGCATTTGCCAACATTTGACGGCACTCCCCGCCAACTAGGCAGATATA
+TTACTAGCGTAGAAGAAATTCAAGTGCTATTAAGGGGGGCAGATCAAACGCCATACGGCCTACTTACCTTGAGGACCATT
+AGAAACAAAATAATCGATAGAGCCGACGAAGCCCTAGAGCTCGCAAATACCCATTTGGTTTGGGACGAGATAAAAAACAA
+CCTCATTCGACTCTATTCGAGCAAGAAAAGCGAGGCCAACTTGCTAAGTGAGCTTAGCACATTTTCTGACAACCAGACTT
+TGGGCCAACTGTTCTTTGGAATATCAAAAGTGAGAAGATAACTCTTCTCCATACTCAAGAATAGCAAGCACAACAACACC
+GTTATAGACGCCAAGAAAGTTGTCTATAACGAAGTGTGTCTCAACGCTTTTATCACAGGTTTGAGAGAACCTCTCAAGAC
+GTTCGTCAGGCTTAAGTCCCATTCTACTCTCGAACAGGCATACGAGCAATGCCAAATAAAACAGACCTTGTATAGGGCAC
+AAAACAATCGGTCCAATAGAACAGAACAGAGATCCAATGAATCGGATGGTAGAAATCTACGAAATAATAACGACAATAAC
+AACCGCAATGGACGAAACGACCGAAACGACCGTAGAGGACCATATTCTAATTCTAATCAGGACAGATCATCTAACTCGTA
+CAACCGTACACCTTAACAATAACCAAGCCAGTACTTCAAACCCCTTCCGAACATCGTCGCATAGGCTGAACAACATAGAG
+GAGAACCCTCAACCCAACCCGAATTTTCAGAAACCCGCCTCGGAAGGACAACTGGGTACATAAGTCCGGCCACACACAGT
+CCCTCTCTTCCTTTCATTAGAATCAAACTACCCCATACAAACCCCATGAAATTCTTGATTGACACAGGCTCTACACACTC
+CTTTATCAACCCAAAATACGTGGATTCTCAACACTGTGCGACCAAAGACCCTAGAATAACAAGATGCGTAACGCCATACG
+ATTTTTTGGCCCACGATTTTTTGGCCGTGGCTCTAGAGGTGGCTCCAGGCTCTCTCGAATTTTTGTTAGAGAGCGAGAGA
+GCGAAGAGCGCTACAGCGAACAGCTCTTTTCAACGCACAAAGTGATAGCAGACAACTGTATGTGTGCACACGTATGCTCA
+TGCATTGTAAATTTGACAAAATATGCCCTTCACCTTAGAAGTTCTTTGACTTTAAATCTATATTATTTTTGATCAATTGG
+CGAAAAATTCTTGTTTTGCATTGCCTTAACGTTATTATTATTTGAAAATAGATTAGAAATAGTCAAATCTATGTACATAT
+TATCACAAAAATAAATTTCAAAAATGACTTTATATAAGAATATTTGTCATTAGAGTATTCATCTTGCGGCGTGTGAAAAA
+TTAATAAGGCAATGATTGTTGAGTGCTTGTGTCCGCACTTCGTGCCTCAAGATATGAACAAAGCAAAGACACTAGAATAA
+TTCTAGTGTCTTTGATATTACTTTTGCAATAAACAGTTATCATATTTAATTTTTTAATTTCGCTTTTAAAAAATTGTCAG
+ATGAGAGACAAATTAGAATTAAACTTAAATATAAATGTGTAAACGGTAGCTAATTCGAGCGGCGATTTTAACAAACAAAT
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-326
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++
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++
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++
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++
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+TGAGATCATTTTGAAAGCTGATT
++
+BABCBG111CFGGGGGGB;GGGG
+@HWI-383
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++
+CCCCCFGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-384
+AGTTCGAAAAGAATATGCTAGAAC
++
+:A=:0?>FGGGGGGGGGGGGGGGD
+@HWI-385
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+BCCBCGDGGFEG11>EEGDGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+BCBBCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-426
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++
+?BCBBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
+CCBCCGGEGEGFGGGGGGGFGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-440
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-475
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++
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++
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++
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++
+<<<<<FA<CCGCD=F@BCCC@FGGG=B
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++
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++
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+@HWI-481
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++
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+@HWI-482
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-483
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++
+BCCBA>FGFGEG>CGGGGG@F>BCG
+@HWI-484
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++
+@BABCGFFGGCBGGGGGGGGGGGGG
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++
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+@HWI-486
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++
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+@HWI-487
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFGG
+@HWI-490
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-491
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++
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+@HWI-492
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++
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+@HWI-493
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-506
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++
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++
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+@HWI-508
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++
+BBCCCGEGGGGGGEGGGGGGGGGGGGG
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++
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+@HWI-510
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-511
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-512
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++
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+@HWI-513
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++
+CCCCCFGGGGGGGGGGGGGGDGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-515
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-521
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++
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++
+CBBBBFGGGGGDGGGGGGE>FG
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-527
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-533
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGFGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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+@HWI-537
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++
+B3BABEGBFG<BFFGAGGGGGGG
+@HWI-538
+CTACATATGGTTGAGGGTTGTA
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-539
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++
+AAA0A>FGGGGGGGFGGGGGGGGGGEG
+@HWI-540
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-541
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++
+CCCCCGGGGDGGGGGGGGGGGGFGGG
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++
+CBCCB1FD1@FGGGGBGAGC
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++
+B@BBCFGGFGGGGGFGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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+@HWI-547
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-560
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++
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++
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++
+CCCCBGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-568
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++
+=AB@A>>B@;11>CF1BG00>F11E@B
+@HWI-569
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-570
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++
+BBBCBFFDDGGGGGGGGGGGGEGEGEGG
+@HWI-571
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++
+CCCCCFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-572
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++
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+@HWI-574
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-578
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+@HWI-590
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-886
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-904
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++
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++
+333A0E001=CEGGGGGGC>
+@HWI-906
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-928
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++
+BCBBBGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-929
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++
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+@HWI-930
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-931
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++
+BCCBBFGGGGFGGGGGGGGGGGG
+@HWI-932
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++
+BCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-933
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++
+CCCBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-934
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGEGGG
+@HWI-935
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++
+BCCCCGGGGGGGGFGGGGGGGGFGG
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++
+AAA0<?CGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-937
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++
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++
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++
+BBBBBGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-940
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++
+BCCBBGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
+BCBBBB0EB>GEB@GGDFGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+B@BBBGGGGEGGGGGGGFGBG
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++
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+@HWI-955
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++
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+@HWI-956
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+BBCBBGEGEGG==BCEGG<</E>
+@HWI-1013
+CCTCAAATCCGGCACGTAGAGCGCA
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1014
+TCTCCGACTTGCTGAGCTGTTTCCGCCG
++
+BBBBBEGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1015
+TACCGTACACTCTGCAGCAAAATGGGG
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1016
+TCTTTGGTATTCTAGCTGTAGA
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CC@BBGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+BCCBBG>FGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-1031
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++
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++
+CCCCBEEGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+BBBBBGDGGGGGGD@FCC/=F@
+@HWI-1034
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+BCBBBFGGGGEGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1037
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++
+BBBCCGGGGGGGGGGGGGGFGGG=DG
+@HWI-1038
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++
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++
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+@HWI-1040
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++
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++
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++
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++
+B@BCCGGGGGGGGGGCGGGEGG
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-1049
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1050
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+:ABBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGF
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CBBCCGEGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-1078
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+BCCCCGGGGGGFGGGGGG
+@HWI-1108
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++
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++
+BCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1110
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++
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+@HWI-1111
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-1129
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++
+BBBB@GGGGGGGGGCG>GGGGGGGGG
+@HWI-1130
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++
+:<3<?G@FFGGGG@D=FGGGG
+@HWI-1131
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++
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++
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++
+:<BA:E/FFG>>@GGGG@GGGGGD
+@HWI-1134
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++
+AB3?BEFGGGGGFGGGGGGG
+@HWI-1135
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1136
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++
+CBBCCFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1137
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++
+BBCBBGGGGGGGGGGFGGGGGGGG
+@HWI-1138
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++
+BBBBBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1139
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1140
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++
+BBBBCGGGFGGGDG>GGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1142
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++
+CBCBBGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+B@BABGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+AAB?AGGGGGGGGGGGGGGGEG@GGGGE
+@HWI-1146
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++
+BB@BCGGCGEGGEGGGGGGGGGGFCGG
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++
+3=AABDGGGG>EFG>GGGGGG>:DECF
+@HWI-1148
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1149
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++
+AB?BBGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1150
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1151
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++
+BA@BBGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1152
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++
+BB@?BGFE>1E@//=/CC>1==D@11:
+@HWI-1153
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++
+CBBBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1154
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++
+=B@=ABF11?E1FEG@DGG@BG>:
+@HWI-1155
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++
+BBBBCGGGGGGFGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1157
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1158
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++
+@BABBFG>GGBBGEF>FGD@F
+@HWI-1159
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++
+BBBBBGGGGGDGGGGGGGGGGCGGEGG
+@HWI-1160
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++
+BBBBBEGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1161
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGEGGEE
+@HWI-1162
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++
+AB:AAEGGGGGGGEGGGGGGGGGG
+@HWI-1163
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1164
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++
+=BBBCGGGGGGGGGGGGGFDGGCFGGC
+@HWI-1165
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1166
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGEGGGG
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++
+3A3<:?11E11111EFEGE>D;<
+@HWI-1169
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++
+3BBA@GECG@1>F1=>>@E1>@FGED
+@HWI-1170
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++
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++
+BB@BBFGGGGGFGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
+BCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1176
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1178
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1179
+AAATATCAGCTGGTAATTCTGGG
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1180
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++
+BBCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1181
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++
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+@HWI-1182
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++
+CCCCBGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCFCGGGGGGGGEGGGGGEGGGGG
+@HWI-1185
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++
+B@ABBFGGGEBFGGGGGE@FGGEGGGD
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++
+BABBBEGGFFGGGFGFGFGGGGGGGG
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++
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+@HWI-1188
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1189
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++
+CCBBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+ABBBB11G1=F>BGGEGC1=B;;<<
+@HWI-1191
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++
+:AB0:E;CBBCGG<GCEGGGC11
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1307
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
+BCBCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1313
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-1322
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++
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++
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++
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+@HWI-1325
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++
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+@HWI-1326
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+BCB@BGGGGGGGGGEGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-1356
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+3=30=0;>;;EFBGDFGGGGG<<B
+@HWI-1422
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+BBBBBFGGGGGGGGGGGGFG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2038
+GTCGGCCACAAAATTTTCCTTTCTAGGC
++
+@A:?@;BEGGGBFGECCGGGEGGGGG>F
+@HWI-2039
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++
+BBAB0;CBE/;BB;<ECFG>GD
+@HWI-2040
+TCGGACCCCACTTGATTTTCAGGAGT
++
+AA30ACEBFGGG@>C1:FGGGGGFGF
+@HWI-2041
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++
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+@HWI-2042
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++
+CCCCCGGDGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+BBBCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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+TGAACGACCCGTGCCCTGTAAGCAG
++
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+TTATACTCTGTTCCTTACCTTTGGTA
++
+CCCCCGGFGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2046
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++
+@BBCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
+:BABAGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCBCCFGGGBGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-2146
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++
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++
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++
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+@HWI-2149
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+BAAAAFDGGGGGGGGGDGDDGGGFGG
+@HWI-2151
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++
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++
+BBBCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2153
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++
+BBCBCGGFGGEFFEGGGGGEEGGGGG
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++
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+@HWI-2155
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++
+CCCCCGGGGGFGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCBGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2157
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2158
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++
+BABCBGGGGGGGFGGGGGGEGGG
+@HWI-2159
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++
+CCCBBGFGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2160
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++
+BB@BBF>FFCDGCFCEGGGGAGGGDG
+@HWI-2161
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++
+AAA@0CFGCCEGDGGGGFGGGEGBG
+@HWI-2162
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++
+=<=<=0///EAGGDEECGGG>FGCGD
+@HWI-2163
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++
+BBBCCFGCGEGGGGGGDGGGGGGGG
+@HWI-2164
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++
+?AAAAFDFFGDGGDGGEGFGGBFGGGF
+@HWI-2165
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++
+CCCCCGGGGFGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2166
+TAATACTGTCAGGTAAAGATGTC
++
+CCCCCGGGGGFGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2167
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++
+B@BBBGGGGGGEGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2168
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++
+A3BAB>FGGDGGGFAGGGG<BEGG>G
+@HWI-2169
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++
+@ABBCFGGGGGFGFGGGGGGGGGGG
+@HWI-2170
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++
+BCCABGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2171
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2173
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++
+AB:A0FF1E>;=B<CGG99FF>@D
+@HWI-2174
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++
+AB=<ABGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2175
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++
+BABCCGEFG1;;1FCF>FF111
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++
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+@HWI-2177
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++
+ABB00EF>11>;F@FFG0=BF;EDGGE@
+@HWI-2178
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++
+BBCBCGGGGGGGGGGGFGGGGGGGGGGG
+@HWI-2179
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2180
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++
+BCCCCGGGGGGGGGGGFGFGGG
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++
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++
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+@HWI-2183
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++
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+@HWI-2184
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++
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++
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+@HWI-2186
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++
+CCBCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2187
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++
+BCBBBGGFGGGEGGGCDGGGFGGGGG
+@HWI-2188
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++
+AAB@@FGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2189
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++
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+@HWI-2190
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++
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++
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+@HWI-2192
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++
+33:AA1=1;1>=EFGB=>;FFG@BG
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++
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+@HWI-2194
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++
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++
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+@HWI-2196
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++
+CCCCBGEGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CBCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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+@HWI-2546
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2548
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++
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+@HWI-2549
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++
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+@HWI-2550
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++
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+@HWI-2551
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++
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+@HWI-2552
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2553
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++
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+@HWI-2554
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++
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+@HWI-2555
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++
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+@HWI-2556
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++
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+@HWI-2557
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++
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++
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+@HWI-2559
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++
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+@HWI-2560
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-2567
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+BBBBBGG/FGGGGGGGGGGGGFGGGG
+@HWI-2578
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++
+CCCCCGGGGGGG@GGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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+@HWI-2581
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++
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+@HWI-2582
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2587
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++
+AB3A=@;FCDGGGGECGE<GG@
+@HWI-2588
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++
+BCBBBGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2589
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++
+BCCCCCGGGGGDGGGGGGGGG
+@HWI-2590
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++
+B=ABBGGGGD1EF11CF/FGDGDBG@
+@HWI-2591
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2592
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++
+CCCBBEBGGFGGGE/FGGGGFFDDGG
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++
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++
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++
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++
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++
+@=B?A1FFG>G>CFGBFGGGGGFG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-2604
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++
+CCCCCGGGGGGGFGGGGGGGGGGG
+@HWI-2605
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++
+<3<AB1/EFEG@F>DGE11EDEGG1:1=
+@HWI-2606
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+BBAABD@FC@DGGGGGEGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+>49705
+TGTGATGTGACGTAGTGGAA
+>49706
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49707
+TGGACGGAGAACTGATAAGGGC
+>49708
+CTTTGGACTATTTGCTGAACACGGT
+>49709
+GCAGAAGATGGTCTTTAGAACAAAGA
+>49710
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49711
+AGGGTTGTAGTTAAATATA
+>49712
+TGTGATGTGACGTAGTGGAA
+>49713
+TTCTCTGTGAATTAATTGGCGTGCCT
+>49714
+TGACCGCTGTCCACTCGCCTCAGGCAAA
+>49715
+TTTGTCCGGGTGCTTCGAAAGAACTCT
+>49716
+TGGTCGGAATCGGTTGTATTTAAAA
+>49717
+TTAGATCAGATTTGTGGAAAATT
+>49718
+TAAAATGGTCATATAGATGTAAGAA
+>49719
+TGGACGGAGAACTGATAAGGGCAAAA
+>49720
+TAAAGAAGTATTTCTTTGGTGAGGGGA
+>49721
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49722
+AATGGCACTGGAAGAATTCACGGG
+>49723
+TCTTATTGGACAGAACAATTGAATGCT
+>49724
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49725
+ATCGGTGGTTCAGTGGTAGAATGCT
+>49726
+ATCATTCGTATTGGCTTTGTAGGACGA
+>49727
+CCCGTACTCTGTGGTGACCAACACACC
+>49728
+TAGGCAGAGAATTGTCTGATCCGTGGGA
+>49729
+TCTTTGGTATTCTAGCTGTAGA
+>49730
+TTCGGACGTTGAATATCTTGGTGCTA
+>49731
+TACGGGGACTTCCTCGATGTAGACGGGC
+>49732
+TCTCGGTAGTGGAAATTTGTCAGCT
+>49733
+TGTGTTGATGGTCAAGTTCTGGGT
+>49734
+TTTGCATACTTCCATTCTCTTTTCGTG
+>49735
+TTACAAAGTTGTAGATTGGTCGGG
+>49736
+CAGTACTGTTTTGATACTTTCGTG
+>49737
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49738
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49739
+TGTTTTTCGGCCTTATAAACGGGGC
+>49740
+ATGGTAATCATGCTGCAGAAAGGTGC
+>49741
+TAATTGCATTTCACTTGAGAGAGA
+>49742
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49743
+TCAGATATTCTGGGAATTCAGAAGA
+>49744
+ATCGGTTGTTCAGTGGTAGAATGCT
+>49745
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
+>49746
+TCTGGTTGCGCAAAACTCGGGTGC
+>49747
+TTTAGTCATGCTGGAAGCTTGCCAGA
+>49748
+TCTTTGGTGATTTTAGCTGTAAAA
+>49749
+GGTTCTATGGTGCAATGG
+>49750
+TTTCTACGATGGACATTAGTTGCGC
+>49751
+TTTGAAATCGGAAAATTACCCATT
+>49752
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49753
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49754
+GGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGC
+>49755
+TACATTTTCTTGTGCTGCTCTGTGC
+>49756
+TGGACGGAGAACTGATAAGGG
+>49757
+GGTTCTATGGTGTAATGG
+>49758
+GGATCTATAGTGTAGCGG
+>49759
+TATGTGGGTGAATGAAAGGTAGGA
+>49760
+TGTACGTGCTGCGGTAGCTGAGAGAGC
+>49761
+TTAGATTTCCCAGGCTTGTAGATGAG
+>49762
+TGGACGGAGAACTGATAAGGGC
+>49763
+TGAGTAGAACAGCCGAACTTCCGGAA
+>49764
+TCTTTGGTATTCTAGCTGTAGA
+>49765
+TCAGTAAATAGGTTGTGG
+>49766
+TTTGCCAGATCGATCGTTGTAAAATA
+>49767
+TGCTATTGTCGCTGTGCGAGAGAG
+>49768
+GTGCTGATAACGCGAAGGTCGCGGGT
+>49769
+TATTGTAATCCGAAGTAGTCAGT
+>49770
+AATGGTTTTGTCGTTGAGTTTCCGG
+>49771
+GCGGCCGGCTATGCCCATGGTGGTCGA
+>49772
+TCAGGTACTTAGTGACTCTCA
+>49773
+TGTGATGTGACGTAGTGGAA
+>49774
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGG
+>49775
+TATCGGGTCTGAAGTTATCAAA
+>49776
+TCAGTAAATAGGTTGTGGTCGGA
+>49777
+TGTGATGTGACGTAGTGGAACA
+>49778
+CAATAGCGTCGCTGAGTAACAGTG
+>49779
+ATCTGTAATCTTGACTCTCTG
+>49780
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49781
+TTCCCAGGCTTGTAGATGAGT
+>49782
+CATTTCAAGAAAAGCCAAAGATGTTGA
+>49783
+ATGATGATCAAGTAAAAGCTGCT
+>49784
+TAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTAA
+>49785
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49786
+TTTGGCTTAGTCACACAACATTGGT
+>49787
+TTGAACTCGAGGAATTGGTAGCACT
+>49788
+TGAGATCATTTTGAAAGCTGATA
+>49789
+GGACGTAGCTCAGTGGAGAGCGCT
+>49790
+TCTGAAAAGTAGCTGCGGATGATTC
+>49791
+GAGGTGTAGAATAAGTGGGAGATAT
+>49792
+TTTAGGTGATCTAATCGAAACTGTGA
+>49793
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
+>49794
+TATGGTGAGGTTTACGACAAGTCGAA
+>49795
+TGAGTTTATCGATGGTCTGTTGAA
+>49796
+TTGTTATGACTTCGTGTACGTTGGGC
+>49797
+TAAATGTCCTCCACTACTGAAAACGGGC
+>49798
+TTGAGCTGTACTACGCTAATATGAGC
+>49799
+TAAAGAATCCTGACAAGATCTCGGG
+>49800
+ATTTAAAAATTTAAAAGCGGGGA
+>49801
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
+>49802
+TGTAGATATAGGTTGGAATTTCTTGGC
+>49803
+TACTGAAGGAGTGTTGGTTTCATTAAT
+>49804
+TTTGTCTAGGATTTCGTTGATGTG
+>49805
+CAGGAGATACGTGCCAGTCGTTTATA
+>49806
+TTGGTTGCTTAAAACAGCAGGACGGT
+>49807
+TCTATCCAAAGAGCTGATTGTCATACT
+>49808
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49809
+CATAGCTCAGAAGTATGGGGTGGA
+>49810
+TTCTTGAGGATCTAGATTGGC
+>49811
+TCCTTTGATGACTACTCTGTACGCTC
+>49812
+ATGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49813
+TGTGAGAAGTCAATCTGATTGGTGGTT
+>49814
+CGTAAGTGACTGTGGTTAATC
+>49815
+TGGAAAAAACCGTTTTTAAGATCGAGT
+>49816
+GGAGATCGGAGTTAATGTTTGCT
+>49817
+TGAGGTAGTAGGTTGTATAGTA
+>49818
+TAATTTGATAAAGTGCTGATAGATT
+>49819
+TGAGTAACGGGTATCTGATAGTC
+>49820
+ATTGAAGATGTTATGGAGA
+>49821
+AATGGCACTGGAAGAATTCACG
+>49822
+CTACTAATGACAAAACGTTGTTGCGA
+>49823
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49824
+GTGGAGAGCGAGCATTTATGAGCCAGT
+>49825
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49826
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGT
+>49827
+TGTGATGTGACGTAGTGGA
+>49828
+TATCACAGCCATTTTGACGAGTT
+>49829
+TATGCTCATGAAGGATATCGGCGAG
+>49830
+TAAAAAAGTGCATCTTCTCGTTGGA
+>49831
+TGGACGGAGAACTGATAAGGGC
+>49832
+AAATATCAGCTGGTAATTCTGGG
+>49833
+GGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCCT
+>49834
+GGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCCT
+>49835
+TGGACGGAGAACTGATAAGGG
+>49836
+TGATCGCAACGCTAACGTCCATA
+>49837
+TCAATTAACAATCAATTCAGAACTGG
+>49838
+TAACATCGTCTGCGTACATAAGTA
+>49839
+TTTAGACCTATTAAAATTTCGAGCT
+>49840
+TCAGGTACTTAGTGACTCTCA
+>49841
+TGTGGTATCGTGCGAATTGCAAAGAT
+>49842
+TTACATCCTCTGGTTCTAGGCGGA
+>49843
+GACGGTGGAATTCGCACAGACCCTG
+>49844
+TAAATCATTAATAATTTTCGTTCTCT
+>49845
+TATTTGGCTTTAGAGACTGAATCTC
+>49846
+TAACAGCGGTTGCCAAGACAATACT
+>49847
+TCGCACTGTTTGGCTTCCACT
+>49848
+CTGCTGGTAGAGGCTCCTTTGAC
+>49849
+ATTTCGGACTGCTTCTTAAGGAAAA
+>49850
+TATTGCACATTCACCGGCCTGA
+>49851
+TCCTGCTCTGTAGTGGACTTATTACT
+>49852
+TGTACCTGAGTCGTTGCGTCATAGCG
+>49853
+TACATTCAATTTCCTCAAGCCCAGA
+>49854
+TACTTTAGGGACTCTTGTGAGGTC
+>49855
+TTATACACTCCCCCAACAATCAATGGA
+>49856
+TGGACGGAGAACTGATAAGG
+>49857
+TAGAACTCTGCTAACAAAGGTGAC
+>49858
+TCCAGAAACTCCTCGAACTGATCGGGG
+>49859
+TCGGCAATGACAGCCCTCCGACCACGA
+>49860
+CATCGATGAAGAACGCAGC
+>49861
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49862
+ATCGGTTGTTCAGTGGTAGAATGCT
+>49863
+TTTGTAGGCGTGGGTTCGGATCCCACT
+>49864
+TGGTCGAAACCCACGCATCTGTGGCAGG
+>49865
+TGTGGTATTGGACGCTGTGCGGAGTTT
+>49866
+TTCTGGGAGTTGGTGACCTGCACGA
+>49867
+TTATGAATGTCGCCTCTGATCCGGAG
+>49868
+TGGACGGAGAACTGATAAGGGC
+>49869
+TCGGGCTTTAATAATTCTGTTAACGGT
+>49870
+TGACTAGATCCACACTCATTAA
+>49871
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49872
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
+>49873
+TGCTAGAAGGCGATTTTCGGGC
+>49874
+TCAGTCTTTTTCTCTCTCCTAT
+>49875
+ATAAGAACTGCATTTGAATATCGCGAA
+>49876
+TTTTGTCGTAGTGCCACCAGGT
+>49877
+TATTGATGACCTCTAATTTATTTCGGC
+>49878
+TCAAGGATTAGTTGATACAGGT
+>49879
+GATGGCAAAGACATTGATAGAATT
+>49880
+TCTTGGATGGCATTTCGG
+>49881
+TTCGATAGCTCAGTTGGTAGA
+>49882
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49883
+GCGTTTATGTTTCCTGGATTGGCGC
+>49884
+TCCCATATGGTCTAGTGGCTAGGATA
+>49885
+TAGCACCACATGATTCGGCTT
+>49886
+ATACATTGTAGACGGTCTTACGGGA
+>49887
+TAAACTAATAGAGACAGGTAGAATC
+>49888
+TTGTTGCAATGTCTGACTGGGGTTCGT
+>49889
+TGCTTGGACTACACATGGTTGAGGGTTGTA
+>49890
+GGGTCAGGCGATGATGAATT
+>49891
+TGTGATGTGACGTAGTGGAACA
+>49892
+TTGGGATATTGTTGGAAATGATTTTT
+>49893
+TATTCGAGAATTTTGTGATTAGTGA
+>49894
+TTGTGGAATGTTCGTGTCGAA
+>49895
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49896
+TGGAAGACTAGTGATTTTGTTG
+>49897
+TGCGACGGCGGCGAACGTAGTA
+>49898
+TGTGATGTGACGTAGTGGAA
+>49899
+TGATGACGAGCGTTCTTTTAGA
+>49900
+TCAGGGTGACCACACATTTCAAGGA
+>49901
+TGGAATTTCGTTGTGTCGTCAGTGTGA
+>49902
+AAGGACCCGAGGGCTGCAACCTTTTC
+>49903
+TTAGATAACTGAAAGCAAGTACTGG
+>49904
+AAGAAGCCGTCGAGAGATATCGGA
+>49905
+TGTTATCGATCATTTTAGTTCGCTGA
+>49906
+TCCCATATTGTCTAGTGG
+>49907
+TACATGGTTGTCTTGTAGAGTTGACGC
+>49908
+TGAGCGGAGAACCAGAGTTGATGTG
+>49909
+TATAGGTCTGATTCTAAAATGGGTGA
+>49910
+GGACTGACTCGTGTAGTGTGCACT
+>49911
+TGTTTTTCGGCCTTATAAACGGGG
+>49912
+CCTAATAAGAATTGAGGGATCAGGA
+>49913
+TATTTGTGCTGCCTCCTCTGAAATCA
+>49914
+TGTTATGTTGCCAGTCTGAGTCGTCAG
+>49915
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49916
+CAATATCGTCAACATCCTCGAACG
+>49917
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49918
+TTTAAGCTGGTAGGTGTAGAAGCCT
+>49919
+TTCTTTCGGATTCTGAAGTAATTAAT
+>49920
+GAAGATGAAACTGTTCTGGACGGA
+>49921
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
+>49922
+TCAGGTACTTAGTGACTCTCAA
+>49923
+ATCGAAAAGATTCGCTGAAGTTGGGC
+>49924
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49925
+TAGATGTAAGAATAACTGTTTTGA
+>49926
+TAGCAACCAGGTCATCTTCAAACT
+>49927
+TTTATTGGAGAGGTTGATCCT
+>49928
+GAAGGGTTCGGGCTCAATTAGAGGGT
+>49929
+CATGGGTTCTGATGTGTTTTCACGA
+>49930
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49931
+TCCATTTTTGAACACAGTTTGATGGGA
+>49932
+TAACTGAAGTATCTGAGGATTGGATT
+>49933
+TTTGAACTGGTCTGTGTTGAATTCAACC
+>49934
+GACGTTAGAAATCCGTTGGTGGA
+>49935
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGG
+>49936
+TGGACTCGTTAGGTATGGATGTTGC
+>49937
+TGAGTCCCACAATACTGTATATA
+>49938
+TAAGACTATAATTGATGGAATGAACT
+>49939
+TGTTATACTCAGATACAGACGGTTCGA
+>49940
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49941
+TCTGAGTTTATTTTTAAAAGGTGTT
+>49942
+TCAGGTACTTAGTGACTCTCA
+>49943
+TCAGGATTGCTGAGCTGTGCGGTA
+>49944
+GGGGATGTAGCTCAGTGGA
+>49945
+AATATCATCTATTCTCGGTAGTGGA
+>49946
+GGTTCCATGGTGTAATGG
+>49947
+TGCGAGGTCAATGGTTGTAAAGTA
+>49948
+TCTTTGTAGTCGGTTGGCTGTACAGGT
+>49949
+GGCACTTGAACTTGGCACTGGACGC
+>49950
+GGGGACGTAGCTCAGTGGGG
+>49951
+TGCATAAGATATTCCGCCTCGAGAAGA
+>49952
+TGGACGGAGAACTGATAAGGG
+>49953
+TATTAACCAGACTGCAAATATACT
+>49954
+AACAATTAGGACCACGGCGATGGT
+>49955
+TTGGTGTAATCTTGGATCGGAGAC
+>49956
+CTAACTGTGAAAGGGGAATTGACCGGC
+>49957
+TGTAAAAGGGTGTCTCACTGCGGC
+>49958
+TTCTTATGGATTCTGAGTGATGTG
+>49959
+TTACAAAGTTGTAGATTGGTCGGGG
+>49960
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49961
+TAAATTGATTTAGTTTGAATTTAGA
+>49962
+TCTTTGGTATTCTAGCTGTAG
+>49963
+TAATACTGTCAGGTAAAGATGTCA
+>49964
+TATGCCGTAAGCTTGTTGCGCGCGGA
+>49965
+ACTTTCGGACTGATTGTTATGGTGG
+>49966
+TAATTGAGTACAGTTGGACATAGC
+>49967
+GCGGAGGTTGCGGTGCTGTACACTG
+>49968
+TTTCAGTTCGGGTAGGGTGGG
+>49969
+TGAGTACAAGCCCTTCTGGCGTGAAGA
+>49970
+TTTTGGAGCCACTTTCGCCTCGTAGGA
+>49971
+TCTATCCAAAGAGCTGATTGTCATACT
+>49972
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49973
+TTTGTGCAAATCAATATAAATTGA
+>49974
+TCGAATTGCTGAATGCCGAAGTAAAATA
+>49975
+AGATATGTTTGATATTCTTGGTTG
+>49976
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49977
+TCCCCCCCTAAGATTATGACCGTC
+>49978
+TTGCAGACGGACTTTTGAATTCACAGG
+>49979
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGG
+>49980
+TGAGGTAGTAGGTTGTATAG
+>49981
+TGACGATGCCGCTGTAGAGCTTG
+>49982
+TGTTGTGTTGCGACAGTAGAGCGC
+>49983
+TACATGGCGACTTTCTTGCAACTGAACT
+>49984
+TGCAGGAAGCTTTCAAGGCAACAGA
+>49985
+TTAGGACGAGATTCGCTAATGCAAT
+>49986
+TAACATATGTGCAAGTTATTGGGA
+>49987
+TGTGATGTGACGTAGTGGAA
+>49988
+AACTTCTTCTATCTTTGTGCGGGA
+>49989
+TATTTGGGTCACCGGGTTAAGTAGCGC
+>49990
+ATATTGTCTAGTGGTTAGG
+>49991
+TGAGGTAGTAGGTTGTATAGT
+>49992
+TCTTGGACTGAGCAGCTACTGTTTG
+>49993
+GCTCTCTTGAGTGGATTGCGCATGGA
+>49994
+TGATCTGGGGTGCATGGTAATCGG
+>49995
+AATGGCACTGGAAGAATTCAC
+>49996
+CGGGAAACTATGGATCAAATG
+>49997
+ATCTGCCTGAGTCGACTGTTCCGTAA
+>49998
+TTTGAGCAGCGAATCTGGAACGGT
+>49999
+TCGAAGACTAGACGGATTTTTCCCGGCT
+>50000
+TATTTAGAAAAACAGGTGAGTGA
diff -r 000000000000 -r e7e7785e41d0 test-data/sample1_output.tab
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sample1_output.tab	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+2L-tail.fa Matched	2954
+
+dme_miR21_hairpin.fa Matched	0
+
+Ensembl_transposon_set.fa Matched	2689
+
+Unmatched to previous indexes	265
+
diff -r 000000000000 -r e7e7785e41d0 test-data/sample_output.tab
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sample_output.tab	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+2L-tail.fa Matched	638
+
+dme_miR21_hairpin.fa Matched	0
+
+Ensembl_transposon_set.fa Matched	560
+
+Unmatched to previous indexes	78
+
diff -r 000000000000 -r e7e7785e41d0 tool-data/bowtie_indices.loc.sample
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/bowtie_indices.loc.sample	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,37 @@
+#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools
+#to use a directory of Bowtie indexed sequences data files. You will
+#need to create these data files and then create a bowtie_indices.loc
+#file similar to this one (store it in this directory) that points to
+#the directories in which those files are stored. The bowtie_indices.loc
+#file has this format (longer white space characters are TAB characters):
+#
+#<unique_build_id>   <dbkey>   <display_name>   <file_base_path>
+#
+#So, for example, if you had hg18 indexed stored in
+#/depot/data2/galaxy/bowtie/hg18/,
+#then the bowtie_indices.loc entry would look like this:
+#
+#hg18	hg18	hg18	/depot/data2/galaxy/bowtie/hg18/hg18
+#
+#and your /depot/data2/galaxy/bowtie/hg18/ directory
+#would contain hg18.*.ebwt files:
+#
+#-rw-r--r--  1 james    universe 830134 2005-09-13 10:12 hg18.1.ebwt
+#-rw-r--r--  1 james    universe 527388 2005-09-13 10:12 hg18.2.ebwt
+#-rw-r--r--  1 james    universe 269808 2005-09-13 10:12 hg18.3.ebwt
+#...etc...
+#
+#Your bowtie_indices.loc file should include an entry per line for each
+#index set you have stored. The "file" in the path does not actually
+#exist, but it is the prefix for the actual index files. For example:
+#
+#hg18canon	 hg18	hg18 Canonical	/depot/data2/galaxy/bowtie/hg18/hg18canon
+#hg18full	 hg18	hg18 Full	 /depot/data2/galaxy/bowtie/hg18/hg18full
+#/orig/path/hg19	hg19	hg19	 /depot/data2/galaxy/bowtie/hg19/hg19
+#...etc...
+#
+#Note that for backwards compatibility with workflows, the unique ID of
+#an entry must be the path that was in the original loc file, because that
+#is the value stored in the workflow for that parameter. That is why the
+#hg19 entry above looks odd. New genomes can be better-looking.
+#
diff -r 000000000000 -r e7e7785e41d0 tool_data_table_conf.xml.sample
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+<!-- Use the file tool_data_table_conf.xml.oldlocstyle if you don't want to update your loc files as changed in revision 4550:535d276c92bc-->
+<tables>
+    <!-- Locations of indexes in the Bowtie mapper format -->
+    <table name="bowtie_indexes" comment_char="#">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/bowtie_indices.loc" />
+    </table>
+</tables>