view test-data/human_augustus.fa @ 2:a77a4e9921e0 draft

Uploaded
author bgruening
date Wed, 06 May 2015 14:31:02 -0400
parents af307d3285c5
children
line wrap: on
line source

>HS04636
gagctcacattaactatttacagggtaactgcttaggaccagtattatgaggagaattta
cctttcccgcctctctttccaagaaacaaggagggggtgaaggtacggagaacagtattt
cttctgttgaaagcaacttagctacaaagataaattacagctatgtacactgaaggtagc
tatttcattccacaaaataagagttttttaaaaagctatgtatgtatgtgctgcatatag
agcagatatacagcctattaagcgtcgtcactaaaacataaaacatgtcagcctttctta
accttactcgccccagtctgtcccgacgtgacttcctcgaccctctaaagacgtacagac
cagacacggcggcggcggcgggagaggggattccctgcgcccccggacctcagggccgct
cagattcctggagaggaagccaagtgtccttctgccctcccccggtatcccatccaaggc
gatcagtccagaactggctctcggaagcgctcgggcaaagactgcgaagaagaaaagaca
tctggcggaaacctgtgcgcctggggcggtggaactcggggaggagagggagggatcaga
caggagagtggggactaccccctctgctcccaaattggggcagcttcctgggtttccgat
tttctcatttccgtgggtaaaaaaccctgcccccaccgggcttacgcaatttttttaagg
ggagaggagggaaaaaatttgtgggggggtacgaaaaggcggaaagaaacagtcattcac
atgggcttggttttcagtcttataaaaaggaaggttctctcggttagcgaccaattgtca
tacgacttgcagtgagcgtcaggagcacgtccaggaactcctcagcagcgcctccttcag
ctccacagccagacgccctcagacagcaaagcctacccccgcgccgcgccctgcccgccg
ctcggatgctcgcccgcgccctgctgctgtgcgcggtcctggcgctcagccatacaggtg
agtacctggcgccgcgcaccggggactccggttccacgcacccgggcagagtttccgctc
tgacctcctgggtctatcccagtactccgacttctctccgaatagagaagctacgtgact
tgggaaagagcttggaccgctagagtccgaaagaactccgtggatattccagctttccca
caagcactgatcattatgagccagttacttaaccgatctgagacactctcacctcctaaa
tagggatagatgatactaatttgcaggttgtcattatgataagacaggatctgatcaata
tatgtgaattgtttatatttggaacctttttattgagtggaagaagttgttttaaatatt
ctagtcagttctttcctgctcccaggaaagcccggattatgttttaagataagcaaaatg
tcttaaaagtaagctgttttactttgaatttttccctaaatgttgattagtgtactagat
ccattttaatttggaaagtgaagtgctacttatttgaacttcttaaaaatgctaatttta
acatctaaagagttaactaagaaaagcttagtaacatgatgtaccaagttgaatatgctg
ttatccttatttagaatagaaaattggtatttctacgttttatccattctaaggcaggtt
aaaaaattgtatttccatgactacctatatatttcttgaatttattattgtaaagttgat
tcatagtcaaacaattaaatgtttaaattaagattaagacactagagaatgatttatttg
ctgtcctttaattgcagcaaatccttgctgttcccacccatgtcaaaaccgaggtgtatg
tatgagtgtgggatttgaccagtataagtgcgattgtacccggacaggattctatggaga
aaactgctcaacacgtaagtttgtcctttggttgcctcattaggagtggggctggataca
gttatcattgtatagatttgtgtcttataatgagtcccattaatttctccctccctttct
tcgtcttcttgcagcggaatttttgacaagaataaaattatttctgaaacccactccaaa
cacagtgcactacatacttacccacttcaagggattttggaacgttgtgaataacattcc
cttccttcgaaatgcaattatgagttatgtcttgacatgtaagtacaagtgtctttctaa
ggtttttagccttctcaaagaaaaatatgctttataatactgtaagcctaatctaaaaac
atatttccaagcttatcaaaaagactttaagatagcttttaagtttgccttccatcttaa
tcgccaaaaatattgacatttagtcccatccagtttatacagtctgctcacaactctgta
tacctcttctaacctttactgtttggtcagtttgtggaggtagcatggtccagctgttta
ttgaatgcccatgggccacagaattgttctgaacatgtagcacccattaaaataaatttg
gatttggatcagcaagaaaataactttccatgattctaaagtgggtgccatactcagcca
ttcctttcataggcctcttggatagtgagcagatggctacctgaaaaatcaatattgcca
gattataatgtgcagagtatatgtattttattaaagatgtatttcaagtggccattagac
tataaagtgtagttgtttaaaaatagattttttttattttggagttacattcaacctcag
gtgccactttccacattttacaataaaaataatggttgatttacttaacaaatgagaata
aataaaacatttttttctttgaaaatttcagccagatcacatttgattgacagtccacca
acttacaatgctgactatggctacaaaagctgggaagccttctctaacctctcctattat
actagagcccttcctcctgtgcctgatgattgcccgactcccttgggtgtcaaaggtgag
taagaagaatccattagagatgtattaactataagacgggctgcattgctgccaaaaaaa
aaaattgaccttagactaccatttatttattaacaaaagcagtttttacttttagcatgg
ttatctatgggtattttttaaagtatgagtctatataaactattatgtaaaagcaaatga
gcgtcttggtataatgtcttaatattttcaaattatttctttagaaatgaaataattcta
attaaaatagataaaatcattcagtaagaagttgttccaccatatcttagaactgttgtt
tatattatgatcctattcacaattgtaattctcatataaatgaagaattcttggtagatt
gacagtcaccatctcctttcttgaatacatagatggattcttaccttagctttctcattt
ttcaggtaaaaagcagcttcctgattcaaatgagattgtggaaaaattgcttctaagaag
aaagttcatccctgatccccagggctcaaacatgatgtttgcattctttgcccagcactt
cacgcatcagtttttcaagacagatcataagcgagggccagctttcaccaacgggctggg
ccatggggtaagatagagttaatatcttagagttagtaaaattataccaaatcatagtca
agggctaacattaaaggagatatacagatagatagatccaaataacttatccactttttt
taaaaagaagtcttatctataaaaaccttaaaggaattttccatttacttcactggtcta
gtaaaattatacacacacacagacatgcacacacatatataaacattcacacacatacat
atgtacaggtattgttatttgtaatttgacccttgtattttttagtttaaaatgttagta
ctgcaaaatgttatgtcctcaaaaacacattgtaccatgattatgccgctttcaatattg
taaagtgaggtttttgccgcattattattttttggatttcaatagcatagcttcaagtta
ttcgtaagaattttttataaataatacatttttatacttttttataattaccatatcatc
atagtgaagtatataatatatatgatataagctcaatatagtatattaattccgttaaac
acaaagacatatcagtttgtagctttggtggataaacaaattaatttagcaattcatggc
tatgaaaaatgtatattttatttaaaaattttaaagaaagctaaatgatcaaattattta
atgatgaattatatgatagacactttatataagaaaaacttcaacagcaacaaattaaaa
ttttttcatcattttctaggtggacttaaatcatatttacggtgaaactctggctagaca
gcgtaaactgcgccttttcaaggatggaaaaatgaaatatcaggtatgcttcctttgact
attaagacttagttattaccgcttatacccatattttaaaatccctaaaaatgtgttcct
taactttttaactgatgtttatttatttatttatttttttagataattgatggagagatg
tatcctcccacagtcaaagatactcaggcagagatgatctaccctcctcaagtccctgag
catctacggtttgctgtggggcaggaggtctttggtctggtgcctggtctgatgatgtat
gccacaatctggctgcgggaacacaacagagtatgcgatgtgcttaaacaggagcatcct
gaatggggtgatgagcagttgttccagacaagcaggctaatactgataggtaaacaagaa
aatgatttatataaaaccctcttccccagggaaaattagtgtgctatctttgttatgttt
tgagtaaatgacaagatgtggtaaatgaaaactcacacattctatatacattaaatatgt
aagcatgactgataaaatagctatcttttgatactgacaaggaagaaaacagaaatgaag
gaatagcaaattttaaaaattgcattccagttgcttgaaagcttgtgatcagatgcaata
aatgtttttattatttattttgtgcaaataggagagactattaagattgtgattgaagat
tatgtgcaacacttgagtggctatcacttcaaactgaaatttgacccagaactacttttc
aacaaacaattccagtaccaaaatcgtattgctgctgaatttaacaccctctatcactgg
catccccttctgcctgacacctttcaaattcatgaccagaaatacaactatcaacagttt
atctacaacaactctatattgctggaacatggaattacccagtttgttgaatcattcacc
aggcaaattgctggcagggtaagcattattattgaaaaccaaaacaaaagactagtcagt
aactttagaatttctgccacggaaattatttttcttaaacttactaaaagagtagttagt
tatattgctagtaaaattattttattgatataagaagcctaactttgtttgaaaagtcta
aacttttagtctagtctacagttgtcagacaaatagcaaattgtacccctaccttaaaaa
tattttcaaaaagtatctataatcttataggaataaatattttaggcttgaatactagtg
ttatttttgaaatgtaaaaaggcaaattagttctaggctggtgtcccattgaattttaag
cagagctcctgttgaaatgtaggtaagcatctttccagcaaataaaaattgtctccgctg
ggagtttcagttttacctgatttgtacctaaggcaagctgaatacaaacagtaaatatgc
ctaaaattcttgttttacaactaattttactttccacaggttgctggtggtaggaatgtt
ccacccgcagtacagaaagtatcacaggcttccattgaccagagcaggcagatgaaatac
cagtcttttaatgagtaccgcaaacgctttatgctgaagccctatgaatcatttgaagaa
cttacaggtaagaaacagtttctaaacttcttcgttttttgtttgtttgtttgtttttgt
tgtttttggttttcttttcgagatggagccgccctctgtcacccaggctggagtgcagtg
gcgccatctcggctcactgcaacctccgcctcctgggttcaagcaattctcctgcctcaa
cttcctgagtagctgggactacaggctcacgtcgcacgcatggataattttttgtatttt
cagtatagacggggtttcaccgtgttagccaggctggtctcaaactcctgacctagtgat
ccgccggcttcggcctcccgaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgcgcctggccc
ctaaacttcttaaaagaatcaggggtcaaatggaaacagagaagttggcagcaaattgag
caaaagaatcaaactgttttttattttgtgaagtttgacattggttgtatctctgtcttc
atcgccttcacaggagaaaaggaaatgtctgcagagttggaagcactctatggtgacatc
gatgctgtggagctgtatcctgcccttctggtagaaaagcctcggccagatgccatcttt
ggtgaaaccatggtagaagttggagcaccattctccttgaaaggacttatgggtaatgtt
atatgttctcctgcctactggaagccaagcacttttggtggagaagtgggttttcaaatc
atcaacactgcctcaattcagtctctcatctgcaataacgtgaagggctgtccctttact
tcattcagtgttccagatccagagctcattaaaacagtcaccatcaatgcaagttcttcc
cgctccggactagatgatatcaatcccacagtactactaaaagaacgttcgactgaactg
tagaagtctaatgatcatatttatttatttatatgaaccatgtctattaatttaattatt
taataatatttatattaaactccttatgttacttaacatcttctgtaacagaagtcagta
ctcctgttgcggagaaaggagtcatacttgtgaagacttttatgtcactactctaaagat
tttgctgttgctgttaagtttggaaaacagtttttattctgttttataaaccagagagaa
atgagttttgacgtctttttacttgaatttcaacttatattataagaacgaaagtaaaga
tgtttgaatacttaaacactatcacaagatggcaaaatgctgaaagtttttacactgtcg
atgtttccaatgcatcttccatgatgcattagaagtaactaatgtttgaaattttaaagt
acttttggttatttttctgtcatcaaacaaaaacaggtatcagtgcattattaaatgaat
atttaaattagacattaccagtaatttcatgtctactttttaaaatcagcaatgaaacaa
taatttgaaatttctaaattcatagggtagaatcacctgtaaaagcttgtttgatttctt
aaagttattaaacttgtacatataccaaaaagaagctgtcttggatttaaatctgtaaaa
tcagatgaaattttactacaattgcttgttaaaatattttataagtgatgttcctttttc
accaagagtataaacctttttagtgtgactgttaaaacttccttttaaatcaaaatgcca
aatttattaaggtggtggagccactgcagtgttatctcaaaataagaatattttgttgag
atattccagaatttgtttatatggctggtaacatgtaaaatctatatcagcaaaagggtc
tacctttaaaataagcaataacaaagaagaaaaccaaattattgttcaaatttaggttta
aacttttgaagcaaacttttttttatccttgtgcactgcaggcctggtactcagattttg
ctatgaggttaatgaagtaccaagctgtgcttgaataacgatatgttttctcagattttc
tgttgtacagtttaatttagcagtccatatcacattgcaaaagtagcaatgacctcataa
aatacctcttcaaaatgcttaaattcatttcacacattaattttatctcagtcttgaagc
caattcagtaggtgcattggaatcaagcctggctacctgcatgctgttccttttcttttc
ttcttttagccattttgctaagagacacagtcttctcatcacttcgtttctcctattttg
ttttactagttttaagatcagagttcactttctttggactctgcctatattttcttacct
gaacttttgcaagttttcaggtaaacctcagctcaggactgctatttagctcctcttaag
aagattaaaagagaaaaaaaaaggcccttttaaaaatagtatacacttattttaagtgaa
aagcagagaattttatttatagctaattttagctatctgtaaccaagatggatgcaaaga
ggctagtgcctcagagagaactgtacggggtttgtgactggaaaaagttacgttcccatt
ctaattaatgccctttcttatttaaaaacaaaaccaaatgatatctaagtagttctcagc
aataataataatgacgataatacttcttttccacatctcattgtcactgacatttaatgg
tactgtatattacttaatttattgaagattattatttatgtcttattaggacactatggt
tataaactgtgtttaagcctacaatcattgatttttttttgttatgtcacaatcagtata
ttttctttggggttacctctctgaatattatgtaaacaatccaaagaaatgattgtatta
agatttgtgaataaatttttagaaatctgattggcatattgagatatttaaggttgaatg
tttgtccttaggataggcctatgtgctagcccacaaagaatattgtctcattagcctgaa
tgtgccataagactgaccttttaaaatgttttgagggatctgtggatgcttcgttaattt
gttcagccacaatttattgagaaaatattctgtgtcaagcactgtgggttttaatatttt
taaatcaaacgctgattacagataatagtatttatataaataattgaaaaaaattttctt
ttgggaagagggagaaaatgaaataaatatcattaaagataactcaggagaatcttcttt
acaattttacgtttagaatgtttaaggttaagaaagaaatagtcaatatgcttgtataaa
acactgttcactgttttttttaaaaaaaaaacttgatttgttattaacattgatctgctg
acaaaacctgggaatttgggttgtgtatgcgaatgtttcagtgcctcagacaaatgtgta
tttaacttatgtaaaagataagtctggaaataaatgtctgtttatttttgtactatttaa
aaaaaaaaaaaaaaatcgatgtcgactcgagtc
>HS08198
agcgggcggcggtcgtgggcggggttgcaggcgaggctcaacgaacgctggtctgaccgt
cggcgctccctgttgccgggccctgagcaagtggcttcatgaaccccgtgacgttggcca
tggagataagaccactgggtgatggtttaaggaagataacgtgtaaagggctaaggactg
tcggtggaaatcaggggtgcaggagaaatggataaacagccagaggtcaactcggacttt
gtacataggacatggtgccaggccctgccaggaagtgcagatcgaagctaggctcacgag
gaggctggaggtggggggtggggaggcaacggatggacatggacttcctgggctgggctc
tgtgacagcagagtagactctgtcctgggacttggtggtgctacccttggcctcccacag
tcctgccaccctgctgccgccaccatgctgccccctgggactgcgaccctcttgactctg
ctcctggcagctggctcgctgggccagaagcctcagaggccacgccggcccgcatccccc
atcagcaccatccagcccaaggccaattttgatgcgcagcaggtagaagttggggggggt
agagggaggcaggtagaagttgtgggaggggtagagggagacaggtagaagttgttgcgg
gggagagggaagcaggtgaagttgtggggggtgtagagggaagcaggtgaggggccctcc
cacagtgccctcgagttctcccatggtctgcccccagtttgcagggacctggctccttgt
ggctgtgggctccgcttgccgtttcctgcaggagcagggccaccgggccgaggccaccac
actgcatgtggctccccagggcacagccatggctgtcagtaccttccgaaagctgtgagt
cccagagcagccctgcaccctaaccccaaccctcctctcagcccccggacttcagccctg
ctctggcccctgaccccaccccggctgtggcctggactaggattcctggttggggtctcc
cagcctgtggtgcctcctccccgcccccccagggatgggatctgctggcaggtgcgccag
ctctatggagacacaggggtcctcggccgcttcctgcttcaaggtgaggcaggggctgca
ggtcatgtgggtgggggatgacgcagccactgtggctctctgacatggctactgtggctc
tgcccagcccgaggcgcccgaggggctgtgcacgtggttgtcgctgagaccgactaccag
agtttcgctgtcctgtacctggagcgggcggggcagctgtcagtgaagctctacggtatg
tgggggccagcctctgtgaccaggcaggcgctcaagctctgcacactcactgggccaccc
cgaggggctgggtgagccatggggacacacttcctttctcccatcctgatcctcctgcta
agcaggggcccagggagtagtgacagacaggcctggtgtgggagcagggaggagggcccc
gaggggcaggggacacacagaccccgttcccagagccctccacgccgcctggtgccagga
ccccaggaaccctgtctgccctgcagcccgctcgctccctgtgagcgactcggtcctgag
tgggtttgagcagcgggtccaggaggcccacctgactgaggaccagatcttctacttccc
caagtacggtgagtgtccccagcaggtccccagctcagccacccccactctctggctgat
gtccagcctgacccctgccttggcgccccaggcttctgcgaggctgcagaccagttccac
gtcctggacggtgagtgcacagcgggggcaagcatggcggcgtggtgaggggggccactc
gcaccggctgagtctcgtctctgctgcagaagtgaggaggtgaggccggcacacagctcc
agtgctgagaagtcagtgccccgagagacgaccccaccagtggggtgcccgctgcctgtc
ctccgtgaaaccagcctcagatcagggccctgccacccagggcaggggatcttctgccgg
ctgccccagaggacagtgggtggagtggtacctacttattaaatgtctcagacccctctc
tgactcttctgtccactctggaccggcgccagtaccaccaaggccctctctgcccccacc
ccgcctctttaaaagcccggcgctccctgttggctggagtccacgcagggtcactgggcc
gatttcggctcttgggatttgggaggggagatcctctctggcatatgccatcttgtgccc
tgctggacctgggggcgtccacgtcactccaaggctgctcttgcctgggccatgcctgca
gccc