# HG changeset patch
# User bgruening
# Date 1543484074 18000
# Node ID 156e0da5b917e032b341f1c92e2f0b6d0288a151
# Parent  cd256484eb1ac27275e208cececa4321804e0f93
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/flye commit a926a92aed3e22b14fb88af204c8450987c59743

diff -r cd256484eb1a -r 156e0da5b917 flye.xml
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@@ -1,4 +1,4 @@
-<tool id="flye" name="Assembly" version="2.3.5">
+<tool id="flye" name="Assembly" version="2.3.7">
     <description>of long and error-prone reads</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
@@ -25,7 +25,7 @@
     flye
     $mode
     #for $counter, $input in enumerate($inputs):
-        ./input_${counter}.${input.ext}
+        ./input_${counter}.$ext
     #end for
 
     -o out_dir 
@@ -61,30 +61,30 @@
     </outputs>
     <tests>
         <test>            
-            <param name="inputs" ftype="fasta" value="E.coli_PacBio_40x_first_200_reads.fasta"/>
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             <param name="mode" value="--pacbio-raw"/>
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-            <output name="scaffolds" file="result1_scaffolds.fasta" ftype="fasta"/>
-            <output name="assembly_info" file="result1_assembly_info.txt" ftype="tabular"/>
+            <param name="g" value="10000"/>
+            <output name="contigs" file="result1_contigs.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
+            <output name="scaffolds" file="result1_scaffolds.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
+            <output name="assembly_info" file="result1_assembly_info.txt" ftype="tabular" compare="sim_size"/>
             <output name="assembly_graph" file="result1_assembly_graph.dot" ftype="graph_dot" compare="sim_size"/>    
         </test>
         <test>            
-            <param name="inputs" ftype="fasta" value="Loman_E.coli_MAP006-1_2D_50x_first_500_reads.fasta"/>
+            <param name="inputs" ftype="fasta" value="nanopore.fasta"/>
             <param name="mode" value="--nano-raw"/>
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+            <param name="g" value="10000"/>
+            <output name="contigs" file="result2_contigs.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
+            <output name="scaffolds" file="result2_scaffolds.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
+            <output name="assembly_info" file="result2_assembly_info.txt" ftype="tabular" compare="sim_size"/>
             <output name="assembly_graph" file="result2_assembly_graph.dot" ftype="graph_dot" compare="sim_size"/>    
         </test>
         <test>            
-            <param name="inputs" ftype="fasta" value="E.coli_PacBio_40x_first_200_reads.fasta"/>
+            <param name="inputs" ftype="fasta" value="nanopore.fasta"/>
             <param name="mode" value="--pacbio-raw"/>
-            <param name="g" value="1.1m"/>
+            <param name="g" value="10000"/>
             <param name="i" value="2"/>
-            <output name="contigs" file="result3_contigs.fasta" ftype="fasta"/>
-            <output name="scaffolds" file="result3_scaffolds.fasta" ftype="fasta"/>
+            <output name="contigs" file="result3_contigs.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
+            <output name="scaffolds" file="result3_scaffolds.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
         </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
diff -r cd256484eb1a -r 156e0da5b917 macros.xml
--- a/macros.xml	Fri Sep 28 19:18:54 2018 -0400
+++ b/macros.xml	Thu Nov 29 04:34:34 2018 -0500
@@ -1,7 +1,7 @@
 <macros>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
-        <requirement type="package" version="2.3.5">flye</requirement>
+        <requirement type="package" version="2.3.7">flye</requirement>
             <yield/>
         </requirements>
     </xml>
@@ -20,4 +20,4 @@
             <yield />
         </citations>
     </xml>
-</macros>
\ No newline at end of file
+</macros>
diff -r cd256484eb1a -r 156e0da5b917 test-data/E.coli_PacBio_40x_first_1K_reads.fasta
--- a/test-data/E.coli_PacBio_40x_first_1K_reads.fasta	Fri Sep 28 19:18:54 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,115822 +0,0 @@
->m141013_011508_sherri_c100709962550000001823135904221533_s1_p0/29/0_6709 RQ=0.843
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-tttctggccctcttccagcagttcctgttcccgctggaaacatcgcggaacgcctgaccatgttttcgttcccttccgtc
-ggcagttcaatcgtaatagtggagcgcttgctaacttgacggtttttcaggttggttttttccgccagacgtatccgccc
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-ttcgacagcgtttctttgcttcatcaccttacccatccgctgcttggaatagtttcgaggccgccggtccacacgcgctg
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-gcggcgtaaagatccagcgaagacgcacgatacgctcacaccaatcaaaccccggcagaataaagctgtggttgatgacg
-agcctgactcggcatggggtggtggcccggaacggtcaaactgaatcgctgcgcagatcgctcgataagtccggcaggat
-gttaataatccgtagcaagccggtgctgacgccacgatggtatgccggactcaacgcgatcgccaagcggcgaaccggaa
-caatcgccgccaggcgcggccgcaagcctgagagtttaacaacttgagaaaccagcagcagaaacaaagtggccatagcc
-cacggaatactctttcaccattttcacccagtacgccctgaattccagacattgcgcgacgaaacatggtttctaggcgc
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-gattggttttggtcaggagataacttaatcagcgccccggtcagccagcataaacatcttgaactaactcagtaacatcc
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-ccgaggaaagggcccattgccagtccagttgcttttcggcagttttttatccagcataagcgtcgcggtatcaccgtaaa
-catactcacggttgtcccgttttccggtacggagagttgaatttctgggaactcttcgtctttaaaatccagatcttgta
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-gatcgaggaactcagatgggcgaccatcaaggtgacatttacccgccagcatcgcagccagagaacactgaccggcaacc
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-cagcgcgataccaccttttctggcacccataaaacagacatatcagtattagaaataagttggatagtaaataacatgtg
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-tcagagcgctgactaaataatccgttttggtcgttacgcggggctttagcaaaattaatccctcacagtggaatattggc
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-tagttttgtactgcgcagatgttaattggttttgtttggctggcttaatgttattgatatttatcggtctatattttttg
-ttctcacgggcagatgtcattaggttttatagattaatctgatctacccattttgtgggtaaaaaaattacacataatgc
-ggtgtggacataatagttaattaactttttgttagcgtttttgaaatttaaaacaacgggttcacctgaagaagatatta
-aatttttagcgctgatggagaggaaattatattggatctggacagagattttactgatgaaggatgtaacttgtgccagg
-ggtatttttgtcattacggtaataattatttactttacagctaacgcaagcgatccgttattggaatattgttttcagta
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-gagttggcttagcggtcgacagtttctcatcgtctgcgacttacgggtcattcagcaattcttgtgcggggcagtcgttg
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-tttgctcaaacagcgttggagattttcgtagggttccaggccgaaaggattttttcagtaccttaaccagaaatgcaggt
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-gattccggggcttatgccttatagcgataatcatactgatgagagagggaaggtgtcatggatcaggcgctactgggacg
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-gttcaccgcctatgattttgcccttctgtagcatcaccagagcaaaccgattagattcatgtgatctattttgtttgcta
-tatcttaattttgctttttgcaaaggtcatctctccgtttatttacttgttttagtcaatgatggtgctttgcatatata
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