# HG changeset patch # User iuc # Date 1524814516 14400 # Node ID 745e77f4e81e833568ae8fdd24ab471284a28260 # Parent bb82a2982d3dd4dfe7b2d553f8f86a1d2abc65c2 planemo upload for repository https://github.com/maxplanck-ie/HiCExplorer/tree/master/galaxy/wrapper/ commit eec0a4d5a7c5ba4ec0fbd2ead8280c3d143bb9d8 diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e hicPlotViewpoint.xml --- a/hicPlotViewpoint.xml Wed Mar 07 03:41:30 2018 -0500 +++ b/hicPlotViewpoint.xml Fri Apr 27 03:35:16 2018 -0400 @@ -1,5 +1,5 @@ - computes the principal components for A / B compartment analysis + plot interactions around a viewpoint hicPlotViewpoint macros.xml @@ -22,7 +22,7 @@ - + @@ -32,17 +32,17 @@ - - + + - + interactionOutFileName - + @@ -60,25 +60,34 @@ - + \${GALAXY_SLOTS:-4} - 2.1 - + 2.1.2 #if $use_range.select_use_range == "yes_use_range": --range $range_min:$range_max @@ -28,7 +27,7 @@ - + @@ -40,8 +39,8 @@ - - + + @@ -189,9 +188,9 @@ - + - \${GALAXY_SLOTS:-4} -<<<<<<< HEAD - 2.0 - - - #if $use_range.select_use_range == "yes_use_range": - --range $range_min:$range_max - #end if - - -======= - 2.1alpha1 ->>>>>>> joachimwolff-master - - - hicexplorer - - - @BINARY@ --version - - - - - 10.5281/zenodo.1133705 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #set $matrices = [] - #set $mlabels = [] - #for $counter, $i in enumerate($input_files): - ln -s $i.matrix #echo str($counter)+'_matrix'#; - #silent $matrices.append( '%s_matrix' % $counter ) - - #if str($i.mlabel.value) != "": - #set $mlabels += ['"%s"' % ($i.mlabel.value)] - #else - #set $mlabels += ['"%s"' % ($i.matrix.name)] - #end if - #end for - #set $mlabels = ' '.join($mlabels) - #set $matrices = ' '.join($matrices) - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #if $advancedOpt.used_multiple_regions.used_multiple_regions_options == 'no': - #if $advancedOpt.used_multiple_regions.clustering.clustering_options == 'kmeans': - #if int($advancedOpt.used_multiple_regions.clustering.k_kmeans) > 0: - --kmeans $advancedOpt.used_multiple_regions.clustering.k_kmeans - #end if - #end if - #end if - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -.. class:: infomark - -For more information on the tools, please visit our `help site`_. - -If you would like to give us feedback or you run into any trouble, please send an email to deeptools@googlegroups.com - -This tool is developed by the `Bioinformatics and Deep-Sequencing Unit`_ at the `Max Planck Institute for Immunobiology and Epigenetics`_. - -.. _Bioinformatics and Deep-Sequencing Unit: http://www3.ie-freiburg.mpg.de/facilities/research-facilities/bioinformatics-and-deep-sequencing-unit/ -.. _Max Planck Institute for Immunobiology and Epigenetics: http://www3.ie-freiburg.mpg.de -.. _help site: https://hicexplorer.readthedocs.org - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #import tempfile - #set $temp_dir = os.path.abspath(tempfile.mkdtemp()) - #set files=[] - #set labels=[] - #for $i in $input_files: - #set $temp_input_handle = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=$temp_dir ) - #set $temp_input_path = $temp_input_handle.name - #silent $temp_input_handle.close() - #silent os.system("ln -s %s %s.bam" % (str($i.bamfile), $temp_input_path)) - #silent os.system("ln -s %s %s.bam.bai" % (str($i.bamfile.metadata.bam_index), $temp_input_path)) - #silent $files.append('%s.bam' % $temp_input_path) - - ##set $files += [str($i.bamfile)] - #if str($i.label.value) != "": - #set $labels += ["\"%s\"" % ($i.label.value)] - #else - #set $labels += ["\"%s\"" % ($i.bamfile.name)] - #end if - #end for - - - - #import tempfile - #set $temp_dir = os.path.abspath(tempfile.mkdtemp()) - #set files=[] - #set labels=[] - #for $i in $input_files: - #set $temp_input_handle = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=$temp_dir ) - #set $temp_input_path = $temp_input_handle.name - #silent $temp_input_handle.close() - #silent os.system("ln -s %s %s.bw" % (str($i.bigwigfile), $temp_input_path)) - #silent $files.append('%s.bw' % $temp_input_path) - - ##set $files += [str($i.bigwigfile)] - #if str($i.label.value) != "": - #set $labels += ["\"%s\"" % ($i.label.value)] - #else - #set $labels += ["\"%s\"" % ($i.bigwigfile.name)] - #end if - #end for - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #if $source.ref_source=="history": - --genome $source.input1 - #else: - --genome "${source.input1_2bit.fields.path}" - #end if - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (( - output['showOutputSettings'] == 'yes' and - output['saveMatrix'] is True - )) - - - - - - - - (( - output['showOutputSettings'] == 'yes' and - output['saveData'] is True - )) - - - - - (( - output['showOutputSettings'] == 'yes' and - output['saveSortedRegions'] is True - )) - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicAggregateContacts.png Binary file static/images/hicAggregateContacts.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicCompareMatrices_QC_log2_m50_matrix_plot (1).png Binary file static/images/hicCompareMatrices_QC_log2_m50_matrix_plot (1).png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicCompareMatrices_m1bp_over_gst_log2_m50_matrix_plot (1).png Binary file static/images/hicCompareMatrices_m1bp_over_gst_log2_m50_matrix_plot (1).png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicCorrelate_Dmel_heatmap.png Binary file static/images/hicCorrelate_Dmel_heatmap.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicCorrelate_Dmel_scatterplot.png Binary file static/images/hicCorrelate_Dmel_scatterplot.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicMergeMatrixBins_Xchr.png Binary file static/images/hicMergeMatrixBins_Xchr.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicMergeMatrixBins_Xregion.png Binary file static/images/hicMergeMatrixBins_Xregion.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicPCA.png Binary file static/images/hicPCA.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicPlotDistvsCounts.png Binary file static/images/hicPlotDistvsCounts.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicPlotMatrix.png Binary file static/images/hicPlotMatrix.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicPlotTADs.png Binary file static/images/hicPlotTADs.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicQC_distance.png Binary file static/images/hicQC_distance.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicQC_pairs_discarded.png Binary file static/images/hicQC_pairs_discarded.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicQC_pairs_sequenced.png Binary file static/images/hicQC_pairs_sequenced.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicQC_read_orientation.png Binary file static/images/hicQC_read_orientation.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/hicQC_unmappable_and_non_unique.png Binary file static/images/hicQC_unmappable_and_non_unique.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e static/images/pulication_plots_viewpoint.png Binary file static/images/pulication_plots_viewpoint.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/compare_matrices_log2ratio.h5 Binary file test-data/compare_matrices_log2ratio.h5 has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/compare_matrices_pearson_ratio.cool Binary file test-data/compare_matrices_pearson_ratio.cool has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/covariance_small_50kb.cool Binary file test-data/covariance_small_50kb.cool has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/covariance_small_50kb.h5 Binary file test-data/covariance_small_50kb.h5 has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/hicCorrectMatrix_result1.npz.h5 Binary file test-data/hicCorrectMatrix_result1.npz.h5 has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/hicMergeMatrixBins_result1.npz.h5 Binary file test-data/hicMergeMatrixBins_result1.npz.h5 has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/hicPlotDistVsCounts_result2.png Binary file test-data/hicPlotDistVsCounts_result2.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/hicSumMatrices_result1.npz.h5 Binary file test-data/hicSumMatrices_result1.npz.h5 has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/li_viewpoint_32-33Mb.png Binary file test-data/li_viewpoint_32-33Mb.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/li_viewpoint_32Mb.png Binary file test-data/li_viewpoint_32Mb.png has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/multiFDR_zscore_matrix.h5 Binary file test-data/multiFDR_zscore_matrix.h5 has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/obs_exp_small_50kb.cool Binary file test-data/obs_exp_small_50kb.cool has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/obs_exp_small_50kb.h5 Binary file test-data/obs_exp_small_50kb.h5 has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/pca1.bw Binary file test-data/pca1.bw has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/pearson_small_50kb.h5 Binary file test-data/pearson_small_50kb.h5 has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/pearson_small_50kb_transform.cool Binary file test-data/pearson_small_50kb_transform.cool has changed diff -r bb82a2982d3d -r 745e77f4e81e test-data/small_matrix_50kb_pearson_pca1_plot.svg --- a/test-data/small_matrix_50kb_pearson_pca1_plot.svg Wed Mar 07 03:41:30 2018 -0500 +++ b/test-data/small_matrix_50kb_pearson_pca1_plot.svg Fri Apr 27 03:35:16 2018 -0400 @@ -19,25 +19,25 @@ - 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