Mercurial > repos > bgruening > hicup_deduplicator

comparison test-data/dataset1_2.filt.sam @ 7:2107c2f7a5d7 draft default tip

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/hicup commit 398a2e3e845ada656b3a7e0a6542e1668a8bcf17
author bgruening
date Thu, 23 Feb 2023 18:00:54 +0000
parents a5934ac7c399
children
comparison
equal deleted inserted replaced
6:44b121185562 7:2107c2f7a5d7
1 @HD VN:1.5 SO:queryname 1 @HD VN:1.5 SO:unsorted GO:query
2 @SQ SN:chr21 LN:46709983 2 @SQ SN:chr21 LN:46709983
3 @SQ SN:chr22 LN:50818468 3 @SQ SN:chr22 LN:50818468
4 @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.4.5 CL:"/home/ldelisle/miniconda3/envs/__hicup@0.8.3/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 --very-sensitive -x genome --threads 1 --reorder - --passthrough" 4 @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.4.5 CL:"/home/ldelisle/miniconda3/envs/mulled-v1-5c1994247e0ff8cda611e273476d9ea98cc0e3e62bd124f468f1ea5f3d75bca4/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 --very-sensitive -x genome --threads 1 --reorder - --passthrough"
5 @PG ID:HiCUP Mapper VN:0.8.3 5 @PG ID:HiCUP Mapper VN:0.9.2
6 @PG ID:samtools PN:samtools PP:HiCUP Mapper VN:1.16.1 CL:samtools view -bSh - 6 @PG ID:HiCUP Truncater VN:0.9.2 DS:"Restriction enzyme re1_unspecified [A^AGCTT]"
7 @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.15.1 (pysam) CL:samtools sort -n -@1 -T /tmp/tmpqwp310ym/sorted -O BAM -o /tmp/tmpqwp310ym/sorted.bam /tmp/tmprolrrufe/job_working_directory/000/1/outputs/galaxy_dataset_2f0aefeb-faca-49dc-a585-09a611400a5e.dat 7 @PG ID:samtools PN:samtools PP:HiCUP Truncater VN:1.16.1 CL:samtools view -bSh -
8 @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.16.1 CL:/home/ldelisle/miniconda3/envs/__hicup@0.8.3/bin/samtools view -h ./0.bam 8 @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.16.1 CL:/home/ldelisle/miniconda3/envs/mulled-v1-5c1994247e0ff8cda611e273476d9ea98cc0e3e62bd124f468f1ea5f3d75bca4/bin/samtools view -h dataset1_2.pair.bam
9 @PG ID:HiCUP Filter VN:0.8.3 DS:"Max insert 0 Min insert 0 Digest file /tmp/tmprolrrufe/files/c/8/e/dataset_c8ea51e8-38b0-4467-b22b-1b5878b2ab5f.dat" 9 @PG ID:HiCUP Filter VN:0.9.2 DS:"Max insert 0 Min insert 0 Digest file digest_file.txt"
10 @PG ID:samtools.3 PN:samtools PP:samtools.2 VN:1.16.1 CL:samtools view -bSh - 10 @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.16.1 CL:samtools view -bSh -
11 @PG ID:samtools.3 PN:samtools PP:samtools.2 VN:1.16.1 CL:samtools view -h dataset1_2.filt.bam
11 SRR071233.29547 115 chr22 31119191 42 40M = 28742824 0 GCCTCTAACCTACATGGCTCTGCTGCTTGAGATCCCCTCG CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC8CCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:40 YT:Z:UU CT:Z:FAR 12 SRR071233.29547 115 chr22 31119191 42 40M = 28742824 0 GCCTCTAACCTACATGGCTCTGCTGCTTGAGATCCCCTCG CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC8CCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:40 YT:Z:UU CT:Z:FAR
12 SRR071233.29547 179 chr22 28742824 42 40M = 31119191 0 TGGGCGAGGCCTGAGGGAAAAGTGAGAATTGGAGGGAGAG CDCDBCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:40 YT:Z:UU CT:Z:FAR 13 SRR071233.29547 179 chr22 28742824 42 40M = 31119191 0 TGGGCGAGGCCTGAGGGAAAAGTGAGAATTGGAGGGAGAG CDCDBCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:40 YT:Z:UU CT:Z:FAR
13 SRR071233.80581 99 chr21 27660196 42 40M = 15297495 0 TGCATATTCACTAACCGGGACAGTTAAAAATTAATATATT CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:40 YT:Z:UU CT:Z:FAR 14 SRR071233.80581 99 chr21 27660196 42 40M = 15297495 0 TGCATATTCACTAACCGGGACAGTTAAAAATTAATATATT CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:40 YT:Z:UU CT:Z:FAR
14 SRR071233.80581 147 chr21 15297495 0 30M3I7M = 27660196 0 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGCGCGCATTCT CCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-24 XN:i:0 XM:i:2 XO:i:1 XG:i:3 NM:i:5 MD:Z:31T0G4 YT:Z:UU CT:Z:FAR 15 SRR071233.80581 147 chr21 15297495 0 30M3I7M = 27660196 0 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGCGCGCATTCT CCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-24 XN:i:0 XM:i:2 XO:i:1 XG:i:3 NM:i:5 MD:Z:31T0G4 YT:Z:UU CT:Z:FAR
15 SRR071233.88639 99 chr21 16163798 42 40M = 17128682 0 AAGTGTTTTTTTCCCCTCAGACTTTTCTTGTAAATCCTAT ??>;?@@BB;;<;B@CCCCCCCCCCCCC@@CCCC@CCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:40 YT:Z:UU CT:Z:FAR 16 SRR071233.88639 99 chr21 16163798 42 40M = 17128682 0 AAGTGTTTTTTTCCCCTCAGACTTTTCTTGTAAATCCTAT ??>;?@@BB;;<;B@CCCCCCCCCCCCC@@CCCC@CCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:40 YT:Z:UU CT:Z:FAR