# HG changeset patch # User bgruening # Date 1677175254 0 # Node ID 2107c2f7a5d751142cfb87f0ecaeb01dd725b43f # Parent 44b1211855625750726b1f2f13e71b3511372832 planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/hicup commit 398a2e3e845ada656b3a7e0a6542e1668a8bcf17 diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 hicup_macros.xml --- a/hicup_macros.xml Mon Oct 24 16:12:30 2022 +0000 +++ b/hicup_macros.xml Thu Feb 23 18:00:54 2023 +0000 @@ -1,10 +1,13 @@ - 0.8.3 + 0.9.2 hicup bowtie2 samtools + + gmp hicup --version diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/HiCUP_summary_report.html --- a/test-data/HiCUP_summary_report.html Mon Oct 24 16:12:30 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,3694 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - -HiCUP Summary Report - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - -
-
-
-
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- -
- - - - - - - -
## [1] "dataset1_2.hicup.bam"
-
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Truncation & Mapping

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Truncation Frequency

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CategoryRead 1Read 2
Total99,74299,742
Not Truncated92,51292,628
Truncated7,2307,114
-
-
-

Truncated Read Length

- - - - - - - - - - - - - - - -
CategoryRead 1Read 2
Average Length Truncated22.422.6
-
-
-

Mapping Efficiency

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CategoryRead 1Read 2
Too Short To Map2,6582,476
Unique Alignments3,8853,725
Multiple Alignments12,43712,679
Failed To Align80,76280,862
Paired1,1431,143
-
-
-

Truncation and Mapping Bar Plot

-
- -
-
-
-

Filtering

-
-

Filtering Breakdown by Category

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CategoryCount
Valid Pairs544
Invalid Pairs599
Same Circularised21
Same Dangling Ends73
Same Fragment Internal466
Re Ligation39
Contiguous Sequence0
Wrong Size0
Total Pairs1,143
-
-
-

Filtering Breakdown Pie Chart

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- -
-
-
-

Ditag Length Distribution

-
-

Frequency Line Plot

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- -
-
-
-

Deduplication

-
-

Deduplication Summary Table

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CategoryAll DitagsUnique Ditags
Read Pairs544544
Cis-close (<10Kbp)4444
Cis-far (>10Kbp)440440
Trans6060
-
-
-

Deduplication Bar Chart

-
- - -Analysis produced by HiCUP - a tool for mapping and performing -quality control on Hi-C data -
-

Babraham Bioinformatics

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- - - -
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- -
- - - - - - - - - - - - - - - - diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/HiCUP_summary_report.txt --- a/test-data/HiCUP_summary_report.txt Mon Oct 24 16:12:30 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,2 +0,0 @@ -File Total_Reads_1 Total_Reads_2 Not_Truncated_Reads_1 Not_Truncated_Reads_2 Truncated_Read_1 Truncated_Read_2 Average_Length_Truncated_1 Average_Length_Truncated_2 Too_Short_To_Map_Read_1 Too_Short_To_Map_Read_2 Unique_Alignments_Read_1 Unique_Alignments_Read_2 Multiple_Alignments_Read_1 Multiple_Alignments_Read_2 Failed_To_Align_Read_1 Failed_To_Align_Read_2 Paired_Read_1 Paired_Read_2 Valid_Pairs Valid_Cis_Close Valid_Cis_Far Valid_Trans Invalid_Pairs Same_Circularised Same_Dangling_Ends Same_Fragment_Internal Re_Ligation Contiguous_Sequence Wrong_Size Deduplication_Read_Pairs_Uniques Deduplication_Cis_Close_Uniques Deduplication_Cis_Far_Uniques Deduplication_Trans_Uniques Percentage_Mapped Percentage_Valid Percentage_Uniques Percentage_Unique_Trans Percentage_Ditags_Passed_Through_HiCUP -dataset1_2.hicup.bam 99742 99742 92512 92628 7230 7114 22.45 22.63 2658 2476 3885 3725 12437 12679 80762 80862 1143 1143 544 44 440 60 599 21 73 466 39 0 0 544 44 440 60 1.15 47.59 100.00 11.03 0.55 diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/HiCUP_summary_report_aQdQORylpl_22-59-39_22-02-2023.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/HiCUP_summary_report_aQdQORylpl_22-59-39_22-02-2023.txt Thu Feb 23 18:00:54 2023 +0000 @@ -0,0 +1,2 @@ +File Total_Reads_1 Total_Reads_2 Not_Truncated_Reads_1 Not_Truncated_Reads_2 Truncated_Read_1 Truncated_Read_2 Average_Length_Truncated_1 Average_Length_Truncated_2 Too_Short_To_Map_Read_1 Too_Short_To_Map_Read_2 Unique_Alignments_Read_1 Unique_Alignments_Read_2 Multiple_Alignments_Read_1 Multiple_Alignments_Read_2 Failed_To_Align_Read_1 Failed_To_Align_Read_2 Paired_Read_1 Paired_Read_2 Valid_Pairs Valid_Cis_Close Valid_Cis_Far Valid_Trans Invalid_Pairs Same_Circularised Same_Dangling_Ends Same_Fragment_Internal Re_Ligation Contiguous_Sequence Wrong_Size Deduplication_Read_Pairs_Uniques Deduplication_Cis_Close_Uniques Deduplication_Cis_Far_Uniques Deduplication_Trans_Uniques Percentage_Mapped Percentage_Valid Percentage_Uniques Percentage_Unique_Trans Percentage_Ditags_Passed_Through_HiCUP +dataset1_2.hicup.bam 99742 99742 92512 92628 7230 7114 22.45 22.63 2658 2476 3885 3725 12437 12679 80762 80862 1143 1143 544 44 440 60 599 21 73 466 39 0 0 544 44 440 60 1.15 47.59 100.00 11.03 0.55 diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/dataset1.fastq.truncation_barchart.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/dataset1.fastq.truncation_barchart.svg Thu Feb 23 18:00:54 2023 +0000 @@ -0,0 +1,370 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/dataset1.mapper_barchart.svg --- a/test-data/dataset1.mapper_barchart.svg Mon Oct 24 16:12:30 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,385 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/dataset1.trunc.fastq.gz.mapper_barchart.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/dataset1.trunc.fastq.gz.mapper_barchart.svg Thu Feb 23 18:00:54 2023 +0000 @@ -0,0 +1,376 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/dataset1.truncation_barchart.svg --- a/test-data/dataset1.truncation_barchart.svg Mon Oct 24 16:12:30 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,358 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/dataset1_2.ditag_size_distribution_report.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/dataset1_2.ditag_size_distribution_report.txt Thu Feb 23 18:00:54 2023 +0000 @@ -0,0 +1,89 @@ +Bin Frequency +100 1 +1010 1 +1030 1 +1040 2 +1070 1 +1100 1 +1120 1 +1140 1 +1170 1 +1180 1 +120 2 +1210 1 +1230 1 +1240 1 +1250 1 +1260 1 +130 3 +1300 1 +1310 1 +1320 2 +1330 1 +1340 2 +1350 1 +1370 2 +1390 2 +140 4 +1400 1 +1410 2 +1430 4 +150 6 +160 11 +170 14 +180 21 +190 21 +200 33 +210 33 +220 37 +230 33 +240 30 +250 14 +260 28 +270 23 +280 27 +290 12 +300 20 +310 11 +320 12 +330 6 +340 9 +350 4 +360 7 +370 6 +380 5 +390 5 +400 1 +410 3 +420 3 +430 1 +440 2 +450 1 +460 1 +470 1 +480 1 +50 1 +500 1 +560 1 +570 2 +580 1 +600 1 +630 1 +670 1 +690 2 +70 1 +710 1 +720 2 +740 2 +770 2 +780 1 +80 3 +800 2 +850 1 +860 1 +870 1 +880 1 +890 1 +930 1 +950 1 +990 1 diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/dataset1_2.filt.bam Binary file test-data/dataset1_2.filt.bam has changed diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/dataset1_2.filt.bam.deduplicator_cis_trans_piechart.svg --- a/test-data/dataset1_2.filt.bam.deduplicator_cis_trans_piechart.svg Mon Oct 24 16:12:30 2022 +0000 +++ b/test-data/dataset1_2.filt.bam.deduplicator_cis_trans_piechart.svg Thu Feb 23 18:00:54 2023 +0000 @@ -78,12 +78,24 @@ - + + + + + + + + + + + + + - + @@ -218,15 +230,25 @@ - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/dataset1_2.filt.bam.deduplicator_uniques_barchart.svg --- a/test-data/dataset1_2.filt.bam.deduplicator_uniques_barchart.svg Mon Oct 24 16:12:30 2022 +0000 +++ b/test-data/dataset1_2.filt.bam.deduplicator_uniques_barchart.svg Thu Feb 23 18:00:54 2023 +0000 @@ -66,81 +66,90 @@ - + - + - - - - - - - - - - - - - - + + - - - - - - - - - - - - - + - - + + + + + + + + - - + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - + - + - + - + - + - + - + + + + + + + + + + - + @@ -216,67 +225,77 @@ - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 44b121185562 -r 2107c2f7a5d7 test-data/dataset1_2.filt.sam --- a/test-data/dataset1_2.filt.sam Mon Oct 24 16:12:30 2022 +0000 +++ b/test-data/dataset1_2.filt.sam Thu Feb 23 18:00:54 2023 +0000 @@ -1,13 +1,14 @@ -@HD VN:1.5 SO:queryname +@HD VN:1.5 SO:unsorted GO:query @SQ SN:chr21 LN:46709983 @SQ SN:chr22 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