# HG changeset patch
# User bgruening
# Date 1633551071 0
# Node ID 045c7c3d8e59c59ebff21868af68c30c8817048b
# Parent 3f7be05a1597b655e67d0663e21cfed8c341cd26
"planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/hifiasm commit 1e4c6c2e48f5e95beed75bb76134cbf7fa55dc8a"
diff -r 3f7be05a1597 -r 045c7c3d8e59 hifiasm.xml
--- a/hifiasm.xml Wed Sep 22 21:13:59 2021 +0000
+++ b/hifiasm.xml Wed Oct 06 20:11:11 2021 +0000
@@ -2,7 +2,7 @@
haplotype-resolved de novo assembler for PacBio Hifi reads
0.16.1
- 0
+ 1
fasta,fasta.gz,fastq,fastq.gz
@@ -19,12 +19,27 @@
#set $input_files = list()
#set $hap1_inputs = list()
#set $hap2_inputs = list()
+ #set $hic1_inputs = list()
+ #set $hic2_inputs = list()
#for idx, read in enumerate($mode.reads):
#set $inputfile = 'input_%d.%s' % ($idx, $read.dataset.extension)
ln -s '$read' $inputfile &&
$input_files.append($inputfile)
#end for
#set $input_filenames = ' '.join($input_files)
+ #if str($hic_partition.hic_partition_selector) == 'set'
+ mkdir HiCF HiCR &&
+ #for idx, read in enumerate($hic_partition.h1):
+ #set $inputfile = './HiCF/input_%d.%s' % ($idx, $read.dataset.extension)
+ ln -s '$read' $inputfile &&
+ $hic1_inputs.append($inputfile)
+ #end for
+ #for idx, read in enumerate($hic_partition.h2):
+ #set $inputfile = './HiCR/input_%d.%s' % ($idx, $read.dataset.extension)
+ ln -s '$read' $inputfile &&
+ $hic2_inputs.append($inputfile)
+ #end for
+ #end if
#if str($mode.mode_selector) == 'trio':
#for idx, read in enumerate($mode.hap1_reads):
#set $inputfile = 'hap1_input_%d.%s' % ($idx, $read.dataset.extension)
@@ -93,8 +108,8 @@
#end if
#if str($hic_partition.hic_partition_selector) == 'set':
- --h1 '${ ' '.join(["%s" % $x for $x in $hic_partition.h1]) }'
- --h2 '${ ' '.join(["%s" % $x for $x in $hic_partition.h2]) }'
+ --h1 '${ ' '.join(["%s" % $x for $x in $hic1_inputs]) }'
+ --h2 '${ ' '.join(["%s" % $x for $x in $hic2_inputs]) }'
#if $hic_partition.seed:
--seed $hic_partition.seed
#end if
@@ -136,7 +151,61 @@
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
+
+
+
+
+
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+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
@@ -166,103 +235,62 @@
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
- mode['mode_selector'] == 'standard'
+
+
+ mode['mode_selector'] == 'standard' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'blank'
-
- mode['mode_selector'] == 'trio'
+
+ mode['mode_selector'] == 'standard' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'blank'
+
+
+ mode['mode_selector'] == 'standard' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'blank'
-
- mode['mode_selector'] == 'standard'
+
+ mode['mode_selector'] == 'standard' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'blank'
-
- mode['mode_selector'] == 'standard'
+
+
+ mode['mode_selector'] == 'trio' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'blank'
-
- mode['mode_selector'] == 'standard'
+
+ mode['mode_selector'] == 'trio' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'blank'
+
+
+ mode['mode_selector'] == 'trio' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'blank'
-
- mode['mode_selector'] == 'trio'
+
+ mode['mode_selector'] == 'trio' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'blank'
-
- mode['mode_selector'] == 'trio'
+
+
+ mode['mode_selector'] == 'standard' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'set'
+
+
+ mode['mode_selector'] == 'standard' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'set'
+
+
+ mode['mode_selector'] == 'standard' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'set'
-
-
- hic_partition['hic_partition_selector'] == 'set'
+
+ mode['mode_selector'] == 'standard' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'set'
-
- hic_partition['hic_partition_selector'] == 'set'
+
+
+ mode['mode_selector'] == 'trio' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'set'
-
- hic_partition['hic_partition_selector'] == 'set'
+
+ mode['mode_selector'] == 'trio' and hic_partition['hic_partition_selector'] == 'set'
-
+
+
log_out
-
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@@ -275,7 +303,7 @@
-
+
@@ -289,7 +317,7 @@
-
+
@@ -308,29 +336,35 @@
-
-
+
-
-
+
+
+
+
+
+
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-
-
-
- -->
-
+
@@ -345,6 +379,11 @@
+
+
+
+
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@@ -357,7 +396,7 @@
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+
@@ -375,7 +414,7 @@
-
+
@@ -393,7 +432,7 @@
-
+
@@ -411,7 +450,7 @@
-
+
@@ -429,7 +468,7 @@
-
+
@@ -447,7 +486,7 @@
-
+
@@ -466,71 +505,43 @@
10.1038/s41592-020-01056-5
diff -r 3f7be05a1597 -r 045c7c3d8e59 test-data/hic_1.fastq.gz
Binary file test-data/hic_1.fastq.gz has changed
diff -r 3f7be05a1597 -r 045c7c3d8e59 test-data/hic_2.fastq.gz
Binary file test-data/hic_2.fastq.gz has changed
diff -r 3f7be05a1597 -r 045c7c3d8e59 test-data/hifiasm-out-hifi-a.gfa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/hifiasm-out-hifi-a.gfa Wed Oct 06 20:11:11 2021 +0000
@@ -0,0 +1,6 @@
+S atg000001l 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