Mercurial > repos > bgruening > hifiasm
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planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/hifiasm commit 0fb623fa67741a34587f9e5b110f22f68f0b59fa
author | bgruening |
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date | Tue, 24 Jan 2023 17:46:39 +0000 |
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files | hifiasm.xml test-data/hifiasm-out-hifiul.bp.p_ctg.gfa test-data/hifiasm-out-hifiul.bp.r_utg.gfa test-data/nanopore.fasta.gz test-data/nanopore.first5.fasta.gz test-data/nanopore.first50.fasta.gz |
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line diff
--- a/hifiasm.xml Fri Jan 20 22:27:43 2023 +0000 +++ b/hifiasm.xml Tue Jan 24 17:46:39 2023 +0000 @@ -2,7 +2,7 @@ <description>haplotype-resolved de novo assembler for PacBio Hifi reads</description> <macros> <token name="@TOOL_VERSION@">0.18.5</token> - <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token> + <token name="@VERSION_SUFFIX@">1</token> <token name="@FORMATS@">fasta,fasta.gz,fastq,fastq.gz</token> <xml name="reads"> <param name="reads" type="data" format="@FORMATS@" multiple="true" label="Input reads" /> @@ -21,6 +21,7 @@ #set $hap2_inputs = list() #set $hic1_inputs = list() #set $hic2_inputs = list() + #set $ultralong_inputs = list() #for idx, read in enumerate($mode.reads): #set $inputfile = 'input_%d.%s' % ($idx, $read.dataset.extension) ln -s '$read' $inputfile && @@ -40,6 +41,14 @@ $hic2_inputs.append($inputfile) #end for #end if + #if str($ont_integration.ont_integration_selector) == 'set' + mkdir ultralong && + #for idx, read in enumerate($ont_integration.ul): + #set $inputfile = './ultralong/input_%d.%s' % ($idx, $read.dataset.extension) + ln -s '$read' $inputfile && + $ultralong_inputs.append($inputfile) + #end for + #end if #if str($mode.mode_selector) == 'trio': #for idx, read in enumerate($mode.hap1_reads): #set $inputfile = 'hap1_input_%d.%s' % ($idx, $read.dataset.extension) @@ -108,8 +117,8 @@ #end if #if str($hic_partition.hic_partition_selector) == 'set': - --h1 '${ ' '.join(["%s" % $x for $x in $hic1_inputs]) }' - --h2 '${ ' '.join(["%s" % $x for $x in $hic2_inputs]) }' + --h1 ${ ' '.join(["'%s'" % $x for $x in $hic1_inputs]) } + --h2 ${ ' '.join(["'%s'" % $x for $x in $hic2_inputs]) } #if $hic_partition.seed: --seed $hic_partition.seed #end if @@ -125,6 +134,16 @@ --l-msjoin $hic_partition.l_msjoin #end if + #if str($ont_integration.ont_integration_selector) == 'set': + --ul ${ ' '.join(["'%s'" % $x for $x in $ultralong_inputs]) } + #if $ont_integration.ul_rate: + --ul-rate $ont_integration.ul_rate + #end if + #if $ont_integration.ul_tip: + --ul-tip $ont_integration.ul_tip + #end if + #end if + ## Changed the default outputs of hifiasm. Hifiasm outputs a primary assembly and two balanced haplotypes in default. Incorporated the option '--primary' to output primary assembly and alternate assembly. --primary $input_filenames @@ -207,6 +226,18 @@ <param argument="--l-msjoin" type="integer" min="0" value="500000" label="Detect misjoined unitigs of greater than or equal to specified size" help="A value of 0 disables this filter"/> </when> </conditional> + <conditional name="ont_integration"> + <param name="ont_integration_selector" type="select" label="Options for ONT integration"> + <option value="blank">Leave default</option> + <option value="set">Specify</option> + </param> + <when value="blank" /> + <when value="set"> + <param argument="--ul" type="data" format="fastq,fastq.gz,fasta,fasta.gz" multiple="true" label="Ultra-long (>10kb) reads" /> + <param argument="--ul-rate" type="float" value="0.2" optional="true" label="error rate of ultra-long reads (default 0.2)" /> + <param argument="--ul-tip" type="integer" value="6" optional="true" label="remove tip unitigs composed of less than (INT) reads for the UL assembly (default 6)" /> + </when> + </conditional> <conditional name="advanced_options"> <param name="advanced_selector" type="select" label="Advanced options"> <option value="blank">Leave default</option> @@ -298,6 +329,7 @@ </collection> </outputs> <tests> + <!-- TEST 1 --> <test expect_num_outputs="5"> <param name="reads" value="hifiasm-in1.fa.gz" ftype="fasta.gz" /> <param name="filter_bits" value="0" /> @@ -306,6 +338,7 @@ <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out1-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out1-primary.gfa" ftype="gfa1" /> </test> + <!-- TEST 2 --> <test expect_num_outputs="5"> <param name="reads" value="hifiasm-in2-0.fa.gz,hifiasm-in2-1.fa.gz,hifiasm-in2-2.fa.gz,hifiasm-in2-3.fa.gz,hifiasm-in2-4.fa.gz" ftype="fasta.gz" /> <param name="filter_bits" value="0" /> @@ -314,7 +347,7 @@ <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out2-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out2-primary.gfa" ftype="gfa1" /> </test> - <!-- Test logfile out--> + <!-- TEST 3: Test logfile out--> <test expect_num_outputs="6"> <param name="reads" value="hifiasm-in1.fa.gz" ftype="fasta.gz" /> <param name="filter_bits" value="0" /> @@ -329,7 +362,7 @@ </assert_contents> </output> </test> - <!--Test Hi-C reads--> + <!--TEST 4: Test Hi-C reads--> <test expect_num_outputs="6"> <param name="reads" value="hifiasm-in1.fa.gz" ftype="fasta.gz" /> <param name="filter_bits" value="0" /> @@ -364,7 +397,7 @@ </assert_contents> </output> </test> - <!-- Test trio mode --> + <!-- TEST 5: Test trio mode --> <test expect_num_outputs="5"> <param name="filter_bits" value="0"/> <conditional name="mode"> @@ -381,7 +414,7 @@ <has_text text="--primary" /> </assert_command> </test> - <!-- Test ignore-error-corrected option --> + <!-- TEST 6: Test ignore-error-corrected option --> <test expect_num_outputs="5"> <param name="reads" value="hifiasm-in1.fa.gz" ftype="fasta.gz" /> <param name="filter_bits" value="0" /> @@ -394,7 +427,7 @@ <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out3-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out3-primary.gfa" ftype="gfa1" /> </test> - <!-- Test expected haplotype number --> + <!-- TEST 7: Test expected haplotype number --> <test expect_num_outputs="5"> <param name="reads" value="hifiasm-in1.fa.gz" ftype="fasta.gz" /> <param name="filter_bits" value="0" /> @@ -407,7 +440,7 @@ <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out4-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out4-primary.gfa" ftype="gfa1" /> </test> - <!-- Test min_hist_cnt option --> + <!-- TEST 8: Test min_hist_cnt option --> <test expect_num_outputs="5"> <param name="reads" value="hifiasm-in1.fa.gz" ftype="fasta.gz" /> <param name="filter_bits" value="0" /> @@ -420,7 +453,7 @@ <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out5-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out5-primary.gfa" ftype="gfa1" /> </test> - <!-- Test max_kooc option --> + <!-- TEST 9: Test max_kooc option --> <test expect_num_outputs="5"> <param name="reads" value="hifiasm-in1.fa.gz" ftype="fasta.gz" /> <param name="filter_bits" value="0" /> @@ -433,7 +466,7 @@ <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out6-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out6-primary.gfa" ftype="gfa1" /> </test> - <!-- Test hg-size option --> + <!-- TEST 10: Test hg-size option --> <test expect_num_outputs="5"> <param name="reads" value="hifiasm-in1.fa.gz" ftype="fasta.gz" /> <param name="filter_bits" value="0" /> @@ -446,7 +479,7 @@ <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out7-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out7-primary.gfa" ftype="gfa1" /> </test> - <!-- Test ignore-error-corrected option --> + <!-- TEST 11: Test ignore-error-corrected option --> <test expect_num_outputs="5"> <param name="reads" value="hifiasm-in1.fa.gz" ftype="fasta.gz" /> <param name="filter_bits" value="0" /> @@ -459,6 +492,19 @@ <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out8-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out8-primary.gfa" ftype="gfa1" /> </test> + <!-- TEST 12: test nanopore input --> + <test expect_num_outputs="5"> + <param name="reads" value="hifiasm-in1.fa.gz" ftype="fasta.gz" /> + <param name="mode_selector" value="standard" /> + <param name="filter_bits" value="0" /> + <conditional name="ont_integration"> + <param name="ont_integration_selector" value="set" /> + <param name="ul" value="nanopore.first5.fasta.gz" /> + <param name="ul_tip" value="1" /> + </conditional> + <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out-hifiul.bp.p_ctg.gfa" ftype="gfa1" /> + <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out-hifiul.bp.r_utg.gfa" ftype="gfa1" /> + </test> </tests> <help><![CDATA[ .. class:: infomark
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/hifiasm-out-hifiul.bp.p_ctg.gfa Tue Jan 24 17:46:39 2023 +0000 @@ -0,0 +1,10 @@ +S ptg000001l 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