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planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/hifiasm commit 590539b6db0f8ef16d31c2023a22aa97143bf024
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--- a/hifiasm.xml Tue Oct 25 18:13:16 2022 +0000 +++ b/hifiasm.xml Fri Jan 20 22:27:43 2023 +0000 @@ -1,8 +1,8 @@ <tool id="hifiasm" name="Hifiasm" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@"> <description>haplotype-resolved de novo assembler for PacBio Hifi reads</description> <macros> - <token name="@TOOL_VERSION@">0.16.1</token> - <token name="@VERSION_SUFFIX@">4</token> + <token name="@TOOL_VERSION@">0.18.5</token> + <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token> <token name="@FORMATS@">fasta,fasta.gz,fastq,fastq.gz</token> <xml name="reads"> <param name="reads" type="data" format="@FORMATS@" multiple="true" label="Input reads" /> @@ -293,7 +293,7 @@ <data name="log_file" format="txt" from_work_dir="output.log" label="${tool.name} ${on_string}: log file"> <filter>log_out</filter> </data> - <collection name="noseq files" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: noseq files"> + <collection name="noseq_files" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: noseq files"> <discover_datasets pattern="__name_and_ext__" format="gfa1" directory="noseq_files" /> </collection> </outputs> @@ -305,11 +305,6 @@ <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out1-raw.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out1-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out1-primary.gfa" ftype="gfa1" /> - 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<output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1"> - <assert_contents> - <has_size value="0"/> - </assert_contents> - </output> <output name="log_file" ftype="txt"> <assert_contents> - <has_line line="[M::main] CMD: hifiasm -t 1 -o output -f 0 --primary input_0.fasta.gz"/> + <has_text text="-o output -f 0 --primary input_0.fasta.gz"/> </assert_contents> </output> </test> @@ -363,19 +348,19 @@ <output name="hic_balanced_contig_hap1_graph" ftype="gfa1"> <assert_contents> <has_text_matching expression="^S" /> - <has_size value="59529" delta="500"/> + <has_size value="83914" delta="500"/> </assert_contents> </output> <output name="hic_balanced_contig_hap1_graph" ftype="gfa1" > <assert_contents> <has_text_matching expression="^S" /> - <has_size value="59529" delta="500"/> + <has_size value="83914" delta="500"/> </assert_contents> </output> <output name="hic_raw_initig" ftype="gfa1" > <assert_contents> <has_text_matching expression="^S" /> - <has_size value="59522" delta="500"/> + <has_size value="83904" delta="500"/> </assert_contents> </output> </test> @@ -390,26 +375,11 @@ <param name="max_kmers" value="2"/> <param name="min_kmers" value="5"/> </conditional> - <output name="raw_unitigs_trio" ftype="gfa1"> - <assert_contents> - <has_size value="0"/> - </assert_contents> - </output> - <output name="processed_unitigs_trio" ftype="gfa1"> - <assert_contents> - <has_size value="0"/> - </assert_contents> - </output> - <output name="hap1_contigs"> - <assert_contents> - <has_size value="0"/> - </assert_contents> - </output> - <output name="hap2_contigs"> - <assert_contents> - <has_size value="0"/> - </assert_contents> - </output> + <assert_command> + <has_text text="-1 hap1.yak" /> + <has_text text="-2 hap2.yak" /> + <has_text text="--primary" /> + </assert_command> </test> <!-- Test ignore-error-corrected option --> <test expect_num_outputs="5"> @@ -423,11 +393,6 @@ <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out3-raw.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out3-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out3-primary.gfa" ftype="gfa1" /> - <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1"> - <assert_contents> - <has_size value="0"/> - </assert_contents> - </output> </test> <!-- Test expected haplotype number --> <test expect_num_outputs="5"> @@ -441,11 +406,6 @@ <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out4-raw.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out4-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out4-primary.gfa" ftype="gfa1" /> - <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1"> - <assert_contents> - <has_size value="0"/> - </assert_contents> - </output> </test> <!-- Test min_hist_cnt option --> <test expect_num_outputs="5"> @@ -459,11 +419,6 @@ <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out5-raw.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out5-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out5-primary.gfa" ftype="gfa1" /> - <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1"> - <assert_contents> - <has_size value="0"/> - </assert_contents> - </output> </test> <!-- Test max_kooc option --> <test expect_num_outputs="5"> @@ -477,11 +432,6 @@ <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out6-raw.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out6-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out6-primary.gfa" ftype="gfa1" /> - <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1"> - <assert_contents> - <has_size value="0"/> - </assert_contents> - </output> </test> <!-- Test hg-size option --> <test expect_num_outputs="5"> @@ -495,11 +445,6 @@ <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out7-raw.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out7-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out7-primary.gfa" ftype="gfa1" /> - <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1"> - <assert_contents> - <has_size value="0"/> - </assert_contents> - </output> </test> <!-- Test ignore-error-corrected option --> <test expect_num_outputs="5"> @@ -513,11 +458,6 @@ <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out8-raw.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out8-processed.gfa" ftype="gfa1" /> <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out8-primary.gfa" ftype="gfa1" /> - <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1"> - <assert_contents> - 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--- a/test-data/hifiasm-out-hifi-a.gfa Tue Oct 25 18:13:16 2022 +0000 +++ b/test-data/hifiasm-out-hifi-a.gfa Fri Jan 20 22:27:43 2023 +0000 @@ -1,6 +1,9 @@ S atg000001l 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