# HG changeset patch
# User bgruening
# Date 1506612069 14400
# Node ID 580ee1e9180174e6bd6558bf30a01d54707ede68
# Parent  e23c455f83358898d6de1a9af8eaf10b17de3bf2
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/rnaz commit e85474d72b07c70ca061f51b7165951038a06a6c

diff -r e23c455f8335 -r 580ee1e91801 rnaz.xml
--- a/rnaz.xml	Wed Mar 01 17:15:13 2017 -0500
+++ b/rnaz.xml	Thu Sep 28 11:21:09 2017 -0400
@@ -1,4 +1,4 @@
-<tool id="rnaz" name="RNAz" version="2.1.0">
+<tool id="rnaz" name="RNAz" version="2.1.1">
     <description>predicting structurally conserved and thermodynamically stable RNA secondary structures</description>
 
     <requirements>
@@ -15,8 +15,7 @@
 <![CDATA[
     RNAz '$input'
         --$forward_or_reverse
-        $dinucleotide
-        $mononucleotide
+        $zscore
         $locarnate
         $noshuffle
         #if $cutoff != -1.0:
@@ -34,9 +33,11 @@
             <option value="reverse">Score reverse strand (-r)</option>
             <option value="both-strands">Score both strands (-b)</option>
         </param>
+        <param name="zscore" type="select" label="Which type of z-scores">
+            <option value="--mononucleotide">Use mononucleotide shuffled z-scores</option>
+            <option value="--dinucleotide" selected="true">Use dinucleotide shuffled z-scores</option>
+        </param>
         <param argument="--cutoff" label="Probability cutoff" type="float" value="-1.0" help="-1.0 to deactivate"/>
-        <param argument="--dinucleotide" type="boolean" checked="true" truevalue="--dinucleotide" falsevalue="" label="Use dinucleotide shuffled z-scores" />
-        <param argument="--mononucleotide" type="boolean" checked="true" truevalue="--mononucleotide" falsevalue="" label="Use mononucleotide shuffled z-scores"  />
         <param argument="--locarnate" type="boolean" checked="false" truevalue="--locarnate" falsevalue="" label="Use decision model for structural alignments" />
         <param argument="--no-shuffle" name="noshuffle"  type="boolean" checked="false" truevalue="--no-shuffle" falsevalue="" label="Never fall back to shuffling"  />
     </inputs>
diff -r e23c455f8335 -r 580ee1e91801 test-data/rnaz_result2.fasta
--- a/test-data/rnaz_result2.fasta	Wed Mar 01 17:15:13 2017 -0500
+++ b/test-data/rnaz_result2.fasta	Thu Sep 28 11:21:09 2017 -0400
@@ -1,24 +1,24 @@
 >AP000397.1_114390-114319
 UGGAGUAUAGCCAAG--UGG--UAAGGCAU-CGGUUUUUGGUACCGGCAU---------GCAAAGGUUCGAAUCCUUUUACUCCAG
-(((((((..(((...--.))--)...((((-((((.......))))..))---------))(((((.......)))))))))))). ( -22.00, z-score =  -1.73, R)
+(((((((..(((...--.))--)...((((-((((.......))))..))---------))(((((.......)))))))))))). ( -22.00, z-score =  -2.10, R)
 >X03715.1_388-461
 CGGAAAGUAGCUUAGCUUGG--UAGAGCAC-UCGGUUUGGGACCGAGGGG---------UCGCAGGUUCGAAUCCUGUCUUUCCGA
-(((((((..((((.((((..--..)))).(-((((((...))))))))))---------).(((((.......)))))))))))). ( -28.90, z-score =  -2.35, R)
+(((((((..((((.((((..--..)))).(-((((((...))))))))))---------).(((((.......)))))))))))). ( -28.90, z-score =  -2.01, R)
 >U67517.1_7511-7582
 GCCGGGGUGGGGUAG--UGG--CCAUCCUGGGGGACUGUGGAUCCC-CUG---------ACCCGGGUUCAAUUCCCGGUCCCGGCC
-.(((((((((.....--...--)))))))))(((((((.(((..((-(..---------....)))......)))))))))).... ( -35.60, z-score =  -1.36, R)
+.(((((((((.....--...--)))))))))(((((((.(((..((-(..---------....)))......)))))))))).... ( -35.60, z-score =   0.05, R)
 >X99256.1_11558-11626
 GUAAACAUAGUUUA----AU--CAAAACAU-UAGAUUGUGAAUCUAACA----------AUAGAGGCUCGAAACCUCUUGCUUACC
-((((.(((((((((----((--......))-))))))))).........----------..(((((.......)))))...)))). ( -13.90, z-score =  -2.44, R)
+((((.(((((((((----((--......))-))))))))).........----------..(((((.......)))))...)))). ( -13.90, z-score =  -2.78, R)
 >M10217.1_5910-5978
 AGUAAAGUCAGCUA----AA--AAAGCUUUUGGGCCCAU--ACCCCAAAC---------AUGUUGGUUAAACCCCUUCCUUUACUA
-(((((((..((((.----..--..))))((((((.....--..)))))).---------...................))))))). ( -13.90, z-score =  -2.40, R)
+(((((((..((((.----..--..))))((((((.....--..)))))).---------...................))))))). ( -13.90, z-score =  -1.16, R)
 >AC021639.5_181586-181505
 GCAGUCGUGGCCGAGU---GGUUAAGGCGU-CUGACUCGAAAUCAGAUUCCCUCUGGGAGCGUAGGUUCGAAUCCUACCGGCUGCG
-((((((((((((....---)))))..((((-((((.......))))))((((...))))))(((((.......)))))))))))). ( -31.20, z-score =  -1.31, R)
+((((((((((((....---)))))..((((-((((.......))))))((((...))))))(((((.......)))))))))))). ( -31.20, z-score =  -1.56, R)
 >AP000063.1_59179-59095
 GCGGGGGUGCCCGAGCCUGGCCAAAGGGGU-CGGGCUCAGGACCCGAUGGCGUAGGCCUGCGUGGGUUCAAAUCCCACCCCCCGCA
-(((((((((...((((((((((.....)))-))))))).(((((((..(((....)))....)))))))......)).))))))). ( -52.80, z-score =  -4.23, R)
+(((((((((...((((((((((.....)))-))))))).(((((((..(((....)))....)))))))......)).))))))). ( -52.80, z-score =  -3.28, R)
 >consensus
 GCGAAAGUAGCCUAG__UGG__UAAGGCAU_CGGACUCUGGACCCGACAG_________ACGUAGGUUCGAAUCCUACCCCUCCCA
 (((((((..(((.............)))...((((.......))))...............(((((.......)))))))))))). (-27.32 = -19.11 +  -8.22) 
diff -r e23c455f8335 -r 580ee1e91801 test-data/rnaz_result_trna.fasta
--- a/test-data/rnaz_result_trna.fasta	Wed Mar 01 17:15:13 2017 -0500
+++ b/test-data/rnaz_result_trna.fasta	Thu Sep 28 11:21:09 2017 -0400
@@ -1,15 +1,15 @@
 >sacCer1
 GCCUUGUUGGCGCAAUCGGUAGCGCGUAUGACUCUUAAUCAUAAGGUUAGGGGUUCGAGCCCCCUACAGGGCU
-(((((((.(((((........))))...((((.((((....))))))))(((((....)))))).))))))). ( -29.20, z-score =  -2.74, R)
+(((((((.(((((........))))...((((.((((....))))))))(((((....)))))).))))))). ( -29.20, z-score =  -2.35, R)
 >sacBay
 GCCUUGUUGGCGCAAUCGGUAGCGCGUAUGACUCUUAAUCAUAAGGUUAGGGGUUCGAGCCCCCUACAGGGCU
-(((((((.(((((........))))...((((.((((....))))))))(((((....)))))).))))))). ( -29.20, z-score =  -2.74, R)
+(((((((.(((((........))))...((((.((((....))))))))(((((....)))))).))))))). ( -29.20, z-score =  -2.35, R)
 >sacKlu
 GCCUUGUUGGCGCAAUCGGUAGCGCGUAUGACUCUUAAUCAUAAGGCUAGGGGUUCGAGCCCCCUACAGGGCU
-(((((((.(((((........)))).(((((.......)))))......(((((....)))))).))))))). ( -27.20, z-score =  -1.87, R)
+(((((((.(((((........)))).(((((.......)))))......(((((....)))))).))))))). ( -27.20, z-score =  -1.34, R)
 >sacCas
 GCUUCAGUAGCUCAGUCGGAAGAGCGUCAGUCUCAUAAUCUGAAGGUCGAGAGUUCGAACCUCCCCUGGAGCA
-(((((((..((((........)))).((((.........))))((((((......)).))))...))))))). ( -23.20, z-score =  -1.36, R)
+(((((((..((((........)))).((((.........))))((((((......)).))))...))))))). ( -23.20, z-score =  -1.22, R)
 >consensus
 GCCUUGUUGGCGCAAUCGGUAGCGCGUAUGACUCUUAAUCAUAAGGUUAGGGGUUCGAGCCCCCUACAGGGCU
 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (-26.50 = -23.63 +  -2.87)