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@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:2404:13066/2 -ATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGACCATACTTACTAAAGTGTGTTAATTAATTAATGCTTGTAGGACTGTCTCTTATACACAT +ATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGACCATACTTACTAAAGTGTGTTAATTAATTAATGCTTGTAGGA + -CCCCCFFFFFFCGGGGGGGGGGHHHHHHHHHFFHHHHGGGGGHFFFHHFHHHHHHHHHHHHHHHGFEGGGHGEDFCDFHGHFG@@DGGHHHHHHGGGGCGGGGGEHGGCGBB?CF99EGFGGFGG?D9CFFFF/BBFFFFFEF9BFFAFFFFEFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF.FFBBFFFFFFFFFFFF-9;;;BFFFFFB9BFBFBFABFFEFFFFFFFFFF::BFFBFFFF.9//;FFFFF/BFFB -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:9184:6959/2 -AAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCCTGTCTCTT -+ -CCCCBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHEHIHHGGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGHHFHHHHHBGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHGHHGGGGCFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF.CFFFFAF=D=EAEFFF0B:0AF-DAFBFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFBFFFEFF9B900B +CCCCCFFFFFFCGGGGGGGGGGHHHHHHHHHFFHHHHGGGGGHFFFHHFHHHHHHHHHHHHHHHGFEGGGHGEDFCDFHGHFG@@DGGHHHHHHGGGGCGGGGGEHGGCGBB?CF99EGFGGFGG?D9CFFFF/BBFFFFFEF9BFFAFFFFEFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF.FFBBFFFFFFFFFFFF-9;;;BFFFFFB9BFBFBFABFFEFFFFFFFFFF::BFFBFF diff -r f11ff7be8c78 -r 11962ce40855 test-data/paired_collection_example_results3.txt --- a/test-data/paired_collection_example_results3.txt Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ b/test-data/paired_collection_example_results3.txt Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -3,84 +3,168 @@ ========================== Input filename: ./input_mate1 Trimming mode: paired-end -Trim Galore version: 0.3.7 +Trim Galore version: 0.4.0 +Cutadapt version: 1.8 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 -Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Adapter sequence: 'CTGTCTCTTATA' (Nextera Transposase sequence; auto-detected) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp +Length cut-off for read 1: 35 bp (default) +Length cut-off for read 2: 35 bp (default) -cutadapt version 1.1 -Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate1 -Maximum error rate: 10.00% - Processed reads: 100 - Trimmed reads: 20 ( 20.0%) - Total basepairs: 24894 (0.0 Mbp) - Trimmed basepairs: 26 (0.0 Mbp) (0.10% of total) - Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Total time: 0.00 s - Time per read: 0.03 ms +This is cutadapt 1.8 with Python 2.7.9 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a CTGTCTCTTATA ./input_mate1 +Trimming 1 adapter(s) with at most 10.0% errors in single-end mode ... +Finished in 0.10 s (1010 us/read; 0.06 M reads/minute). + +=== Summary === + +Total reads processed: 99 +Reads with adapters: 52 (52.5%) +Reads written (passing filters): 99 (100.0%) + +Total basepairs processed: 24,849 bp +Quality-trimmed: 205 bp (0.8%) +Total written (filtered): 23,339 bp (93.9%) === Adapter 1 === -Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 20 times. +Sequence: CTGTCTCTTATA; Type: regular 3'; Length: 12; Trimmed: 52 times. + +No. of allowed errors: +0-9 bp: 0; 10-12 bp: 1 + +Bases preceding removed adapters: + A: 9.6% + C: 38.5% + G: 23.1% + T: 28.8% + none/other: 0.0% -Lengths of removed sequences -length count expected -1 16 25.0 -2 2 6.2 -3 2 1.6 +Overview of removed sequences +length count expect max.err 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adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp +Length cut-off for read 1: 35 bp (default) +Length cut-off for read 2: 35 bp (default) -cutadapt version 1.1 -Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate2 -Maximum error rate: 10.00% - Processed reads: 100 - Trimmed reads: 24 ( 24.0%) - Total basepairs: 24354 (0.0 Mbp) - Trimmed basepairs: 36 (0.0 Mbp) (0.15% of total) - Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Total time: 0.01 s - Time per read: 0.10 ms +This is cutadapt 1.8 with Python 2.7.9 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a CTGTCTCTTATA ./input_mate2 +Trimming 1 adapter(s) with at most 10.0% errors in single-end mode ... +Finished in 0.10 s (1000 us/read; 0.06 M reads/minute). + +=== Summary === + +Total reads processed: 100 +Reads with adapters: 59 (59.0%) +Reads written (passing filters): 100 (100.0%) + +Total basepairs processed: 25,100 bp +Quality-trimmed: 746 bp (3.0%) +Total written (filtered): 23,276 bp (92.7%) === Adapter 1 === -Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 24 times. +Sequence: CTGTCTCTTATA; Type: regular 3'; Length: 12; Trimmed: 59 times. + +No. of allowed errors: +0-9 bp: 0; 10-12 bp: 1 + +Bases preceding removed adapters: + A: 11.9% + C: 39.0% + G: 8.5% + T: 40.7% + none/other: 0.0% -Lengths of removed sequences -length count expected -1 15 25.0 -2 7 6.2 -3 1 1.6 -4 1 0.4 +Overview of removed sequences +length count expect max.err error counts +1 16 25.0 0 16 +2 7 6.2 0 7 +3 1 1.6 0 1 +4 2 0.4 0 2 +6 2 0.0 0 2 +9 2 0.0 0 2 +10 1 0.0 1 1 +13 1 0.0 1 1 +14 2 0.0 1 2 +15 1 0.0 1 1 +16 1 0.0 1 1 +17 1 0.0 1 1 +19 2 0.0 1 2 +21 1 0.0 1 1 +25 1 0.0 1 1 +30 1 0.0 1 1 +32 2 0.0 1 2 +34 1 0.0 1 1 +36 2 0.0 1 2 +38 1 0.0 1 1 +40 1 0.0 1 1 +41 1 0.0 1 1 +42 1 0.0 1 1 +43 1 0.0 1 1 +49 1 0.0 1 1 +51 1 0.0 1 1 +56 1 0.0 1 1 +57 1 0.0 1 1 +60 1 0.0 1 1 +67 1 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->A@AAAAD2ADDFFGGGGGFGGHA?EAEFBEAGHFABFGG5FDF5DB1EEGAFDFB53FF5FH@G5FFEHGHEFHFFHBE333GF43GCGGGGE@0?BFGGB0B?FHGFDGGHHHBFFDEGGHGFFFDFE@<1>@FFFGHHHHFHEFGDABFFGG/@DCEA@AAAAD2ADDFFGGGGGFGGHA?EAEFBEAGHFABFGG5FDF5DB1EEGAFDFB53FF5FH@G5FFEHGHEFHFFHBE333GF43GCGGGGE@0?BFGGB0B?FHGFDGGHHHBFFDEGGHGFFFDFE@<1>@FFFGHHHHFHEFGDABFFGG/@DCE---;--..;.../9 +ABBBBFFFFBAAGGGFEFGGGGHHFEFFHFGGGGGHHHGHFGGGGGHHHGGGGGGGGHGEEEGGHHHGFHEHFHDGHGHEHGF?FGG?GGGGHHGHF4F?2?DDCDHGHHHHHFG2@FGHHHGH?CFGGHFHFHHHHGDDGGHGGGGGHGFH.;>=EF?AEFFFF;9;=DAFFFFBBFFFBFFF//;BFB.:FBFFBB/BFFFF/BFFE?EFAFEF9 @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1104:11928:24197/1 -ACGTAGGTGCGATAAATAATGGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTATGACCCTGAAGTAGGAACCAGATGTCGGAT 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-BBCCBFFCCCCCGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHGGGGGGHHFHGGGGGFGHGGGGGGHHHHHHHHHHFHHHHFHGFFHHGF?ECEFFFFFFHHHHHH?FHHHHHHHHHGFHHHHHHGGGFGHHHHFHHHHHHHHHHGGGFGFGCGGGGHHHHHHHHHHHGGFFHGHHHHHFFHFCGFHCCGHGHCGGHG?DGGGGGFBBFGFBFBBBGGGB0000;CD?DFFAFF +BBCCBFFCCCCCGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHGGGGGGHHFHGGGGGFGHGGGGGGHHHHHHHHHHFHHHHFHGFFHHGF?ECEFFFFFFHHHHHH?FHHHHHHHHHGFHHHHHHGGGFGHHHHFHHHHHHHHHHGGGFGFGCGGGGHHHHHHHHHHHGGFFHGHHHHHFFHFCGFHCCGHGHCGGHG?DGG @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1112:9832:16531/2 -GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTAC +GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTA + -BBBBBFBBBBBFGGGGGGGGGGHFHHHHHHHHHHHHHHGHHHHGHFHHHGEEGGHHHGHHHHHHHHHHHHEHGHHGGGHGGHGHHHHHGHHHHGHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGEGCGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHGHFFGHGHHGGGDACDFFFFABFFFFFFFFFFD-BC?DA9.DFFBEA==B=?F.;ABBFBFEF-DAF/BFF9/FFFBB/9BFFFFFFF/BFBBFFFFFFF/9FEA?--B/; +BBBBBFBBBBBFGGGGGGGGGGHFHHHHHHHHHHHHHHGHHHHGHFHHHGEEGGHHHGHHHHHHHHHHHHEHGHHGGGHGGHGHHHHHGHHHHGHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGEGCGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHGHFFGHGHHGGGDACDFFFFABFFFFFFFFFFD-BC?DA9.DFFBEA==B=?F.;ABBFBFEF-DAF/BFF9/FFFBB/9BFFFFFFF/BFBBFFFFFFF/9FEA?--B/ @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1112:9832:6701/2 GCTAAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATT + @@ -359,38 +359,34 @@ + CDDDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHGGHHHGHHHGHHGGGGEHHGGHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHHHHGGHHHHHFHHHHGCDCGHHHHHHHHEHHHGHGHHHGFHGGHGGHHHHHHHHFHHHFHHHGHHHHHHHHHFGGHHHHGGGEGAFHHGHHGGHHHHGHFBGFHGHGHGHGGHGGF@DAFEFBECAB=A.0BFFFEDF=A9.@D.-AAFFFA-:-..:.9/0:;0..-..0000::BFB09:: @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:21679:18011/2 -TTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCTGTCTCTTATACACATCTG +TTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATC + -BCCCBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHFHHHGHHHGFGHGGHGGHHHHHHGHHHHHHHGGGGFHHHHHHEGHHHHHHHHFGGFCGEHFHFGEGHHHFGGGGGHHHGGGEHGGGGGHHHHHHGDCCCGHHHHDGGGGCD/FCC->DFFF +BAABCFCCCCCFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHHHHHHHHHGGGGHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHGHHHHHHHHHHGGHHHHGHHGGHHHEGGGGGHHHHHHHHHGHHHHHGHHHHHGGHGHGHHGGGGGGGGGFEACFFFFFFFFFFFFFFFDFFFAFFFFBFAB@EFAAEFFFFF.ACF.BBFFEBFFFEB;FFFFFFFA/BFBFBBBFFFBFFFFFED.>DFF @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:5741:16959/2 -GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTAC +GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTA + -BBBBCFCCCCCFGGGGGGGGGGHHHHHHHGHHHHHHHHGHHHHGHDGHHHGGGGHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGEGGHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHGGGGGHHHHHHHHHHHGHHHFHHHHHHGHGHGHGGGGCGGFGGFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFAFFFFEAEFFFFFFFFFFF9BFFBFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFADAB-/BF +BBBBCFCCCCCFGGGGGGGGGGHHHHHHHGHHHHHHHHGHHHHGHDGHHHGGGGHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGEGGHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHGGGGGHHHHHHHHHHHGHHHFHHHHHHGHGHGHGGGGCGGFGGFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFAFFFFEAEFFFFFFFFFFF9BFFBFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFADAB-/B @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:10130:11959/2 -ATCAGAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAGCGATCTAGT +ATCAGAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACG + -BCCDDFFFFFFFGGGGGGGGGGGHHHHHGGHHHGGGCGGHGHGGGGHHGGGGHHHHHHGGGEGGHHHFGGGGG?E1FE?/EEHHHHHGHHGHHHHGHFHGHGHHGDGGFG2FF2?GHHHHHGCCCFHGHGHHHHGHHFEHHFGHHGHH<1=DGHHHGHHGHGAGAEEDG.CGCGHC0CGBFHGFBBF0ABDDEFF@?--:BB@.;:BF; +BCCDDFFFFFFFGGGGGGGGGGGHHHHHGGHHHGGGCGGHGHGGGGHHGGGGHHHHHHGGGEGGHHHFGGGGG?E1FE?/EEHHHHHGHHGHHHHGHFHGHGHHGDGGFG2FF2?GHHHHHGCCCFHGHGHHHHGHHFEHHFGHHGHH<1=DGHHHGHHGHGAGAE @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:14540:5315/2 -CACTTGGGGGTAGCTAAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCC +CACTTGGGGGTAGCTAAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGC + -CCCCCFFCCDCCGGGGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHGHHHHFHFHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGGHHHFHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHHHGGGFGHHHHHHHHFHHHHHF?1FHHGHGHGHGHHGGFFFFDBFBE;BCC.:BFFFFFFFFFFFFFF;AFFFFF-=-.AEDEFFFFF..9A;9FFFF0FFFFE00FFF0:BA +CCCCCFFCCDCCGGGGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHGHHHHFHFHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGGHHHFHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHHHGGGFGHHHHHHHHFHHHHHF?1FHHGHGHGHGHHGGFFFFDBFBE;BCC.:BFFFFFFFFFFFFFF;AFFFFF-=-.AEDEFFFFF..9A;9FFFF0FFFFE00FFF0:B @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:15066:16302/2 -TTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAAT +TTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAG + -CCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHDGHHHHFHHGHHGHHHHHGGGGEHHHHFHHFF5FHHFEGHHHGDHGGHGHGFGGGEHFGHHGGGGGHGHHHGHHFHHB3FGHHFGGGG?GFFHCCEBGFFECCDFEGFCFGCHHGFDDHHHGHHCFGGGGGFBFDGFG?-:..AFG.-C0C009;:00;00:9/:CEFFF?AE::9;9?0:FEF +CCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHDGHHHHFHHGHHGHHHHHGGGGEHHHHFHHFF5FHHFEGHHHGDHGGHGHGFGGGEHFGHHGGGGGHGHHHGHHFHHB3FGHHFGGGG?GFFHCCEBGFFECCDFEGFCFGCHHGFDDHHHGHHCFGGGGGFBFDGFG?-:..AFG.-C0C009;:00;00:9/:CEFFF?AE::9;9?0:FEF0; @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:16639:15258/2 TTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCGCACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGGGATAGACCTGTGATCCATCGTGAT + CDCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGHHHHHHGGGGGHGIHHHIH5DEGHHHF?FGHGGHGGHEGGHFHHGHGEHHGGGGGFFFGHFBG2GHEBGHHGHGGEG/GFGABEDFGHEED?GGHHFFGGGCFEGD/GFHFFGEFGCGG?CC??D-EF@EEEFGCDDBBFGGGEBBFFF09090A.BFGA.9CCA0;EBAB00BBFF.@-./;BB;BFFF0:00099AAFFF @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:2404:13066/2 -ATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGACCATACTTACTAAAGTGTGTTAATTAATTAATGCTTGTAGGACTGTCTCTTATACACAT +ATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGACCATACTTACTAAAGTGTGTTAATTAATTAATGCTTGTAGGA + -CCCCCFFFFFFCGGGGGGGGGGHHHHHHHHHFFHHHHGGGGGHFFFHHFHHHHHHHHHHHHHHHGFEGGGHGEDFCDFHGHFG@@DGGHHHHHHGGGGCGGGGGEHGGCGBB?CF99EGFGGFGG?D9CFFFF/BBFFFFFEF9BFFAFFFFEFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF.FFBBFFFFFFFFFFFF-9;;;BFFFFFB9BFBFBFABFFEFFFFFFFFFF::BFFBFFFF.9//;FFFFF/BFFB -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:9184:6959/2 -AAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCCTGTCTCTT -+ -CCCCBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHEHIHHGGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGHHFHHHHHBGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHGHHGGGGCFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF.CFFFFAF=D=EAEFFF0B:0AF-DAFBFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFBFFFEFF9B900B +CCCCCFFFFFFCGGGGGGGGGGHHHHHHHHHFFHHHHGGGGGHFFFHHFHHHHHHHHHHHHHHHGFEGGGHGEDFCDFHGHFG@@DGGHHHHHHGGGGCGGGGGEHGGCGBB?CF99EGFGGFGG?D9CFFFF/BBFFFFFEF9BFFAFFFFEFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF.FFBBFFFFFFFFFFFF-9;;;BFFFFFB9BFBFBFABFFEFFFFFFFFFF::BFFBFF diff -r f11ff7be8c78 -r 11962ce40855 test-data/paired_example_results2.txt --- a/test-data/paired_example_results2.txt Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ b/test-data/paired_example_results2.txt Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -3,84 +3,164 @@ ========================== Input filename: ./input_mate1 Trimming mode: paired-end -Trim Galore version: 0.3.7 +Trim Galore version: 0.4.0 +Cutadapt version: 1.8 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 -Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Adapter sequence: 'CTGTCTCTTATA' (Nextera Transposase sequence; auto-detected) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp -cutadapt version 1.1 -Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate1 -Maximum error rate: 10.00% - Processed reads: 100 - Trimmed reads: 20 ( 20.0%) - Total basepairs: 24894 (0.0 Mbp) - Trimmed basepairs: 26 (0.0 Mbp) (0.10% of total) - Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Total time: 0.00 s - Time per read: 0.02 ms +This is cutadapt 1.8 with Python 2.7.9 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a CTGTCTCTTATA ./input_mate1 +Trimming 1 adapter(s) with at most 10.0% errors in single-end mode ... +Finished in 0.10 s (1010 us/read; 0.06 M reads/minute). + +=== Summary === + +Total reads processed: 99 +Reads with adapters: 52 (52.5%) +Reads written (passing filters): 99 (100.0%) + +Total basepairs processed: 24,849 bp +Quality-trimmed: 205 bp (0.8%) +Total written (filtered): 23,339 bp (93.9%) === Adapter 1 === -Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 20 times. +Sequence: CTGTCTCTTATA; Type: regular 3'; Length: 12; Trimmed: 52 times. + +No. of allowed errors: +0-9 bp: 0; 10-12 bp: 1 + +Bases preceding removed adapters: + A: 9.6% + C: 38.5% + G: 23.1% + T: 28.8% + none/other: 0.0% -Lengths of removed sequences -length count expected -1 16 25.0 -2 2 6.2 -3 2 1.6 +Overview of removed sequences +length count expect max.err error counts +1 11 24.8 0 11 +2 5 6.2 0 5 +3 3 1.5 0 3 +4 3 0.4 0 3 +12 1 0.0 1 1 +13 2 0.0 1 2 +14 1 0.0 1 1 +16 1 0.0 1 1 +17 1 0.0 1 0 1 +20 2 0.0 1 2 +21 1 0.0 1 1 +24 1 0.0 1 1 +26 2 0.0 1 2 +31 1 0.0 1 1 +33 1 0.0 1 1 +41 2 0.0 1 2 +49 1 0.0 1 1 +50 1 0.0 1 1 +54 1 0.0 1 1 +56 1 0.0 1 1 +58 2 0.0 1 2 +60 1 0.0 1 1 +67 2 0.0 1 2 +68 1 0.0 1 1 +69 1 0.0 1 1 +73 1 0.0 1 1 +80 1 0.0 1 1 +86 1 0.0 1 1 RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate1 ============================================= -100 sequences processed in total +99 sequences processed in total SUMMARISING RUN PARAMETERS ========================== Input filename: ./input_mate2 Trimming mode: paired-end -Trim Galore version: 0.3.7 +Trim Galore version: 0.4.0 +Cutadapt version: 1.8 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 -Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Adapter sequence: 'CTGTCTCTTATA' (Nextera Transposase sequence; auto-detected) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp -cutadapt version 1.1 -Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate2 -Maximum error rate: 10.00% - Processed reads: 100 - Trimmed reads: 24 ( 24.0%) - Total basepairs: 24354 (0.0 Mbp) - Trimmed basepairs: 36 (0.0 Mbp) (0.15% of total) - Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Total time: 0.01 s - Time per read: 0.12 ms +This is cutadapt 1.8 with Python 2.7.9 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a CTGTCTCTTATA ./input_mate2 +Trimming 1 adapter(s) with at most 10.0% errors in single-end mode ... +Finished in 0.10 s (1000 us/read; 0.06 M reads/minute). + +=== Summary === + +Total reads processed: 100 +Reads with adapters: 59 (59.0%) +Reads written (passing filters): 100 (100.0%) + +Total basepairs processed: 25,100 bp +Quality-trimmed: 746 bp (3.0%) +Total written (filtered): 23,276 bp (92.7%) === Adapter 1 === -Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 24 times. +Sequence: CTGTCTCTTATA; Type: regular 3'; Length: 12; Trimmed: 59 times. + +No. of allowed errors: +0-9 bp: 0; 10-12 bp: 1 + +Bases preceding removed adapters: + A: 11.9% + C: 39.0% + G: 8.5% + T: 40.7% + none/other: 0.0% -Lengths of removed sequences -length count expected -1 15 25.0 -2 7 6.2 -3 1 1.6 -4 1 0.4 +Overview of removed sequences +length count expect max.err error counts +1 16 25.0 0 16 +2 7 6.2 0 7 +3 1 1.6 0 1 +4 2 0.4 0 2 +6 2 0.0 0 2 +9 2 0.0 0 2 +10 1 0.0 1 1 +13 1 0.0 1 1 +14 2 0.0 1 2 +15 1 0.0 1 1 +16 1 0.0 1 1 +17 1 0.0 1 1 +19 2 0.0 1 2 +21 1 0.0 1 1 +25 1 0.0 1 1 +30 1 0.0 1 1 +32 2 0.0 1 2 +34 1 0.0 1 1 +36 2 0.0 1 2 +38 1 0.0 1 1 +40 1 0.0 1 1 +41 1 0.0 1 1 +42 1 0.0 1 1 +43 1 0.0 1 1 +49 1 0.0 1 1 +51 1 0.0 1 1 +56 1 0.0 1 1 +57 1 0.0 1 1 +60 1 0.0 1 1 +67 1 0.0 1 1 +80 1 0.0 1 1 RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate2 ============================================= 100 sequences processed in total -Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: 100 +Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: 99 -Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff (20 bp): 1 (1.00%) +Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff (20 bp): 1 (1.01%) diff -r f11ff7be8c78 -r 11962ce40855 test-data/sanger_full_range_report_results1.txt --- a/test-data/sanger_full_range_report_results1.txt Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ b/test-data/sanger_full_range_report_results1.txt Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -3,34 +3,48 @@ ========================== Input filename: ./input_singles Trimming mode: single-end -Trim Galore version: 0.3.7 +Trim Galore version: 0.4.0 +Cutadapt version: 1.8 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 -Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' (Illumina TruSeq, Sanger iPCR; default (inconclusive auto-detection)) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length before a sequence gets removed: 20 bp -cutadapt version 1.1 +This is cutadapt 1.8 with Python 2.7.9 Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_singles -Maximum error rate: 10.00% - Processed reads: 2 - Trimmed reads: 1 ( 50.0%) - Total basepairs: 168 (0.0 Mbp) - Trimmed basepairs: 1 (0.0 Mbp) (0.60% of total) - Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Total time: 0.00 s - Time per read: 0.32 ms +Trimming 1 adapter(s) with at most 10.0% errors in single-end mode ... +Finished in 0.10 s (50000 us/read; 0.00 M reads/minute). + +=== Summary === + +Total reads processed: 2 +Reads with adapters: 1 (50.0%) +Reads written (passing filters): 2 (100.0%) + +Total basepairs processed: 188 bp +Quality-trimmed: 20 bp (10.6%) +Total written (filtered): 167 bp (88.8%) === Adapter 1 === 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-CCCCCFFFFCFFGGGGGGGGGGHHHHHGHHHHHHHHHFFHHHHHGGGGHHHHHHHHFHHHHHHFGGHHGGHGGHHHHHHGHHFHHHHGGGGGGHHHHHHGHHHHHHHHHHGGGGGGGHH?FGHHHGGGGGGHHGGFGGHHGGGGHHHHHFGGGGFGHGHHGGGGGGGHGGGEGGHHGHHHHHHHHHGFBFFDA0FGGGFFGG0:EFGGGGGGGG;AEBF0B0BFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFF -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:9184:6959/1 -GGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTATGACCCTGAAGTAGGAACCAGATGTCGGATACAGTTCACTTTCTGTCTCTT -+ -AABBBFFFCCCBFGGGGGGGGGHHHHHHHHGGGGGGHHHG3FFHHHFGFGGGHHHGGGEHHGGGGHHHHHHGGGGGGHGHGGGGGGGDEGGGGEGGFHHHHHHHHHHHHGGGFGEHHGGFDGGGDFFGFHHHHGFCFHHHHHEFHFHGGFFGHHGGGHHHHDGHHHFHHHFFFFGFGGG.EFGGGGFGEBFGGGFGFGGGGFFBFGGBBFFFFFB/FEFF?///;A::AABBFFFBFFFFFFFFFBFFFF +~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;:9876 diff -r f11ff7be8c78 -r 11962ce40855 test-data/sanger_full_range_results3.fastqsanger --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger_full_range_results3.fastqsanger Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +@FAKE0001 Original version has PHRED scores from 0 to 93 inclusive (in that order) +ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTAC ++ +!"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~ +@FAKE0002 Original version has PHRED scores from 93 to 0 inclusive (in that order) +CATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ++ +~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;:9876 diff -r f11ff7be8c78 -r 11962ce40855 trim_galore --- a/trim_galore Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ b/trim_galore Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -23,33 +23,146 @@ ## along with this program. If not, see . +## this script is taking in FastQ sequences and trims them using Cutadapt -## this script is taking in FastQ sequences and trims them with Cutadapt +## last modified on 01 May 2015 + +my $DOWARN = 1; # print on screen warning and text by default +BEGIN { $SIG{'__WARN__'} = sub { warn $_[0] if $DOWARN } }; + +my $trimmer_version = '0.4.0'; + + +my ($cutoff,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$a2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2,$nextera,$small_rna,$path_to_cutadapt,$illumina) = process_commandline(); + +my @filenames = @ARGV; +die "\nPlease provide the filename(s) of one or more FastQ file(s) to launch Trim Galore!\n +USAGE: 'trim_galore [options] ' or 'trim_galore --help' for more options\n\n" unless (@filenames); +file_sanity_check($filenames[0]); + + +######################################################################## + +my $path_to_fastqc = 'fastqc'; -## last modified on 16 July 2014 +# Before we start let's have quick look if Cutadapt seems to be working with the path information provided +# To change the path to Cutadapt use --path_to_cutadapt /full/path/to/the/Cutadapt/executable +if(defined $path_to_cutadapt){ + warn "Path to Cutadapt set as: '$path_to_cutadapt' (user defined)\n"; + # we'll simply use this +} +else{ + $path_to_cutadapt = 'cutadapt'; # default, assuming it is in the PATH + warn "Path to Cutadapt set as: '$path_to_cutadapt' (default)\n"; +} +my $cutadapt_version; +my $return = system "$path_to_cutadapt --version"; #>/dev/null 2>&1"; +if ($return == -1){ + die "Failed to execute Cutadapt porperly. Please install Cutadapt first and make sure it is in the PATH, or specify the path to the Cutadapt executable using --path_to_cutadapt /path/to/cutadapt\n\n"; +} +else{ + warn "Cutadapt seems to be working fine (tested command '$path_to_cutadapt --version')\n"; + $cutadapt_version = `$path_to_cutadapt --version`; + chomp $cutadapt_version; + # warn "Cutadapt version: $cutadapt_version\n"; +} ######################################################################## -# change these paths if needed +sub autodetect_adapter_type{ + warn "\n\nAUTO-DETECTING ADAPTER TYPE\n===========================\n"; + warn "Attempting to auto-detect adapter type from the first 1 million sequences of the first file (>> $ARGV[0] <<)\n\n"; -my $path_to_cutadapt = 'cutadapt'; -my $path_to_fastqc = 'fastqc'; - -######################################################################## + if ($ARGV[0] =~ /gz$/){ + open (AUTODETECT,"zcat $ARGV[0] |") or die "Failed to read from file $ARGV[0]\n"; + } + else{ + open (AUTODETECT,$ARGV[0]) or die "Failed to read from file $ARGV[0]\n"; + } -my $trimmer_version = '0.3.7'; -my $DOWARN = 1; # print on screen warning and text by default -BEGIN { $SIG{'__WARN__'} = sub { warn $_[0] if $DOWARN } }; + my %adapters; + + $adapters{'Illumina'} -> {seq} = 'AGATCGGAAGAGC'; + $adapters{'Illumina'} -> {count}= 0; + $adapters{'Illumina'} -> {name}= 'Illumina TruSeq, Sanger iPCR; auto-detected'; -my ($cutoff,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$a2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2) = process_commandline(); + $adapters{'Nextera'} -> {seq} = 'CTGTCTCTTATA'; + $adapters{'Nextera'} -> {count}= 0; + $adapters{'Nextera'} -> {name}= 'Nextera Transposase sequence; auto-detected'; -my @filenames = @ARGV; + $adapters{'smallRNA'} -> {seq} = 'ATGGAATTCTCG'; + $adapters{'smallRNA'} -> {count}= 0; + $adapters{'smallRNA'} -> {name}= 'Illumina small RNA adapter; auto-detected'; -die "\nPlease provide the filename(s) of one or more FastQ file(s) to launch Trim Galore!\n -USAGE: 'trim_galore [options] ' or 'trim_galore --help' for more options\n\n" unless (@filenames); + # we will read the first 1 million sequences, or until the end of the file whatever comes first, and then use the adapter that for trimming which was found to occcur most often + my $count = 0; + while (1){ + + my $line1 = ; + my $line2 = ; + my $line3 = ; + my $line4 = ; + last unless ($line4); + $count++; + last if ($count == 1000000); + + chomp $line2; + $adapters{'Illumina'}->{count}++ unless (index($line2,'AGATCGGAAGAGC')== -1); + $adapters{'Nextera'} ->{count}++ unless (index($line2,'CTGTCTCTTATA') == -1); + $adapters{'smallRNA'}->{count}++ unless (index($line2,'ATGGAATTCTCG') == -1); + + } + + my $highest; + my $second; + my $seq; + my $adapter_name; + + warn "Found perfect matches for the following adapter sequences:\nAdapter type\tCount\tSequence\tSequences analysed\tPercentage\n"; + foreach my $adapter (sort {$adapters{$b}->{count}<=>$adapters{$a}->{count}} keys %adapters){ + + my $percentage = sprintf("%.2f",$adapters{$adapter}->{count}/$count*100); + + warn "$adapter\t$adapters{$adapter}->{count}\t$adapters{$adapter}->{seq}\t$count\t$percentage\n"; + + unless (defined $highest){ + $highest = $adapter; + $seq = $adapters{$adapter}->{seq}; + $adapter_name = $adapters{$adapter}->{name}; + next; + } + unless (defined $second){ + $second = $adapter; + } + } + + + # using the highest occurrence as adapter to look out for + if ($adapters{$highest}->{count} == $adapters{$second}->{count}){ + warn "Unable to auto-detect most prominent adapter from the first specified file (count $highest: $adapters{$highest}->{count}, count $second: $adapters{$second}->{second})\n"; + + if ($adapters{$highest}->{count} == 0){ + warn "Defaulting to Illumina universal adapter ( AGATCGGAAGAGC ). Specify -a SEQUENCE to avoid this behavior).\n\n"; + $adapter_name = 'Illumina TruSeq, Sanger iPCR; default (inconclusive auto-detection)'; + $seq = 'AGATCGGAAGAGC'; + } + else{ + warn "Using $highest adapter for trimming (count: $adapters{$highest}->{count}). Second best hit was $second (count: $adapters{$second}->{count})\n\n"; + } + } + else{ + warn "Using $highest adapter for trimming (count: $adapters{$highest}->{count}). Second best hit was $second (count: $adapters{$second}->{count})\n\n"; + } + + close AUTODETECT; + + return ($seq,$adapter_name); + +} + ### SETTING DEFAULTS UNLESS THEY WERE SPECIFIED @@ -57,9 +170,23 @@ $cutoff = 20; } my $phred_score_cutoff = $cutoff; # only relevant for report - +my $adapter_name = ''; unless (defined $adapter){ - $adapter = 'AGATCGGAAGAGC'; + if ($nextera){ + $adapter = 'CTGTCTCTTATA'; + $adapter_name = 'Nextera Transposase sequence; user defined'; + } + elsif($small_rna){ + $adapter = 'ATGGAATTCTCG'; + $adapter_name = 'Illumina small RNA adapter; user defined'; + } + elsif($illumina){ + $adapter = 'AGATCGGAAGAGC'; + $adapter_name = 'Illumina TruSeq, Sanger iPCR; user defined'; + } + else{ # default + ($adapter,$adapter_name) = autodetect_adapter_type(); + } } unless (defined $a2){ # optional adapter for the second read in a pair. Only works for --paired trimming $a2 = ''; @@ -115,14 +242,17 @@ warn "Trim Galore version: $trimmer_version\n"; print REPORT "Trim Galore version: $trimmer_version\n"; + warn "Cutadapt version: $cutadapt_version\n"; + print REPORT "Cutadapt version: $cutadapt_version\n"; + warn "Quality Phred score cutoff: $phred_score_cutoff\n"; print REPORT "Quality Phred score cutoff: $phred_score_cutoff\n"; warn "Quality encoding type selected: ASCII+$phred_encoding\n"; print REPORT "Quality encoding type selected: ASCII+$phred_encoding\n"; - warn "Adapter sequence: '$adapter'\n"; - print REPORT "Adapter sequence: '$adapter'\n"; + warn "Adapter sequence: '$adapter' ($adapter_name)\n"; + print REPORT "Adapter sequence: '$adapter' ($adapter_name)\n"; if ($error_rate == 0.1){ warn "Maximum trimming error rate: $error_rate (default)\n"; @@ -339,7 +469,7 @@ if ( scalar(@filenames)%2 == 0){ # this is read 1 of a pair warn "\n >>> Now performing adapter trimming for the adapter sequence: '$adapter' from file $temp <<< \n"; sleep (3); - $pid = open (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n"; + $pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n"; } else{ # this is read 2 of a pair warn "\n >>> Now performing adapter trimming for the adapter sequence: '$a2' from file $temp <<< \n"; @@ -619,8 +749,6 @@ warn "Unable to determine percentage of reads that were shortened because 0 lines were processed\n\n"; print REPORT "Unable to determine percentage of reads that were shortened because 0 lines were processed\n\n"; } - warn "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n"; - print REPORT "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n"; } my $percentage_too_short; @@ -991,6 +1119,33 @@ } } + +sub file_sanity_check{ + + my $file = shift; + open (SANITY,$file) or die "Failed to read from file '$file' to perform sanity check\n"; + + # just processing a single FastQ entry + my $id = ; + my $seq = ; + my $three = ; + my $qual = ; + + unless ($id and $seq and $three and $qual){ + warn "Input file '$file' seems to be completely empty. Consider respecifying!\n\n"; + } + return; + chomp $seq; + + # testing if the file is a colorspace file in which case we bail + if ($seq =~ /\d+/){ + die "File seems to be in SOLiD colorspace format which is not supported by Trim Galore (sequence is: '$seq')! Please use Cutadapt on colorspace files separately and check its documentation!\n\n"; + } + + close SANITY; +} + + sub process_commandline{ my $help; my $quality; @@ -1022,6 +1177,10 @@ my $clip_r2; my $three_prime_clip_r1; my $three_prime_clip_r2; + my $nextera; + my $small_rna; + my $illumina; + my $path_to_cutadapt; my $command_line = GetOptions ('help|man' => \$help, 'q|quality=i' => \$quality, @@ -1053,6 +1212,10 @@ 'clip_R2=i' => \$clip_r2, 'three_prime_clip_R1=i' => \$three_prime_clip_r1, 'three_prime_clip_R2=i' => \$three_prime_clip_r2, + 'illumina' => \$illumina, + 'nextera' => \$nextera, + 'small_rna' => \$small_rna, + 'path_to_cutadapt=s' => \$path_to_cutadapt, ); ### EXIT ON ERROR if there were errors with any of the supplied options @@ -1069,6 +1232,7 @@ + if ($version){ print << "VERSION"; @@ -1076,7 +1240,7 @@ (powered by Cutadapt) version $trimmer_version - Last update: 15 04 2014 + Last update: 06 05 2015 VERSION exit; @@ -1106,7 +1270,7 @@ unless ($phred33 or $phred64){ warn "No quality encoding type selected. Assuming that the data provided uses Sanger encoded Phred scores (default)\n\n"; $phred_encoding = 33; - sleep (3); + sleep (1); } ### NON-DIRECTIONAL RRBS @@ -1137,11 +1301,25 @@ $error_rate = 0.1; # (default) } + if ($nextera and $small_rna or $nextera and $illumina or $illumina and $small_rna ){ + die "You can't use several different adapter types at the same time. Make your choice or consider using -a and -a2\n\n"; + } + if (defined $adapter){ unless ($adapter =~ /^[ACTGNXactgnx]+$/){ die "Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)!\n"; } $adapter = uc$adapter; + + if ($illumina){ + die "You can't supply an adapter sequence AND use the Illumina universal adapter sequence. Make your choice.\n\n"; + } + if ($nextera){ + die "You can't supply an adapter sequence AND use the Nextera transposase adapter sequence. Make your choice.\n\n"; + } + if ($small_rna){ + die "You can't supply an adapter sequence AND use the Illumina small RNA adapter sequence. Make your choice.\n\n"; + } } if (defined $adapter2){ @@ -1244,7 +1422,7 @@ } - return ($quality,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$adapter2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2); + return ($quality,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$adapter2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2,$nextera,$small_rna,$path_to_cutadapt,$illumina); } @@ -1284,12 +1462,24 @@ automatically invoke FastQC, so --fastqc does not have to be specified separately. --a/--adapter Adapter sequence to be trimmed. If not specified explicitely, the first 13 - bp of the Illumina adapter 'AGATCGGAAGAGC' will be used by default. +-a/--adapter Adapter sequence to be trimmed. If not specified explicitly, Trim Galore will + try to auto-detect whether the Illumina universal, Nextera transposase or Illumina + small RNA adapter sequence was used. Also see '--illumina', '--nextera' and + '--small_rna'. If no adapter can be detected within the first 1 million sequences + of the first file specified Trim Galore defaults to '--illumina'. -a2/--adapter2 Optional adapter sequence to be trimmed off read 2 of paired-end files. This option requires '--paired' to be specified as well. +--illumina Adapter sequence to be trimmed is the first 13bp of the Illumina universal adapter + 'AGATCGGAAGAGC' instead of the default auto-detection of adapter sequence. + +--nextera Adapter sequence to be trimmed is the first 12bp of the Nextera adapter + 'CTGTCTCTTATA' instead of the default auto-detection of adapter sequence. + +--small_rna Adapter sequence to be trimmed is the first 12bp of the Illumina Small RNA Adapter + 'ATGGAATTCTCG' instead of the default auto-detection of adapter sequence. + --stringency Overlap with adapter sequence required to trim a sequence. Defaults to a very stringent setting of 1, i.e. even a single bp of overlapping sequence @@ -1331,16 +1521,20 @@ methylation. Please refer to the M-bias plot section in the Bismark User Guide for some examples. Default: OFF. ---three_prime_clip_R1 Instructs Trim Galore to remove bp from the 3' end of read 1 (or single-end +--three_prime_clip_R1 Instructs Trim Galore to remove bp from the 3' end of read 1 (or single-end reads) AFTER adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. Default: OFF. ---three_prime_clip_R2 Instructs Trim Galore to remove bp from the 3' end of read 2 AFTER +--three_prime_clip_R2 Instructs Trim Galore to remove bp from the 3' end of read 2 AFTER adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. Default: OFF. +--path_to_cutadapt You may use this option to specify a path to the Cutadapt executable, + e.g. /my/home/cutadapt-1.7.1/bin/cutadapt. Else it is assumed that Cutadapt is in + the PATH. + RRBS-specific options (MspI digested material): @@ -1408,7 +1602,7 @@ Default: 35 bp. -Last modified on 16 July 2014. +Last modified on 06 May 2015. HELP exit; diff -r f11ff7be8c78 -r 11962ce40855 trim_galore.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/trim_galore.xml Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -0,0 +1,372 @@ + + + adaptive quality and adapter trimmer + + + + + + + + + + + + + + + + + ^[ACTGNactgn]*$ + + + + + + + + + + ^[ACTGNactgn]*$ + + + + + Instructs Trim Galore! to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed. + This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. + (--three_prime_clip_R1) + + + Instructs Trim Galore! to remove N bp from the 3' end of read 2 after + adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from + the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. (--three_prime_clip_R2) + + + + + cutadapt + + trim_galore --version + + $report_file; + #end if + +]]> + + + + + + + + + + + + + + + Instructs Trim Galore! to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed. + This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. + (--three_prime_clip_R1) + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + singlePaired['sPaired'] == "single" + + + + + + singlePaired['sPaired'] == "paired_collection" + + + + + + params['settingsType'] == "custom" + params['retain_unpaired']['retain_unpaired_select'] == "retain_unpaired_output" + singlePaired['sPaired'] == "paired_collection" + + + + singlePaired['sPaired'] == "paired" + + + + singlePaired['sPaired'] == "paired" + + + + params['settingsType'] == "custom" + params['retain_unpaired']['retain_unpaired_select'] == "retain_unpaired_output" + singlePaired['sPaired'] == "paired" + + + + params['settingsType'] == "custom" + params['retain_unpaired']['retain_unpaired_select'] == "retain_unpaired_output" + singlePaired['sPaired'] == "paired" + + + params['settingsType'] == "custom" + params['report'] == True + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r f11ff7be8c78 -r 11962ce40855 trim_galore_wrapper.xml --- a/trim_galore_wrapper.xml Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,350 +0,0 @@ - - - adaptive quality and adapter trimmer - trim_galore --version - - cutadapt - - - - - - ^[ACTGNactgn]*$ - - - ^[ACTGNactgn]*$ - - - - Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed. - This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. - (--three_prime_clip_R1) - - - Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 2 after - adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from - the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. (--three_prime_clip_R2) - - - - - 0: - --clip_R1 $params.clip_R1 - #end if - - #if int($params.clip_R2) > 0: - --clip_R2 $params.clip_R2 - #end if - - #if $params.retain_unpaired.settingsType == "retain_unpaired_output": - --retain_unpaired - --length_1 $params.retain_unpaired.length_1 - --length_2 $params.retain_unpaired.length_2 - #end if - - #end if - - ## RBBS specific options. - #if $rrbs.settingsType == "custom": - $rrbs.rrbs - $rrbs.non_directional - #end if - - --output_dir ./ - --suppress_warn - - #if $params.settingsType == "custom" and not $params.report: - --no_report_file - #end if - - - ## default 'AGATCGGAAGAGC' - #if $singlePaired.adapter.strip() != '': - --adapter $singlePaired.adapter - #end if - - #if $singlePaired.three_prime_clip_R1: - --three_prime_clip_R1 $singlePaired.three_prime_clip_R1 - #end if - - #if $singlePaired.sPaired == "single": - ## input sequence - ./input_singles - #else: - --paired - - $singlePaired.trim1 - - #if $singlePaired.adapter2 and $singlePaired.adapter2.strip() != '': - --adapter2 $singlePaired.adapter2 - #end if - - #if $singlePaired.three_prime_clip_R2: - --three_prime_clip_R2 $singlePaired.three_prime_clip_R2 - #end if - - ## input sequences - ./input_mate1 - ./input_mate2 - - #end if - - ## Trim Galore! run is finished. Move the report files to the proper place - #if $params.settingsType == "custom" and $params.report: - && - cat ./*_trimming_report.txt > $report_file; - #end if - -]]> - - - - - - - - - - - - - ^[ACTGNactgn]*$ - - - Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed. - This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. - (--three_prime_clip_R1) - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - singlePaired['sPaired'] == "single" - - - - singlePaired['sPaired'] == "paired_collection" - - - - - - - (( - params['settingsType'] == "custom" and - params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and - singlePaired['sPaired'] == "paired_collection" - )) - - - - - - - - singlePaired['sPaired'] == "paired" - - - - singlePaired['sPaired'] == "paired" - - - - - (( - params['settingsType'] == "custom" and - params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and - singlePaired['sPaired'] == "paired" - )) - - - - - - (( - params['settingsType'] == "custom" and - params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and - singlePaired['sPaired'] == "paired" - )) - - - - - - (( - params['settingsType'] == "custom" and - params['report'] == True - )) - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -