I file sono codificati con Pickle in esadecimale, contengono rispettivamente i geni e le regole salvati in dizionari.

Geni:
{keys = possibili codifiche dei geni : value = { keys = nome dei geni nella codifica corrispondente : 'ok' } }

Regole:
{keys = possibili codifiche dei geni : value = { keys = nome della reazione/metabolita : [ lista di stringhe contenente la regola nella codifica corrispondente alla keys ] } }