# HG changeset patch # User francesco_lapi # Date 1757581390 0 # Node ID 06564187fba3839c58221fb3005bc80917d87d8b # Parent 3d4e10546917e77fbbe1b1f24074131ae68fdc9b Uploaded diff -r 3d4e10546917 -r 06564187fba3 COBRAxy/custom_data_generator_beta.py --- a/COBRAxy/custom_data_generator_beta.py Wed Sep 10 16:50:16 2025 +0000 +++ b/COBRAxy/custom_data_generator_beta.py Thu Sep 11 09:03:10 2025 +0000 @@ -173,26 +173,26 @@ if value is not None: model.reactions.get_by_id(reaction).lower_bound = -float(value) - if ARGS.name == "ENGRO2" and ARGS.gene_format != "Default": + #if ARGS.name == "ENGRO2" and ARGS.gene_format != "Default": + # logging.basicConfig(level=logging.INFO) + # logger = logging.getLogger(__name__) + + #model = modelUtils.translate_model_genes( + # model=model, + # mapping_df= pd.read_csv(ARGS.tool_dir + "/local/mappings/genes_human.csv"), dtype={'entrez_id': str}, + # target_nomenclature=ARGS.gene_format.replace("HGNC_", "HGNC "), + # source_nomenclature='HGNC_ID', + # logger=logger + #) + #model = modelUtils.convert_genes(model, ARGS.gene_format.replace("HGNC_", "HGNC ")) + + if (ARGS.name == "Recon" or ARGS.name == "ENGRO2") and ARGS.gene_format != "Default": logging.basicConfig(level=logging.INFO) logger = logging.getLogger(__name__) model = modelUtils.translate_model_genes( model=model, - 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ENSG: ENSG00000001084

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HGNC ID: HGNC:9353

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HGNC symbol: PRDX2

-

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ENSG: ENSG00000005022

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- - - - - - -

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ENSG: ENSG00000118298

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HGNC ID: HGNC:4341

+

HGNC symbol: GLUL

+

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HGNC symbol: SLC25A18

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-

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+

HGNC ID: HGNC:17296

+

HGNC symbol: RRM2B

+

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+

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-

HGNC ID: HGNC:361

-

HGNC symbol: AK1

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- - - - - - -

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-

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-

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HGNC symbol: GLUD1

+

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+ + + +

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-

HGNC symbol: SLC25A2

-

entrez_id: 83884

- - - - +

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+

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+

HGNC ID: HGNC:7103

+

HGNC symbol: MIP

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