diff test-data/input_bcell_command_line.txt @ 4:8218eb024e5d draft default tip

Deleted selected files

--- a/test-data/input_bcell_command_line.txt	Mon Mar 29 23:44:21 2021 +0000
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,1153 +0,0 @@
-input: 5C0N_A Chain A of Development of a therapeutic monoclonal antibody that targets secreted fatty acid-binding protein aP2 to treat type 2 diabetes.
-Position	Residue	Score	Assignment
-0	C	0.243	E
-1	D	0.294	E
-2	A	0.340	E
-3	F	0.402	E
-4	V	0.452	E
-5	G	0.469	E
-6	T	0.488	E
-7	W	0.502	E
-8	K	0.522	E
-9	L	0.533	E
-10	V	0.554	E
-11	S	0.562	E
-12	S	0.573	E
-13	E	0.582	E
-14	N	0.576	E
-15	F	0.554	E
-16	D	0.546	E
-17	D	0.545	E
-18	Y	0.535	E
-19	M	0.529	E
-20	K	0.527	E
-21	E	0.520	E
-22	V	0.526	E
-23	G	0.536	E
-24	V	0.547	E
-25	G	0.548	E
-26	F	0.544	E
-27	A	0.542	E
-28	T	0.517	E
-29	R	0.525	E
-30	K	0.521	E
-31	V	0.512	E
-32	A	0.510	E
-33	G	0.508	E
-34	M	0.497	E
-35	A	0.479	E
-36	K	0.472	E
-37	P	0.463	E
-38	N	0.452	E
-39	M	0.450	E
-40	I	0.453	E
-41	I	0.448	E
-42	S	0.458	E
-43	V	0.468	E
-44	N	0.468	E
-45	G	0.466	E
-46	D	0.467	E
-47	L	0.467	E
-48	V	0.460	E
-49	T	0.457	E
-50	I	0.454	E
-51	R	0.447	E
-52	S	0.448	E
-53	E	0.469	E
-54	S	0.486	E
-55	T	0.502	E
-56	F	0.508	E
-57	K	0.509	E
-58	N	0.501	E
-59	T	0.486	E
-60	E	0.477	E
-61	I	0.473	E
-62	S	0.458	E
-63	F	0.454	E
-64	K	0.464	E
-65	L	0.462	E
-66	G	0.468	E
-67	V	0.489	E
-68	E	0.519	E
-69	F	0.531	E
-70	D	0.538	E
-71	E	0.556	E
-72	I	0.569	E
-73	T	0.582	E
-74	A	0.589	E
-75	D	0.577	E
-76	D	0.557	E
-77	R	0.543	E
-78	K	0.523	E
-79	V	0.494	E
-80	K	0.475	E
-81	S	0.455	E
-82	I	0.432	E
-83	I	0.421	E
-84	T	0.427	E
-85	L	0.427	E
-86	D	0.426	E
-87	G	0.437	E
-88	G	0.461	E
-89	A	0.458	E
-90	L	0.473	E
-91	V	0.486	E
-92	Q	0.502	E
-93	V	0.515	E
-94	Q	0.529	E
-95	K	0.540	E
-96	W	0.547	E
-97	D	0.551	E
-98	G	0.560	E
-99	K	0.551	E
-100	S	0.547	E
-101	T	0.543	E
-102	T	0.530	E
-103	I	0.520	E
-104	K	0.515	E
-105	R	0.505	E
-106	K	0.505	E
-107	R	0.507	E
-108	D	0.499	E
-109	G	0.490	E
-110	D	0.468	E
-111	K	0.458	E
-112	L	0.438	E
-113	V	0.433	E
-114	V	0.433	E
-115	E	0.426	E
-116	C	0.415	E
-117	V	0.413	E
-118	M	0.415	E
-119	K	0.424	E
-120	G	0.426	E
-121	V	0.448	E
-122	T	0.442	E
-123	S	0.436	E
-124	T	0.439	E
-125	R	0.447	E
-126	V	0.453	E
-127	Y	0.401	E
-128	E	0.353	E
-129	R	0.308	E
-130	A	0.251	E
-input: 5BVP_A Chain A of The molecular mode of action and species specificity of canakinumab, a human monoclonal antibody neutralizing IL-1beta
-Position	Residue	Score	Assignment
-0	V	0.228	E
-1	R	0.273	E
-2	S	0.308	E
-3	L	0.333	E
-4	N	0.388	E
-5	C	0.399	E
-6	T	0.409	E
-7	L	0.419	E
-8	R	0.440	E
-9	D	0.451	E
-10	S	0.456	E
-11	Q	0.449	E
-12	Q	0.450	E
-13	K	0.430	E
-14	S	0.433	E
-15	L	0.430	E
-16	V	0.424	E
-17	M	0.415	E
-18	S	0.406	E
-19	G	0.390	E
-20	P	0.414	E
-21	Y	0.415	E
-22	E	0.427	E
-23	L	0.425	E
-24	K	0.425	E
-25	A	0.439	E
-26	L	0.456	E
-27	H	0.482	E
-28	L	0.523	E
-29	Q	0.540	E
-30	G	0.576	E
-31	Q	0.591	E
-32	D	0.609	E
-33	M	0.600	E
-34	E	0.582	E
-35	Q	0.542	E
-36	Q	0.512	E
-37	V	0.469	E
-38	V	0.456	E
-39	F	0.437	E
-40	S	0.421	E
-41	M	0.414	E
-42	S	0.436	E
-43	F	0.459	E
-44	V	0.502	E
-45	Q	0.525	E
-46	G	0.552	E
-47	E	0.559	E
-48	E	0.575	E
-49	S	0.584	E
-50	N	0.559	E
-51	D	0.524	E
-52	K	0.485	E
-53	I	0.448	E
-54	P	0.417	E
-55	V	0.394	E
-56	A	0.388	E
-57	L	0.385	E
-58	G	0.388	E
-59	L	0.405	E
-60	K	0.428	E
-61	E	0.439	E
-62	K	0.442	E
-63	N	0.440	E
-64	L	0.441	E
-65	Y	0.434	E
-66	L	0.429	E
-67	S	0.426	E
-68	C	0.427	E
-69	V	0.428	E
-70	L	0.435	E
-71	K	0.448	E
-72	D	0.460	E
-73	D	0.453	E
-74	K	0.454	E
-75	P	0.439	E
-76	T	0.448	E
-77	L	0.459	E
-78	Q	0.477	E
-79	L	0.490	E
-80	E	0.500	E
-81	S	0.521	E
-82	V	0.553	E
-83	D	0.562	E
-84	P	0.591	E
-85	K	0.591	E
-86	N	0.587	E
-87	Y	0.579	E
-88	P	0.559	E
-89	K	0.550	E
-90	K	0.534	E
-91	K	0.523	E
-92	M	0.513	E
-93	E	0.492	E
-94	K	0.475	E
-95	R	0.460	E
-96	F	0.446	E
-97	V	0.460	E
-98	F	0.471	E
-99	N	0.485	E
-100	K	0.499	E
-101	I	0.512	E
-102	E	0.538	E
-103	I	0.543	E
-104	N	0.559	E
-105	N	0.539	E
-106	K	0.536	E
-107	L	0.510	E
-108	E	0.490	E
-109	F	0.477	E
-110	E	0.469	E
-111	S	0.448	E
-112	A	0.447	E
-113	Q	0.418	E
-114	F	0.422	E
-115	P	0.394	E
-116	N	0.385	E
-117	W	0.376	E
-118	Y	0.370	E
-119	I	0.383	E
-120	S	0.391	E
-121	T	0.406	E
-122	S	0.433	E
-123	Q	0.448	E
-124	A	0.474	E
-125	E	0.481	E
-126	N	0.491	E
-127	M	0.475	E
-128	P	0.451	E
-129	V	0.453	E
-130	F	0.454	E
-131	L	0.456	E
-132	G	0.473	E
-133	G	0.488	E
-134	G	0.508	E
-135	G	0.516	E
-136	Q	0.540	E
-137	D	0.535	E
-138	I	0.521	E
-139	T	0.493	E
-140	D	0.485	E
-141	F	0.478	E
-142	T	0.468	E
-143	M	0.466	E
-144	Q	0.471	E
-145	F	0.414	E
-146	V	0.376	E
-147	S	0.328	E
-148	S	0.290	E
-input: 4XAK_A Chain A of Crystal structure of potent neutralizing antibody m336 in complex with MERS Co-V RBD
-Position	Residue	Score	Assignment
-0	V	0.269	E
-1	E	0.332	E
-2	C	0.394	E
-3	D	0.452	E
-4	F	0.519	E
-5	S	0.526	E
-6	P	0.542	E
-7	L	0.539	E
-8	L	0.532	E
-9	S	0.525	E
-10	G	0.525	E
-11	T	0.519	E
-12	P	0.523	E
-13	P	0.513	E
-14	Q	0.501	E
-15	V	0.501	E
-16	Y	0.503	E
-17	N	0.505	E
-18	F	0.505	E
-19	K	0.493	E
-20	R	0.489	E
-21	L	0.495	E
-22	V	0.501	E
-23	F	0.521	E
-24	T	0.531	E
-25	N	0.544	E
-26	C	0.542	E
-27	N	0.548	E
-28	Y	0.565	E
-29	N	0.561	E
-30	L	0.559	E
-31	T	0.560	E
-32	K	0.548	E
-33	L	0.552	E
-34	L	0.550	E
-35	S	0.556	E
-36	L	0.569	E
-37	F	0.566	E
-38	S	0.579	E
-39	V	0.580	E
-40	N	0.571	E
-41	D	0.576	E
-42	F	0.573	E
-43	T	0.564	E
-44	C	0.569	E
-45	S	0.551	E
-46	Q	0.542	E
-47	I	0.538	E
-48	S	0.518	E
-49	P	0.512	E
-50	A	0.513	E
-51	A	0.511	E
-52	I	0.522	E
-53	A	0.530	E
-54	S	0.545	E
-55	N	0.554	E
-56	C	0.562	E
-57	Y	0.570	E
-58	S	0.577	E
-59	S	0.567	E
-60	L	0.558	E
-61	I	0.547	E
-62	L	0.536	E
-63	D	0.531	E
-64	Y	0.519	E
-65	F	0.515	E
-66	S	0.525	E
-67	Y	0.536	E
-68	P	0.549	E
-69	L	0.562	E
-70	S	0.572	E
-71	M	0.582	E
-72	K	0.593	E
-73	S	0.610	E
-74	D	0.628	E
-75	L	0.625	E
-76	S	0.618	E
-77	V	0.608	E
-78	S	0.590	E
-79	S	0.582	E
-80	A	0.579	E
-81	G	0.568	E
-82	P	0.563	E
-83	I	0.549	E
-84	S	0.547	E
-85	Q	0.555	E
-86	F	0.569	E
-87	N	0.581	E
-88	Y	0.578	E
-89	K	0.582	E
-90	Q	0.582	E
-91	S	0.572	E
-92	F	0.568	E
-93	S	0.569	E
-94	N	0.561	E
-95	P	0.536	E
-96	T	0.525	E
-97	C	0.516	E
-98	L	0.507	E
-99	I	0.500	E
-100	L	0.505	E
-101	A	0.511	E
-102	T	0.520	E
-103	V	0.513	E
-104	P	0.523	E
-105	H	0.534	E
-106	N	0.538	E
-107	L	0.531	E
-108	T	0.539	E
-109	T	0.529	E
-110	I	0.518	E
-111	T	0.501	E
-112	K	0.510	E
-113	P	0.504	E
-114	L	0.499	E
-115	K	0.507	E
-116	Y	0.520	E
-117	S	0.525	E
-118	Y	0.532	E
-119	I	0.534	E
-120	N	0.547	E
-121	K	0.545	E
-122	C	0.558	E
-123	S	0.556	E
-124	R	0.560	E
-125	F	0.559	E
-126	L	0.557	E
-127	S	0.559	E
-128	D	0.556	E
-129	D	0.539	E
-130	R	0.532	E
-131	T	0.532	E
-132	E	0.530	E
-133	V	0.527	E
-134	P	0.533	E
-135	Q	0.527	E
-136	L	0.552	E
-137	V	0.570	E
-138	N	0.591	E
-139	A	0.607	E
-140	N	0.604	E
-141	Q	0.604	E
-142	Y	0.603	E
-143	S	0.588	E
-144	P	0.582	E
-145	C	0.549	E
-146	V	0.523	E
-147	S	0.512	E
-148	I	0.506	E
-149	V	0.505	E
-150	P	0.514	E
-151	S	0.512	E
-152	T	0.512	E
-153	V	0.512	E
-154	W	0.521	E
-155	E	0.522	E
-156	D	0.518	E
-157	G	0.505	E
-158	D	0.517	E
-159	Y	0.520	E
-160	Y	0.522	E
-161	R	0.528	E
-162	K	0.532	E
-163	Q	0.530	E
-164	L	0.545	E
-165	S	0.547	E
-166	P	0.558	E
-167	L	0.546	E
-168	E	0.539	E
-169	G	0.540	E
-170	G	0.540	E
-171	G	0.544	E
-172	W	0.562	E
-173	L	0.558	E
-174	V	0.580	E
-175	A	0.583	E
-176	S	0.589	E
-177	G	0.597	E
-178	S	0.610	E
-179	T	0.616	E
-180	V	0.628	E
-181	A	0.627	E
-182	M	0.626	E
-183	T	0.621	E
-184	E	0.627	E
-185	Q	0.623	E
-186	L	0.607	E
-187	Q	0.589	E
-188	M	0.571	E
-189	G	0.556	E
-190	F	0.545	E
-191	G	0.551	E
-192	I	0.549	E
-193	T	0.542	E
-194	V	0.548	E
-195	Q	0.558	E
-196	Y	0.572	E
-197	G	0.587	E
-198	T	0.587	E
-199	T	0.584	E
-200	N	0.574	E
-201	S	0.567	E
-202	V	0.564	E
-203	C	0.570	E
-204	P	0.564	E
-205	K	0.560	E
-206	L	0.495	E
-207	E	0.437	E
-208	F	0.378	E
-209	A	0.320	E
-input: 4WFF_A Chain A of Human TRAAK K+ channel in a K+ bound nonconductive conformation
-Position	Residue	Score	Assignment
-0	R	0.182	E
-1	S	0.223	E
-2	T	0.268	E
-3	T	0.291	E
-4	L	0.316	E
-5	L	0.313	E
-6	A	0.310	E
-7	L	0.295	E
-8	L	0.285	E
-9	A	0.279	E
-10	L	0.269	E
-11	V	0.252	E
-12	L	0.251	E
-13	L	0.266	E
-14	Y	0.276	E
-15	L	0.291	E
-16	V	0.313	E
-17	S	0.324	E
-18	G	0.309	E
-19	A	0.328	E
-20	L	0.351	E
-21	V	0.358	E
-22	F	0.366	E
-23	R	0.398	E
-24	A	0.426	E
-25	L	0.440	E
-26	E	0.464	E
-27	Q	0.507	E
-28	P	0.524	E
-29	H	0.533	E
-30	E	0.572	E
-31	Q	0.593	E
-32	Q	0.591	E
-33	A	0.574	E
-34	Q	0.574	E
-35	R	0.572	E
-36	E	0.572	E
-37	L	0.566	E
-38	G	0.575	E
-39	E	0.566	E
-40	V	0.537	E
-41	R	0.528	E
-42	E	0.548	E
-43	K	0.549	E
-44	F	0.545	E
-45	L	0.541	E
-46	R	0.542	E
-47	A	0.536	E
-48	H	0.541	E
-49	P	0.567	E
-50	C	0.572	E
-51	V	0.584	E
-52	S	0.577	E
-53	D	0.583	E
-54	Q	0.577	E
-55	E	0.550	E
-56	L	0.533	E
-57	G	0.526	E
-58	L	0.507	E
-59	L	0.471	E
-60	I	0.444	E
-61	K	0.443	E
-62	E	0.432	E
-63	V	0.416	E
-64	A	0.443	E
-65	D	0.455	E
-66	A	0.463	E
-67	L	0.473	E
-68	G	0.514	E
-69	G	0.532	E
-70	G	0.553	E
-71	A	0.588	E
-72	D	0.623	E
-73	P	0.631	E
-74	E	0.647	E
-75	T	0.651	E
-76	S	0.653	E
-77	H	0.645	E
-78	S	0.627	E
-79	A	0.610	E
-80	W	0.577	E
-81	D	0.544	E
-82	L	0.519	E
-83	G	0.493	E
-84	S	0.457	E
-85	A	0.424	E
-86	F	0.395	E
-87	F	0.380	E
-88	F	0.353	E
-89	S	0.339	E
-90	G	0.338	E
-91	T	0.348	E
-92	I	0.365	E
-93	I	0.394	E
-94	T	0.435	E
-95	T	0.477	E
-96	I	0.501	E
-97	G	0.534	E
-98	Y	0.562	E
-99	G	0.573	E
-100	N	0.595	E
-101	V	0.583	E
-102	A	0.581	E
-103	L	0.573	E
-104	R	0.549	E
-105	T	0.538	E
-106	D	0.520	E
-107	A	0.490	E
-108	G	0.467	E
-109	R	0.417	E
-110	L	0.389	E
-111	F	0.357	E
-112	C	0.321	E
-113	I	0.301	E
-114	F	0.277	E
-115	Y	0.263	E
-116	A	0.260	E
-117	L	0.270	E
-118	V	0.277	E
-119	G	0.286	E
-120	I	0.289	E
-121	P	0.310	E
-122	L	0.316	E
-123	F	0.322	E
-124	G	0.329	E
-125	I	0.339	E
-126	L	0.347	E
-127	L	0.366	E
-128	A	0.393	E
-129	G	0.430	E
-130	V	0.444	E
-131	G	0.458	E
-132	D	0.472	E
-133	R	0.484	E
-134	L	0.485	E
-135	G	0.504	E
-136	S	0.510	E
-137	S	0.500	E
-138	L	0.497	E
-139	R	0.493	E
-140	H	0.499	E
-141	G	0.505	E
-142	I	0.518	E
-143	G	0.529	E
-144	H	0.526	E
-145	I	0.528	E
-146	E	0.543	E
-147	A	0.550	E
-148	I	0.567	E
-149	F	0.585	E
-150	L	0.604	E
-151	K	0.606	E
-152	W	0.617	E
-153	H	0.628	E
-154	V	0.644	E
-155	P	0.648	E
-156	P	0.664	E
-157	E	0.648	E
-158	L	0.642	E
-159	V	0.638	E
-160	R	0.630	E
-161	V	0.627	E
-162	L	0.619	E
-163	S	0.607	E
-164	A	0.604	E
-165	M	0.569	E
-166	L	0.564	E
-167	F	0.532	E
-168	L	0.493	E
-169	L	0.466	E
-170	I	0.433	E
-171	G	0.401	E
-172	C	0.356	E
-173	L	0.305	E
-174	L	0.282	E
-175	F	0.261	E
-176	V	0.255	E
-177	L	0.261	E
-178	T	0.262	E
-179	P	0.263	E
-180	T	0.271	E
-181	F	0.304	E
-182	V	0.342	E
-183	F	0.379	E
-184	C	0.420	E
-185	Y	0.445	E
-186	M	0.481	E
-187	E	0.509	E
-188	D	0.532	E
-189	W	0.540	E
-190	S	0.528	E
-191	K	0.515	E
-192	L	0.470	E
-193	E	0.427	E
-194	A	0.393	E
-195	I	0.352	E
-196	Y	0.320	E
-197	F	0.288	E
-198	V	0.262	E
-199	V	0.253	E
-200	T	0.243	E
-201	L	0.258	E
-202	T	0.280	E
-203	T	0.318	E
-204	V	0.345	E
-205	G	0.372	E
-206	F	0.404	E
-207	G	0.431	E
-208	D	0.459	E
-209	Y	0.488	E
-210	V	0.513	E
-211	A	0.538	E
-212	G	0.559	E
-213	A	0.578	E
-214	D	0.591	E
-215	P	0.602	E
-216	R	0.624	E
-217	Q	0.639	E
-218	D	0.638	E
-219	S	0.631	E
-220	P	0.607	E
-221	A	0.579	E
-222	Y	0.545	E
-223	Q	0.519	E
-224	P	0.487	E
-225	L	0.446	E
-226	V	0.400	E
-227	W	0.365	E
-228	F	0.329	E
-229	W	0.304	E
-230	I	0.282	E
-231	L	0.281	E
-232	L	0.288	E
-233	G	0.281	E
-234	L	0.274	E
-235	A	0.285	E
-236	Y	0.293	E
-237	F	0.317	E
-238	A	0.339	E
-239	S	0.367	E
-240	V	0.360	E
-241	L	0.349	E
-242	T	0.374	E
-243	T	0.406	E
-244	I	0.403	E
-245	G	0.427	E
-246	N	0.435	E
-247	W	0.426	E
-248	L	0.372	E
-249	R	0.337	E
-250	V	0.296	E
-251	V	0.243	E
-input: 4WFF_B Chain B of Human TRAAK K+ channel in a K+ bound nonconductive conformation
-Position	Residue	Score	Assignment
-0	R	0.185	E
-1	S	0.226	E
-2	T	0.274	E
-3	T	0.297	E
-4	L	0.323	E
-5	L	0.319	E
-6	A	0.314	E
-7	L	0.300	E
-8	L	0.291	E
-9	A	0.286	E
-10	L	0.275	E
-11	V	0.255	E
-12	L	0.253	E
-13	L	0.269	E
-14	Y	0.281	E
-15	L	0.297	E
-16	V	0.318	E
-17	S	0.327	E
-18	G	0.314	E
-19	A	0.333	E
-20	L	0.360	E
-21	V	0.368	E
-22	F	0.375	E
-23	R	0.406	E
-24	A	0.438	E
-25	L	0.455	E
-26	E	0.484	E
-27	Q	0.526	E
-28	P	0.543	E
-29	H	0.551	E
-30	E	0.589	E
-31	Q	0.610	E
-32	Q	0.609	E
-33	A	0.586	E
-34	Q	0.581	E
-35	R	0.576	E
-36	E	0.577	E
-37	L	0.570	E
-38	G	0.581	E
-39	E	0.575	E
-40	V	0.548	E
-41	R	0.528	E
-42	E	0.551	E
-43	K	0.552	E
-44	F	0.546	E
-45	L	0.537	E
-46	R	0.538	E
-47	A	0.531	E
-48	H	0.534	E
-49	P	0.556	E
-50	C	0.569	E
-51	V	0.578	E
-52	S	0.573	E
-53	D	0.577	E
-54	Q	0.575	E
-55	E	0.546	E
-56	L	0.520	E
-57	G	0.509	E
-58	L	0.490	E
-59	L	0.456	E
-60	I	0.426	E
-61	K	0.424	E
-62	E	0.413	E
-63	V	0.393	E
-64	A	0.418	E
-65	D	0.436	E
-66	A	0.444	E
-67	L	0.442	E
-68	G	0.480	E
-69	G	0.503	E
-70	G	0.523	E
-71	A	0.552	E
-72	D	0.591	E
-73	P	0.618	E
-74	E	0.634	E
-75	T	0.649	E
-76	Q	0.682	E
-77	S	0.682	E
-78	S	0.684	E
-79	H	0.673	E
-80	S	0.651	E
-81	A	0.632	E
-82	W	0.607	E
-83	D	0.587	E
-84	L	0.553	E
-85	G	0.535	E
-86	S	0.516	E
-87	A	0.482	E
-88	F	0.458	E
-89	F	0.434	E
-90	F	0.403	E
-91	S	0.371	E
-92	G	0.349	E
-93	T	0.357	E
-94	I	0.350	E
-95	I	0.355	E
-96	T	0.375	E
-97	T	0.405	E
-98	I	0.441	E
-99	G	0.478	E
-100	Y	0.524	E
-101	G	0.569	E
-102	N	0.598	E
-103	V	0.602	E
-104	A	0.619	E
-105	L	0.623	E
-106	R	0.621	E
-107	T	0.616	E
-108	D	0.603	E
-109	A	0.576	E
-110	G	0.541	E
-111	R	0.497	E
-112	L	0.463	E
-113	F	0.425	E
-114	C	0.390	E
-115	I	0.347	E
-116	F	0.316	E
-117	Y	0.294	E
-118	A	0.282	E
-119	L	0.284	E
-120	V	0.287	E
-121	G	0.299	E
-122	I	0.300	E
-123	P	0.313	E
-124	L	0.324	E
-125	F	0.329	E
-126	G	0.338	E
-127	I	0.352	E
-128	L	0.362	E
-129	L	0.381	E
-130	A	0.403	E
-131	G	0.440	E
-132	V	0.464	E
-133	G	0.484	E
-134	D	0.501	E
-135	R	0.524	E
-136	L	0.538	E
-137	G	0.553	E
-138	S	0.555	E
-139	S	0.555	E
-140	L	0.549	E
-141	R	0.542	E
-142	H	0.547	E
-143	G	0.553	E
-144	I	0.563	E
-145	G	0.564	E
-146	H	0.573	E
-147	I	0.590	E
-148	E	0.593	E
-149	A	0.602	E
-150	I	0.616	E
-151	F	0.629	E
-152	L	0.644	E
-153	K	0.637	E
-154	W	0.641	E
-155	H	0.642	E
-156	V	0.640	E
-157	P	0.649	E
-158	P	0.665	E
-159	E	0.654	E
-160	L	0.645	E
-161	V	0.631	E
-162	R	0.619	E
-163	V	0.598	E
-164	L	0.577	E
-165	S	0.557	E
-166	A	0.548	E
-167	M	0.522	E
-168	L	0.533	E
-169	F	0.527	E
-170	L	0.529	E
-171	L	0.545	E
-172	I	0.559	E
-173	G	0.562	E
-174	C	0.549	E
-175	L	0.517	E
-176	L	0.485	E
-177	F	0.447	E
-178	V	0.429	E
-179	L	0.411	E
-180	T	0.391	E
-181	P	0.387	E
-182	T	0.387	E
-183	F	0.407	E
-184	V	0.438	E
-185	F	0.471	E
-186	C	0.503	E
-187	Y	0.524	E
-188	M	0.538	E
-189	E	0.543	E
-190	D	0.530	E
-191	W	0.526	E
-192	S	0.505	E
-193	K	0.479	E
-194	L	0.454	E
-195	E	0.413	E
-196	A	0.371	E
-197	I	0.335	E
-198	Y	0.302	E
-199	F	0.281	E
-200	V	0.254	E
-201	I	0.255	E
-202	V	0.260	E
-203	T	0.267	E
-204	L	0.287	E
-205	T	0.318	E
-206	T	0.355	E
-207	V	0.387	E
-208	G	0.421	E
-209	F	0.451	E
-210	G	0.461	E
-211	D	0.478	E
-212	Y	0.493	E
-213	V	0.513	E
-214	A	0.538	E
-215	G	0.558	E
-216	A	0.578	E
-217	D	0.592	E
-218	P	0.604	E
-219	R	0.626	E
-220	Q	0.640	E
-221	D	0.637	E
-222	S	0.628	E
-223	P	0.603	E
-224	A	0.572	E
-225	Y	0.538	E
-226	Q	0.511	E
-227	P	0.480	E
-228	L	0.441	E
-229	V	0.398	E
-230	W	0.368	E
-231	F	0.337	E
-232	W	0.312	E
-233	I	0.289	E
-234	L	0.289	E
-235	L	0.297	E
-236	G	0.288	E
-237	L	0.279	E
-238	A	0.286	E
-239	Y	0.290	E
-240	F	0.304	E
-241	A	0.325	E
-242	S	0.350	E
-243	V	0.349	E
-244	L	0.335	E
-245	T	0.357	E
-246	T	0.390	E
-247	I	0.397	E
-248	G	0.413	E
-249	N	0.374	E
-250	W	0.329	E
-251	L	0.278	E
-252	R	0.237	E
-input: 4Z5R_A Chain A of Rontalizumab Fab bound to Interferon-a2
-Position	Residue	Score	Assignment
-0	L	0.257	E
-1	G	0.312	E
-2	S	0.367	E
-3	R	0.427	E
-4	R	0.476	E
-5	T	0.462	E
-6	L	0.471	E
-7	M	0.472	E
-8	L	0.444	E
-9	L	0.458	E
-10	A	0.472	E
-11	Q	0.484	E
-12	M	0.492	E
-13	R	0.505	E
-14	K	0.544	E
-15	I	0.553	E
-16	S	0.552	E
-17	L	0.588	E
-18	F	0.578	E
-19	S	0.571	E
-20	C	0.572	E
-21	L	0.575	E
-22	K	0.579	E
-23	D	0.564	E
-24	R	0.569	E
-25	H	0.568	E
-26	D	0.555	E
-27	F	0.552	E
-28	G	0.550	E
-29	F	0.542	E
-30	P	0.533	E
-31	Q	0.542	E
-32	E	0.554	E
-33	E	0.562	E
-34	F	0.583	E
-35	G	0.602	E
-36	N	0.603	E
-37	Q	0.605	E
-38	F	0.608	E
-39	Q	0.600	E
-40	K	0.568	E
-41	A	0.552	E
-42	E	0.509	E
-43	T	0.464	E
-44	I	0.439	E
-45	P	0.414	E
-46	V	0.378	E
-47	L	0.349	E
-48	H	0.343	E
-49	E	0.352	E
-50	M	0.338	E
-51	I	0.355	E
-52	Q	0.391	E
-53	Q	0.377	E
-54	I	0.377	E
-55	F	0.409	E
-56	N	0.438	E
-57	L	0.461	E
-58	F	0.491	E
-59	S	0.535	E
-60	T	0.563	E
-61	K	0.575	E
-62	D	0.604	E
-63	S	0.621	E
-64	S	0.624	E
-65	A	0.626	E
-66	A	0.617	E
-67	W	0.593	E
-68	D	0.556	E
-69	E	0.530	E
-70	T	0.517	E
-71	L	0.479	E
-72	L	0.478	E
-73	D	0.467	E
-74	K	0.449	E
-75	F	0.417	E
-76	Y	0.426	E
-77	T	0.442	E
-78	E	0.443	E
-79	L	0.434	E
-80	Y	0.463	E
-81	Q	0.468	E
-82	Q	0.458	E
-83	L	0.484	E
-84	N	0.508	E
-85	D	0.476	E
-86	L	0.476	E
-87	E	0.482	E
-88	A	0.497	E
-89	C	0.502	E
-90	V	0.512	E
-91	I	0.535	E
-92	Q	0.528	E
-93	G	0.538	E
-94	M	0.560	E
-95	K	0.568	E
-96	E	0.570	E
-97	D	0.560	E
-98	S	0.531	E
-99	I	0.524	E
-100	L	0.525	E
-101	A	0.513	E
-102	V	0.486	E
-103	R	0.482	E
-104	K	0.480	E
-105	Y	0.455	E
-106	F	0.456	E
-107	Q	0.486	E
-108	R	0.476	E
-109	I	0.444	E
-110	T	0.444	E
-111	L	0.468	E
-112	Y	0.480	E
-113	L	0.472	E
-114	K	0.495	E
-115	E	0.491	E
-116	K	0.480	E
-117	K	0.481	E
-118	Y	0.485	E
-119	S	0.475	E
-120	P	0.463	E
-121	C	0.445	E
-122	A	0.414	E
-123	W	0.402	E
-124	E	0.394	E
-125	V	0.384	E
-126	V	0.362	E
-127	R	0.389	E
-128	A	0.398	E
-129	E	0.387	E
-130	I	0.370	E
-131	M	0.400	E
-132	R	0.411	E
-133	S	0.405	E
-134	F	0.423	E
-135	S	0.446	E
-136	L	0.429	E
-137	S	0.432	E
-138	T	0.446	E
-139	N	0.468	E
-140	L	0.447	E
-141	Q	0.392	E
-142	E	0.355	E
-143	S	0.294	E
-144	L	0.242	E
-