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comparison PLIDflow/scripts/pdbqtcorrector2step.R @ 0:6fcfa4756040 draft
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| author | bitlab |
|---|---|
| date | Tue, 14 Jan 2020 06:09:42 -0500 |
| parents | |
| children |
comparison
equal
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replaced
| -1:000000000000 | 0:6fcfa4756040 |
|---|---|
| 1 #pdbqtcorrector2step.R prepare the out PDBQT file from pdbqtcorrector.R to run Vina | |
| 2 | |
| 3 #!/usr/bin/env Rscript | |
| 4 args = commandArgs(trailingOnly=TRUE) | |
| 5 | |
| 6 if(length(args) < 2){ | |
| 7 stop("USE: Rscript pdbqtcorrector.R <receptor_name> <galaxy_file_pdbqt> <receptor_types>") | |
| 8 } | |
| 9 | |
| 10 #Argument definition | |
| 11 receptor_name <- args[1] | |
| 12 receptor_types_file_out <- args[3] | |
| 13 | |
| 14 #Scan file | |
| 15 original_file <- scan(args[1], what = character(), quiet = TRUE, na.strings = "NULLAJSKAJSFL") | |
| 16 | |
| 17 #13FEB2019 | |
| 18 #In order to avoid col 1 and col 2 fussion, split by characters all words. Then paste characters fron col 1 in a word, and those for col 2, rest columns change by " " | |
| 19 | |
| 20 buscador <- c() | |
| 21 for(of in 1:length(original_file)){ | |
| 22 buscador <- c(buscador,strsplit(original_file[of], "")) | |
| 23 } | |
| 24 | |
| 25 fix_row_1 <- 0 | |
| 26 for(off in 1:length(buscador)){ | |
| 27 if(buscador[[off]][1] == "A"){ | |
| 28 if(length(buscador[[off]]) >= 3){ | |
| 29 if(buscador[[off]][2] == "T"){ | |
| 30 if(buscador[[off]][3] == "O"){ | |
| 31 if(buscador[[off]][4] == "M"){ | |
| 32 fix_row_1 <- fix_row_1 + 1 | |
| 33 buscador[[off]][1] <- paste(buscador[[off]][1], buscador[[off]][2], buscador[[off]][3], buscador[[off]][4], sep = "") | |
| 34 if(length(buscador[[off]]) == 4){ | |
| 35 for(off1 in 2:length(buscador[[off]])){ | |
| 36 buscador[[off]][off1] <- "" | |
| 37 } | |
| 38 for(qu in 1:(length(buscador[[off]])-1)){ | |
| 39 buscador[[off]] <- buscador[[off]][-length(buscador[[off]])] | |
| 40 | |
| 41 | |
| 42 } | |
| 43 } | |
| 44 if(length(buscador[[off]]) > 4){ | |
| 45 var_aux <- c() | |
| 46 for(off1 in 5:length(buscador[[off]])){ | |
| 47 var_aux <- c(var_aux, paste(buscador[[off]][off1])) | |
| 48 } | |
| 49 termino <- var_aux[1] | |
| 50 for(ofu in 2:length(var_aux)){ | |
| 51 termino <- paste(termino, var_aux[ofu], sep = "") | |
| 52 } | |
| 53 | |
| 54 buscador[[off]][2] <- termino | |
| 55 | |
| 56 for(off1 in 3:length(buscador[[off]])){ | |
| 57 buscador[[off]][off1] <- "" | |
| 58 } | |
| 59 for(qu in 2:(length(buscador[[off]])-1)){ | |
| 60 buscador[[off]] <- buscador[[off]][-length(buscador[[off]])] | |
| 61 | |
| 62 | |
| 63 } | |
| 64 } | |
| 65 } | |
| 66 } | |
| 67 } | |
| 68 } | |
| 69 } | |
| 70 } | |
| 71 #print(fix_row_1) | |
| 72 | |
| 73 | |
| 74 fix_row_2 <- 0 | |
| 75 for(off in 1:length(buscador)){ | |
| 76 if(buscador[[off]][1] == "H"){ | |
| 77 if(length(buscador[[off]]) >= 3){ | |
| 78 if(buscador[[off]][2] == "E"){ | |
| 79 if(buscador[[off]][3] == "T"){ | |
| 80 if(buscador[[off]][4] == "A"){ | |
| 81 if(buscador[[off]][5] == "T"){ | |
| 82 if(buscador[[off]][6] == "M"){ | |
| 83 fix_row_2 <- fix_row_2 + 1 | |
| 84 buscador[[off]][1] <- paste(buscador[[off]][1], buscador[[off]][2], buscador[[off]][3], buscador[[off]][4], buscador[[off]][5], buscador[[off]][6], sep = "") | |
| 85 if(length(buscador[[off]]) == 6){ | |
| 86 for(off1 in 2:length(buscador[[off]])){ | |
| 87 buscador[[off]][off1] <- "" | |
| 88 } | |
| 89 for(qu in 1:(length(buscador[[off]])-1)){ | |
| 90 buscador[[off]] <- buscador[[off]][-length(buscador[[off]])] | |
| 91 | |
| 92 | |
| 93 } | |
| 94 } | |
| 95 if(length(buscador[[off]]) > 6){ | |
| 96 var_aux <- c() | |
| 97 for(off1 in 7:length(buscador[[off]])){ | |
| 98 var_aux <- c(var_aux, paste(buscador[[off]][off1])) | |
| 99 } | |
| 100 termino <- var_aux[1] | |
| 101 for(ofu in 2:length(var_aux)){ | |
| 102 termino <- paste(termino, var_aux[ofu], sep = "") | |
| 103 } | |
| 104 | |
| 105 buscador[[off]][2] <- termino | |
| 106 | |
| 107 for(off1 in 3:length(buscador[[off]])){ | |
| 108 buscador[[off]][off1] <- "" | |
| 109 } | |
| 110 | |
| 111 for(qu in 2:(length(buscador[[off]])-1)){ | |
| 112 buscador[[off]] <- buscador[[off]][-length(buscador[[off]])] | |
| 113 } | |
| 114 } | |
| 115 } | |
| 116 } | |
| 117 } | |
| 118 } | |
| 119 } | |
| 120 } | |
| 121 } | |
| 122 } | |
| 123 #print(fix_row_2) | |
| 124 | |
| 125 fix_row_3 <- 0 | |
| 126 for(off in 1:length(buscador)){ | |
| 127 if(buscador[[off]][1] == "T"){ | |
| 128 if(length(buscador[[off]]) >= 3){ | |
| 129 if(buscador[[off]][2] == "E"){ | |
| 130 if(buscador[[off]][3] == "R"){ | |
| 131 fix_row_3 <- fix_row_3 + 1 | |
| 132 } | |
| 133 } | |
| 134 } | |
| 135 } | |
| 136 } | |
| 137 #print(fix_row_3) | |
| 138 | |
| 139 final_row <- fix_row_1 + fix_row_2 + fix_row_3 | |
| 140 | |
| 141 #counter <- final_row | |
| 142 #print(counter) | |
| 143 | |
| 144 # At this point roots "ATOM", "HETATM" and "TER" are isolated in case fusion. This step component differrent for those are pasted | |
| 145 for(off in 1:length(buscador)){ | |
| 146 if(as.character(buscador[[off]][1]) != "ATOM" && buscador[[off]][1] != "HETATM"){ | |
| 147 #print(off) | |
| 148 pegado <- buscador[[off]][1] | |
| 149 for(fus in 2:length(buscador[[off]])){ | |
| 150 if(length(buscador[[off]]) > 1){ | |
| 151 pegado <- paste(pegado, buscador[[off]][fus], sep = "") | |
| 152 buscador[[off]][1] <- pegado | |
| 153 } | |
| 154 } | |
| 155 if(length(buscador[[off]]) > 1){ | |
| 156 for(qu in 1:(length(buscador[[off]])-1)){ | |
| 157 buscador[[off]] <- buscador[[off]][-length(buscador[[off]])] | |
| 158 } | |
| 159 } | |
| 160 } | |
| 161 } | |
| 162 | |
| 163 | |
| 164 # strsplit applied to the original_file return a list format. In this steps it is for changing list for vector format for buscador varible | |
| 165 | |
| 166 total_original_file <- c() | |
| 167 for(si in 1:length(buscador)){ | |
| 168 total_original_file <- c(total_original_file, buscador[[si]]) | |
| 169 } | |
| 170 #13feb2019 | |
| 171 | |
| 172 original_file <- total_original_file | |
| 173 | |
| 174 #Starts pdbqtcorrector | |
| 175 | |
| 176 #Calculate first root word and "TER" | |
| 177 for(e in 1:length(original_file)){ | |
| 178 if(original_file[e] == "ATOM" || original_file[e] == "HETATM" || original_file[e] == "TER"){ | |
| 179 k <- e | |
| 180 break | |
| 181 } | |
| 182 } | |
| 183 | |
| 184 #Calculate the row number for table which conteins aligned x,y,z coordenates | |
| 185 counter <- 0 | |
| 186 for(c in e:length(original_file)){ | |
| 187 if(original_file[c] == "ATOM" || original_file[c] == "HETATM" || original_file[c] == "TER"){ | |
| 188 counter <- counter + 1 | |
| 189 } | |
| 190 } | |
| 191 | |
| 192 #Table to be fills in named tabla_ordenados | |
| 193 tabla_ordenados <- matrix(1, nrow = (counter), ncol = 13) | |
| 194 | |
| 195 #Calculate TER times and make a vector | |
| 196 ele_ter_vector <- 1 | |
| 197 ter_vector <- c() | |
| 198 k_position <- c() | |
| 199 #ter_pos <- 0 #21sep2018 | |
| 200 for(o in 1:(length(original_file))){ | |
| 201 if(original_file[o] =="TER"){ | |
| 202 k_position <- c(k_position, o) | |
| 203 ter_pos <- o #21sep | |
| 204 for(g in o:(o+4)){ | |
| 205 ter_vector <- c(ter_vector,original_file[g] ) | |
| 206 } | |
| 207 | |
| 208 } | |
| 209 } | |
| 210 | |
| 211 | |
| 212 #Fill in the tabla_ordenados with values scaned until counter-1 since last row (ter) has diferent length and this could give you back an error | |
| 213 for(i in 1:(counter-1)){ | |
| 214 for(j in 1:13){ | |
| 215 tabla_ordenados[i,j] <- original_file[k] | |
| 216 if(tabla_ordenados[i,13]=="ATOM" || tabla_ordenados[i,13]== "HETATM"|| tabla_ordenados[i,13]=="TER"){ | |
| 217 corte <- c() | |
| 218 for(v in 4:12){ | |
| 219 corte <- c(corte,tabla_ordenados[i,v]) | |
| 220 } | |
| 221 coo_corte <- 1 | |
| 222 tabla_ordenados[i,4] <- "" | |
| 223 for(m in 5:13){ | |
| 224 tabla_ordenados[i,m] <- corte[coo_corte] | |
| 225 coo_corte <- coo_corte + 1 | |
| 226 } | |
| 227 k <- k-1 | |
| 228 } | |
| 229 # #################02julio2019################################ | |
| 230 | |
| 231 if(tabla_ordenados[i,12]=="ATOM" || tabla_ordenados[i,12]== "HETATM"|| tabla_ordenados[i,12]=="TER"){ | |
| 232 | |
| 233 | |
| 234 #print("ENTERING") | |
| 235 #stop() | |
| 236 | |
| 237 corte_2 <- c() | |
| 238 for(iv in 5:11){ | |
| 239 corte_2 <- c(corte_2,tabla_ordenados[i,iv]) | |
| 240 } | |
| 241 | |
| 242 #print(corte_2) | |
| 243 | |
| 244 first_number <- substr(corte_2[5], 1, 4) | |
| 245 second_number <- substr(corte_2[5], 5, 1000) | |
| 246 | |
| 247 | |
| 248 | |
| 249 coo_corte_2 <- 1 | |
| 250 tabla_ordenados[i,5] <- "" | |
| 251 tabla_ordenados[i,12] <- "" | |
| 252 tabla_ordenados[i,13] <- "" | |
| 253 for(im in 6:13){ | |
| 254 tabla_ordenados[i,im] <- corte_2[coo_corte_2] | |
| 255 coo_corte_2 <- coo_corte_2 + 1 | |
| 256 } | |
| 257 k <- k-2 | |
| 258 | |
| 259 tabla_ordenados[i,12] <- corte_2[6] | |
| 260 tabla_ordenados[i,10] <- first_number | |
| 261 tabla_ordenados[i,11] <- second_number | |
| 262 | |
| 263 | |
| 264 | |
| 265 | |
| 266 } | |
| 267 | |
| 268 | |
| 269 | |
| 270 #################02julio2019################################ | |
| 271 | |
| 272 | |
| 273 k <- k + 1 | |
| 274 } | |
| 275 if(tabla_ordenados[i,1]=="TER"){ | |
| 276 k <- k - 8 | |
| 277 } | |
| 278 } | |
| 279 | |
| 280 #Fill in TER row until last one | |
| 281 star_ter <- 2 | |
| 282 mmm <- 1 | |
| 283 for(ii in 1:counter){ | |
| 284 if(tabla_ordenados[ii,1]=="TER"){ | |
| 285 k <- k_position[mmm] + 4 | |
| 286 mmm <- mmm + 1 | |
| 287 y <- 2 | |
| 288 for(l in star_ter:(star_ter+3)){ | |
| 289 if(y%%3==0 && y!=6){ | |
| 290 tabla_ordenados[ii,y] <- "" | |
| 291 y <- y + 1 | |
| 292 tabla_ordenados[ii,y] <- ter_vector[l] | |
| 293 } | |
| 294 tabla_ordenados[ii,y] <- ter_vector[l] | |
| 295 y <- y +1 | |
| 296 } | |
| 297 star_ter <- star_ter + 5 | |
| 298 for(b in 7:13){ | |
| 299 tabla_ordenados[ii,b] <- "" | |
| 300 } | |
| 301 } | |
| 302 } | |
| 303 | |
| 304 ##Fill if last row is not TER root | |
| 305 if(ter_pos < (length(original_file)-14)){ | |
| 306 tpnt <- 0 | |
| 307 ntn <- length(original_file) - 12 | |
| 308 for(jnt in 1:13){ | |
| 309 tabla_ordenados[nrow(tabla_ordenados),jnt] <- original_file[ntn] | |
| 310 | |
| 311 ntn <- ntn + 1 | |
| 312 } | |
| 313 } | |
| 314 | |
| 315 ##Fill in last row with TER row values ## | |
| 316 #ajustcel4 <-0 | |
| 317 if(ter_pos > (length(original_file)-14)){ | |
| 318 for(rtv in 1:length(ter_vector)){ | |
| 319 ajustcel4 <- rtv #14nov2018 | |
| 320 if(is.na(ter_vector[rtv])){ | |
| 321 ajustcel4 <- rtv - 1 | |
| 322 } | |
| 323 } | |
| 324 | |
| 325 ter_vector_numeric <- strsplit(ter_vector[ajustcel4], "") | |
| 326 | |
| 327 last_ter <- length(ter_vector)-4 | |
| 328 if(length(ter_vector_numeric[[1]]) != 1){ | |
| 329 if(length(ter_vector) < 5){ | |
| 330 | |
| 331 for(jj in 1:6){ | |
| 332 tabla_ordenados[counter,jj] <- ter_vector[last_ter] | |
| 333 | |
| 334 if(jj%%3==0 && jj !=6 || jj == 4){ #he incluido el jj == 4 | |
| 335 tabla_ordenados[counter, jj] <- "" | |
| 336 last_ter <- last_ter - 1 | |
| 337 } | |
| 338 last_ter <- last_ter + 1 | |
| 339 } | |
| 340 for(jj in 7:13){ | |
| 341 tabla_ordenados[counter, jj] <- "" | |
| 342 } | |
| 343 } | |
| 344 | |
| 345 if(length(ter_vector) >= 5){ | |
| 346 for(jj in 1:7){ | |
| 347 tabla_ordenados[counter,jj] <- ter_vector[last_ter] | |
| 348 if(jj%%3==0 && jj !=6){ #he incluido el jj == 4 | |
| 349 tabla_ordenados[counter, jj] <- "" | |
| 350 last_ter <- last_ter -1 | |
| 351 } | |
| 352 last_ter <- last_ter + 1 | |
| 353 } | |
| 354 for(jj in 8:13){ | |
| 355 tabla_ordenados[counter, jj] <- "" | |
| 356 } | |
| 357 } | |
| 358 } | |
| 359 | |
| 360 if(length(ter_vector_numeric[[1]]) == 1){ | |
| 361 if(length(ter_vector) <= 5){ | |
| 362 | |
| 363 for(jj in 1:6){ | |
| 364 tabla_ordenados[counter,jj] <- ter_vector[last_ter] | |
| 365 | |
| 366 if(jj%%3==0 && jj !=6 ){ #he incluido el jj == 4 | |
| 367 tabla_ordenados[counter, jj] <- "" | |
| 368 last_ter <- last_ter - 1 | |
| 369 } | |
| 370 last_ter <- last_ter + 1 | |
| 371 } | |
| 372 for(jj in 7:13){ | |
| 373 tabla_ordenados[counter, jj] <- "" | |
| 374 } | |
| 375 } | |
| 376 | |
| 377 if(length(ter_vector) > 5){ | |
| 378 for(jj in 1:7){ | |
| 379 tabla_ordenados[counter,jj] <- ter_vector[last_ter] | |
| 380 if(jj%%3==0 && jj !=6){ #he incluido el jj == 4 | |
| 381 tabla_ordenados[counter, jj] <- "" | |
| 382 last_ter <- last_ter -1 | |
| 383 } | |
| 384 last_ter <- last_ter + 1 | |
| 385 } | |
| 386 for(jj in 8:13){ | |
| 387 tabla_ordenados[counter, jj] <- "" | |
| 388 } | |
| 389 } | |
| 390 } | |
| 391 | |
| 392 } | |
| 393 | |
| 394 | |
| 395 #View(tabla_ordenados) | |
| 396 | |
| 397 #19octubre2018 | |
| 398 | |
| 399 #listacol11 <- matrix(0, nrow = nrow(tabla_ordenados), ncol = 1) | |
| 400 twopoint <- c() | |
| 401 for(dc11 in 1:nrow(tabla_ordenados)){ | |
| 402 listacol11 <-strsplit(tabla_ordenados[dc11,11], "") | |
| 403 | |
| 404 if(length(listacol11[[1]]) != 0){ | |
| 405 num_poin <- 0 | |
| 406 for(findpoint in 1:length(listacol11[[1]])){ | |
| 407 if(listacol11[[1]][findpoint] == "."){ | |
| 408 num_poin <- num_poin + 1 | |
| 409 } | |
| 410 } | |
| 411 if(num_poin == 2){ | |
| 412 twopoint <- c(twopoint, dc11) | |
| 413 unopto0 <- listacol11[[1]][1] | |
| 414 dospto0 <- listacol11[[1]][5] | |
| 415 for(div1pto in 2:4){ | |
| 416 unopto0 <- paste(unopto0, listacol11[[1]][div1pto], sep = "") | |
| 417 } | |
| 418 for(div2pto in 6:length(listacol11[[1]])){ | |
| 419 dospto0 <- paste(dospto0, listacol11[[1]][div2pto], sep = "") | |
| 420 } | |
| 421 #19oct2018 Voy a guardar cada fila en un vector para luego pegarlo | |
| 422 vec_guarfilas <- c() | |
| 423 for(vgf in 1:10){ | |
| 424 | |
| 425 if(tabla_ordenados[dc11,vgf] != ""){ | |
| 426 vec_guarfilas <- c(vec_guarfilas, tabla_ordenados[dc11,vgf]) | |
| 427 } | |
| 428 } | |
| 429 vec_guarfilas[10] <- unopto0 | |
| 430 vec_guarfilas[11] <- dospto0 | |
| 431 vec_guarfilas[12] <- tabla_ordenados[dc11,12] | |
| 432 vec_guarfilas[13] <- tabla_ordenados[dc11,13] | |
| 433 | |
| 434 #print(vec_guarfilas) | |
| 435 for(mvc in 1:13){ | |
| 436 tabla_ordenados[dc11,mvc] <- vec_guarfilas[mvc] | |
| 437 } | |
| 438 | |
| 439 } | |
| 440 } | |
| 441 } | |
| 442 | |
| 443 #View(tabla_ordenados) | |
| 444 #acaba 19octubre2018 | |
| 445 | |
| 446 | |
| 447 | |
| 448 #Make a table containing for each cell the number of characters for each for the tabla_ordenados | |
| 449 tabla_ordenados_numcarac <- matrix(1, nrow = nrow(tabla_ordenados), ncol = ncol(tabla_ordenados)) | |
| 450 | |
| 451 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){ | |
| 452 for(j in 1:ncol(tabla_ordenados)){ | |
| 453 caracteres <- strsplit(tabla_ordenados[i,j], "") | |
| 454 num_carac <- 0 | |
| 455 # if(tabla_ordenados[i,j] == ""){ | |
| 456 # num_carac <- "" | |
| 457 # } | |
| 458 #if(tabla_ordenados[i,j] != ""){ | |
| 459 for(k in 1:length(caracteres[[1]])){ | |
| 460 num_carac <- num_carac + 1 | |
| 461 } | |
| 462 tabla_ordenados_numcarac[i,j] <- num_carac | |
| 463 #} | |
| 464 } | |
| 465 } | |
| 466 #View(tabla_ordenados_numcarac) #27mar2019 | |
| 467 | |
| 468 #################03julio2019###################3 ## | |
| 469 | |
| 470 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){ | |
| 471 | |
| 472 if(tabla_ordenados_numcarac[i,4] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 3){ | |
| 473 cambio_posicion5 <- tabla_ordenados[i,5] | |
| 474 tabla_ordenados[i,5] <- "" | |
| 475 tabla_ordenados_numcarac[i,5] <- 2 | |
| 476 tabla_ordenados[i,4] <- cambio_posicion5 | |
| 477 tabla_ordenados_numcarac[i,4] <- 3 | |
| 478 } | |
| 479 } | |
| 480 | |
| 481 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){ | |
| 482 if(tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){ | |
| 483 Aaposicion5 <- substr(tabla_ordenados[i,6], 1, 1) | |
| 484 cambio_posicion5 <- substr(tabla_ordenados[i,6], 2, 5) | |
| 485 tabla_ordenados[i,5] <- Aaposicion5 | |
| 486 tabla_ordenados_numcarac[i,5] <- 1 | |
| 487 tabla_ordenados[i,6] <- cambio_posicion5 | |
| 488 tabla_ordenados_numcarac[i,6] <- 4 | |
| 489 } | |
| 490 } | |
| 491 | |
| 492 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){ | |
| 493 if(tabla_ordenados[i, 3] < 6 && tabla_ordenados[i, 4] == ""){ | |
| 494 tabla_ordenados[i, 4] <- "XX" | |
| 495 } | |
| 496 } | |
| 497 | |
| 498 #################03julio2019###################3 ## | |
| 499 | |
| 500 # &&&&& 03sep2019 &&&&&&&&&&&& | |
| 501 if(tabla_ordenados_numcarac[counter,5] >= 5){ | |
| 502 ter_5_col <- substr(tabla_ordenados[counter, 5], 1, 1) | |
| 503 ter_6_col <- substr(tabla_ordenados[counter, 5], 2, 1000) | |
| 504 | |
| 505 | |
| 506 tabla_ordenados[counter, 5] <- ter_5_col | |
| 507 tabla_ordenados[counter, 6] <- ter_6_col | |
| 508 } | |
| 509 | |
| 510 # &&&&& 03sep2019 &&&&&&&&&&&& | |
| 511 | |
| 512 | |
| 513 ####····̣# &&&&& 30oct2019 &&&&&&&&&&&& | |
| 514 for(ac3 in 1:counter){ | |
| 515 if(tabla_ordenados_numcarac[ac3,3] >= 7){ | |
| 516 ter_3_col <- substr(tabla_ordenados[ac3, 3], 1, 4) | |
| 517 ter_4_col <- substr(tabla_ordenados[ac3, 3], 5, 1000) | |
| 518 | |
| 519 | |
| 520 tabla_ordenados[ac3, 3] <- ter_3_col | |
| 521 tabla_ordenados[ac3, 4] <- ter_4_col | |
| 522 tabla_ordenados_numcarac[ac3, 3] <- 4 | |
| 523 tabla_ordenados_numcarac[ac3, 4] <- 3 | |
| 524 } | |
| 525 | |
| 526 } | |
| 527 | |
| 528 ####····̣# &&&&& 30oct2019 &&&&&&&&&&&& | |
| 529 | |
| 530 | |
| 531 | |
| 532 | |
| 533 | |
| 534 #:;:;:;:;:;:;:;:;________09septiembre2019. Remove line with "Na" in column 13 in tabla_ordenados and tabla_ordenados_numcarac | |
| 535 | |
| 536 # quitar_fila <- 0 | |
| 537 # for(ena in 1:counter){ | |
| 538 # if(tabla_ordenados[ena,13] == "Na"){ | |
| 539 # print(ena) | |
| 540 # tabla_ordenados_numcarac <- tabla_ordenados_numcarac[-ena,] | |
| 541 # ena <- ena - 1 | |
| 542 # quitar_fila <- quitar_fila + 1 | |
| 543 # counter <- counter - quitar_fila | |
| 544 # | |
| 545 # } | |
| 546 # } | |
| 547 # | |
| 548 # tabla_ordenados <- subset(tabla_ordenados, tabla_ordenados[,13] != "Na") | |
| 549 | |
| 550 #:;:;:;:;:;:;:;:;________09septiembre2019 | |
| 551 | |
| 552 #View(tabla_ordenados) | |
| 553 #View(tabla_ordenados_numcarac) | |
| 554 | |
| 555 | |
| 556 | |
| 557 | |
| 558 #Fit spaces for write() | |
| 559 #Fit spaces for write() | |
| 560 #Pairwise 1col-2col con 1col == "ATOM" | |
| 561 | |
| 562 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){ | |
| 563 linea <- c() | |
| 564 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 4){ | |
| 565 num_espacios <- 6 | |
| 566 ajuste <- 0 | |
| 567 for(a in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,2])){ | |
| 568 if(a != tabla_ordenados_numcarac[i,2]){ | |
| 569 ajuste <- ajuste + 1 | |
| 570 } | |
| 571 if(a == tabla_ordenados_numcarac[i,2]){ | |
| 572 espacios <- rep(" ", num_espacios-ajuste) | |
| 573 linea <- c(espacios, tabla_ordenados[i,2]) | |
| 574 break | |
| 575 } | |
| 576 } | |
| 577 } | |
| 578 | |
| 579 #1col == HETATM INI | |
| 580 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 6){ | |
| 581 num_espacios <- 4 | |
| 582 ajuste <- 0 | |
| 583 for(a in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,2])){ | |
| 584 if(a != tabla_ordenados_numcarac[i,2]){ | |
| 585 ajuste <- ajuste + 1 | |
| 586 } | |
| 587 if(a == tabla_ordenados_numcarac[i,2]){ | |
| 588 espacios <- rep(" ", num_espacios-ajuste) | |
| 589 linea <- c(espacios, tabla_ordenados[i,2]) | |
| 590 | |
| 591 ###21feb2019 | |
| 592 if(tabla_ordenados_numcarac[i,2] == 5){ | |
| 593 espacios <- rep(" ", (num_espacios-ajuste) + 1) | |
| 594 linea <- c(espacios, tabla_ordenados[i,2]) | |
| 595 } | |
| 596 ###21feb2019 | |
| 597 | |
| 598 break | |
| 599 } | |
| 600 } | |
| 601 } | |
| 602 #1col == HETATM FIN | |
| 603 | |
| 604 ##1col == TER INICIO | |
| 605 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 3){ | |
| 606 num_espacios <- 7 | |
| 607 ajuste <- 0 | |
| 608 for(a in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,2])){ | |
| 609 if(a != tabla_ordenados_numcarac[i,2]){ | |
| 610 ajuste <- ajuste + 1 | |
| 611 espacios <- rep(" ", num_espacios-ajuste) | |
| 612 } | |
| 613 if(a == tabla_ordenados_numcarac[i,2]){ | |
| 614 espacios <- rep(" ", num_espacios-ajuste) | |
| 615 linea <- c(espacios, tabla_ordenados[i,2]) | |
| 616 break | |
| 617 } | |
| 618 } | |
| 619 } | |
| 620 ##1col == TER FIN | |
| 621 | |
| 622 ##Pairwise 2col-3col | |
| 623 linea2 <- c() | |
| 624 for(b in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,3])){ | |
| 625 if(b < 4){ | |
| 626 espacios2 <- rep(" ", 2) | |
| 627 } | |
| 628 if(b >= 4){ | |
| 629 if(tabla_ordenados[i,4] == ""){ | |
| 630 espacios2 <- rep(" ", 2) | |
| 631 } | |
| 632 | |
| 633 if(tabla_ordenados[i,4]!= ""){ | |
| 634 espacios2 <- rep(" ", 1) | |
| 635 } | |
| 636 } | |
| 637 } | |
| 638 | |
| 639 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] >= 8){ | |
| 640 e_espacios2 <- length(espacios2)-1 | |
| 641 espacios2 <- rep(" ",e_espacios2) | |
| 642 | |
| 643 | |
| 644 } | |
| 645 | |
| 646 linea2 <- c(linea, espacios2, tabla_ordenados[i,3]) | |
| 647 | |
| 648 ###21feb2019 | |
| 649 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 6 && tabla_ordenados_numcarac[i,2] == 5){ | |
| 650 espacios2 <- espacios2[-length(espacios2)] | |
| 651 linea2 <- c(linea, espacios2, tabla_ordenados[i,3]) | |
| 652 } | |
| 653 ###21feb2019 | |
| 654 | |
| 655 ###Pairwise 3col-4col | |
| 656 linea3 <- c() | |
| 657 | |
| 658 for(c in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,4])){ | |
| 659 | |
| 660 #28nov | |
| 661 if(c == 2){ | |
| 662 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 6 && tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 1){ | |
| 663 espacios3 <- rep(" ", 2) | |
| 664 } | |
| 665 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 6 && tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 2){ | |
| 666 espacios3 <- rep(" ", 1) | |
| 667 } | |
| 668 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 6 && tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 1){ | |
| 669 espacios3 <- rep(" ", 3) | |
| 670 } | |
| 671 | |
| 672 #########21junio2019 | |
| 673 | |
| 674 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 1 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){ | |
| 675 espacios3 <- rep(" ", 2) | |
| 676 } | |
| 677 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){ | |
| 678 espacios3 <- rep(" ", 1) | |
| 679 } | |
| 680 | |
| 681 ########21junio2019 | |
| 682 | |
| 683 | |
| 684 | |
| 685 | |
| 686 } | |
| 687 #28nov. Hace falta corregir para el resto de HETATM | |
| 688 | |
| 689 | |
| 690 if(c == 3){ | |
| 691 if(b == 1){ | |
| 692 espacios3 <- rep(" ", 3) | |
| 693 } | |
| 694 if(b == 2){ | |
| 695 espacios3 <- rep(" ", 2) | |
| 696 } | |
| 697 if(b >= 3){ | |
| 698 espacios3 <- rep(" ", 1) | |
| 699 } | |
| 700 } | |
| 701 if(c == 4){ | |
| 702 if(b == 1){ | |
| 703 espacios3 <- rep(" ", 2) | |
| 704 } | |
| 705 if(b >= 2){ | |
| 706 espacios3 <- rep(" ", 1) | |
| 707 } | |
| 708 } | |
| 709 #27mar2019 ###################################### | |
| 710 if(c == 5){ | |
| 711 if(b >= 2){ | |
| 712 espacios3 <- rep("", 1) | |
| 713 } | |
| 714 } | |
| 715 #27mar2019 ###################################### | |
| 716 } | |
| 717 | |
| 718 linea3 <- c(linea2, espacios3, tabla_ordenados[i,4]) | |
| 719 ####03julio2019####################### ##################### | |
| 720 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 3 && tabla_ordenados_numcarac[i,4] == 3 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){ | |
| 721 # linea3 <- c(linea2, " ", tabla_ordenados[i,4]) | |
| 722 # } | |
| 723 ####03julio2019####################### ##################### | |
| 724 | |
| 725 #TER | |
| 726 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 3){ | |
| 727 num_espacios4 <- 8 | |
| 728 ajuste_t1 <- 0 | |
| 729 for(l in 1:tabla_ordenados_numcarac[i,4]){ | |
| 730 if(l != tabla_ordenados_numcarac[i,4]){ | |
| 731 ajuste_t1 <-ajuste_t1 + 1 | |
| 732 num_espacios4 <- 8 - ajuste_t1 | |
| 733 } | |
| 734 if(l == tabla_ordenados_numcarac[i,4]){ | |
| 735 num_espacios4 <- 8 - ajuste_t1 | |
| 736 } | |
| 737 } | |
| 738 linea3 <- c(linea, rep(" ", num_espacios4), tabla_ordenados[i,4]) | |
| 739 | |
| 740 } | |
| 741 | |
| 742 ####Pairwise 4col-5col | |
| 743 linea4 <- c() | |
| 744 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] != 3){ | |
| 745 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] >= 7){ | |
| 746 linea4 <- c(linea3, tabla_ordenados[i,5]) | |
| 747 } | |
| 748 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] < 7){ | |
| 749 linea4 <- c(linea3, " ", tabla_ordenados[i,5]) | |
| 750 ###18oct2018 | |
| 751 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] >= 3 && tabla_ordenados[i,4] == ""){ | |
| 752 linea4 <- c(linea2, " ", tabla_ordenados[i,5]) | |
| 753 } | |
| 754 ###18oct2018 | |
| 755 } | |
| 756 #------------29julio2019--------------------# | |
| 757 | |
| 758 if(isTRUE(tabla_ordenados[i,3] == "NA") && tabla_ordenados[i,4] == ""){ | |
| 759 linea4 <- c(linea2, rep(" ", 6), tabla_ordenados[i,5]) | |
| 760 } | |
| 761 | |
| 762 | |
| 763 #------------29julio2019--------------------# | |
| 764 } | |
| 765 | |
| 766 | |
| 767 | |
| 768 | |
| 769 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 3){ | |
| 770 | |
| 771 linea4 <- c(linea3, " ", tabla_ordenados[i,5]) | |
| 772 ## | |
| 773 if(tabla_ordenados[i,4] == ""){ | |
| 774 linea4 <- c(linea2,rep(" ", 4),tabla_ordenados[i,5]) | |
| 775 } | |
| 776 | |
| 777 ## | |
| 778 | |
| 779 | |
| 780 } | |
| 781 | |
| 782 #####Pairwise 5col-6col. NO espacios4 | |
| 783 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] != 3){ | |
| 784 linea5 <-c() | |
| 785 for(d in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,6])){ | |
| 786 if(d == 1){ | |
| 787 espacios5 <- rep(" ", 3) | |
| 788 } | |
| 789 if(d == 2){ | |
| 790 espacios5 <- rep(" ", 2) | |
| 791 } | |
| 792 if(d >= 3){ | |
| 793 espacios5 <- rep(" ", 1) | |
| 794 } | |
| 795 | |
| 796 ##################21junio2109############# | |
| 797 | |
| 798 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){ | |
| 799 espacios5 <- rep(" ", 2) | |
| 800 } | |
| 801 | |
| 802 ##################21junio2109############# | |
| 803 ###########03julio################ ############ | |
| 804 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 1 && tabla_ordenados_numcarac[i,4] == 3 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){ | |
| 805 # | |
| 806 # espacios5 <- "" | |
| 807 # } | |
| 808 | |
| 809 ###########03julio################ ############ | |
| 810 | |
| 811 | |
| 812 } | |
| 813 linea5 <- c(linea4, espacios5, tabla_ordenados[i,6]) | |
| 814 | |
| 815 | |
| 816 } | |
| 817 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 3){ | |
| 818 for(dd in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,6])){ | |
| 819 if(dd == 1){ | |
| 820 espacios55 <- rep(" ", 3) | |
| 821 } | |
| 822 | |
| 823 #14nov | |
| 824 if(dd == 1 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 3){ | |
| 825 espacios55 <- rep(" ", 1) | |
| 826 } | |
| 827 #14nov | |
| 828 | |
| 829 if(dd == 2){ | |
| 830 espacios55 <- rep(" ", 2) | |
| 831 } | |
| 832 if(dd >= 3){ | |
| 833 espacios55 <- rep(" ", 1) | |
| 834 } | |
| 835 | |
| 836 | |
| 837 } | |
| 838 linea5 <- c(linea4, espacios55, tabla_ordenados[i,6]) | |
| 839 | |
| 840 #------------------05sep2019------------# | |
| 841 | |
| 842 if(tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 1 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] >= 5){ | |
| 843 espacios55 <- rep(" ", 1) | |
| 844 linea5 <- c(linea4, espacios55, tabla_ordenados[i,6]) | |
| 845 } | |
| 846 | |
| 847 #------------------05sep2019------------# | |
| 848 | |
| 849 } | |
| 850 | |
| 851 | |
| 852 | |
| 853 | |
| 854 ######Pairwise 6col-7col | |
| 855 linea6 <- c() | |
| 856 if(tabla_ordenados_numcarac[i,7] == 5){ | |
| 857 espacios6 <- rep(" ", 7) | |
| 858 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7]) | |
| 859 | |
| 860 ###################21junio2109################# | |
| 861 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){ | |
| 862 espacios6 <- rep(" ", 6) | |
| 863 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7]) | |
| 864 } | |
| 865 | |
| 866 ###################21junio2109################# | |
| 867 | |
| 868 ## 03julio2019 ######### | |
| 869 | |
| 870 if(tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 4){ | |
| 871 espacios6 <- rep(" ", 6) | |
| 872 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7]) | |
| 873 } | |
| 874 | |
| 875 ## 03julio2019 ######### | |
| 876 | |
| 877 | |
| 878 } | |
| 879 | |
| 880 if(tabla_ordenados_numcarac[i,7] > 5){ | |
| 881 out_spaces <- tabla_ordenados_numcarac[i,7] - 5 | |
| 882 espacios6 <- rep(" ", (7-out_spaces)) | |
| 883 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7]) | |
| 884 | |
| 885 ###################21junio2109################# | |
| 886 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){ | |
| 887 out_spaces <- tabla_ordenados_numcarac[i,7] - 4 | |
| 888 espacios6 <- rep(" ", (7-out_spaces)) | |
| 889 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7]) | |
| 890 } | |
| 891 | |
| 892 ###################21junio2109################# | |
| 893 ## 03julio2019 ######### | |
| 894 | |
| 895 if(tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 4){ | |
| 896 out_spaces_2 <- tabla_ordenados_numcarac[i,7] - 4 | |
| 897 espacios6 <- rep(" ", (7-out_spaces_2)) | |
| 898 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7]) | |
| 899 } | |
| 900 | |
| 901 ## 03julio2019 ######### | |
| 902 | |
| 903 | |
| 904 } | |
| 905 | |
| 906 ######################################27mar2019 | |
| 907 # | |
| 908 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,4] == 5){ | |
| 909 # espacios6 <- rep(" ",5) | |
| 910 # linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7]) | |
| 911 # } | |
| 912 # | |
| 913 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,4] > 5){ | |
| 914 # espacios6 <- rep(" ",4) | |
| 915 # linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7]) | |
| 916 # } | |
| 917 | |
| 918 ######################################27mar2019 | |
| 919 | |
| 920 | |
| 921 #######Pairwise 7col-8col | |
| 922 linea7 <- c() | |
| 923 ajuste3 <- 0 | |
| 924 if(tabla_ordenados_numcarac[i,8] == 5){ | |
| 925 espacios7 <- rep(" ", 3) | |
| 926 linea7 <-c(linea6, espacios7, tabla_ordenados[i,8]) | |
| 927 } | |
| 928 if(tabla_ordenados_numcarac[i,8] == 6){ | |
| 929 espacios7 <- rep(" ", 2) | |
| 930 linea7 <-c(linea6, espacios7, tabla_ordenados[i,8]) | |
| 931 } | |
| 932 if(tabla_ordenados_numcarac[i,8] > 6){ | |
| 933 espacios7 <- rep(" ", 1) | |
| 934 linea7 <-c(linea6, espacios7, tabla_ordenados[i,8]) | |
| 935 } | |
| 936 | |
| 937 ########Pairwise 8col-9col | |
| 938 linea8 <- c() | |
| 939 ajuste4 <- 0 | |
| 940 if(tabla_ordenados_numcarac[i,9] == 5){ | |
| 941 espacios8 <- rep(" ", 3) | |
| 942 linea8 <-c(linea7, espacios8, tabla_ordenados[i,9]) | |
| 943 } | |
| 944 if(tabla_ordenados_numcarac[i,9] == 6){ | |
| 945 espacios8 <- rep(" ", 2) | |
| 946 linea8 <-c(linea7, espacios8, tabla_ordenados[i,9]) | |
| 947 } | |
| 948 if(tabla_ordenados_numcarac[i,9] > 6){ | |
| 949 espacios8 <- rep(" ", 1) | |
| 950 linea8 <-c(linea7, espacios8, tabla_ordenados[i,9]) | |
| 951 } | |
| 952 | |
| 953 #########Pairwise 9col-10col | |
| 954 linea9 <- c() | |
| 955 if(tabla_ordenados_numcarac[i,10] == 4){ | |
| 956 espacios9 <- rep(" ", 2) | |
| 957 linea9 <- c(linea8, espacios9, tabla_ordenados[i,10]) | |
| 958 } | |
| 959 if(tabla_ordenados_numcarac[i,10] > 4){ | |
| 960 espacios9 <- rep(" ", 1) | |
| 961 linea9 <- c(linea8, espacios9, tabla_ordenados[i,10]) | |
| 962 } | |
| 963 | |
| 964 ##########Pairwise 10col-11col | |
| 965 # linea10 <- c() | |
| 966 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,11] == 4){ | |
| 967 # espacios10 <- rep(" ", 2) | |
| 968 # linea10 <- c(linea9, espacios10, tabla_ordenados[i,11]) | |
| 969 # } | |
| 970 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,11] > 4){ | |
| 971 # espacios10 <- rep(" ", 1) | |
| 972 # linea10 <- c(linea9, espacios10, tabla_ordenados[i,11]) | |
| 973 # } | |
| 974 #22oct2018 | |
| 975 ##########Pairwise 10col-11col | |
| 976 linea10 <- c() | |
| 977 if(tabla_ordenados_numcarac[i,11] == 4){ | |
| 978 espacios10 <- rep(" ", 3) | |
| 979 linea10 <- c(linea9, espacios10, tabla_ordenados[i,11]) | |
| 980 } | |
| 981 if(tabla_ordenados_numcarac[i,11] == 5){ | |
| 982 espacios10 <- rep(" ", 2) | |
| 983 linea10 <- c(linea9, espacios10, tabla_ordenados[i,11]) | |
| 984 } | |
| 985 | |
| 986 if(tabla_ordenados_numcarac[i,11] > 5){ | |
| 987 espacios10 <- rep(" ", 1) | |
| 988 linea10 <- c(linea9, espacios10, tabla_ordenados[i,11]) | |
| 989 } | |
| 990 #22oct2018 | |
| 991 | |
| 992 | |
| 993 ###########Pairwise 11col-12col | |
| 994 linea11 <- c() | |
| 995 if(tabla_ordenados_numcarac[i,12] == 5){ | |
| 996 espacios11 <- rep(" ", 5) | |
| 997 linea11 <-c(linea10, espacios11, tabla_ordenados[i,12]) | |
| 998 } | |
| 999 ajuste5 <- 0 | |
| 1000 for(h in 6:tabla_ordenados_numcarac[i,12]){ | |
| 1001 if(tabla_ordenados_numcarac[i,12] > 5){ | |
| 1002 ajuste5 <- ajuste5 + 1 | |
| 1003 espacios11 <- rep(" ", (5-ajuste5)) | |
| 1004 ##espacios11 <- rep(" ", (5-ajuste5)) | |
| 1005 linea11 <-c(linea10, espacios11, tabla_ordenados[i,12]) | |
| 1006 } | |
| 1007 } | |
| 1008 | |
| 1009 ############Pairwise 12col-13col | |
| 1010 linea12 <- c(linea11," ", tabla_ordenados[i,13]) | |
| 1011 | |
| 1012 #TER | |
| 1013 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 3){ | |
| 1014 cabecera <- tabla_ordenados[i,1] | |
| 1015 for(w in 1:length(linea5)){ | |
| 1016 cabecera <- paste(cabecera,linea5[w], sep = "") | |
| 1017 } | |
| 1018 #write(cabecera, file = "1z95_wo_198andwater_ph7_MOD.pdbqt", append = TRUE) | |
| 1019 write(cabecera, file = args[2], append = TRUE) | |
| 1020 } | |
| 1021 | |
| 1022 #!= TER | |
| 1023 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] != 3){ | |
| 1024 cabecera <- tabla_ordenados[i,1] | |
| 1025 for(w in 1:length(linea12)){ | |
| 1026 cabecera <- paste(cabecera,linea12[w], sep = "") | |
| 1027 } | |
| 1028 #write(cabecera, file = "1z95_wo_198andwater_ph7_MOD.pdbqt", append = TRUE) | |
| 1029 write(cabecera, file = args[2], append = TRUE) | |
| 1030 } | |
| 1031 } | |
| 1032 | |
| 1033 #21junio2019 | |
| 1034 # #### Make file receptor_atm_types.txt to be paste in the GPF file ### | |
| 1035 | |
| 1036 prereceptor_atmtypes <- c() | |
| 1037 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){ | |
| 1038 if(tabla_ordenados[i,13] != ""){ | |
| 1039 prereceptor_atmtypes <- c(prereceptor_atmtypes, tabla_ordenados[i,13]) | |
| 1040 } | |
| 1041 } | |
| 1042 # | |
| 1043 receptor_atmtypes <- unique(prereceptor_atmtypes) | |
| 1044 # | |
| 1045 | |
| 1046 filtered_receptor <- c() | |
| 1047 for(i in 1:length(receptor_atmtypes)){ | |
| 1048 | |
| 1049 #print(receptor_atmtypes[i]) | |
| 1050 #print(is.na(as.numeric(receptor_atmtypes[i]))) | |
| 1051 | |
| 1052 if(suppressWarnings(is.na(as.numeric(receptor_atmtypes[i])))){ | |
| 1053 filtered_receptor <- c(filtered_receptor, receptor_atmtypes[i]) | |
| 1054 } | |
| 1055 | |
| 1056 } | |
| 1057 | |
| 1058 receptor_atmtypes <- filtered_receptor | |
| 1059 | |
| 1060 cabeceratm <- receptor_atmtypes[1] | |
| 1061 for(rat in 2:length(receptor_atmtypes)){ | |
| 1062 | |
| 1063 cabeceratm <- paste(cabeceratm, receptor_atmtypes[rat], sep = " ") | |
| 1064 } | |
| 1065 | |
| 1066 write(cabeceratm, file = receptor_types_file_out, append = FALSE) | |
| 1067 | |
| 1068 | |
| 1069 #21junio2019 | |
| 1070 | |
| 1071 | |
| 1072 | |
| 1073 | |
| 1074 # #::::::::06sep2019:::::::::::::::::# | |
| 1075 # | |
| 1076 # #Make the file receptor_types_file_out.txt removing duplicates and Na | |
| 1077 # #21junio2019 | |
| 1078 # | |
| 1079 # # | |
| 1080 # prereceptor_atmtypes <- c() | |
| 1081 # for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){ | |
| 1082 # if(tabla_ordenados[i,13] != ""){ | |
| 1083 # prereceptor_atmtypes <- c(prereceptor_atmtypes, tabla_ordenados[i,13]) | |
| 1084 # } | |
| 1085 # } | |
| 1086 # # | |
| 1087 # # #print(prereceptor_atmtypes) | |
| 1088 # # | |
| 1089 # receptor_atmtypes <- unique(prereceptor_atmtypes) | |
| 1090 # #21junio2019 | |
| 1091 # | |
| 1092 # quitar <- 0 | |
| 1093 # for(i in 1:length(receptor_atmtypes)){ | |
| 1094 # if(isTRUE(receptor_atmtypes[i] == "Na")){ | |
| 1095 # quitar <- i | |
| 1096 # break | |
| 1097 # } | |
| 1098 # } | |
| 1099 # | |
| 1100 # if(quitar == 0){ | |
| 1101 # cabeceratm <- receptor_atmtypes[1] | |
| 1102 # for(rat in 2:length(receptor_atmtypes)){ | |
| 1103 # cabeceratm <- paste(cabeceratm, receptor_atmtypes[rat], sep = " ") | |
| 1104 # } | |
| 1105 # | |
| 1106 # write(cabeceratm, file = "receptor_types_file_out.txt", append = FALSE) | |
| 1107 # } | |
| 1108 # | |
| 1109 # if(quitar != 0){ | |
| 1110 # receptor_atmtypes <- receptor_atmtypes[-quitar] | |
| 1111 # cabeceratm_types <- receptor_atmtypes[1] | |
| 1112 # for(at_t in 2:length(receptor_atmtypes)){ | |
| 1113 # cabeceratm_types <- paste(cabeceratm_types, receptor_atmtypes[at_t], sep = " ") | |
| 1114 # } | |
| 1115 # write(cabeceratm_types, file = "receptor_types_file_out.txt", append = FALSE) | |
| 1116 # } | |
| 1117 | |
| 1118 | |
| 1119 | |
| 1120 | |
| 1121 | |
| 1122 | |
| 1123 | |
| 1124 | |
| 1125 | |
| 1126 | |
| 1127 |