# HG changeset patch
# User bornea
# Date 1447178390 18000
# Node ID db1558c922623f7160422917da5252c7a4e19139

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diff -r 000000000000 -r db1558c92262 saint_preproc/<?xml version="1.0"?>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/saint_preproc/<?xml version="1.0"?>	Tue Nov 10 12:59:50 2015 -0500
@@ -0,0 +1,6 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool_dependency>
+    <set_environment version="1.0">
+        <environment_variable name="INSTALL_RUN_PATH" action="set_to">$REPOSITORY_INSTALL_DIR</environment_variable>   
+    </set_environment>-->
+</tool_dependency>
\ No newline at end of file
diff -r 000000000000 -r db1558c92262 saint_preproc/SAINT_preprocessing_v5.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/saint_preproc/SAINT_preprocessing_v5.xml	Tue Nov 10 12:59:50 2015 -0500
@@ -0,0 +1,91 @@
+<tool id="SAINT_preprocessing_v5" name="SAINT pre-processing">
+  <description></description>
+  <command interpreter="python">
+    #if (str($type) == 'Scaffold'):
+      SAINT_preprocessing_v6.py $input $preybool $fasta_db $Inter_file $Prey_file 
+      "
+        #for $ba in $bait
+         ${ba.bait1}
+         ${ba.assign}
+         ${ba.T_C}
+        #end for
+        "
+      $Bait_file \$INSTALL_RUN_PATH/
+    #elif (str($type) == 'MaxQuant'):
+      SAINT_preprocessing_v6_mq_pep.py $input $preybool $fasta_db $Inter_file $Prey_file 
+        "
+        #for $ba in $bait
+          ${ba.bait1}
+          ${ba.assign}
+          ${ba.T_C}
+        #end for
+        "
+      $Bait_file \$INSTALL_RUN_PATH/
+    #end if
+  </command>
+  <requirements>
+    <requirement type="set_environment">INSTALL_RUN_PATH</requirment>
+  </requirments>
+  <inputs>
+    <param type="select" name="type" label="MaxQuant or Scaffold">
+      <option value="MaxQuant">MaxQuant</option>
+      <option value="Scaffold">Scaffold</option> 
+    </param>
+    <param format="dat" name="input" type="data" label="Scaffold or MaxQuant proteinGroup Output"/>
+    <param type="boolean" name="preybool" checked="true" label="Create Prey File"/>
+    <param type="data" name="fasta_db" format="fasta"  label="Provide Uniprot Fasta database" />
+    <repeat name="bait" title="Bait Create">
+      <param name="bait1" type="text" size="100"/>
+      <param name="assign" type="text" size="100"/>
+      <param name="T_C" type="boolean" checked="true" label="Is this a Control?"/>
+    </repeat>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data format="txt" name="Inter_file" label="Inter File"/>    
+    <data format="txt" name="Prey_file" label="Prey File" />
+    <data format="txt" name="Bait_file" label="Bait File" />
+  </outputs>
+  <stdio>
+    <regex match="error"
+	   source="stdout"
+           level="fatal"
+           description="Unknown error"/>
+    <regex match="Error: bad bait"
+           source="stdout"
+           level="fatal"
+           description="Error: bad bait"/>
+  </stdio> 
+
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="input" value="fa_gc_content_input.fa"/>
+      <output name="out_file1" file="fa_gc_content_output.txt"/>
+    </test>
+  </tests>
+  <help>
+Pre-processing:
+APOSTL is able to recognize either a Scaffold "Samples Report" file (tab-delimited
+txt file) or the "peptides.txt" file output in the maxquant "txt" output folder. No
+modifications should be made to these files. Using the "Bait Create" tool, you can
+create your "bait.txt" file. It is important that the individual bait names match the
+bait names within your scaffold or maxquant output. APOSTL uses the bait file to find
+the user's baits of interest. Additionally there is an option to make the prey file (Y/N).
+When making a prey file, APOSTL queries uniprot in order to extract protein amino acid
+lengths and gene names. This takes several minutes depending on your internet connection. 
+Some users may want to run SAINTexpress using the same data set while changing which baits 
+are considered test or control. It is useful to toggle "Make Prey" off in order to save 
+time by circumventing this step as the same prey file can be used for both SAINTexpress 
+runs. 
+
+INPUTS:
+
+Scaffold file:
+
+- Scaffold "Samples Report" output (tab-delimited txt file)
+
+
+Maxquant file:
+
+- maxquant "peptides.txt" file (tab-delimited txt file)
+  </help>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r db1558c92262 saint_preproc/SAINT_preprocessing_v6.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/saint_preproc/SAINT_preprocessing_v6.py	Tue Nov 10 12:59:50 2015 -0500
@@ -0,0 +1,245 @@
+#######################################################################################
+# Python-code: SAINT pre-processing from Scaffold "Samples Report" output
+# Author: Brent Kuenzi
+#######################################################################################
+# This program reads in a raw Scaffold "Samples Report" output and a user generated
+# bait file and autoformats it into prey and interaction files for SAINTexpress 
+# analysis
+#######################################################################################
+import sys
+import urllib2
+import os.path
+#######################################################################################
+## REQUIRED INPUT ##
+
+# 1) infile: Scaffold "Samples Report" output
+# 2) baitfile: SAINT formatted bait file generated in Galaxy
+# 3) prey: Y or N for generating a prey file (requires internet connection)
+#######################################################################################
+infile = sys.argv[1] #Scaffold "Samples Report" output
+prey = sys.argv[2] # Y or N
+fasta_db = sys.argv[3]
+tool_path = sys.argv[8]
+if fasta_db == "None":
+    fasta_db = str(tool_path)  + "/SwissProt_HUMAN_2014_08.fasta"
+make_bait= sys.argv[5]
+
+
+baits = make_bait.split()
+i = 0
+bait_file_tmp = open("bait.txt", "wr")
+order = [] 
+bait_cache = []
+
+while i < len(baits):
+    if baits[i+2] == "true":
+        T_C = "C"
+    else:
+        T_C = "T"
+    line1 = baits[i] + "\t" + baits[i+1] + "\t" + T_C + "\n"
+    q = open(infile,"r")
+    for line2 in q:
+        line2 = line2.strip()
+        temp = line2.split('\t')
+        if "Quantitative Variance" in str(temp):
+            if baits[i] in temp:
+                number_bait = temp.index(str(baits[i]))
+                number_bait = number_bait - 9
+                bait_cache.append((number_bait, str(line1)))
+            else:
+                print "Error: bad bait " + str(baits[i])
+                sys.exit()
+        else: 
+            pass                    
+    i = i + 3
+
+bait_cache.sort()
+for line in bait_cache:
+    bait_file_tmp.write(line[1])            
+        
+bait_file_tmp.close()
+baitfile = "bait.txt" 
+
+class ReturnValue1(object):
+    def __init__(self, sequence, gene):
+     self.seqlength = sequence
+     self.genename = gene
+class ReturnValue2(object):
+    def __init__(self, getdata, getproteins, getheader):
+        self.data = getdata
+        self.proteins = getproteins
+        self.header = getheader
+
+def main(scaffold_input, baitfile): 
+    bait_check(baitfile, scaffold_input)
+    make_inter(scaffold_input)
+    if prey == 'true':
+        make_prey(scaffold_input)
+        no_error_inter(scaffold_input)
+        os.rename('prey.txt', sys.argv[5])
+    elif prey == 'false':
+        if os.path.isfile('error proteins.txt') == True:
+            no_error_inter(scaffold_input)
+        pass
+    elif prey != 'true' or 'false':
+        sys.exit("Invalid Prey Argument: Y or N")
+
+def get_info(uniprot_accession_in): # get aa lengths and gene name
+    error = open('error proteins.txt', 'a+')
+#    while True:
+#        i = 0
+#	try:  
+#            data = urllib2.urlopen("http://www.uniprot.org/uniprot/" + uniprot_accession_in + ".fasta")
+#            break
+#        except urllib2.HTTPError, err:
+#            i = i + 1
+#            if i == 50:
+#                sys.exit("More than 50 errors. Check your file or try again later.")
+#            if err.code == 404:
+#                error.write(uniprot_accession_in + '\t' + "Invalid URL. Check protein" + '\n')
+#                seqlength = 'NA'
+#                genename = 'NA'
+#                return ReturnValue1(seqlength, genename)
+#            elif err.code == 302:
+#                sys.exit("Request timed out. Check connection and try again.")
+#            else:
+#                sys.exit("Uniprot had some other error")
+#    lines = data.readlines()
+#    if lines == []:
+#        error.write(uniprot_accession_in + '\t' + "Blank Fasta" + '\n')
+#        error.close
+#        seqlength = 'NA'
+#        genename = 'NA'
+#        return ReturnValue1(seqlength, genename)
+#    if lines != []:
+#        seqlength = 0
+#        header = lines[0]
+#        for line in lines[1:]:
+#            line = line.replace("\n","") # strip \n or else it gets counted in the length
+#            seqlength += len(line) 
+#        if 'GN=' in header:
+#            lst = header.split('GN=')
+#            lst2 = lst[1].split(' ')
+#            genename = lst2[0]
+#            error.close
+#            return ReturnValue1(seqlength, genename)
+#        if 'GN=' not in header:
+#            genename = 'NA'
+#            error.close
+#            return ReturnValue1(seqlength, genename)
+    data = open(fasta_db,'r')
+    lines = data.readlines()
+    db_len = len(lines)
+    seqlength = 0
+    count = 0
+    for i in lines:           
+        if ">sp" in i:
+            if uniprot_accession_in == i.split("|")[1]:
+                match = count+1
+                if 'GN=' in i:
+                    lst = i.split('GN=')
+                    lst2 = lst[1].split(' ')
+                    genename = lst2[0]
+                if 'GN=' not in i:
+                    genename = 'NA'
+                while ">sp" not in lines[match]:
+                    if match <= db_len:
+                        seqlength = seqlength + len(lines[match].strip())
+                        match = match + 1
+                    else:
+                        break
+                return ReturnValue1(seqlength, genename)
+        count = count + 1
+        
+
+    if seqlength == 0:
+        error.write(uniprot_accession_in + '\t' + "Uniprot not in Fasta" + '\n')
+        error.close
+        seqlength = 'NA'
+        genename = 'NA'
+        return ReturnValue1(seqlength, genename)
+
+def readtab(infile):
+    with open(infile,'r') as x: # read in tab-delim text
+        output = []
+        for line in x:
+            line = line.strip()
+            temp = line.split('\t')
+            output.append(temp)
+    return output
+def read_scaffold(scaffold_input): # Get data, proteins and header from scaffold output
+    dupes = readtab(scaffold_input)
+    cnt = 0
+    for i in dupes:
+        cnt += 1
+        if i[0] == '#': # finds the start of second header
+            header_start = cnt-1
+    header = dupes[header_start]
+    prot_start = header.index("Accession Number")
+    data = dupes[header_start+1:len(dupes)-2] # cut off blank line and END OF FILE
+    proteins = []
+    for i in data:
+        i[4] = i[4].split()[0] # removes the (+##) that sometimes is attached
+    for protein in data:
+        proteins.append(protein[prot_start])
+    return ReturnValue2(data, proteins, header)
+def make_inter(scaffold_input):
+    bait = readtab(baitfile)
+    data = read_scaffold(scaffold_input).data
+    header = read_scaffold(scaffold_input).header
+    proteins = read_scaffold(scaffold_input).proteins
+    bait_index = []
+    for i in bait:
+        bait_index.append(header.index(i[0])) # Find just the baits defined in bait file
+    with open('inter.txt', 'w') as y:
+            a = 0; l=0
+            for bb in bait:
+                for lst in data:
+                    y.write(header[bait_index[l]] + '\t' + bb[1] + '\t' + proteins[a] + '\t' + lst[bait_index[l]] + '\n')
+                    a+=1
+                    if a == len(proteins):
+                        a = 0; l+=1
+def make_prey(scaffold_input):
+    proteins = read_scaffold(scaffold_input).proteins
+    output_file = open("prey.txt",'w')
+    for a in proteins:
+        a = a.replace("\n","") # remove \n for input into function
+        a = a.replace("\r","") # ditto for \r
+        seq = get_info(a).seqlength
+        GN = get_info(a).genename
+        if seq != 'NA':
+            output_file.write(a+"\t"+str(seq)+ "\t" + str(GN) + "\n")
+    output_file.close()
+def no_error_inter(scaffold_input): # remake inter file without protein errors from Uniprot
+    err = readtab("error proteins.txt")
+    bait = readtab(baitfile)
+    data = read_scaffold(scaffold_input).data
+    header = read_scaffold(scaffold_input).header
+    bait_index = []
+    for i in bait:
+        bait_index.append(header.index(i[0]))
+    proteins = read_scaffold(scaffold_input).proteins
+    errors = []
+    for e in err:
+        errors.append(e[0])
+    with open('inter.txt', 'w') as y:
+        l = 0; a = 0
+        for bb in bait:
+            for lst in data:
+                if proteins[a] not in errors:
+                    y.write(header[bait_index[l]] + '\t' + bb[1] + '\t' + proteins[a] + '\t' + lst[bait_index[l]] + '\n')
+                a+=1
+                if a == len(proteins):
+                    l += 1; a = 0
+def bait_check(bait, scaffold_input): # check that bait names share header titles
+    bait_in = readtab(bait)
+    header = read_scaffold(scaffold_input).header
+    for i in bait_in:
+        if i[0] not in header:
+            sys.exit("Bait must share header titles with Scaffold output")
+
+if __name__ == '__main__':
+    main(infile, baitfile)
+
+os.rename('inter.txt', sys.argv[4])
+os.rename("bait.txt", sys.argv[7])
diff -r 000000000000 -r db1558c92262 saint_preproc/SAINT_preprocessing_v6_mq_pep.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/saint_preproc/SAINT_preprocessing_v6_mq_pep.py	Tue Nov 10 12:59:50 2015 -0500
@@ -0,0 +1,262 @@
+#######################################################################################
+# Python-code: SAINT pre-processing from maxquant "Samples Report" output
+# Author: Brent Kuenzi
+#######################################################################################
+# This program reads in a raw maxquant "Samples Report" output and a user generated
+# bait file and autoformats it into prey and interaction files for SAINTexpress 
+# analysis
+#######################################################################################
+import sys
+import urllib2
+import os
+#######################################################################################
+## REQUIRED INPUT ##
+
+# 1) infile: maxquant "Samples Report" output
+# 2) baitfile: SAINT formatted bait file generated in Galaxy
+# 3) prey: Y or N for generating a prey file (requires internet connection)
+#######################################################################################
+mq_file = sys.argv[1]
+cmd = r"Rscript /home/bornea/galaxy_moffitt_dev/tools/Moffitt_Tools/bubblebeam/pre_process_protein_name_set.R " + str(mq_file) 
+os.system(cmd)
+
+infile = "./tukeys_output.txt" #maxquant "Samples Report" output
+prey = sys.argv[2] # Y or N
+fasta_db = sys.argv[3]
+if fasta_db == "None":
+    fasta_db = "/home/bornea/galaxy_moffitt_dev/tools/Moffitt_Tools/bubblebeam/SwissProt_HUMAN_2014_08.fasta"
+make_bait= sys.argv[6]
+
+def bait_create(baits, infile):
+    #Takes the Bait specified by the user and makes them into a Bait file and includes a check to make sure they are using valid baits.
+    baits = make_bait.split()
+    i = 0
+    bait_file_tmp = open("bait.txt", "wr")
+    order = [] 
+    bait_cache = []
+    while i < len(baits):
+        if baits[i+2] == "true":
+            T_C = "C"
+        else:
+            T_C = "T"
+        line1 = baits[i] + "\t" + baits[i+1] + "\t" + T_C + "\n"
+        q = open(infile,"r")
+        for line2 in q:
+           line2 = line2.replace("\"", "")
+           line2 = line2.replace(r"Intensity.", "") #R coerces "-" into "." this changes them back and remove Intensity from the Bait names.
+           line2 = line2.replace(r".", r"-")
+           temp = line2.split()
+           if "mapped_protein" in str(temp):
+                #If the bait is in the original file then write to cache it if not exit.
+                if baits[i] in temp:
+                    number_bait = temp.index(str(baits[i]))
+                    number_bait = number_bait - 9
+                    bait_cache.append((number_bait, str(line1)))
+                else:
+                    print "Error: bad bait " + str(baits[i])
+                    sys.exit()
+           else: 
+                pass                    
+        i = i + 3
+    #Writes cache to file.
+    bait_cache.sort()
+    for line in bait_cache:
+        bait_file_tmp.write(line[1])            
+        
+    bait_file_tmp.close()  
+
+
+baitfile = "bait.txt"
+
+class ReturnValue1(object):
+    def __init__(self, sequence, gene):
+     self.seqlength = sequence
+     self.genename = gene
+class ReturnValue2(object):
+    def __init__(self, getdata, getproteins, getheader):
+        self.data = getdata
+        self.proteins = getproteins
+        self.header = getheader
+
+def main(maxquant_input, make_bait):  
+    bait_create(make_bait, infile)
+    baitfile = "bait.txt"
+    #bait_check(baitfile, maxquant_input)
+    make_inter(maxquant_input)
+    if prey == 'true':
+        make_prey(maxquant_input)
+        no_error_inter(maxquant_input)
+        os.rename('prey.txt', sys.argv[5])
+    elif prey == 'false':
+        if os.path.isfile('error proteins.txt') == True:
+            no_error_inter(maxquant_input)
+        pass
+    elif prey != 'true' or 'false':
+        sys.exit("Invalid Prey Argument: Y or N")
+    os.rename('inter.txt', sys.argv[4])
+    os.rename("bait.txt", sys.argv[7])
+
+
+def get_info(uniprot_accession_in): # get aa lengths and gene name
+    error = open('error proteins.txt', 'a+')
+#    while True:
+#        i = 0
+#	try:  
+#            data = urllib2.urlopen("http://www.uniprot.org/uniprot/" + uniprot_accession_in + ".fasta")
+#            break
+#        except urllib2.HTTPError, err:
+#            i = i + 1
+#            if i == 50:
+#                sys.exit("More than 50 errors. Check your file or try again later.")
+#            if err.code == 404:
+#                error.write(uniprot_accession_in + '\t' + "Invalid URL. Check protein" + '\n')
+#                seqlength = 'NA'
+#                genename = 'NA'
+#                return ReturnValue1(seqlength, genename)
+#            elif err.code == 302:
+#                sys.exit("Request timed out. Check connection and try again.")
+#            else:
+#                sys.exit("Uniprot had some other error")
+#
+#
+#    if lines == []:
+#        error.write(uniprot_accession_in + '\t' + "Blank Fasta" + '\n')
+#        error.close
+# if lines == []:
+#        error.write(uniprot_accession_in + '\t' + "Blank Fasta" + '\n')
+#        error.close
+#        seqlength = 'NA'
+#        genename = 'NA'
+#        return ReturnValue1(seqlength, genename)
+#    if lines != []:
+#        seqlength = 0
+#        header = lines[0]
+#        for line in lines[1:]:
+#            line = line.replace("\n","") # strip \n or else it gets counted in the length
+#            seqlength += len(line) 
+#        if 'GN=' in header:
+#            lst = header.split('GN=')
+#            lst2 = lst[1].split(' ')
+#            genename = lst2[0]
+#            error.close
+#            return ReturnValue1(seqlength, genename)
+#        if 'GN=' not in header:
+#            genename = 'NA'
+#            error.close
+#            return ReturnValue1(seqlength, genename)
+
+    data = open(fasta_db,'r')
+    lines = data.readlines()
+    db_len = len(lines)
+    seqlength = 0
+    count = 0
+    for i in lines:           
+        if ">sp" in i:
+            if uniprot_accession_in == i.split("|")[1]:
+                match = count+1
+                if 'GN=' in i:
+                    lst = i.split('GN=')
+                    lst2 = lst[1].split(' ')
+                    genename = lst2[0]
+                if 'GN=' not in i:
+                    genename = 'NA'
+                while ">sp" not in lines[match]:
+                    if match <= db_len:
+                        seqlength = seqlength + len(lines[match].strip())
+                        match = match + 1
+                    else:
+                        break
+                return ReturnValue1(seqlength, genename)
+        count = count + 1
+        
+
+    if seqlength == 0:
+        error.write(uniprot_accession_in + '\t' + "Uniprot not in Fasta" + '\n')
+        error.close
+        seqlength = 'NA'
+        genename = 'NA'
+        return ReturnValue1(seqlength, genename)
+
+
+def readtab(infile):
+    with open(infile,'r') as x: # read in tab-delim text
+        output = []
+        for line in x:
+            line = line.strip()
+            temp = line.split('\t')
+            output.append(temp)
+    return output
+def read_maxquant(maxquant_input): # Get data, proteins and header from maxquant output
+    dupes = readtab(maxquant_input)
+    header_start = 0 
+    header = dupes[header_start]
+    for i in header:
+        i = i.replace(r"\"", "")
+        i = i.replace(r"Intensity.", r"")
+        i = i.replace(r".", r"-")
+    data = dupes[header_start+1:len(dupes)] #cut off blank line and END OF FILE
+    proteins = []
+    for protein in data:
+        proteins.append(protein[0])
+    return ReturnValue2(data, proteins, header)
+def make_inter(maxquant_input):
+    bait = readtab(baitfile)
+    data = read_maxquant(maxquant_input).data
+    header = read_maxquant(maxquant_input).header
+    proteins = read_maxquant(maxquant_input).proteins
+    bait_index = []
+    for i in bait:
+        bait_index.append(header.index("mapped_protein") + 1) # Find just the baits defined in bait file
+    with open('inter.txt', 'w') as y:
+            a = 0; l=0
+            for bb in bait:
+                for lst in data:
+                    y.write(header[bait_index[l]] + '\t' + bb[1] + '\t' + proteins[a] + '\t' + lst[bait_index[l]] + '\n')
+                    a+=1
+                    if a == len(proteins):
+                        a = 0; l+=1
+def make_prey(maxquant_input):
+    proteins = read_maxquant(maxquant_input).proteins
+    output_file = open("prey.txt",'w')
+    for a in proteins:
+        a = a.replace("\n","") # remove \n for input into function
+        a = a.replace("\r","") # ditto for \r
+        seq = get_info(a).seqlength
+        GN = get_info(a).genename
+        if seq != 'NA':
+            output_file.write(a+"\t"+str(seq)+ "\t" + str(GN) + "\n")
+    output_file.close()
+def no_error_inter(maxquant_input): # remake inter file without protein errors from Uniprot
+    err = readtab("error proteins.txt")
+    bait = readtab(baitfile)
+    data = read_maxquant(maxquant_input).data
+    header = read_maxquant(maxquant_input).header
+    header = [i.replace(r"\"", "") for i in header]
+    header = [i.replace(r"Intensity.", r"") for i in header]
+    header = [i.replace(r".", r"-") for i in header]
+    print header
+    bait_index = []
+    for i in bait:
+        bait_index.append(header.index(i[0]))
+    proteins = read_maxquant(maxquant_input).proteins
+    errors = []
+    for e in err:
+        errors.append(e[0])
+    with open('inter.txt', 'w') as y:
+        l = 0; a = 0
+        for bb in bait:
+            for lst in data:
+                if proteins[a] not in errors:
+                    y.write(header[bait_index[l]] + '\t' + bb[1] + '\t' + proteins[a] + '\t' + lst[bait_index[l]] + '\n')
+                a+=1
+                if a == len(proteins):
+                    l += 1; a = 0
+def bait_check(bait, maxquant_input): # check that bait names share header titles
+    bait_in = readtab(bait)
+    header = read_maxquant(maxquant_input).header
+    for i in bait_in:
+        if i[0] not in header:
+            sys.exit("Bait must share header titles with maxquant output")
+
+if __name__ == '__main__':
+    main(infile, make_bait)
diff -r 000000000000 -r db1558c92262 saint_preproc/pre_process_protein_name_set.R
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/saint_preproc/pre_process_protein_name_set.R	Tue Nov 10 12:59:50 2015 -0500
@@ -0,0 +1,77 @@
+library(data.table)
+library(affy)
+library(stringr)
+library(mygene)
+library(VennDiagram)
+#####
+#data
+main <- function(peptides_file) {
+	peptides_file = read.delim(peptides_file,header=TRUE,stringsAsFactors=FALSE,fill=TRUE)
+  peptides_txt = peptides_file
+	intensity_columns = names(peptides_txt[,str_detect(names(peptides_txt),"Intensity\\.*")]) #Pulls out all lines with Intensity in them.
+	intensity_columns = intensity_columns[2:length(intensity_columns)] #Removes the first column that does not have a bait. 
+	peptides_txt_mapped = as.data.frame(map_peptides_proteins(peptides_txt)) #This function as below sets every line to a 1 to 1 intensity to each possible protein.
+	peptides_txt_mapped$Uniprot = str_extract(peptides_txt_mapped$mapped_protein, "[OPQ][0-9][A-Z0-9]{3}[0-9]|[A-NR-Z][0-9]([A-Z][A-Z0-9]{2}[0-9]){1,2}") #Pulls out just Uniprot id from the script.
+	peptides_txt_mapped = subset(peptides_txt_mapped,!is.na(Uniprot)) #removes reverse sequences and any that didn't match a uniprot accession
+	columns_comb = c("Uniprot", intensity_columns) 
+	peptides_mapped_intensity = subset(peptides_txt_mapped, select = columns_comb) #Subsets out only the needed cloumns for Tukeys (Uniprot IDS and baited intensities)
+	swissprot_fasta = scan("/home/philip/galaxy/tools/Moffitt_Tools/uniprot_names.txt",what="character")
+	peptides_txt_mapped_log2 = peptides_mapped_intensity
+  # Takes the log2 of the intensities. 
+	for (i in intensity_columns) { 
+		peptides_txt_mapped_log2[,i] = log2(subset(peptides_txt_mapped_log2, select = i))
+	}
+  #get the minimum from each column while ignoring the -Inf; get the min of these mins for the global min; breaks when there's only one intensity column 
+	global_min = min(apply(peptides_txt_mapped_log2[,2:ncol(peptides_txt_mapped_log2)],2,function(x) {
+	  min(x[x != -Inf])
+	}))
+	peptides_txt_mapped_log2[peptides_txt_mapped_log2 == -Inf] <- 0
+  #uniprot accessions WITHOUT isoforms; it looks like only contaminants contain isoforms anyways
+	mapped_protein_uniprotonly = str_extract(peptides_txt_mapped_log2$Uniprot,"[OPQ][0-9][A-Z0-9]{3}[0-9]|[A-NR-Z][0-9]([A-Z][A-Z0-9]{2}[0-9]){1,2}") 
+	mapped_protein_uniprot_accession = str_extract(peptides_txt_mapped_log2$Uniprot,"[OPQ][0-9][A-Z0-9]{3}[0-9](-[0-9]+)?|[A-NR-Z][0-9]([A-Z][A-Z0-9]{2}[0-9]){1,2}(-[0-9]+)?|[OPQ][0-9][A-Z0-9]{3}[0-9]|[A-NR-Z][0-9]([A-Z][A-Z0-9]{2}[0-9]){1,2}")
+	peptides_txt_mapped_log2$mapped_protein = mapped_protein_uniprotonly
+  # Runs the Tukey function returning completed table
+  peptides_txt_mapped_log2 = subset(peptides_txt_mapped_log2,mapped_protein %in% swissprot_fasta)
+	protein_intensities_tukeys = get_protein_values(peptides_txt_mapped_log2,intensity_columns)
+  protein_intensities_tukeys[protein_intensities_tukeys == 1] <- 0
+  write.table(protein_intensities_tukeys, "./tukeys_output.txt", row.names = FALSE, col.names = TRUE, quote = FALSE, sep = "\t")	
+
+}
+
+map_peptides_proteins = function(peptides_in) {
+    #reverse sequences are blank but have a razor protein indicating that they are reverse; exclude these for now
+    peptides_in = subset(peptides_in,peptides_in$Proteins != "")
+    results_list = list()
+    k = 1
+    for (i in 1:nrow(peptides_in)) {
+        protein_names = peptides_in[i,"Proteins"]
+        protein_names_split = unlist(strsplit(protein_names,";"))
+        for (j in 1:length(protein_names_split)) {
+            peptides_mapped_proteins = data.frame(peptides_in[i,],mapped_protein=protein_names_split[j],stringsAsFactors=FALSE)
+            results_list[[k]] = peptides_mapped_proteins
+            k = k+1
+            
+        }
+    }
+    return(rbindlist(results_list))
+}
+
+get_protein_values = function(mapped_peptides_in,intensity_columns_list) {
+  unique_mapped_proteins_list = unique(mapped_peptides_in$mapped_protein) # Gets list of all peptides listed.
+  # Generates a blank data frame with clomns of Intensities and rows of Uniprots.
+  Tukeys_df = data.frame(mapped_protein = unique_mapped_proteins_list, stringsAsFactors = FALSE ) 
+  for (q in intensity_columns_list) {Tukeys_df[,q] = NA}
+  for (i in 1:length(unique_mapped_proteins_list)) {
+    mapped_peptides_unique_subset = subset(mapped_peptides_in, mapped_protein == unique_mapped_proteins_list[i])
+    #calculate Tukey's Biweight from library(affy); returns a single numeric
+    #results_list[[i]] = data.frame(Protein=unique_mapped_proteins_list[i],Peptides_per_protein=nrow(mapped_peptides_unique_subset))
+    for (j in intensity_columns_list) {
+      #Populates with new Tukeys values.
+      Tukeys_df[i,j] = 2^(tukey.biweight(mapped_peptides_unique_subset[,j]))
+    }
+  }
+  return(Tukeys_df)
+}
+
+args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
+main(args[1])
diff -r 000000000000 -r db1558c92262 saint_preproc/uniprot_names.txt
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/saint_preproc/uniprot_names.txt	Tue Nov 10 12:59:50 2015 -0500
@@ -0,0 +1,218965 @@
+"x"
+
+
+
+
+
+"P62258"
+
+
+
+
+
+"Q04917"
+
+
+
+
+
+"P61981"
+
+
+
+
+
+"P31947"
+
+
+
+
+
+"P27348"
+
+
+
+
+
+"P63104"
+
+
+
+
+
+"P30443"
+
+
+
+
+
+
+
+"P01892"
+
+
+
+
+
+
+
+"P04439"
+
+
+
+
+
+
+
+"P13746"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q96QU6"
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+"Q4AC99"
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+"P30447"
+
+
+
+
+
+
+
+"P05534"
+
+
+
+
+
+
+
+"P18462"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30450"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30512"
+
+
+
+
+
+
+
+"P16188"
+
+
+
+
+
+
+
+"P16189"
+
+
+
+
+
+
+
+"P10314"
+
+
+
+
+
+
+
+"P16190"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30453"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30455"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30456"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30457"
+
+
+
+
+
+
+
+"P01891"
+
+
+
+
+
+
+
+"P10316"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30459"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q09160"
+
+
+
+
+
+
+
+"P01889"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30460"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30461"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30462"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30464"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30466"
+
+
+
+
+
+
+
+"P03989"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30685"
+
+
+
+
+
+
+
+"P18463"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q95365"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30475"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q04826"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30479"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30480"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30481"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30483"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30484"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30486"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30485"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30487"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30488"
+
+
+
+
+
+
+
+"P18464"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30490"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30491"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30492"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30493"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30495"
+
+
+
+
+
+
+
+"P18465"
+
+
+
+
+
+
+
+"P10319"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q29940"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q29836"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30498"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q31612"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q31610"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q29718"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30499"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30501"
+
+
+
+
+
+
+
+"P04222"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30504"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q9TNN7"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q29963"
+
+
+
+
+
+
+
+"P10321"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30505"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30508"
+
+
+
+
+
+
+
+"P30510"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q07000"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q29960"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q95604"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q29865"
+
+
+
+
+
+
+
+"Q15172"
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+"Q15173"
+
+
+
+
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