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changeset 19:1239f24962d8 draft
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| author | charles-bernard |
|---|---|
| date | Tue, 11 Oct 2016 11:08:33 -0400 |
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| files | ALFA/alfa_wrapper.sh |
| diffstat | 1 files changed, 6 insertions(+), 4 deletions(-) [+] |
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--- a/ALFA/alfa_wrapper.sh Tue Oct 11 09:18:48 2016 -0400 +++ b/ALFA/alfa_wrapper.sh Tue Oct 11 11:08:33 2016 -0400 @@ -3,8 +3,10 @@ ######################################################################################################### # ARGUMENTS FROM alfa_wrapper.xml # ######################################################################################################### -configFile=$1; -logReport=$2; +galaxyRoot=$1; +toolDir=$2 +configFile=$3; +logReport=$4; sed -i -e '/^$/d; s/\t//g;' $configFile; printf "__________________________________________________________________\n\n" > $logReport printf " ALFA CONFIG \n" >> $logReport @@ -68,7 +70,7 @@ ######################################################################################################### # CREATION OF A TMP DIRECTORY FOR THE OUTPUT FILES OF ALFA AND cd # ######################################################################################################### -outputDirectory=`mktemp -d /export/home1/users/biocomp/chbernar/galaxy/database/tmp/tmpXXXXXX`; +outputDirectory=`mktemp -d "$galaxyRoot"/database/tmp/tmpXXXXXX`; if [ -d $outputDirectory ]; then chmod -R ugo+wrx $outputDirectory; rm -R $outputDirectory; @@ -115,7 +117,7 @@ ######################################################################################################### # DETERMINATION OF THE APPROPRIATE SCRIPTS ARGUMENTS # ######################################################################################################### -scriptPath="/export/home1/users/biocomp/chbernar/galaxy/tools/alfa/"; +scriptPath="$toolDir/"; if [ "$annotationSource" == "index" ]; then scriptInput="-g $index -i ""$readsInput"; elif [ "$annotationSource" == "built_in_index" ]; then