# HG changeset patch
# User chemteam
# Date 1613512556 0
# Node ID 2417677038b2e214de9ddc0a4c150e88da5099bb
# Parent  27ee142314a91c3525fd608a3c4eeff492fe1a7f
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit 3c440a43396b4d815ef35f45ed562e22bf37c028"

diff -r 27ee142314a9 -r 2417677038b2 acpype.xml
--- a/acpype.xml	Mon Jan 25 11:15:57 2021 +0000
+++ b/acpype.xml	Tue Feb 16 21:55:56 2021 +0000
@@ -2,7 +2,7 @@
     <description>using acpype</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
-        <token name="@GALAXY_VERSION@">0</token>
+        <token name="@GALAXY_VERSION@">1</token>
     </macros>
     <expand macro="requirements">
         <requirement type="package" version="2020.10.24.12.16">acpype</requirement>
@@ -14,6 +14,7 @@
             -b base
             -m '$multiplicity'
             -a '$atomtype'
+            -c '$charge_method'
             -o gmx
     ]]></command>
     <inputs>
@@ -26,6 +27,11 @@
             <option value="gaff2">gaff2</option>
             <option value="amber2">AMBER14SB + gaff2</option>
         </param>
+        <param name="charge_method" type="select" value="bcc" label="Charge method">
+            <option value="bcc">bcc (default)</option>
+            <option value="gas">gas</option>
+            <option value="user">charges provided by user in mol2 file</option>
+        </param>
         <param name="save_gro" type="boolean" value="false" label="Save GRO file?" help="Save atomic coordinates of ligand in GRO format."/>
     </inputs>
     <outputs>
@@ -38,6 +44,7 @@
         <test>
             <param name="input1" value="JZ4.mol2"/>
             <param name="save_gro" value="True"/>
+            <param name="charge_method" value="bcc"/>
             <output name="output">
                 <assert_contents>
                     <has_line line="[ atoms ]"/>
@@ -47,6 +54,12 @@
             </output>
             <output name="gro_output" file="base_GMX.gro" lines_diff="2"/>
         </test>
+        <test>
+            <param name="input1" value="LigA_output.mol2"/>
+            <param name="save_gro" value="false"/>
+            <param name="charge_method" value="user"/>
+            <output name="output" file="LigA_output.top" lines_diff="26"/>
+        </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
 Tool to produce GROMACS topologies for small molecules using the acpype interface to AmberTools.
diff -r 27ee142314a9 -r 2417677038b2 test-data/LigA_output.top
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/LigA_output.top	Tue Feb 16 21:55:56 2021 +0000
@@ -0,0 +1,239 @@
+; base_GMX.itp created by acpype (v: 2020-10-24T12:16:34CEST) on Tue Feb 16 21:55:09 2021
+
+[ atomtypes ]
+;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
+ c2       c2          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
+ ha       ha          0.00000  0.00000   A     2.59964e-01   6.27600e-02 ; 1.46  0.0150
+ ce       ce          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
+ c        c           0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
+ o        o           0.00000  0.00000   A     2.95992e-01   8.78640e-01 ; 1.66  0.2100
+ os       os          0.00000  0.00000   A     3.00001e-01   7.11280e-01 ; 1.68  0.1700
+ c3       c3          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   4.57730e-01 ; 1.91  0.1094
+ h1       h1          0.00000  0.00000   A     2.47135e-01   6.56888e-02 ; 1.39  0.0157
+ oh       oh          0.00000  0.00000   A     3.06647e-01   8.80314e-01 ; 1.72  0.2104
+ ho       ho          0.00000  0.00000   A     0.00000e+00   0.00000e+00 ; 0.00  0.0000
+
+[ moleculetype ]
+;name            nrexcl
+ base             3
+
+[ atoms ]
+;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
+     1   c2     1   MOL     C    1    -0.311000     12.01000 ; qtot -0.311
+     2   ha     1   MOL     H    2     0.109500      1.00800 ; qtot -0.202
+     3   ha     1   MOL    H1    3     0.109500      1.00800 ; qtot -0.092
+     4   ce     1   MOL    C1    4     0.022900     12.01000 ; qtot -0.069
+     5    c     1   MOL    C2    5     0.384200     12.01000 ; qtot 0.315
+     6    o     1   MOL     O    6    -0.575500     16.00000 ; qtot -0.260
+     7    o     1   MOL    O1    7    -0.575500     16.00000 ; qtot -0.836
+     8   os     1   MOL    O2    8    -0.351900     16.00000 ; qtot -1.188
+     9   c3     1   MOL    C3    9     0.157300     12.01000 ; qtot -1.031
+    10   h1     1   MOL    H2   10     0.051700      1.00800 ; qtot -0.979
+    11   c2     1   MOL    C4   11    -0.174200     12.01000 ; qtot -1.153
+    12   ha     1   MOL    H3   12     0.141000      1.00800 ; qtot -1.012
+    13   ce     1   MOL    C5   13    -0.149200     12.01000 ; qtot -1.161
+    14   ce     1   MOL    C6   14    -0.081000     12.01000 ; qtot -1.242
+    15   ha     1   MOL    H4   15     0.142000      1.00800 ; qtot -1.100
+    16   c2     1   MOL    C7   16    -0.248200     12.01000 ; qtot -1.348
+    17   ha     1   MOL    H5   17     0.104000      1.00800 ; qtot -1.244
+    18   c3     1   MOL    C8   18     0.131300     12.01000 ; qtot -1.113
+    19   h1     1   MOL    H6   19     0.151700      1.00800 ; qtot -0.961
+    20   oh     1   MOL    O3   20    -0.614800     16.00000 ; qtot -1.576
+    21   ho     1   MOL    H7   21     0.374000      1.00800 ; qtot -1.202
+    22    c     1   MOL    C9   22     0.376200     12.01000 ; qtot -0.826
+    23    o     1   MOL    O4   23    -0.587000     16.00000 ; qtot -1.413
+    24    o     1   MOL    O5   24    -0.587000     16.00000 ; qtot -2.000
+
+[ bonds ]
+;   ai     aj funct   r             k
+     1      2   1    1.0879e-01    2.8711e+05 ;      C - H     
+     1      3   1    1.0879e-01    2.8711e+05 ;      C - H1    
+     1      4   1    1.3461e-01    4.5798e+05 ;      C - C1    
+     4      5   1    1.4825e-01    2.9665e+05 ;     C1 - C2    
+     4      8   1    1.3710e-01    3.1372e+05 ;     C1 - O2    
+     5      6   1    1.2183e-01    5.3363e+05 ;     C2 - O     
+     5      7   1    1.2183e-01    5.3363e+05 ;     C2 - O1    
+     8      9   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;     O2 - C3    
+     9     10   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;     C3 - H2    
+     9     11   1    1.5095e-01    2.7347e+05 ;     C3 - C4    
+     9     18   1    1.5375e-01    2.5179e+05 ;     C3 - C8    
+    11     12   1    1.0879e-01    2.8711e+05 ;     C4 - H3    
+    11     13   1    1.3461e-01    4.5798e+05 ;     C4 - C5    
+    13     14   1    1.4574e-01    3.2033e+05 ;     C5 - C6    
+    13     22   1    1.4825e-01    2.9665e+05 ;     C5 - C9    
+    14     15   1    1.0883e-01    2.8660e+05 ;     C6 - H4    
+    14     16   1    1.3461e-01    4.5798e+05 ;     C6 - C7    
+    16     17   1    1.0879e-01    2.8711e+05 ;     C7 - H5    
+    16     18   1    1.5095e-01    2.7347e+05 ;     C7 - C8    
+    18     19   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;     C8 - H6    
+    18     20   1    1.4233e-01    2.6501e+05 ;     C8 - O3    
+    20     21   1    9.7300e-02    3.1079e+05 ;     O3 - H7    
+    22     23   1    1.2183e-01    5.3363e+05 ;     C9 - O4    
+    22     24   1    1.2183e-01    5.3363e+05 ;     C9 - O5    
+
+[ pairs ]
+;   ai     aj    funct
+     1      6      1 ;      C - O     
+     1      7      1 ;      C - O1    
+     1      9      1 ;      C - C3    
+     2      5      1 ;      H - C2    
+     2      8      1 ;      H - O2    
+     3      5      1 ;     H1 - C2    
+     3      8      1 ;     H1 - O2    
+     4     10      1 ;     C1 - H2    
+     4     11      1 ;     C1 - C4    
+     4     18      1 ;     C1 - C8    
+     5      9      1 ;     C2 - C3    
+     6      8      1 ;      O - O2    
+     7      8      1 ;     O1 - O2    
+     8     12      1 ;     O2 - H3    
+     8     13      1 ;     O2 - C5    
+     8     16      1 ;     O2 - C7    
+     8     19      1 ;     O2 - H6    
+     8     20      1 ;     O2 - O3    
+     9     14      1 ;     C3 - C6    
+     9     17      1 ;     C3 - H5    
+     9     21      1 ;     C3 - H7    
+     9     22      1 ;     C3 - C9    
+    10     12      1 ;     H2 - H3    
+    10     13      1 ;     H2 - C5    
+    10     16      1 ;     H2 - C7    
+    10     19      1 ;     H2 - H6    
+    10     20      1 ;     H2 - O3    
+    11     15      1 ;     C4 - H4    
+    11     16      1 ;     C4 - C7    
+    11     19      1 ;     C4 - H6    
+    11     20      1 ;     C4 - O3    
+    11     23      1 ;     C4 - O4    
+    11     24      1 ;     C4 - O5    
+    12     14      1 ;     H3 - C6    
+    12     18      1 ;     H3 - C8    
+    12     22      1 ;     H3 - C9    
+    13     17      1 ;     C5 - H5    
+    13     18      1 ;     C5 - C8    
+    14     19      1 ;     C6 - H6    
+    14     20      1 ;     C6 - O3    
+    14     23      1 ;     C6 - O4    
+    14     24      1 ;     C6 - O5    
+    15     17      1 ;     H4 - H5    
+    15     18      1 ;     H4 - C8    
+    15     22      1 ;     H4 - C9    
+    16     21      1 ;     C7 - H7    
+    16     22      1 ;     C7 - C9    
+    17     19      1 ;     H5 - H6    
+    17     20      1 ;     H5 - O3    
+    19     21      1 ;     H6 - H7    
+
+[ angles ]
+;   ai     aj     ak    funct   theta         cth
+     1      4      5      1    1.2042e+02    5.4810e+02 ;      C - C1     - C2    
+     1      4      8      1    1.2370e+02    5.8660e+02 ;      C - C1     - O2    
+     2      1      3      1    1.1690e+02    3.1882e+02 ;      H - C      - H1    
+     2      1      4      1    1.2045e+02    4.1422e+02 ;      H - C      - C1    
+     3      1      4      1    1.2045e+02    4.1422e+02 ;     H1 - C      - C1    
+     4      5      6      1    1.2320e+02    5.7572e+02 ;     C1 - C2     - O     
+     4      5      7      1    1.2320e+02    5.7572e+02 ;     C1 - C2     - O1    
+     4      8      9      1    1.1609e+02    5.2718e+02 ;     C1 - O2     - C3    
+     5      4      8      1    1.1467e+02    5.7404e+02 ;     C2 - C1     - O2    
+     6      5      7      1    1.3025e+02    6.5187e+02 ;      O - C2     - O1    
+     8      9     10      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;     O2 - C3     - H2    
+     8      9     11      1    1.0856e+02    5.7321e+02 ;     O2 - C3     - C4    
+     8      9     18      1    1.0797e+02    5.6902e+02 ;     O2 - C3     - C8    
+     9     11     12      1    1.1568e+02    3.8409e+02 ;     C3 - C4     - H3    
+     9     11     13      1    1.2315e+02    5.3555e+02 ;     C3 - C4     - C5    
+     9     18     16      1    1.1156e+02    5.3053e+02 ;     C3 - C8     - C7    
+     9     18     19      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;     C3 - C8     - H6    
+     9     18     20      1    1.1019e+02    5.6484e+02 ;     C3 - C8     - O3    
+    10      9     11      1    1.0996e+02    3.9413e+02 ;     H2 - C3     - C4    
+    10      9     18      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;     H2 - C3     - C8    
+    11      9     18      1    1.1156e+02    5.3053e+02 ;     C4 - C3     - C8    
+    11     13     14      1    1.2326e+02    5.4727e+02 ;     C4 - C5     - C6    
+    11     13     22      1    1.2042e+02    5.4810e+02 ;     C4 - C5     - C9    
+    12     11     13      1    1.2045e+02    4.1422e+02 ;     H3 - C4     - C5    
+    13     14     15      1    1.1665e+02    3.9497e+02 ;     C5 - C6     - H4    
+    13     14     16      1    1.2326e+02    5.4727e+02 ;     C5 - C6     - C7    
+    13     22     23      1    1.2320e+02    5.7572e+02 ;     C5 - C9     - O4    
+    13     22     24      1    1.2320e+02    5.7572e+02 ;     C5 - C9     - O5    
+    14     13     22      1    1.2098e+02    5.2802e+02 ;     C6 - C5     - C9    
+    14     16     17      1    1.2045e+02    4.1422e+02 ;     C6 - C7     - H5    
+    14     16     18      1    1.2315e+02    5.3555e+02 ;     C6 - C7     - C8    
+    15     14     16      1    1.1994e+02    4.1505e+02 ;     H4 - C6     - C7    
+    16     18     19      1    1.0996e+02    3.9413e+02 ;     C7 - C8     - H6    
+    16     18     20      1    1.1035e+02    5.7070e+02 ;     C7 - C8     - O3    
+    17     16     18      1    1.1568e+02    3.8409e+02 ;     H5 - C7     - C8    
+    18     20     21      1    1.0726e+02    3.9664e+02 ;     C8 - O3     - H7    
+    19     18     20      1    1.1026e+02    4.2593e+02 ;     H6 - C8     - O3    
+    23     22     24      1    1.3025e+02    6.5187e+02 ;     O4 - C9     - O5    
+
+[ dihedrals ] ; propers
+; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
+;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
+     1      4      5      6      9   180.00   9.10020   2 ;      C-    C1-    C2-     O
+     1      4      5      7      9   180.00   9.10020   2 ;      C-    C1-    C2-    O1
+     1      4      8      9      9   180.00   4.39320   2 ;      C-    C1-    O2-    C3
+     2      1      4      5      9   180.00  27.82360   2 ;      H-     C-    C1-    C2
+     2      1      4      8      9   180.00  27.82360   2 ;      H-     C-    C1-    O2
+     3      1      4      5      9   180.00  27.82360   2 ;     H1-     C-    C1-    C2
+     3      1      4      8      9   180.00  27.82360   2 ;     H1-     C-    C1-    O2
+     4      8      9     10      9     0.00   1.60387   3 ;     C1-    O2-    C3-    H2
+     4      8      9     11      9     0.00   1.60387   3 ;     C1-    O2-    C3-    C4
+     4      8      9     18      9     0.00   1.60387   3 ;     C1-    O2-    C3-    C8
+     5      4      8      9      9   180.00   4.39320   2 ;     C2-    C1-    O2-    C3
+     6      5      4      8      9   180.00   9.10020   2 ;      O-    C2-    C1-    O2
+     7      5      4      8      9   180.00   9.10020   2 ;     O1-    C2-    C1-    O2
+     8      9     11     12      9     0.00   0.00000   0 ;     O2-    C3-    C4-    H3
+     8      9     11     13      9     0.00   0.00000   0 ;     O2-    C3-    C4-    C5
+     8      9     18     16      9     0.00   0.65084   3 ;     O2-    C3-    C8-    C7
+     8      9     18     19      9     0.00   0.00000   0 ;     O2-    C3-    C8-    H6
+     8      9     18     19      9     0.00   1.04600   1 ;     O2-    C3-    C8-    H6
+     8      9     18     20      9     0.00   0.60250   3 ;     O2-    C3-    C8-    O3
+     8      9     18     20      9     0.00   4.91620   2 ;     O2-    C3-    C8-    O3
+     9     11     13     14      9   180.00  27.82360   2 ;     C3-    C4-    C5-    C6
+     9     11     13     22      9   180.00  27.82360   2 ;     C3-    C4-    C5-    C9
+     9     18     16     14      9     0.00   0.00000   0 ;     C3-    C8-    C7-    C6
+     9     18     16     17      9     0.00   0.00000   0 ;     C3-    C8-    C7-    H5
+     9     18     20     21      9     0.00   0.66944   3 ;     C3-    C8-    O3-    H7
+     9     18     20     21      9     0.00   1.04600   1 ;     C3-    C8-    O3-    H7
+    10      9     11     12      9     0.00   0.00000   0 ;     H2-    C3-    C4-    H3
+    10      9     11     13      9     0.00   0.00000   0 ;     H2-    C3-    C4-    C5
+    10      9     18     16      9     0.00   0.65084   3 ;     H2-    C3-    C8-    C7
+    10      9     18     19      9     0.00   0.65084   3 ;     H2-    C3-    C8-    H6
+    10      9     18     20      9     0.00   0.00000   0 ;     H2-    C3-    C8-    O3
+    10      9     18     20      9     0.00   1.04600   1 ;     H2-    C3-    C8-    O3
+    11      9     18     16      9     0.00   0.65084   3 ;     C4-    C3-    C8-    C7
+    11      9     18     19      9     0.00   0.65084   3 ;     C4-    C3-    C8-    H6
+    11      9     18     20      9     0.00   0.65084   3 ;     C4-    C3-    C8-    O3
+    11     13     14     15      9   180.00   4.18400   2 ;     C4-    C5-    C6-    H4
+    11     13     14     16      9   180.00   4.18400   2 ;     C4-    C5-    C6-    C7
+    11     13     22     23      9   180.00   9.10020   2 ;     C4-    C5-    C9-    O4
+    11     13     22     24      9   180.00   9.10020   2 ;     C4-    C5-    C9-    O5
+    12     11      9     18      9     0.00   0.00000   0 ;     H3-    C4-    C3-    C8
+    12     11     13     14      9   180.00  27.82360   2 ;     H3-    C4-    C5-    C6
+    12     11     13     22      9   180.00  27.82360   2 ;     H3-    C4-    C5-    C9
+    13     11      9     18      9     0.00   0.00000   0 ;     C5-    C4-    C3-    C8
+    13     14     16     17      9   180.00  27.82360   2 ;     C5-    C6-    C7-    H5
+    13     14     16     18      9   180.00  27.82360   2 ;     C5-    C6-    C7-    C8
+    14     13     22     23      9   180.00   9.10020   2 ;     C6-    C5-    C9-    O4
+    14     13     22     24      9   180.00   9.10020   2 ;     C6-    C5-    C9-    O5
+    14     16     18     19      9     0.00   0.00000   0 ;     C6-    C7-    C8-    H6
+    14     16     18     20      9     0.00   0.00000   0 ;     C6-    C7-    C8-    O3
+    15     14     13     22      9   180.00   4.18400   2 ;     H4-    C6-    C5-    C9
+    15     14     16     17      9   180.00  27.82360   2 ;     H4-    C6-    C7-    H5
+    15     14     16     18      9   180.00  27.82360   2 ;     H4-    C6-    C7-    C8
+    16     14     13     22      9   180.00   4.18400   2 ;     C7-    C6-    C5-    C9
+    16     18     20     21      9     0.00   0.69733   3 ;     C7-    C8-    O3-    H7
+    17     16     18     19      9     0.00   0.00000   0 ;     H5-    C7-    C8-    H6
+    17     16     18     20      9     0.00   0.00000   0 ;     H5-    C7-    C8-    O3
+    19     18     20     21      9     0.00   0.69733   3 ;     H6-    C8-    O3-    H7
+
+[ dihedrals ] ; impropers
+; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
+;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
+     3      1      2      4      4   180.00   4.60240   2 ;     H1-     C-     H-    C1
+     4      6      5      7      4   180.00   4.60240   2 ;     C1-     O-    C2-    O1
+     5      1      4      8      4   180.00   4.60240   2 ;     C2-     C-    C1-    O2
+     9     13     11     12      4   180.00   4.60240   2 ;     C3-    C5-    C4-    H3
+    13     23     22     24      4   180.00   4.60240   2 ;     C5-    O4-    C9-    O5
+    16     13     14     15      4   180.00   4.60240   2 ;     C7-    C5-    C6-    H4
+    18     14     16     17      4   180.00   4.60240   2 ;     C8-    C6-    C7-    H5
+    22     11     13     14      4   180.00   4.60240   2 ;     C9-    C4-    C5-    C6