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view test-data/lig.itp @ 10:dd8655665a16 draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit c428519a27419b62de0556f5beecc4bb7c187ad0"
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; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-11-07T23:16:00CET) on Fri Mar 20 14:38:01 2020 [ atomtypes ] ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb C C 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CZ CZ 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CK CK 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CM CM 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CD CD 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 NB NB 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700 N* N* 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700 DU DU 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000 F F 0.00000 0.00000 A 3.11815e-01 2.55224e-01 ; 1.75 0.0610 O O 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100 [ moleculetype ] ;name nrexcl base 3 [ atoms ] ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type 1 C 1 G5E C1 1 0.545501 12.01000 ; qtot 0.546 2 CZ 1 G5E C2 2 0.075000 12.01000 ; qtot 0.621 3 C 1 G5E C3 3 0.508501 12.01000 ; 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N11 - C12 - C17 [ dihedrals ] ; propers ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 ; i j k l func phase kd pn 1 2 3 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- C4 1 2 3 20 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- O20 1 13 12 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C6- C5- C4 2 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; C2- C1- C6- C5 2 3 11 4 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C7 2 3 11 12 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C5 3 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N8 3 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N11 3 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C3- C4- C5- C6 4 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C7- C4- C3- O20 4 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C7- C4- C5- C6 4 14 15 5 9 180.00 16.73600 2 ; C7- N8- N9- C10 4 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- N9 4 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- S18 4 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C13 4 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C17 5 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- C4 5 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- N8 5 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C13 5 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; 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N9- N8- C7- N11 16 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; N11- C12- C13- F19 17 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; C17- C12- C13- F19 21 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C2- C3 21 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C6- C5 [ dihedrals ] ; impropers ; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function ; i j k l func phase kd pn 3 4 11 12 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C7- C4- C5 5 4 16 6 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C7- N11- C12 6 8 7 19 4 180.00 4.60240 2 ; C12- C14- C13- F19 7 17 6 16 4 180.00 4.60240 2 ; C13- C17- C12- N11 11 2 3 20 4 180.00 43.93200 2 ; C4- C2- C3- O20 11 16 4 14 4 180.00 4.60240 2 ; C4- N11- C7- N8 18 16 5 15 4 180.00 4.60240 2 ; S18- N11- C10- N9 21 1 13 2 4 180.00 43.93200 2 ; O21- C1- C6- C2