annotate test-data/complex.top @ 16:bfca1eee5aa2 draft

"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit c428519a27419b62de0556f5beecc4bb7c187ad0"

;
;	File 'topol.top' was generated
;	By user: unknown (1000)
;	On host: simon-notebook
;	At date: Tue May 12 12:59:21 2020
;
;	This is a standalone topology file
;
;	Created by:
;	                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:
;	
;	Executable:   /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx
;	Data prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1
;	Working dir:  /tmp/tmpg0ncnt9q/job_working_directory/000/10/working
;	Command line:
;	  gmx pdb2gmx -f ./pdb_input.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh -merge all
;	Force field was read from the standard GROMACS share directory.
;

; Include forcefield parameters
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"

; Include ligand atomtypes
[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
 C        C           0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
 CZ       CZ          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
 CK       CK          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
 CM       CM          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
 CD       CD          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
 NB       NB          0.00000  0.00000   A     3.25000e-01   7.11280e-01 ; 1.82  0.1700
 N*       N*          0.00000  0.00000   A     3.25000e-01   7.11280e-01 ; 1.82  0.1700
 DU       DU          0.00000  0.00000   A     0.00000e+00   0.00000e+00 ; 0.00  0.0000
 F        F           0.00000  0.00000   A     3.11815e-01   2.55224e-01 ; 1.75  0.0610
 O        O           0.00000  0.00000   A     2.95992e-01   8.78640e-01 ; 1.66  0.2100

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Protein             3

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
; residue   1 LYS rtp LYSH q +2.0
     1   opls_287      1    LYS      N      1       -0.3    14.0027
     2   opls_290      1    LYS     H1      1       0.33      1.008
     3   opls_290      1    LYS     H2      1       0.33      1.008
     4   opls_290      1    LYS     H3      1       0.33      1.008
     5  opls_293B      1    LYS     CA      1       0.25     12.011
     6   opls_140      1    LYS     HA      1       0.06      1.008
     7   opls_136      1    LYS     CB      2      -0.12     12.011
     8   opls_140      1    LYS    HB1      2       0.06      1.008
     9   opls_140      1    LYS    HB2      2       0.06      1.008
    10   opls_136      1    LYS     CG      3      -0.12     12.011
    11   opls_140      1    LYS    HG1      3       0.06      1.008
    12   opls_140      1    LYS    HG2      3       0.06      1.008
    13   opls_136      1    LYS     CD      4      -0.12     12.011
    14   opls_140      1    LYS    HD1      4       0.06      1.008
    15   opls_140      1    LYS    HD2      4       0.06      1.008
    16   opls_292      1    LYS     CE      5       0.19     12.011
    17   opls_140      1    LYS    HE1      5       0.06      1.008
    18   opls_140      1    LYS    HE2      5       0.06      1.008
    19   opls_287      1    LYS     NZ      6       -0.3    14.0067
    20   opls_290      1    LYS    HZ1      6       0.33      1.008
    21   opls_290      1    LYS    HZ2      6       0.33      1.008
    22   opls_290      1    LYS    HZ3      6       0.33      1.008
    23   opls_235      1    LYS      C      7        0.5     12.011
    24   opls_236      1    LYS      O      7       -0.5    15.9994   ; qtot 2
; residue   2 VAL rtp VAL  q  0.0
    25   opls_238      2    VAL      N      8       -0.5    14.0067
    26   opls_241      2    VAL      H      8        0.3      1.008
    27  opls_224B      2    VAL     CA      8       0.14     12.011
    28   opls_140      2    VAL     HA      8       0.06      1.008
    29   opls_137      2    VAL     CB      9      -0.06     12.011
    30   opls_140      2    VAL     HB      9       0.06      1.008
    31   opls_135      2    VAL    CG1     10      -0.18     12.011
    32   opls_140      2    VAL   HG11     10       0.06      1.008
    33   opls_140      2    VAL   HG12     10       0.06      1.008
    34   opls_140      2    VAL   HG13     10       0.06      1.008
    35   opls_135      2    VAL    CG2     11      -0.18     12.011
    36   opls_140      2    VAL   HG21     11       0.06      1.008
    37   opls_140      2    VAL   HG22     11       0.06      1.008
    38   opls_140      2    VAL   HG23     11       0.06      1.008
    39   opls_235      2    VAL      C     12        0.5     12.011
    40   opls_236      2    VAL      O     12       -0.5    15.9994   ; qtot 2
; residue   3 PHE rtp PHE  q  0.0
    41   opls_238      3    PHE      N     13       -0.5    14.0067
    42   opls_241      3    PHE      H     13        0.3      1.008
    43  opls_224B      3    PHE     CA     13       0.14     12.011
    44   opls_140      3    PHE     HA     13       0.06      1.008
    45   opls_149      3    PHE     CB     14     -0.005     12.011
    46   opls_140      3    PHE    HB1     14       0.06      1.008
    47   opls_140      3    PHE    HB2     14       0.06      1.008
    48   opls_145      3    PHE     CG     14     -0.115     12.011
    49   opls_145      3    PHE    CD1     15     -0.115     12.011
    50   opls_146      3    PHE    HD1     15      0.115      1.008
    51   opls_145      3    PHE    CD2     16     -0.115     12.011
    52   opls_146      3    PHE    HD2     16      0.115      1.008
    53   opls_145      3    PHE    CE1     17     -0.115     12.011
    54   opls_146      3    PHE    HE1     17      0.115      1.008
    55   opls_145      3    PHE    CE2     18     -0.115     12.011
    56   opls_146      3    PHE    HE2     18      0.115      1.008
    57   opls_145      3    PHE     CZ     19     -0.115     12.011
    58   opls_146      3    PHE     HZ     19      0.115      1.008
    59   opls_235      3    PHE      C     20        0.5     12.011
    60   opls_236      3    PHE      O     20       -0.5    15.9994   ; qtot 2
; residue   4 GLY rtp GLY  q  0.0
    61   opls_238      4    GLY      N     21       -0.5    14.0067
    62   opls_241      4    GLY      H     21        0.3      1.008
    63  opls_223B      4    GLY     CA     21       0.08     12.011
    64   opls_140      4    GLY    HA1     21       0.06      1.008
    65   opls_140      4    GLY    HA2     21       0.06      1.008
    66   opls_235      4    GLY      C     22        0.5     12.011
    67   opls_236      4    GLY      O     22       -0.5    15.9994   ; qtot 2
; residue   5 ARG rtp ARG  q  0.0
    68   opls_238      5    ARG      N     23       -0.5    14.0067
    69   opls_241      5    ARG      H     23        0.3      1.008
    70   opls_283      5    ARG     CA     23       0.04     12.011
    71   opls_140      5    ARG     HA     23       0.06      1.008
    72   opls_136      5    ARG     CB     24      -0.12     12.011
    73   opls_140      5    ARG    HB1     24       0.06      1.008
    74   opls_140      5    ARG    HB2     24       0.06      1.008
    75   opls_308      5    ARG     CG     25      -0.05     12.011
    76   opls_140      5    ARG    HG1     25       0.06      1.008
    77   opls_140      5    ARG    HG2     25       0.06      1.008
    78   opls_307      5    ARG     CD     26       0.19     12.011
    79   opls_140      5    ARG    HD1     26       0.06      1.008
    80   opls_140      5    ARG    HD2     26       0.06      1.008
    81   opls_303      5    ARG     NE     27       -0.7    14.0067
    82   opls_304      5    ARG     HE     27       0.44      1.008
    83   opls_302      5    ARG     CZ     27       0.64     12.011
    84   opls_300      5    ARG    NH1     28       -0.8    14.0067
    85   opls_301      5    ARG   HH11     28       0.46      1.008
    86   opls_301      5    ARG   HH12     28       0.46      1.008
    87   opls_300      5    ARG    NH2     29       -0.8    14.0067
    88   opls_301      5    ARG   HH21     29       0.46      1.008
    89   opls_301      5    ARG   HH22     29       0.46      1.008
    90   opls_271      5    ARG      C     30        0.7     12.011
    91   opls_272      5    ARG     O1     30       -0.8    15.9994
    92   opls_272      5    ARG     O2     30       -0.8    15.9994   ; qtot 2

[ bonds ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
    1     2     1 
    1     3     1 
    1     4     1 
    1     5     1 
    5     6     1 
    5     7     1 
    5    23     1 
    7     8     1 
    7     9     1 
    7    10     1 
   10    11     1 
   10    12     1 
   10    13     1 
   13    14     1 
   13    15     1 
   13    16     1 
   16    17     1 
   16    18     1 
   16    19     1 
   19    20     1 
   19    21     1 
   19    22     1 
   23    24     1 
   23    25     1 
   25    26     1 
   25    27     1 
   27    28     1 
   27    29     1 
   27    39     1 
   29    30     1 
   29    31     1 
   29    35     1 
   31    32     1 
   31    33     1 
   31    34     1 
   35    36     1 
   35    37     1 
   35    38     1 
   39    40     1 
   39    41     1 
   41    42     1 
   41    43     1 
   43    44     1 
   43    45     1 
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   87    89     1 
   90    91     1 
   90    92     1 

[ pairs ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
    1     8     1 
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   78    87     1 
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   80    83     1 
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   81    88     1 
   81    89     1 
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   82    87     1 
   84    88     1 
   84    89     1 
   85    87     1 
   86    87     1 

[ angles ]
;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3
    2     1     3     1 
    2     1     4     1 
    2     1     5     1 
    3     1     4     1 
    3     1     5     1 
    4     1     5     1 
    1     5     6     1 
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    6     5    23     1 
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    5     7    10     1 
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   70    90    92     1 
   91    90    92     1 

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5
    2     1     5     6     3 
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    1     5     7     8     3 
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   90    70    72    75     3    dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
   68    70    72    73     3 
   68    70    72    74     3 
   71    70    72    73     3 
   71    70    72    74     3 
   71    70    72    75     3 
   90    70    72    73     3 
   90    70    72    74     3 
   68    70    90    91     3 
   68    70    90    92     3 
   71    70    90    91     3 
   71    70    90    92     3 
   72    70    90    91     3 
   72    70    90    92     3 
   70    72    75    76     3 
   70    72    75    77     3 
   70    72    75    78     3 
   73    72    75    76     3 
   73    72    75    77     3 
   73    72    75    78     3 
   74    72    75    76     3 
   74    72    75    77     3 
   74    72    75    78     3 
   72    75    78    79     3 
   72    75    78    80     3 
   72    75    78    81     3 
   76    75    78    79     3 
   76    75    78    80     3 
   76    75    78    81     3 
   77    75    78    79     3 
   77    75    78    80     3 
   77    75    78    81     3 
   75    78    81    82     3 
   75    78    81    83     3 
   79    78    81    82     3 
   79    78    81    83     3 
   80    78    81    82     3 
   80    78    81    83     3 
   78    81    83    84     3 
   78    81    83    87     3 
   82    81    83    84     3 
   82    81    83    87     3 
   81    83    84    85     3 
   81    83    84    86     3 
   87    83    84    85     3 
   87    83    84    86     3 
   81    83    87    88     3 
   81    83    87    89     3 
   84    83    87    88     3 
   84    83    87    89     3 

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3
    5    25    23    24     1    improper_O_C_X_Y
   23    27    25    26     1    improper_Z_N_X_Y
   27    41    39    40     1    improper_O_C_X_Y
   39    43    41    42     1    improper_Z_N_X_Y
   43    61    59    60     1    improper_O_C_X_Y
   45    48    51    49     1    improper_Z_CA_X_Y
   48    53    49    50     1    improper_Z_CA_X_Y
   48    55    51    52     1    improper_Z_CA_X_Y
   49    57    53    54     1    improper_Z_CA_X_Y
   51    57    55    56     1    improper_Z_CA_X_Y
   53    55    57    58     1    improper_Z_CA_X_Y
   59    63    61    62     1    improper_Z_N_X_Y
   63    68    66    67     1    improper_O_C_X_Y
   66    70    68    69     1    improper_Z_N_X_Y
   70    91    90    92     1    improper_O_C_X_Y
   78    83    81    82     1    improper_Z_N_X_Y
   81    84    83    87     1    improper_O_C_X_Y
   83    85    84    86     1    improper_Z_N_X_Y
   83    88    87    89     1    improper_Z_N_X_Y

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posres.itp"
#endif

; Include ligand topology
; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-11-07T23:16:00CET) on Fri Mar 20 14:38:01 2020

[ moleculetype ]
;name            nrexcl
 base             3

[ atoms ]
;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
     1    C     1   G5E    C1    1     0.545501     12.01000 ; qtot 0.546
     2   CZ     1   G5E    C2    2     0.075000     12.01000 ; qtot 0.621
     3    C     1   G5E    C3    3     0.508501     12.01000 ; qtot 1.129
     4   CK     1   G5E    C7    4     0.208200     12.01000 ; qtot 1.337
     5    C     1   G5E   C10    5     0.352800     12.01000 ; qtot 1.690
     6   CM     1   G5E   C12    6     0.002500     12.01000 ; qtot 1.693
     7   CM     1   G5E   C13    7     0.233400     12.01000 ; qtot 1.926
     8   CZ     1   G5E   C14    8    -0.087900     12.01000 ; qtot 1.838
     9   CZ     1   G5E   C15    9     0.072000     12.01000 ; qtot 1.910
    10   CZ     1   G5E   C16   10     0.028000     12.01000 ; qtot 1.938
    11   CD     1   G5E    C4   11    -0.048900     12.01000 ; qtot 1.889
    12   CZ     1   G5E    C5   12    -0.123300     12.01000 ; qtot 1.766
    13   CZ     1   G5E    C6   13    -0.161200     12.01000 ; qtot 1.605
    14   NB     1   G5E    N8   14    -0.082600     14.01000 ; qtot 1.522
    15   NB     1   G5E    N9   15    -0.125400     14.01000 ; qtot 1.397
    16   N*     1   G5E   N11   16    -0.261200     14.01000 ; qtot 1.135
    17   CZ     1   G5E   C17   17    -0.043900     12.01000 ; qtot 1.092
    18   DU     1   G5E   S18   18    -0.081400      0.00000 ; qtot 1.010
    19    F     1   G5E   F19   19    -0.100500     19.00000 ; qtot 0.910
    20    O     1   G5E   O20   20    -0.460300     16.00000 ; qtot 0.449
    21    O     1   G5E   O21   21    -0.449300     16.00000 ; qtot -0.000

[ bonds ]
;   ai     aj funct   r             k
     1      2   1    1.4600e-01    3.1782e+05 ;     C1 - C2    
     1     13   1    1.4600e-01    3.1782e+05 ;     C1 - C6    
     1     21   1    1.2290e-01    4.7698e+05 ;     C1 - O21   
     2      3   1    1.4600e-01    3.1782e+05 ;     C2 - C3    
     3     11   1    1.4680e-01    3.1045e+05 ;     C3 - C4    
     3     20   1    1.2290e-01    4.7698e+05 ;     C3 - O20   
     4     11   1    1.4280e-01    3.5129e+05 ;     C7 - C4    
     4     14   1    1.3040e-01    4.4267e+05 ;     C7 - N8    
     4     16   1    1.3710e-01    3.6819e+05 ;     C7 - N11   
     5     15   1    1.3870e-01    3.4886e+05 ;    C10 - N9    
     5     16   1    1.3830e-01    3.5480e+05 ;    C10 - N11   
     5     18   1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;    C10 - S18   
     6      7   1    1.3500e-01    4.5940e+05 ;    C12 - C13   
     6     16   1    1.3650e-01    3.7489e+05 ;    C12 - N11   
     6     17   1    1.4400e-01    3.3815e+05 ;    C12 - C17   
     7      8   1    1.4400e-01    3.3815e+05 ;    C13 - C14   
     7     19   1    1.3490e-01    2.9941e+05 ;    C13 - F19   
     8      9   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;    C14 - C15   
     9     10   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;    C15 - C16   
    10     17   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;    C16 - C17   
    11     12   1    1.3150e-01    5.0827e+05 ;     C4 - C5    
    12     13   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;     C5 - C6    
    14     15   1    1.3650e-01    4.2710e+05 ;     N8 - N9    

[ pairs ]
;   ai     aj    funct
     1     11      1 ;     C1 - C4    
     1     20      1 ;     C1 - O20   
     2      4      1 ;     C2 - C7    
     2     12      1 ;     C2 - C5    
     3     13      1 ;     C3 - C6    
     3     14      1 ;     C3 - N8    
     3     16      1 ;     C3 - N11   
     4      7      1 ;     C7 - C13   
     4     13      1 ;     C7 - C6    
     4     17      1 ;     C7 - C17   
     4     18      1 ;     C7 - S18   
     4     20      1 ;     C7 - O20   
     5      7      1 ;    C10 - C13   
     5     11      1 ;    C10 - C4    
     5     17      1 ;    C10 - C17   
     6      9      1 ;    C12 - C15   
     6     11      1 ;    C12 - C4    
     6     14      1 ;    C12 - N8    
     6     15      1 ;    C12 - N9    
     6     18      1 ;    C12 - S18   
     7     10      1 ;    C13 - C16   
     8     16      1 ;    C14 - N11   
     8     17      1 ;    C14 - C17   
     9     19      1 ;    C15 - F19   
    10     16      1 ;    C16 - N11   
    11     15      1 ;     C4 - N9    
    12     14      1 ;     C5 - N8    
    12     16      1 ;     C5 - N11   
    12     20      1 ;     C5 - O20   
    14     18      1 ;     N8 - S18   
    16     19      1 ;    N11 - F19   
    17     19      1 ;    C17 - F19   
    21      3      1 ;    O21 - C3    
    21     12      1 ;    O21 - C5    

[ angles ]
;   ai     aj     ak    funct   theta         cth
     1      2      3      1    1.8000e+02    4.4183e+02 ;     C1 - C2     - C3    
     1     13     12      1    1.8000e+02    4.6944e+02 ;     C1 - C6     - C5    
     2      1     13      1    1.1532e+02    5.4476e+02 ;     C2 - C1     - C6    
     2      1     21      1    1.2234e+02    5.8409e+02 ;     C2 - C1     - O21   
     2      3     11      1    1.1558e+02    5.4266e+02 ;     C2 - C3     - C4    
     2      3     20      1    1.2234e+02    5.8409e+02 ;     C2 - C3     - O20   
     3     11      4      1    1.2269e+02    5.3220e+02 ;     C3 - C4     - C7    
     3     11     12      1    1.1788e+02    5.4392e+02 ;     C3 - C4     - C5    
     4     11     12      1    1.2591e+02    5.3388e+02 ;     C7 - C4     - C5    
     4     14     15      1    1.0862e+02    6.1003e+02 ;     C7 - N8     - N9    
     4     16      5      1    1.2049e+02    5.5815e+02 ;     C7 - N11    - C10   
     4     16      6      1    1.0424e+02    5.9664e+02 ;     C7 - N11    - C12   
     5     15     14      1    1.0834e+02    6.1505e+02 ;    C10 - N9     - N8    
     5     16      6      1    1.2160e+02    5.8576e+02 ;    C10 - N11    - C12   
     6      7      8      1    1.2000e+02    5.4894e+02 ;    C12 - C13    - C14   
     6      7     19      1    1.1896e+02    5.6149e+02 ;    C12 - C13    - F19   
     6     17     10      1    1.8000e+02    4.7447e+02 ;    C12 - C17    - C16   
     7      6     16      1    1.2120e+02    5.8576e+02 ;    C13 - C12    - N11   
     7      6     17      1    1.2000e+02    5.4894e+02 ;    C13 - C12    - C17   
     7      8      9      1    1.8000e+02    4.7447e+02 ;    C13 - C14    - C15   
     8      7     19      1    1.1875e+02    5.5274e+02 ;    C14 - C13    - F19   
     8      9     10      1    1.8000e+02    5.3137e+02 ;    C14 - C15    - C16   
     9     10     17      1    1.8000e+02    5.3137e+02 ;    C15 - C16    - C17   
    11      3     20      1    1.2393e+02    5.7823e+02 ;     C4 - C3     - O20   
    11      4     14      1    1.2198e+02    5.6568e+02 ;     C4 - C7     - N8    
    11      4     16      1    1.2198e+02    5.6568e+02 ;     C4 - C7     - N11   
    11     12     13      1    1.8000e+02    4.7447e+02 ;     C4 - C5     - C6    
    13      1     21      1    1.2234e+02    5.8409e+02 ;     C6 - C1     - O21   
    14      4     16      1    1.1390e+02    5.8576e+02 ;     N8 - C7     - N11   
    15      5     16      1    1.1031e+02    6.1337e+02 ;     N9 - C10    - N11   
    15      5     18      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;     N9 - C10    - S18   
    16      5     18      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;    N11 - C10    - S18   
    16      6     17      1    1.1687e+02    5.8241e+02 ;    N11 - C12    - C17   

[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
     1      2      3     11      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C2-    C3-    C4
     1      2      3     20      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C2-    C3-   O20
     1     13     12     11      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C6-    C5-    C4
     2      1     13     12      9   180.00   0.00000   2 ;     C2-    C1-    C6-    C5
     2      3     11      4      9   180.00  12.02900   2 ;     C2-    C3-    C4-    C7
     2      3     11     12      9   180.00  12.02900   2 ;     C2-    C3-    C4-    C5
     3     11      4     14      9   180.00  16.73600   2 ;     C3-    C4-    C7-    N8
     3     11      4     16      9   180.00  16.73600   2 ;     C3-    C4-    C7-   N11
     3     11     12     13      9   180.00   0.00000   2 ;     C3-    C4-    C5-    C6
     4     11      3     20      9   180.00  12.02900   2 ;     C7-    C4-    C3-   O20
     4     11     12     13      9   180.00   0.00000   2 ;     C7-    C4-    C5-    C6
     4     14     15      5      9   180.00  16.73600   2 ;     C7-    N8-    N9-   C10
     4     16      5     15      9   180.00   6.06680   2 ;     C7-   N11-   C10-    N9
     4     16      5     18      9   180.00   6.06680   2 ;     C7-   N11-   C10-   S18
     4     16      6      7      9   180.00   7.74040   2 ;     C7-   N11-   C12-   C13
     4     16      6     17      9   180.00   7.74040   2 ;     C7-   N11-   C12-   C17
     5     16      4     11      9   180.00   7.11280   2 ;    C10-   N11-    C7-    C4
     5     16      4     14      9   180.00   7.11280   2 ;    C10-   N11-    C7-    N8
     5     16      6      7      9   180.00   7.74040   2 ;    C10-   N11-   C12-   C13
     5     16      6     17      9   180.00   7.74040   2 ;    C10-   N11-   C12-   C17
     6      7      8      9      9   180.00   0.00000   2 ;    C12-   C13-   C14-   C15
     6     16      4     11      9   180.00   7.11280   2 ;    C12-   N11-    C7-    C4
     6     16      4     14      9   180.00   7.11280   2 ;    C12-   N11-    C7-    N8
     6     16      5     15      9   180.00   6.06680   2 ;    C12-   N11-   C10-    N9
     6     16      5     18      9   180.00   6.06680   2 ;    C12-   N11-   C10-   S18
     6     17     10      9      9   180.00   0.00000   2 ;    C12-   C17-   C16-   C15
     7      6     17     10      9   180.00   0.00000   2 ;    C13-   C12-   C17-   C16
     7      8      9     10      9   180.00   0.00000   2 ;    C13-   C14-   C15-   C16
     8      7      6     16      9   180.00  27.82360   2 ;    C14-   C13-   C12-   N11
     8      7      6     17      9   180.00  27.82360   2 ;    C14-   C13-   C12-   C17
     8      9     10     17      9   180.00   0.00000   2 ;    C14-   C15-   C16-   C17
     9      8      7     19      9   180.00   0.00000   2 ;    C15-   C14-   C13-   F19
    10     17      6     16      9   180.00   0.00000   2 ;    C16-   C17-   C12-   N11
    11      4     14     15      9   180.00  41.84000   2 ;     C4-    C7-    N8-    N9
    12     11      3     20      9   180.00  12.02900   2 ;     C5-    C4-    C3-   O20
    12     11      4     14      9   180.00  16.73600   2 ;     C5-    C4-    C7-    N8
    12     11      4     16      9   180.00  16.73600   2 ;     C5-    C4-    C7-   N11
    13      1      2      3      9   180.00   0.00000   2 ;     C6-    C1-    C2-    C3
    14     15      5     16      9   180.00  16.73600   2 ;     N8-    N9-   C10-   N11
    14     15      5     18      9   180.00  16.73600   2 ;     N8-    N9-   C10-   S18
    15     14      4     16      9   180.00  41.84000   2 ;     N9-    N8-    C7-   N11
    16      6      7     19      9   180.00  27.82360   2 ;    N11-   C12-   C13-   F19
    17      6      7     19      9   180.00  27.82360   2 ;    C17-   C12-   C13-   F19
    21      1      2      3      9   180.00   0.00000   2 ;    O21-    C1-    C2-    C3
    21      1     13     12      9   180.00   0.00000   2 ;    O21-    C1-    C6-    C5

[ dihedrals ] ; impropers
; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
     3      4     11     12      4   180.00   4.60240   2 ;     C3-    C7-    C4-    C5
     5      4     16      6      4   180.00   4.60240   2 ;    C10-    C7-   N11-   C12
     6      8      7     19      4   180.00   4.60240   2 ;    C12-   C14-   C13-   F19
     7     17      6     16      4   180.00   4.60240   2 ;    C13-   C17-   C12-   N11
    11      2      3     20      4   180.00  43.93200   2 ;     C4-    C2-    C3-   O20
    11     16      4     14      4   180.00   4.60240   2 ;     C4-   N11-    C7-    N8
    18     16      5     15      4   180.00   4.60240   2 ;    S18-   N11-   C10-    N9
    21      1     13      2      4   180.00  43.93200   2 ;    O21-    C1-    C6-    C2

; Include water topology
#include "oplsaa.ff/spce.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "oplsaa.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
TEST

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein             1
base     1