Mercurial > repos > chemteam > gmx_em
view test-data/check_info_structure.txt @ 21:9660b2c5fdda draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 8660ff51cd1a65b04f862562957592fe152fc81d
| author | chemteam |
|---|---|
| date | Tue, 12 Jul 2022 12:50:40 +0000 |
| parents | |
| children |
line wrap: on
line source
:-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-: Executable: /usr/local/bin.AVX2_256/gmx Data prefix: /usr/local Working dir: /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/7/working Command line: gmx check -c ./struc.gro -vdwfac 0.8 -bonlo 0.4 -bonhi 0.7 Checking coordinate file ./struc.gro 94 atoms in file coordinates found box found velocities absent Checking for atoms closer than 0.8 and not between 0.4 and 0.7, relative to sum of Van der Waals distance: WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed based on residue and atom names, since they could not be definitively assigned from the information in your input files. These guessed numbers might deviate from the mass and radius of the atom type. Please check the output files if necessary. Note, that this functionality may be removed in a future GROMACS version. Please, consider using another file format for your input. WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed based on residue and atom names, since they could not be definitively assigned from the information in your input files. These guessed numbers might deviate from the mass and radius of the atom type. Please check the output files if necessary. Note, that this functionality may be removed in a future GROMACS version. Please, consider using another file format for your input. NOTE: From version 5.0 gmx check uses the Van der Waals radii from the source below. This means the results may be different compared to previous GROMACS versions. ++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++ A. Bondi van der Waals Volumes and Radii J. Phys. Chem. 68 (1964) pp. 441-451 -------- -------- --- Thank You --- -------- -------- atom# name residue r_vdw atom# name residue r_vdw distance 1 N LYS 1 0.155 2 H1 LYS 1 0.12 0.1008 1 N LYS 1 0.155 3 H2 LYS 1 0.12 0.1012 1 N LYS 1 0.155 4 H3 LYS 1 0.12 0.1019 1 N LYS 1 0.155 6 HA LYS 1 0.12 0.2103 1 N LYS 1 0.155 7 CB LYS 1 0.17 0.2447 1 N LYS 1 0.155 23 C LYS 1 0.17 0.2437 2 H1 LYS 1 0.12 5 CA LYS 1 0.17 0.205 3 H2 LYS 1 0.12 5 CA LYS 1 0.17 0.204 5 CA LYS 1 0.17 6 HA LYS 1 0.12 0.1093 5 CA LYS 1 0.17 8 HB1 LYS 1 0.12 0.2166 5 CA LYS 1 0.17 9 HB2 LYS 1 0.12 0.2169 5 CA LYS 1 0.17 10 CG LYS 1 0.17 0.2598 5 CA LYS 1 0.17 24 O LYS 1 0.152 0.235 5 CA LYS 1 0.17 25 N VAL 2 0.155 0.2455 6 HA LYS 1 0.12 7 CB LYS 1 0.17 0.2176 6 HA LYS 1 0.12 23 C LYS 1 0.17 0.215 7 CB LYS 1 0.17 8 HB1 LYS 1 0.12 0.1093 7 CB LYS 1 0.17 9 HB2 LYS 1 0.12 0.1089 7 CB LYS 1 0.17 11 HG1 LYS 1 0.12 0.2154 7 CB LYS 1 0.17 12 HG2 LYS 1 0.12 0.217 7 CB LYS 1 0.17 13 CD LYS 1 0.17 0.252 7 CB LYS 1 0.17 23 C LYS 1 0.17 0.2504 8 HB1 LYS 1 0.12 9 HB2 LYS 1 0.12 0.1744 8 HB1 LYS 1 0.12 10 CG LYS 1 0.17 0.2149 9 HB2 LYS 1 0.12 10 CG LYS 1 0.17 0.2132 10 10 CG LYS 1 0.17 11 HG1 LYS 1 0.12 0.1093 10 CG LYS 1 0.17 12 HG2 LYS 1 0.12 0.1094 10 CG LYS 1 0.17 14 HD1 LYS 1 0.12 0.2135 10 CG LYS 1 0.17 15 HD2 LYS 1 0.12 0.2152 10 CG LYS 1 0.17 16 CE LYS 1 0.17 0.251 11 HG1 LYS 1 0.12 12 HG2 LYS 1 0.12 0.1752 11 HG1 LYS 1 0.12 13 CD LYS 1 0.17 0.2145 12 HG2 LYS 1 0.12 13 CD LYS 1 0.17 0.2141 13 CD LYS 1 0.17 14 HD1 LYS 1 0.12 0.1091 13 CD LYS 1 0.17 15 HD2 LYS 1 0.12 0.1097 13 CD LYS 1 0.17 17 HE1 LYS 1 0.12 0.2158 13 CD LYS 1 0.17 18 HE2 LYS 1 0.12 0.2161 13 CD LYS 1 0.17 19 NZ LYS 1 0.155 0.2464 14 HD1 LYS 1 0.12 15 HD2 LYS 1 0.12 0.1756 14 HD1 LYS 1 0.12 16 CE LYS 1 0.17 0.2168 15 HD2 LYS 1 0.12 16 CE LYS 1 0.17 0.2152 16 CE LYS 1 0.17 17 HE1 LYS 1 0.12 0.1087 16 CE LYS 1 0.17 18 HE2 LYS 1 0.12 0.1097 16 CE LYS 1 0.17 20 HZ1 LYS 1 0.12 0.205 16 CE LYS 1 0.17 21 HZ2 LYS 1 0.12 0.2042 16 CE LYS 1 0.17 22 HZ3 LYS 1 0.12 0.2043 17 HE1 LYS 1 0.12 18 HE2 LYS 1 0.12 0.1752 17 HE1 LYS 1 0.12 19 NZ LYS 1 0.155 0.2104 18 HE2 LYS 1 0.12 19 NZ LYS 1 0.155 0.2104 19 NZ LYS 1 0.155 20 HZ1 LYS 1 0.12 0.1013 19 NZ LYS 1 0.155 21 HZ2 LYS 1 0.12 0.1007 19 NZ LYS 1 0.155 22 HZ3 LYS 1 0.12 0.1008 20 23 C LYS 1 0.17 24 O LYS 1 0.152 0.1227 23 C LYS 1 0.17 26 H VAL 2 0.12 0.2057 23 C LYS 1 0.17 27 CA VAL 2 0.17 0.2452 24 O LYS 1 0.152 25 N VAL 2 0.155 0.2265 25 N VAL 2 0.155 26 H VAL 2 0.12 0.1012 25 N VAL 2 0.155 28 HA VAL 2 0.12 0.212 25 N VAL 2 0.155 29 CB VAL 2 0.17 0.2483 25 N VAL 2 0.155 39 C VAL 2 0.17 0.2402 26 H VAL 2 0.12 27 CA VAL 2 0.17 0.2099 27 CA VAL 2 0.17 28 HA VAL 2 0.12 0.1087 27 CA VAL 2 0.17 30 HB VAL 2 0.12 0.2176 27 CA VAL 2 0.17 31 CG1 VAL 2 0.17 0.2542 27 CA VAL 2 0.17 35 CG2 VAL 2 0.17 0.2536 27 CA VAL 2 0.17 40 O VAL 2 0.152 0.2414 27 CA VAL 2 0.17 41 N PHE 3 0.155 0.2429 28 HA VAL 2 0.12 29 CB VAL 2 0.17 0.2139 28 HA VAL 2 0.12 39 C VAL 2 0.17 0.2153 29 CB VAL 2 0.17 30 HB VAL 2 0.12 0.1099 29 CB VAL 2 0.17 32 HG11 VAL 2 0.12 0.2179 29 CB VAL 2 0.17 33 HG12 VAL 2 0.12 0.2189 29 CB VAL 2 0.17 34 HG13 VAL 2 0.12 0.2179 29 CB VAL 2 0.17 36 HG21 VAL 2 0.12 0.2167 29 CB VAL 2 0.17 37 HG22 VAL 2 0.12 0.2176 29 CB VAL 2 0.17 38 HG23 VAL 2 0.12 0.2192 29 CB VAL 2 0.17 39 C VAL 2 0.17 0.2543 30 30 HB VAL 2 0.12 31 CG1 VAL 2 0.17 0.215 30 HB VAL 2 0.12 35 CG2 VAL 2 0.17 0.2146 31 CG1 VAL 2 0.17 32 HG11 VAL 2 0.12 0.1091 31 CG1 VAL 2 0.17 33 HG12 VAL 2 0.12 0.1089 31 CG1 VAL 2 0.17 34 HG13 VAL 2 0.12 0.1094 31 CG1 VAL 2 0.17 35 CG2 VAL 2 0.17 0.2487 32 HG11 VAL 2 0.12 33 HG12 VAL 2 0.12 0.1757 32 HG11 VAL 2 0.12 34 HG13 VAL 2 0.12 0.1765 33 HG12 VAL 2 0.12 34 HG13 VAL 2 0.12 0.1761 35 CG2 VAL 2 0.17 36 HG21 VAL 2 0.12 0.1084 35 CG2 VAL 2 0.17 37 HG22 VAL 2 0.12 0.1092 35 CG2 VAL 2 0.17 38 HG23 VAL 2 0.12 0.1092 36 HG21 VAL 2 0.12 37 HG22 VAL 2 0.12 0.176 36 HG21 VAL 2 0.12 38 HG23 VAL 2 0.12 0.1755 37 HG22 VAL 2 0.12 38 HG23 VAL 2 0.12 0.1767 39 C VAL 2 0.17 40 O VAL 2 0.152 0.1239 39 C VAL 2 0.17 43 CA PHE 3 0.17 0.2449 40 40 O VAL 2 0.152 41 N PHE 3 0.155 0.226 41 N PHE 3 0.155 42 H PHE 3 0.12 0.1006 41 N PHE 3 0.155 44 HA PHE 3 0.12 0.2084 41 N PHE 3 0.155 45 CB PHE 3 0.17 0.2467 41 N PHE 3 0.155 59 C PHE 3 0.17 0.2453 42 H PHE 3 0.12 43 CA PHE 3 0.17 0.2117 43 CA PHE 3 0.17 44 HA PHE 3 0.12 0.109 43 CA PHE 3 0.17 46 HB1 PHE 3 0.12 0.2198 43 CA PHE 3 0.17 47 HB2 PHE 3 0.12 0.2178 43 CA PHE 3 0.17 48 CG PHE 3 0.17 0.2554 43 CA PHE 3 0.17 60 O PHE 3 0.152 0.2405 43 CA PHE 3 0.17 61 N GLY 4 0.155 0.2431 44 HA PHE 3 0.12 45 CB PHE 3 0.17 0.2178 44 HA PHE 3 0.12 59 C PHE 3 0.17 0.2144 45 CB PHE 3 0.17 46 HB1 PHE 3 0.12 0.109 45 CB PHE 3 0.17 47 HB2 PHE 3 0.12 0.1089 45 CB PHE 3 0.17 49 CD1 PHE 3 0.17 0.2542 45 CB PHE 3 0.17 51 CD2 PHE 3 0.17 0.2528 45 CB PHE 3 0.17 59 C PHE 3 0.17 0.2487 46 HB1 PHE 3 0.12 47 HB2 PHE 3 0.12 0.1734 46 HB1 PHE 3 0.12 48 CG PHE 3 0.17 0.2139 47 HB2 PHE 3 0.12 48 CG PHE 3 0.17 0.2104 48 CG PHE 3 0.17 50 HD1 PHE 3 0.12 0.2158 48 CG PHE 3 0.17 52 HD2 PHE 3 0.12 0.2172 48 CG PHE 3 0.17 53 CE1 PHE 3 0.17 0.2437 48 CG PHE 3 0.17 55 CE2 PHE 3 0.17 0.2448 49 CD1 PHE 3 0.17 50 HD1 PHE 3 0.12 0.1082 49 CD1 PHE 3 0.17 51 CD2 PHE 3 0.17 0.244 49 CD1 PHE 3 0.17 54 HE1 PHE 3 0.12 0.2153 49 CD1 PHE 3 0.17 57 CZ PHE 3 0.17 0.2436 50 50 HD1 PHE 3 0.12 53 CE1 PHE 3 0.17 0.2161 51 CD2 PHE 3 0.17 52 HD2 PHE 3 0.12 0.1089 51 CD2 PHE 3 0.17 56 HE2 PHE 3 0.12 0.2157 51 CD2 PHE 3 0.17 57 CZ PHE 3 0.17 0.2439 52 HD2 PHE 3 0.12 55 CE2 PHE 3 0.17 0.2171 53 CE1 PHE 3 0.17 54 HE1 PHE 3 0.12 0.108 53 CE1 PHE 3 0.17 55 CE2 PHE 3 0.17 0.2446 53 CE1 PHE 3 0.17 58 HZ PHE 3 0.12 0.216 54 HE1 PHE 3 0.12 57 CZ PHE 3 0.17 0.2166 55 CE2 PHE 3 0.17 56 HE2 PHE 3 0.12 0.1079 55 CE2 PHE 3 0.17 58 HZ PHE 3 0.12 0.2152 56 HE2 PHE 3 0.12 57 CZ PHE 3 0.17 0.2174 57 CZ PHE 3 0.17 58 HZ PHE 3 0.12 0.1074 59 C PHE 3 0.17 60 O PHE 3 0.152 0.1233 59 C PHE 3 0.17 63 CA GLY 4 0.17 0.2439 60 60 O PHE 3 0.152 61 N GLY 4 0.155 0.2261 61 N GLY 4 0.155 62 H GLY 4 0.12 0.1014 61 N GLY 4 0.155 64 HA1 GLY 4 0.12 0.2097 61 N GLY 4 0.155 65 HA2 GLY 4 0.12 0.208 61 N GLY 4 0.155 66 C GLY 4 0.17 0.2418 62 H GLY 4 0.12 63 CA GLY 4 0.17 0.2113 63 CA GLY 4 0.17 64 HA1 GLY 4 0.12 0.109 63 CA GLY 4 0.17 65 HA2 GLY 4 0.12 0.1096 63 CA GLY 4 0.17 67 O GLY 4 0.152 0.2357 63 CA GLY 4 0.17 68 N ARG 5 0.155 0.2453 64 HA1 GLY 4 0.12 65 HA2 GLY 4 0.12 0.1769 64 HA1 GLY 4 0.12 66 C GLY 4 0.17 0.2199 65 HA2 GLY 4 0.12 66 C GLY 4 0.17 0.214 66 C GLY 4 0.17 67 O GLY 4 0.152 0.1224 66 C GLY 4 0.17 70 CA ARG 5 0.17 0.2528 67 O GLY 4 0.152 68 N ARG 5 0.155 0.2269 68 N ARG 5 0.155 69 H ARG 5 0.12 0.1006 68 N ARG 5 0.155 71 HA ARG 5 0.12 0.2006 68 N ARG 5 0.155 72 CB ARG 5 0.17 0.2455 69 H ARG 5 0.12 70 CA ARG 5 0.17 0.2121 70 70 CA ARG 5 0.17 71 HA ARG 5 0.12 0.1085 70 CA ARG 5 0.17 73 HB1 ARG 5 0.12 0.217 70 CA ARG 5 0.17 74 HB2 ARG 5 0.12 0.2158 70 CA ARG 5 0.17 75 CG ARG 5 0.17 0.2571 70 CA ARG 5 0.17 91 O1 ARG 5 0.152 0.2432 70 CA ARG 5 0.17 92 O2 ARG 5 0.152 0.2442 71 HA ARG 5 0.12 72 CB ARG 5 0.17 0.2124 71 HA ARG 5 0.12 90 C ARG 5 0.17 0.2062 72 CB ARG 5 0.17 73 HB1 ARG 5 0.12 0.1104 72 CB ARG 5 0.17 74 HB2 ARG 5 0.12 0.1091 72 CB ARG 5 0.17 76 HG1 ARG 5 0.12 0.2188 72 CB ARG 5 0.17 77 HG2 ARG 5 0.12 0.2156 72 CB ARG 5 0.17 78 CD ARG 5 0.17 0.2564 72 CB ARG 5 0.17 90 C ARG 5 0.17 0.2656 73 HB1 ARG 5 0.12 74 HB2 ARG 5 0.12 0.1759 73 HB1 ARG 5 0.12 75 CG ARG 5 0.17 0.2148 74 HB2 ARG 5 0.12 75 CG ARG 5 0.17 0.217 75 CG ARG 5 0.17 76 HG1 ARG 5 0.12 0.1079 75 CG ARG 5 0.17 77 HG2 ARG 5 0.12 0.1091 75 CG ARG 5 0.17 79 HD1 ARG 5 0.12 0.2096 75 CG ARG 5 0.17 80 HD2 ARG 5 0.12 0.2119 75 CG ARG 5 0.17 81 NE ARG 5 0.155 0.2454 76 HG1 ARG 5 0.12 77 HG2 ARG 5 0.12 0.1745 77 HG2 ARG 5 0.12 78 CD ARG 5 0.17 0.2156 78 CD ARG 5 0.17 79 HD1 ARG 5 0.12 0.1082 78 CD ARG 5 0.17 80 HD2 ARG 5 0.12 0.1091 78 CD ARG 5 0.17 82 HE ARG 5 0.12 0.2079 78 CD ARG 5 0.17 83 CZ ARG 5 0.17 0.2528 79 HD1 ARG 5 0.12 80 HD2 ARG 5 0.12 0.177 79 HD1 ARG 5 0.12 81 NE ARG 5 0.155 0.2117 80 80 HD2 ARG 5 0.12 81 NE ARG 5 0.155 0.211 81 NE ARG 5 0.155 82 HE ARG 5 0.12 0.1011 81 NE ARG 5 0.155 84 NH1 ARG 5 0.155 0.2347 81 NE ARG 5 0.155 87 NH2 ARG 5 0.155 0.2296 82 HE ARG 5 0.12 83 CZ ARG 5 0.17 0.2053 83 CZ ARG 5 0.17 85 HH11 ARG 5 0.12 0.2047 83 CZ ARG 5 0.17 86 HH12 ARG 5 0.12 0.2067 83 CZ ARG 5 0.17 88 HH21 ARG 5 0.12 0.204 83 CZ ARG 5 0.17 89 HH22 ARG 5 0.12 0.2059 84 NH1 ARG 5 0.155 85 HH11 ARG 5 0.12 0.1019 84 NH1 ARG 5 0.155 86 HH12 ARG 5 0.12 0.1006 84 NH1 ARG 5 0.155 87 NH2 ARG 5 0.155 0.231 85 HH11 ARG 5 0.12 86 HH12 ARG 5 0.12 0.1717 87 NH2 ARG 5 0.155 88 HH21 ARG 5 0.12 0.1001 87 NH2 ARG 5 0.155 89 HH22 ARG 5 0.12 0.1018 88 HH21 ARG 5 0.12 89 HH22 ARG 5 0.12 0.1722 90 90 C ARG 5 0.17 91 O1 ARG 5 0.152 0.125 90 C ARG 5 0.17 92 O2 ARG 5 0.152 0.1236 91 O1 ARG 5 0.152 92 O2 ARG 5 0.152 0.217 no atoms found outside box GROMACS reminds you: "The only greatness for man is immortality." (James Dean)