Mercurial > repos > chemteam > gmx_em
view test-data/complex.top @ 11:dc98e5c8165a draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs commit 3846f6c5a15ba0586afbd5c901229e237a4e4f17"
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; ; File 'topol.top' was generated ; By user: unknown (1000) ; On host: simon-notebook ; At date: Wed Aug 28 14:35:18 2019 ; ; This is a standalone topology file ; ; Created by: ; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-: ; ; Executable: /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx ; Data prefix: /home/simon/miniconda3/envs/gmx ; Working dir: /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs ; Command line: ; gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh ; Force field was read from the standard GROMACS share directory. ; ; Include forcefield parameters #include "oplsaa.ff/forcefield.itp" ; Include ligand atomtypes [ atomtypes ] ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb C C 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CZ CZ 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CK CK 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CM CM 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CD CD 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-0.5 14.0067 118 opls_241 8 LEU H 39 0.3 1.008 119 opls_224B 8 LEU CA 39 0.14 12.011 120 opls_140 8 LEU HA 39 0.06 1.008 121 opls_136 8 LEU CB 40 -0.12 12.011 122 opls_140 8 LEU HB1 40 0.06 1.008 123 opls_140 8 LEU HB2 40 0.06 1.008 124 opls_137 8 LEU CG 41 -0.06 12.011 125 opls_140 8 LEU HG 41 0.06 1.008 126 opls_135 8 LEU CD1 42 -0.18 12.011 127 opls_140 8 LEU HD11 42 0.06 1.008 128 opls_140 8 LEU HD12 42 0.06 1.008 129 opls_140 8 LEU HD13 42 0.06 1.008 130 opls_135 8 LEU CD2 43 -0.18 12.011 131 opls_140 8 LEU HD21 43 0.06 1.008 132 opls_140 8 LEU HD22 43 0.06 1.008 133 opls_140 8 LEU HD23 43 0.06 1.008 134 opls_235 8 LEU C 44 0.5 12.011 135 opls_236 8 LEU O 44 -0.5 15.9994 ; qtot 2 ; residue 9 ALA rtp ALA q 0.0 136 opls_238 9 ALA N 45 -0.5 14.0067 137 opls_241 9 ALA H 45 0.3 1.008 138 opls_224B 9 ALA CA 45 0.14 12.011 139 opls_140 9 ALA HA 45 0.06 1.008 140 opls_135 9 ALA CB 46 -0.18 12.011 141 opls_140 9 ALA HB1 46 0.06 1.008 142 opls_140 9 ALA HB2 46 0.06 1.008 143 opls_140 9 ALA 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ASN H 138 0.3 1.008 410 opls_224B 27 ASN CA 139 0.14 12.011 411 opls_140 27 ASN HA 139 0.06 1.008 412 opls_136 27 ASN CB 140 -0.12 12.011 413 opls_140 27 ASN HB1 140 0.06 1.008 414 opls_140 27 ASN HB2 140 0.06 1.008 415 opls_235 27 ASN CG 141 0.5 12.011 416 opls_236 27 ASN OD1 141 -0.5 15.9994 417 opls_237 27 ASN ND2 142 -0.76 14.0067 418 opls_240 27 ASN HD21 142 0.38 1.008 419 opls_240 27 ASN HD22 142 0.38 1.008 420 opls_235 27 ASN C 143 0.5 12.011 421 opls_236 27 ASN O 143 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 28 TRP rtp TRP q 0.0 422 opls_238 28 TRP N 144 -0.5 14.0067 423 opls_241 28 TRP H 144 0.3 1.008 424 opls_224B 28 TRP CA 144 0.14 12.011 425 opls_140 28 TRP HA 144 0.06 1.008 426 opls_136 28 TRP CB 145 -0.12 12.011 427 opls_140 28 TRP HB1 145 0.06 1.008 428 opls_140 28 TRP HB2 145 0.06 1.008 429 opls_500 28 TRP CG 146 0.075 12.011 430 opls_514 28 TRP CD1 147 -0.115 12.011 431 opls_146 28 TRP HD1 147 0.115 1.008 432 opls_501 28 TRP CD2 148 -0.055 12.011 433 opls_503 28 TRP NE1 149 -0.57 14.0067 434 opls_504 28 TRP HE1 149 0.42 1.008 435 opls_502 28 TRP CE2 149 0.13 12.011 436 opls_145 28 TRP CE3 150 -0.115 12.011 437 opls_146 28 TRP HE3 150 0.115 1.008 438 opls_145 28 TRP CZ2 151 -0.115 12.011 439 opls_146 28 TRP HZ2 151 0.115 1.008 440 opls_145 28 TRP CZ3 152 -0.115 12.011 441 opls_146 28 TRP HZ3 152 0.115 1.008 442 opls_145 28 TRP CH2 153 -0.115 12.011 443 opls_146 28 TRP HH2 153 0.115 1.008 444 opls_235 28 TRP C 154 0.5 12.011 445 opls_236 28 TRP O 154 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 29 VAL rtp VAL q 0.0 446 opls_238 29 VAL N 155 -0.5 14.0067 447 opls_241 29 VAL H 155 0.3 1.008 448 opls_224B 29 VAL CA 155 0.14 12.011 449 opls_140 29 VAL HA 155 0.06 1.008 450 opls_137 29 VAL CB 156 -0.06 12.011 451 opls_140 29 VAL HB 156 0.06 1.008 452 opls_135 29 VAL CG1 157 -0.18 12.011 453 opls_140 29 VAL HG11 157 0.06 1.008 454 opls_140 29 VAL HG12 157 0.06 1.008 455 opls_140 29 VAL HG13 157 0.06 1.008 456 opls_135 29 VAL CG2 158 -0.18 12.011 457 opls_140 29 VAL HG21 158 0.06 1.008 458 opls_140 29 VAL HG22 158 0.06 1.008 459 opls_140 29 VAL HG23 158 0.06 1.008 460 opls_235 29 VAL C 159 0.5 12.011 461 opls_236 29 VAL O 159 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 30 CYS rtp CYS2 q 0.0 462 opls_238 30 CYS N 160 -0.5 14.0067 463 opls_241 30 CYS H 160 0.3 1.008 464 opls_224B 30 CYS CA 160 0.14 12.011 465 opls_140 30 CYS HA 160 0.06 1.008 466 opls_214 30 CYS CB 161 0.0975 12.011 467 opls_140 30 CYS HB1 161 0.06 1.008 468 opls_140 30 CYS HB2 161 0.06 1.008 469 opls_203 30 CYS SG 161 -0.2175 32.06 470 opls_235 30 CYS C 162 0.5 12.011 471 opls_236 30 CYS O 162 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 31 ALA rtp ALA q 0.0 472 opls_238 31 ALA N 163 -0.5 14.0067 473 opls_241 31 ALA H 163 0.3 1.008 474 opls_224B 31 ALA CA 163 0.14 12.011 475 opls_140 31 ALA HA 163 0.06 1.008 476 opls_135 31 ALA CB 164 -0.18 12.011 477 opls_140 31 ALA HB1 164 0.06 1.008 478 opls_140 31 ALA HB2 164 0.06 1.008 479 opls_140 31 ALA HB3 164 0.06 1.008 480 opls_235 31 ALA C 165 0.5 12.011 481 opls_236 31 ALA O 165 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 32 ALA rtp ALA q 0.0 482 opls_238 32 ALA N 166 -0.5 14.0067 483 opls_241 32 ALA H 166 0.3 1.008 484 opls_224B 32 ALA CA 166 0.14 12.011 485 opls_140 32 ALA HA 166 0.06 1.008 486 opls_135 32 ALA CB 167 -0.18 12.011 487 opls_140 32 ALA HB1 167 0.06 1.008 488 opls_140 32 ALA HB2 167 0.06 1.008 489 opls_140 32 ALA HB3 167 0.06 1.008 490 opls_235 32 ALA C 168 0.5 12.011 491 opls_236 32 ALA O 168 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 33 LYS rtp LYSH q +1.0 492 opls_238 33 LYS N 169 -0.5 14.0067 493 opls_241 33 LYS H 169 0.3 1.008 494 opls_224B 33 LYS CA 169 0.14 12.011 495 opls_140 33 LYS HA 169 0.06 1.008 496 opls_136 33 LYS CB 170 -0.12 12.011 497 opls_140 33 LYS HB1 170 0.06 1.008 498 opls_140 33 LYS HB2 170 0.06 1.008 499 opls_136 33 LYS CG 171 -0.12 12.011 500 opls_140 33 LYS HG1 171 0.06 1.008 501 opls_140 33 LYS HG2 171 0.06 1.008 502 opls_136 33 LYS CD 172 -0.12 12.011 503 opls_140 33 LYS HD1 172 0.06 1.008 504 opls_140 33 LYS HD2 172 0.06 1.008 505 opls_292 33 LYS CE 173 0.19 12.011 506 opls_140 33 LYS HE1 173 0.06 1.008 507 opls_140 33 LYS HE2 173 0.06 1.008 508 opls_287 33 LYS NZ 174 -0.3 14.0067 509 opls_290 33 LYS HZ1 174 0.33 1.008 510 opls_290 33 LYS HZ2 174 0.33 1.008 511 opls_290 33 LYS HZ3 174 0.33 1.008 512 opls_235 33 LYS C 175 0.5 12.011 513 opls_236 33 LYS O 175 -0.5 15.9994 ; qtot 5 ; residue 34 PHE rtp PHE q 0.0 514 opls_238 34 PHE N 176 -0.5 14.0067 515 opls_241 34 PHE H 176 0.3 1.008 516 opls_224B 34 PHE CA 176 0.14 12.011 517 opls_140 34 PHE HA 176 0.06 1.008 518 opls_149 34 PHE CB 177 -0.005 12.011 519 opls_140 34 PHE HB1 177 0.06 1.008 520 opls_140 34 PHE HB2 177 0.06 1.008 521 opls_145 34 PHE CG 177 -0.115 12.011 522 opls_145 34 PHE CD1 178 -0.115 12.011 523 opls_146 34 PHE HD1 178 0.115 1.008 524 opls_145 34 PHE CD2 179 -0.115 12.011 525 opls_146 34 PHE HD2 179 0.115 1.008 526 opls_145 34 PHE CE1 180 -0.115 12.011 527 opls_146 34 PHE HE1 180 0.115 1.008 528 opls_145 34 PHE CE2 181 -0.115 12.011 529 opls_146 34 PHE HE2 181 0.115 1.008 530 opls_145 34 PHE CZ 182 -0.115 12.011 531 opls_146 34 PHE HZ 182 0.115 1.008 532 opls_235 34 PHE C 183 0.5 12.011 533 opls_236 34 PHE O 183 -0.5 15.9994 ; qtot 5 ; residue 35 GLU rtp GLU q -1.0 534 opls_238 35 GLU N 184 -0.5 14.0067 535 opls_241 35 GLU H 184 0.3 1.008 536 opls_224B 35 GLU CA 184 0.14 12.011 537 opls_140 35 GLU HA 184 0.06 1.008 538 opls_136 35 GLU CB 185 -0.12 12.011 539 opls_140 35 GLU HB1 185 0.06 1.008 540 opls_140 35 GLU HB2 185 0.06 1.008 541 opls_274 35 GLU CG 186 -0.22 12.011 542 opls_140 35 GLU HG1 186 0.06 1.008 543 opls_140 35 GLU HG2 186 0.06 1.008 544 opls_271 35 GLU CD 187 0.7 12.011 545 opls_272 35 GLU OE1 187 -0.8 15.9994 546 opls_272 35 GLU OE2 187 -0.8 15.9994 547 opls_235 35 GLU C 188 0.5 12.011 548 opls_236 35 GLU O 188 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 36 SER rtp SER q 0.0 549 opls_238 36 SER N 189 -0.5 14.0067 550 opls_241 36 SER H 189 0.3 1.008 551 opls_224B 36 SER CA 189 0.14 12.011 552 opls_140 36 SER HA 189 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opls_224B 38 PHE CA 199 0.14 12.011 577 opls_140 38 PHE HA 199 0.06 1.008 578 opls_149 38 PHE CB 200 -0.005 12.011 579 opls_140 38 PHE HB1 200 0.06 1.008 580 opls_140 38 PHE HB2 200 0.06 1.008 581 opls_145 38 PHE CG 200 -0.115 12.011 582 opls_145 38 PHE CD1 201 -0.115 12.011 583 opls_146 38 PHE HD1 201 0.115 1.008 584 opls_145 38 PHE CD2 202 -0.115 12.011 585 opls_146 38 PHE HD2 202 0.115 1.008 586 opls_145 38 PHE CE1 203 -0.115 12.011 587 opls_146 38 PHE HE1 203 0.115 1.008 588 opls_145 38 PHE CE2 204 -0.115 12.011 589 opls_146 38 PHE HE2 204 0.115 1.008 590 opls_145 38 PHE CZ 205 -0.115 12.011 591 opls_146 38 PHE HZ 205 0.115 1.008 592 opls_235 38 PHE C 206 0.5 12.011 593 opls_236 38 PHE O 206 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 39 ASN rtp ASN q 0.0 594 opls_238 39 ASN N 207 -0.5 14.0067 595 opls_241 39 ASN H 207 0.3 1.008 596 opls_224B 39 ASN CA 208 0.14 12.011 597 opls_140 39 ASN HA 208 0.06 1.008 598 opls_136 39 ASN CB 209 -0.12 12.011 599 opls_140 39 ASN HB1 209 0.06 1.008 600 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OD1 234 -0.5 15.9994 672 opls_237 44 ASN ND2 235 -0.76 14.0067 673 opls_240 44 ASN HD21 235 0.38 1.008 674 opls_240 44 ASN HD22 235 0.38 1.008 675 opls_235 44 ASN C 236 0.5 12.011 676 opls_236 44 ASN O 236 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 45 ARG rtp ARG q +1.0 677 opls_238 45 ARG N 237 -0.5 14.0067 678 opls_241 45 ARG H 237 0.3 1.008 679 opls_224B 45 ARG CA 237 0.14 12.011 680 opls_140 45 ARG HA 237 0.06 1.008 681 opls_136 45 ARG CB 238 -0.12 12.011 682 opls_140 45 ARG HB1 238 0.06 1.008 683 opls_140 45 ARG HB2 238 0.06 1.008 684 opls_308 45 ARG CG 239 -0.05 12.011 685 opls_140 45 ARG HG1 239 0.06 1.008 686 opls_140 45 ARG HG2 239 0.06 1.008 687 opls_307 45 ARG CD 240 0.19 12.011 688 opls_140 45 ARG HD1 240 0.06 1.008 689 opls_140 45 ARG HD2 240 0.06 1.008 690 opls_303 45 ARG NE 241 -0.7 14.0067 691 opls_304 45 ARG HE 241 0.44 1.008 692 opls_302 45 ARG CZ 241 0.64 12.011 693 opls_300 45 ARG NH1 242 -0.8 14.0067 694 opls_301 45 ARG HH11 242 0.46 1.008 695 opls_301 45 ARG HH12 242 0.46 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63 TRP C 347 0.5 12.011 983 opls_236 63 TRP O 347 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 64 CYS rtp CYS2 q 0.0 984 opls_238 64 CYS N 348 -0.5 14.0067 985 opls_241 64 CYS H 348 0.3 1.008 986 opls_224B 64 CYS CA 348 0.14 12.011 987 opls_140 64 CYS HA 348 0.06 1.008 988 opls_214 64 CYS CB 349 0.0975 12.011 989 opls_140 64 CYS HB1 349 0.06 1.008 990 opls_140 64 CYS HB2 349 0.06 1.008 991 opls_203 64 CYS SG 349 -0.2175 32.06 992 opls_235 64 CYS C 350 0.5 12.011 993 opls_236 64 CYS O 350 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 65 ASN rtp ASN q 0.0 994 opls_238 65 ASN N 351 -0.5 14.0067 995 opls_241 65 ASN H 351 0.3 1.008 996 opls_224B 65 ASN CA 352 0.14 12.011 997 opls_140 65 ASN HA 352 0.06 1.008 998 opls_136 65 ASN CB 353 -0.12 12.011 999 opls_140 65 ASN HB1 353 0.06 1.008 1000 opls_140 65 ASN HB2 353 0.06 1.008 1001 opls_235 65 ASN CG 354 0.5 12.011 1002 opls_236 65 ASN OD1 354 -0.5 15.9994 1003 opls_237 65 ASN ND2 355 -0.76 14.0067 1004 opls_240 65 ASN HD21 355 0.38 1.008 1005 opls_240 65 ASN HD22 355 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14.0067 1028 opls_241 68 ARG H 363 0.3 1.008 1029 opls_224B 68 ARG CA 363 0.14 12.011 1030 opls_140 68 ARG HA 363 0.06 1.008 1031 opls_136 68 ARG CB 364 -0.12 12.011 1032 opls_140 68 ARG HB1 364 0.06 1.008 1033 opls_140 68 ARG HB2 364 0.06 1.008 1034 opls_308 68 ARG CG 365 -0.05 12.011 1035 opls_140 68 ARG HG1 365 0.06 1.008 1036 opls_140 68 ARG HG2 365 0.06 1.008 1037 opls_307 68 ARG CD 366 0.19 12.011 1038 opls_140 68 ARG HD1 366 0.06 1.008 1039 opls_140 68 ARG HD2 366 0.06 1.008 1040 opls_303 68 ARG NE 367 -0.7 14.0067 1041 opls_304 68 ARG HE 367 0.44 1.008 1042 opls_302 68 ARG CZ 367 0.64 12.011 1043 opls_300 68 ARG NH1 368 -0.8 14.0067 1044 opls_301 68 ARG HH11 368 0.46 1.008 1045 opls_301 68 ARG HH12 368 0.46 1.008 1046 opls_300 68 ARG NH2 369 -0.8 14.0067 1047 opls_301 68 ARG HH21 369 0.46 1.008 1048 opls_301 68 ARG HH22 369 0.46 1.008 1049 opls_235 68 ARG C 370 0.5 12.011 1050 opls_236 68 ARG O 370 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 69 THR rtp THR q 0.0 1051 opls_238 69 THR N 371 -0.5 14.0067 1052 opls_241 69 THR H 371 0.3 1.008 1053 opls_224B 69 THR CA 371 0.14 12.011 1054 opls_140 69 THR HA 371 0.06 1.008 1055 opls_158 69 THR CB 372 0.205 12.011 1056 opls_140 69 THR HB 372 0.06 1.008 1057 opls_154 69 THR OG1 372 -0.683 15.9994 1058 opls_155 69 THR HG1 372 0.418 1.008 1059 opls_135 69 THR CG2 373 -0.18 12.011 1060 opls_140 69 THR HG21 373 0.06 1.008 1061 opls_140 69 THR HG22 373 0.06 1.008 1062 opls_140 69 THR HG23 373 0.06 1.008 1063 opls_235 69 THR C 374 0.5 12.011 1064 opls_236 69 THR O 374 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 70 PRO rtp PRO q 0.0 1065 opls_239 70 PRO N 375 -0.14 14.0067 1066 opls_246 70 PRO CA 375 0.01 12.011 1067 opls_140 70 PRO HA 375 0.06 1.008 1068 opls_136 70 PRO CB 376 -0.12 12.011 1069 opls_140 70 PRO HB1 376 0.06 1.008 1070 opls_140 70 PRO HB2 376 0.06 1.008 1071 opls_136 70 PRO CG 377 -0.12 12.011 1072 opls_140 70 PRO HG1 377 0.06 1.008 1073 opls_140 70 PRO HG2 377 0.06 1.008 1074 opls_245 70 PRO CD 378 -0.05 12.011 1075 opls_140 70 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LEU q 0.0 1261 opls_238 84 LEU N 442 -0.5 14.0067 1262 opls_241 84 LEU H 442 0.3 1.008 1263 opls_224B 84 LEU CA 442 0.14 12.011 1264 opls_140 84 LEU HA 442 0.06 1.008 1265 opls_136 84 LEU CB 443 -0.12 12.011 1266 opls_140 84 LEU HB1 443 0.06 1.008 1267 opls_140 84 LEU HB2 443 0.06 1.008 1268 opls_137 84 LEU CG 444 -0.06 12.011 1269 opls_140 84 LEU HG 444 0.06 1.008 1270 opls_135 84 LEU CD1 445 -0.18 12.011 1271 opls_140 84 LEU HD11 445 0.06 1.008 1272 opls_140 84 LEU HD12 445 0.06 1.008 1273 opls_140 84 LEU HD13 445 0.06 1.008 1274 opls_135 84 LEU CD2 446 -0.18 12.011 1275 opls_140 84 LEU HD21 446 0.06 1.008 1276 opls_140 84 LEU HD22 446 0.06 1.008 1277 opls_140 84 LEU HD23 446 0.06 1.008 1278 opls_235 84 LEU C 447 0.5 12.011 1279 opls_236 84 LEU O 447 -0.5 15.9994 ; qtot 5 ; residue 85 SER rtp SER q 0.0 1280 opls_238 85 SER N 448 -0.5 14.0067 1281 opls_241 85 SER H 448 0.3 1.008 1282 opls_224B 85 SER CA 448 0.14 12.011 1283 opls_140 85 SER HA 448 0.06 1.008 1284 opls_157 85 SER CB 449 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residue 120 VAL rtp VAL q 0.0 1790 opls_238 120 VAL N 624 -0.5 14.0067 1791 opls_241 120 VAL H 624 0.3 1.008 1792 opls_224B 120 VAL CA 624 0.14 12.011 1793 opls_140 120 VAL HA 624 0.06 1.008 1794 opls_137 120 VAL CB 625 -0.06 12.011 1795 opls_140 120 VAL HB 625 0.06 1.008 1796 opls_135 120 VAL CG1 626 -0.18 12.011 1797 opls_140 120 VAL HG11 626 0.06 1.008 1798 opls_140 120 VAL HG12 626 0.06 1.008 1799 opls_140 120 VAL HG13 626 0.06 1.008 1800 opls_135 120 VAL CG2 627 -0.18 12.011 1801 opls_140 120 VAL HG21 627 0.06 1.008 1802 opls_140 120 VAL HG22 627 0.06 1.008 1803 opls_140 120 VAL HG23 627 0.06 1.008 1804 opls_235 120 VAL C 628 0.5 12.011 1805 opls_236 120 VAL O 628 -0.5 15.9994 ; qtot 7 ; residue 121 GLN rtp GLN q 0.0 1806 opls_238 121 GLN N 629 -0.5 14.0067 1807 opls_241 121 GLN H 629 0.3 1.008 1808 opls_224B 121 GLN CA 630 0.14 12.011 1809 opls_140 121 GLN HA 630 0.06 1.008 1810 opls_136 121 GLN CB 631 -0.12 12.011 1811 opls_140 121 GLN HB1 631 0.06 1.008 1812 opls_140 121 GLN 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3 20 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C3 - O20 4 11 1 1.4280e-01 3.5129e+05 ; C7 - C4 4 14 1 1.3040e-01 4.4267e+05 ; C7 - N8 4 16 1 1.3710e-01 3.6819e+05 ; C7 - N11 5 15 1 1.3870e-01 3.4886e+05 ; C10 - N9 5 16 1 1.3830e-01 3.5480e+05 ; C10 - N11 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; C10 - S18 6 7 1 1.3500e-01 4.5940e+05 ; C12 - C13 6 16 1 1.3650e-01 3.7489e+05 ; C12 - N11 6 17 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C12 - C17 7 8 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C13 - C14 7 19 1 1.3490e-01 2.9941e+05 ; C13 - F19 8 9 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C14 - C15 9 10 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C15 - C16 10 17 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C16 - C17 11 12 1 1.3150e-01 5.0827e+05 ; C4 - C5 12 13 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C5 - C6 14 15 1 1.3650e-01 4.2710e+05 ; N8 - N9 [ pairs ] ; ai aj funct 1 11 1 ; C1 - C4 1 20 1 ; C1 - O20 2 4 1 ; C2 - C7 2 12 1 ; C2 - C5 3 13 1 ; C3 - C6 3 14 1 ; C3 - N8 3 16 1 ; C3 - N11 4 7 1 ; C7 - C13 4 13 1 ; C7 - C6 4 17 1 ; C7 - C17 4 18 1 ; C7 - S18 4 20 1 ; C7 - O20 5 7 1 ; C10 - C13 5 11 1 ; C10 - C4 5 17 1 ; C10 - C17 6 9 1 ; C12 - C15 6 11 1 ; C12 - C4 6 14 1 ; C12 - N8 6 15 1 ; C12 - N9 6 18 1 ; C12 - S18 7 10 1 ; C13 - C16 8 16 1 ; C14 - N11 8 17 1 ; C14 - C17 9 19 1 ; C15 - F19 10 16 1 ; C16 - N11 11 15 1 ; C4 - N9 12 14 1 ; C5 - N8 12 16 1 ; C5 - N11 12 20 1 ; C5 - O20 14 18 1 ; N8 - S18 16 19 1 ; N11 - F19 17 19 1 ; C17 - F19 21 3 1 ; O21 - C3 21 12 1 ; O21 - C5 [ angles ] ; ai aj ak funct theta cth 1 2 3 1 1.8000e+02 4.4183e+02 ; C1 - C2 - C3 1 13 12 1 1.8000e+02 4.6944e+02 ; C1 - C6 - C5 2 1 13 1 1.1532e+02 5.4476e+02 ; C2 - C1 - C6 2 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C1 - O21 2 3 11 1 1.1558e+02 5.4266e+02 ; C2 - C3 - C4 2 3 20 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C3 - O20 3 11 4 1 1.2269e+02 5.3220e+02 ; C3 - C4 - C7 3 11 12 1 1.1788e+02 5.4392e+02 ; C3 - C4 - C5 4 11 12 1 1.2591e+02 5.3388e+02 ; C7 - C4 - C5 4 14 15 1 1.0862e+02 6.1003e+02 ; C7 - N8 - N9 4 16 5 1 1.2049e+02 5.5815e+02 ; C7 - N11 - C10 4 16 6 1 1.0424e+02 5.9664e+02 ; C7 - N11 - C12 5 15 14 1 1.0834e+02 6.1505e+02 ; C10 - N9 - N8 5 16 6 1 1.2160e+02 5.8576e+02 ; C10 - N11 - C12 6 7 8 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C12 - C13 - C14 6 7 19 1 1.1896e+02 5.6149e+02 ; C12 - C13 - F19 6 17 10 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C12 - C17 - C16 7 6 16 1 1.2120e+02 5.8576e+02 ; C13 - C12 - N11 7 6 17 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C13 - C12 - C17 7 8 9 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C13 - C14 - C15 8 7 19 1 1.1875e+02 5.5274e+02 ; C14 - C13 - F19 8 9 10 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C14 - C15 - C16 9 10 17 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C15 - C16 - C17 11 3 20 1 1.2393e+02 5.7823e+02 ; C4 - C3 - O20 11 4 14 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N8 11 4 16 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N11 11 12 13 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C4 - C5 - C6 13 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C6 - C1 - O21 14 4 16 1 1.1390e+02 5.8576e+02 ; N8 - C7 - N11 15 5 16 1 1.1031e+02 6.1337e+02 ; N9 - C10 - N11 15 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N9 - C10 - S18 16 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N11 - C10 - S18 16 6 17 1 1.1687e+02 5.8241e+02 ; N11 - C12 - C17 [ dihedrals ] ; propers ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 ; i j k l func phase kd pn 1 2 3 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- C4 1 2 3 20 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- O20 1 13 12 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C6- C5- C4 2 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; C2- C1- C6- C5 2 3 11 4 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C7 2 3 11 12 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C5 3 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N8 3 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N11 3 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C3- C4- C5- C6 4 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C7- C4- C3- O20 4 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C7- C4- C5- C6 4 14 15 5 9 180.00 16.73600 2 ; C7- N8- N9- C10 4 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- N9 4 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- S18 4 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C13 4 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C17 5 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- C4 5 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- N8 5 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C13 5 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C17 6 7 8 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C13- C14- C15 6 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- C4 6 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- N8 6 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- N9 6 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- S18 6 17 10 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C17- C16- C15 7 6 17 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C12- C17- C16 7 8 9 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C14- C15- C16 8 7 6 16 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- N11 8 7 6 17 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- C17 8 9 10 17 9 180.00 0.00000 2 ; C14- C15- C16- C17 9 8 7 19 9 180.00 0.00000 2 ; C15- C14- C13- F19 10 17 6 16 9 180.00 0.00000 2 ; C16- C17- C12- N11 11 4 14 15 9 180.00 41.84000 2 ; C4- C7- N8- N9 12 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C5- C4- C3- O20 12 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N8 12 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N11 13 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; C6- C1- C2- C3 14 15 5 16 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- N11 14 15 5 18 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- S18 15 14 4 16 9 180.00 41.84000 2 ; N9- N8- C7- N11 16 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; N11- C12- C13- F19 17 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; C17- C12- C13- F19 21 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C2- C3 21 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C6- C5 [ dihedrals ] ; impropers ; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function ; i j k l func phase kd pn 3 4 11 12 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C7- C4- C5 5 4 16 6 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C7- N11- C12 6 8 7 19 4 180.00 4.60240 2 ; C12- C14- C13- F19 7 17 6 16 4 180.00 4.60240 2 ; C13- C17- C12- N11 11 2 3 20 4 180.00 43.93200 2 ; C4- C2- C3- O20 11 16 4 14 4 180.00 4.60240 2 ; C4- N11- C7- N8 18 16 5 15 4 180.00 4.60240 2 ; S18- N11- C10- N9 21 1 13 2 4 180.00 43.93200 2 ; O21- C1- C6- C2 ; Include water topology #include "oplsaa.ff/spce.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include topology for ions #include "oplsaa.ff/ions.itp" [ system ] ; Name LYSOZYME [ molecules ] ; Compound #mols Protein_chain_A 1 SOL 78 base 1