view test-data/check_info_structure.txt @ 4:018628703771 draft default tip

planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 8660ff51cd1a65b04f862562957592fe152fc81d
author chemteam
date Tue, 12 Jul 2022 12:46:17 +0000
parents
children
line wrap: on
line source

                 :-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-:

Executable:   /usr/local/bin.AVX2_256/gmx
Data prefix:  /usr/local
Working dir:  /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/7/working
Command line:
  gmx check -c ./struc.gro -vdwfac 0.8 -bonlo 0.4 -bonhi 0.7

Checking coordinate file ./struc.gro
94 atoms in file
coordinates found
box         found
velocities  absent

Checking for atoms closer than 0.8 and not between 0.4 and 0.7,
relative to sum of Van der Waals distance:

WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed
         based on residue and atom names, since they could not be
         definitively assigned from the information in your input
         files. These guessed numbers might deviate from the mass
         and radius of the atom type. Please check the output
         files if necessary. Note, that this functionality may
         be removed in a future GROMACS version. Please, consider
         using another file format for your input.


WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed
         based on residue and atom names, since they could not be
         definitively assigned from the information in your input
         files. These guessed numbers might deviate from the mass
         and radius of the atom type. Please check the output
         files if necessary. Note, that this functionality may
         be removed in a future GROMACS version. Please, consider
         using another file format for your input.

NOTE: From version 5.0 gmx check uses the Van der Waals radii
from the source below. This means the results may be different
compared to previous GROMACS versions.

++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++
A. Bondi
van der Waals Volumes and Radii
J. Phys. Chem. 68 (1964) pp. 441-451
-------- -------- --- Thank You --- -------- --------


atom# name  residue r_vdw  atom# name  residue r_vdw  distance

    1    N  LYS   1 0.155      2   H1  LYS   1 0.12   0.1008

    1    N  LYS   1 0.155      3   H2  LYS   1 0.12   0.1012

    1    N  LYS   1 0.155      4   H3  LYS   1 0.12   0.1019

    1    N  LYS   1 0.155      6   HA  LYS   1 0.12   0.2103

    1    N  LYS   1 0.155      7   CB  LYS   1 0.17   0.2447

    1    N  LYS   1 0.155     23    C  LYS   1 0.17   0.2437

    2   H1  LYS   1 0.12       5   CA  LYS   1 0.17   0.205 

    3   H2  LYS   1 0.12       5   CA  LYS   1 0.17   0.204 

    5   CA  LYS   1 0.17       6   HA  LYS   1 0.12   0.1093

    5   CA  LYS   1 0.17       8  HB1  LYS   1 0.12   0.2166

    5   CA  LYS   1 0.17       9  HB2  LYS   1 0.12   0.2169

    5   CA  LYS   1 0.17      10   CG  LYS   1 0.17   0.2598

    5   CA  LYS   1 0.17      24    O  LYS   1 0.152  0.235 

    5   CA  LYS   1 0.17      25    N  VAL   2 0.155  0.2455

    6   HA  LYS   1 0.12       7   CB  LYS   1 0.17   0.2176

    6   HA  LYS   1 0.12      23    C  LYS   1 0.17   0.215 

    7   CB  LYS   1 0.17       8  HB1  LYS   1 0.12   0.1093

    7   CB  LYS   1 0.17       9  HB2  LYS   1 0.12   0.1089

    7   CB  LYS   1 0.17      11  HG1  LYS   1 0.12   0.2154

    7   CB  LYS   1 0.17      12  HG2  LYS   1 0.12   0.217 

    7   CB  LYS   1 0.17      13   CD  LYS   1 0.17   0.252 

    7   CB  LYS   1 0.17      23    C  LYS   1 0.17   0.2504

    8  HB1  LYS   1 0.12       9  HB2  LYS   1 0.12   0.1744

    8  HB1  LYS   1 0.12      10   CG  LYS   1 0.17   0.2149

    9  HB2  LYS   1 0.12      10   CG  LYS   1 0.17   0.2132

   10
   10   CG  LYS   1 0.17      11  HG1  LYS   1 0.12   0.1093

   10   CG  LYS   1 0.17      12  HG2  LYS   1 0.12   0.1094

   10   CG  LYS   1 0.17      14  HD1  LYS   1 0.12   0.2135

   10   CG  LYS   1 0.17      15  HD2  LYS   1 0.12   0.2152

   10   CG  LYS   1 0.17      16   CE  LYS   1 0.17   0.251 

   11  HG1  LYS   1 0.12      12  HG2  LYS   1 0.12   0.1752

   11  HG1  LYS   1 0.12      13   CD  LYS   1 0.17   0.2145

   12  HG2  LYS   1 0.12      13   CD  LYS   1 0.17   0.2141

   13   CD  LYS   1 0.17      14  HD1  LYS   1 0.12   0.1091

   13   CD  LYS   1 0.17      15  HD2  LYS   1 0.12   0.1097

   13   CD  LYS   1 0.17      17  HE1  LYS   1 0.12   0.2158

   13   CD  LYS   1 0.17      18  HE2  LYS   1 0.12   0.2161

   13   CD  LYS   1 0.17      19   NZ  LYS   1 0.155  0.2464

   14  HD1  LYS   1 0.12      15  HD2  LYS   1 0.12   0.1756

   14  HD1  LYS   1 0.12      16   CE  LYS   1 0.17   0.2168

   15  HD2  LYS   1 0.12      16   CE  LYS   1 0.17   0.2152

   16   CE  LYS   1 0.17      17  HE1  LYS   1 0.12   0.1087

   16   CE  LYS   1 0.17      18  HE2  LYS   1 0.12   0.1097

   16   CE  LYS   1 0.17      20  HZ1  LYS   1 0.12   0.205 

   16   CE  LYS   1 0.17      21  HZ2  LYS   1 0.12   0.2042

   16   CE  LYS   1 0.17      22  HZ3  LYS   1 0.12   0.2043

   17  HE1  LYS   1 0.12      18  HE2  LYS   1 0.12   0.1752

   17  HE1  LYS   1 0.12      19   NZ  LYS   1 0.155  0.2104

   18  HE2  LYS   1 0.12      19   NZ  LYS   1 0.155  0.2104

   19   NZ  LYS   1 0.155     20  HZ1  LYS   1 0.12   0.1013

   19   NZ  LYS   1 0.155     21  HZ2  LYS   1 0.12   0.1007

   19   NZ  LYS   1 0.155     22  HZ3  LYS   1 0.12   0.1008

   20
   23    C  LYS   1 0.17      24    O  LYS   1 0.152  0.1227

   23    C  LYS   1 0.17      26    H  VAL   2 0.12   0.2057

   23    C  LYS   1 0.17      27   CA  VAL   2 0.17   0.2452

   24    O  LYS   1 0.152     25    N  VAL   2 0.155  0.2265

   25    N  VAL   2 0.155     26    H  VAL   2 0.12   0.1012

   25    N  VAL   2 0.155     28   HA  VAL   2 0.12   0.212 

   25    N  VAL   2 0.155     29   CB  VAL   2 0.17   0.2483

   25    N  VAL   2 0.155     39    C  VAL   2 0.17   0.2402

   26    H  VAL   2 0.12      27   CA  VAL   2 0.17   0.2099

   27   CA  VAL   2 0.17      28   HA  VAL   2 0.12   0.1087

   27   CA  VAL   2 0.17      30   HB  VAL   2 0.12   0.2176

   27   CA  VAL   2 0.17      31  CG1  VAL   2 0.17   0.2542

   27   CA  VAL   2 0.17      35  CG2  VAL   2 0.17   0.2536

   27   CA  VAL   2 0.17      40    O  VAL   2 0.152  0.2414

   27   CA  VAL   2 0.17      41    N  PHE   3 0.155  0.2429

   28   HA  VAL   2 0.12      29   CB  VAL   2 0.17   0.2139

   28   HA  VAL   2 0.12      39    C  VAL   2 0.17   0.2153

   29   CB  VAL   2 0.17      30   HB  VAL   2 0.12   0.1099

   29   CB  VAL   2 0.17      32 HG11  VAL   2 0.12   0.2179

   29   CB  VAL   2 0.17      33 HG12  VAL   2 0.12   0.2189

   29   CB  VAL   2 0.17      34 HG13  VAL   2 0.12   0.2179

   29   CB  VAL   2 0.17      36 HG21  VAL   2 0.12   0.2167

   29   CB  VAL   2 0.17      37 HG22  VAL   2 0.12   0.2176

   29   CB  VAL   2 0.17      38 HG23  VAL   2 0.12   0.2192

   29   CB  VAL   2 0.17      39    C  VAL   2 0.17   0.2543

   30
   30   HB  VAL   2 0.12      31  CG1  VAL   2 0.17   0.215 

   30   HB  VAL   2 0.12      35  CG2  VAL   2 0.17   0.2146

   31  CG1  VAL   2 0.17      32 HG11  VAL   2 0.12   0.1091

   31  CG1  VAL   2 0.17      33 HG12  VAL   2 0.12   0.1089

   31  CG1  VAL   2 0.17      34 HG13  VAL   2 0.12   0.1094

   31  CG1  VAL   2 0.17      35  CG2  VAL   2 0.17   0.2487

   32 HG11  VAL   2 0.12      33 HG12  VAL   2 0.12   0.1757

   32 HG11  VAL   2 0.12      34 HG13  VAL   2 0.12   0.1765

   33 HG12  VAL   2 0.12      34 HG13  VAL   2 0.12   0.1761

   35  CG2  VAL   2 0.17      36 HG21  VAL   2 0.12   0.1084

   35  CG2  VAL   2 0.17      37 HG22  VAL   2 0.12   0.1092

   35  CG2  VAL   2 0.17      38 HG23  VAL   2 0.12   0.1092

   36 HG21  VAL   2 0.12      37 HG22  VAL   2 0.12   0.176 

   36 HG21  VAL   2 0.12      38 HG23  VAL   2 0.12   0.1755

   37 HG22  VAL   2 0.12      38 HG23  VAL   2 0.12   0.1767

   39    C  VAL   2 0.17      40    O  VAL   2 0.152  0.1239

   39    C  VAL   2 0.17      43   CA  PHE   3 0.17   0.2449

   40
   40    O  VAL   2 0.152     41    N  PHE   3 0.155  0.226 

   41    N  PHE   3 0.155     42    H  PHE   3 0.12   0.1006

   41    N  PHE   3 0.155     44   HA  PHE   3 0.12   0.2084

   41    N  PHE   3 0.155     45   CB  PHE   3 0.17   0.2467

   41    N  PHE   3 0.155     59    C  PHE   3 0.17   0.2453

   42    H  PHE   3 0.12      43   CA  PHE   3 0.17   0.2117

   43   CA  PHE   3 0.17      44   HA  PHE   3 0.12   0.109 

   43   CA  PHE   3 0.17      46  HB1  PHE   3 0.12   0.2198

   43   CA  PHE   3 0.17      47  HB2  PHE   3 0.12   0.2178

   43   CA  PHE   3 0.17      48   CG  PHE   3 0.17   0.2554

   43   CA  PHE   3 0.17      60    O  PHE   3 0.152  0.2405

   43   CA  PHE   3 0.17      61    N  GLY   4 0.155  0.2431

   44   HA  PHE   3 0.12      45   CB  PHE   3 0.17   0.2178

   44   HA  PHE   3 0.12      59    C  PHE   3 0.17   0.2144

   45   CB  PHE   3 0.17      46  HB1  PHE   3 0.12   0.109 

   45   CB  PHE   3 0.17      47  HB2  PHE   3 0.12   0.1089

   45   CB  PHE   3 0.17      49  CD1  PHE   3 0.17   0.2542

   45   CB  PHE   3 0.17      51  CD2  PHE   3 0.17   0.2528

   45   CB  PHE   3 0.17      59    C  PHE   3 0.17   0.2487

   46  HB1  PHE   3 0.12      47  HB2  PHE   3 0.12   0.1734

   46  HB1  PHE   3 0.12      48   CG  PHE   3 0.17   0.2139

   47  HB2  PHE   3 0.12      48   CG  PHE   3 0.17   0.2104

   48   CG  PHE   3 0.17      50  HD1  PHE   3 0.12   0.2158

   48   CG  PHE   3 0.17      52  HD2  PHE   3 0.12   0.2172

   48   CG  PHE   3 0.17      53  CE1  PHE   3 0.17   0.2437

   48   CG  PHE   3 0.17      55  CE2  PHE   3 0.17   0.2448

   49  CD1  PHE   3 0.17      50  HD1  PHE   3 0.12   0.1082

   49  CD1  PHE   3 0.17      51  CD2  PHE   3 0.17   0.244 

   49  CD1  PHE   3 0.17      54  HE1  PHE   3 0.12   0.2153

   49  CD1  PHE   3 0.17      57   CZ  PHE   3 0.17   0.2436

   50
   50  HD1  PHE   3 0.12      53  CE1  PHE   3 0.17   0.2161

   51  CD2  PHE   3 0.17      52  HD2  PHE   3 0.12   0.1089

   51  CD2  PHE   3 0.17      56  HE2  PHE   3 0.12   0.2157

   51  CD2  PHE   3 0.17      57   CZ  PHE   3 0.17   0.2439

   52  HD2  PHE   3 0.12      55  CE2  PHE   3 0.17   0.2171

   53  CE1  PHE   3 0.17      54  HE1  PHE   3 0.12   0.108 

   53  CE1  PHE   3 0.17      55  CE2  PHE   3 0.17   0.2446

   53  CE1  PHE   3 0.17      58   HZ  PHE   3 0.12   0.216 

   54  HE1  PHE   3 0.12      57   CZ  PHE   3 0.17   0.2166

   55  CE2  PHE   3 0.17      56  HE2  PHE   3 0.12   0.1079

   55  CE2  PHE   3 0.17      58   HZ  PHE   3 0.12   0.2152

   56  HE2  PHE   3 0.12      57   CZ  PHE   3 0.17   0.2174

   57   CZ  PHE   3 0.17      58   HZ  PHE   3 0.12   0.1074

   59    C  PHE   3 0.17      60    O  PHE   3 0.152  0.1233

   59    C  PHE   3 0.17      63   CA  GLY   4 0.17   0.2439

   60
   60    O  PHE   3 0.152     61    N  GLY   4 0.155  0.2261

   61    N  GLY   4 0.155     62    H  GLY   4 0.12   0.1014

   61    N  GLY   4 0.155     64  HA1  GLY   4 0.12   0.2097

   61    N  GLY   4 0.155     65  HA2  GLY   4 0.12   0.208 

   61    N  GLY   4 0.155     66    C  GLY   4 0.17   0.2418

   62    H  GLY   4 0.12      63   CA  GLY   4 0.17   0.2113

   63   CA  GLY   4 0.17      64  HA1  GLY   4 0.12   0.109 

   63   CA  GLY   4 0.17      65  HA2  GLY   4 0.12   0.1096

   63   CA  GLY   4 0.17      67    O  GLY   4 0.152  0.2357

   63   CA  GLY   4 0.17      68    N  ARG   5 0.155  0.2453

   64  HA1  GLY   4 0.12      65  HA2  GLY   4 0.12   0.1769

   64  HA1  GLY   4 0.12      66    C  GLY   4 0.17   0.2199

   65  HA2  GLY   4 0.12      66    C  GLY   4 0.17   0.214 

   66    C  GLY   4 0.17      67    O  GLY   4 0.152  0.1224

   66    C  GLY   4 0.17      70   CA  ARG   5 0.17   0.2528

   67    O  GLY   4 0.152     68    N  ARG   5 0.155  0.2269

   68    N  ARG   5 0.155     69    H  ARG   5 0.12   0.1006

   68    N  ARG   5 0.155     71   HA  ARG   5 0.12   0.2006

   68    N  ARG   5 0.155     72   CB  ARG   5 0.17   0.2455

   69    H  ARG   5 0.12      70   CA  ARG   5 0.17   0.2121

   70
   70   CA  ARG   5 0.17      71   HA  ARG   5 0.12   0.1085

   70   CA  ARG   5 0.17      73  HB1  ARG   5 0.12   0.217 

   70   CA  ARG   5 0.17      74  HB2  ARG   5 0.12   0.2158

   70   CA  ARG   5 0.17      75   CG  ARG   5 0.17   0.2571

   70   CA  ARG   5 0.17      91   O1  ARG   5 0.152  0.2432

   70   CA  ARG   5 0.17      92   O2  ARG   5 0.152  0.2442

   71   HA  ARG   5 0.12      72   CB  ARG   5 0.17   0.2124

   71   HA  ARG   5 0.12      90    C  ARG   5 0.17   0.2062

   72   CB  ARG   5 0.17      73  HB1  ARG   5 0.12   0.1104

   72   CB  ARG   5 0.17      74  HB2  ARG   5 0.12   0.1091

   72   CB  ARG   5 0.17      76  HG1  ARG   5 0.12   0.2188

   72   CB  ARG   5 0.17      77  HG2  ARG   5 0.12   0.2156

   72   CB  ARG   5 0.17      78   CD  ARG   5 0.17   0.2564

   72   CB  ARG   5 0.17      90    C  ARG   5 0.17   0.2656

   73  HB1  ARG   5 0.12      74  HB2  ARG   5 0.12   0.1759

   73  HB1  ARG   5 0.12      75   CG  ARG   5 0.17   0.2148

   74  HB2  ARG   5 0.12      75   CG  ARG   5 0.17   0.217 

   75   CG  ARG   5 0.17      76  HG1  ARG   5 0.12   0.1079

   75   CG  ARG   5 0.17      77  HG2  ARG   5 0.12   0.1091

   75   CG  ARG   5 0.17      79  HD1  ARG   5 0.12   0.2096

   75   CG  ARG   5 0.17      80  HD2  ARG   5 0.12   0.2119

   75   CG  ARG   5 0.17      81   NE  ARG   5 0.155  0.2454

   76  HG1  ARG   5 0.12      77  HG2  ARG   5 0.12   0.1745

   77  HG2  ARG   5 0.12      78   CD  ARG   5 0.17   0.2156

   78   CD  ARG   5 0.17      79  HD1  ARG   5 0.12   0.1082

   78   CD  ARG   5 0.17      80  HD2  ARG   5 0.12   0.1091

   78   CD  ARG   5 0.17      82   HE  ARG   5 0.12   0.2079

   78   CD  ARG   5 0.17      83   CZ  ARG   5 0.17   0.2528

   79  HD1  ARG   5 0.12      80  HD2  ARG   5 0.12   0.177 

   79  HD1  ARG   5 0.12      81   NE  ARG   5 0.155  0.2117

   80
   80  HD2  ARG   5 0.12      81   NE  ARG   5 0.155  0.211 

   81   NE  ARG   5 0.155     82   HE  ARG   5 0.12   0.1011

   81   NE  ARG   5 0.155     84  NH1  ARG   5 0.155  0.2347

   81   NE  ARG   5 0.155     87  NH2  ARG   5 0.155  0.2296

   82   HE  ARG   5 0.12      83   CZ  ARG   5 0.17   0.2053

   83   CZ  ARG   5 0.17      85 HH11  ARG   5 0.12   0.2047

   83   CZ  ARG   5 0.17      86 HH12  ARG   5 0.12   0.2067

   83   CZ  ARG   5 0.17      88 HH21  ARG   5 0.12   0.204 

   83   CZ  ARG   5 0.17      89 HH22  ARG   5 0.12   0.2059

   84  NH1  ARG   5 0.155     85 HH11  ARG   5 0.12   0.1019

   84  NH1  ARG   5 0.155     86 HH12  ARG   5 0.12   0.1006

   84  NH1  ARG   5 0.155     87  NH2  ARG   5 0.155  0.231 

   85 HH11  ARG   5 0.12      86 HH12  ARG   5 0.12   0.1717

   87  NH2  ARG   5 0.155     88 HH21  ARG   5 0.12   0.1001

   87  NH2  ARG   5 0.155     89 HH22  ARG   5 0.12   0.1018

   88 HH21  ARG   5 0.12      89 HH22  ARG   5 0.12   0.1722

   90
   90    C  ARG   5 0.17      91   O1  ARG   5 0.152  0.125 

   90    C  ARG   5 0.17      92   O2  ARG   5 0.152  0.1236

   91   O1  ARG   5 0.152     92   O2  ARG   5 0.152  0.217 

      
no atoms found outside box


GROMACS reminds you: "The only greatness for man is immortality." (James Dean)