view test-data/lig.itp @ 0:a5afe283962d draft

"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 0941b05e72c90bcf5521efa52767390864be5033"
author chemteam
date Wed, 01 Dec 2021 15:34:01 +0000
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; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-11-07T23:16:00CET) on Fri Mar 20 14:38:01 2020

[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
 C        C           0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
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 CM       CM          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
 CD       CD          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
 NB       NB          0.00000  0.00000   A     3.25000e-01   7.11280e-01 ; 1.82  0.1700
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 DU       DU          0.00000  0.00000   A     0.00000e+00   0.00000e+00 ; 0.00  0.0000
 F        F           0.00000  0.00000   A     3.11815e-01   2.55224e-01 ; 1.75  0.0610
 O        O           0.00000  0.00000   A     2.95992e-01   8.78640e-01 ; 1.66  0.2100

[ moleculetype ]
;name            nrexcl
 base             3

[ atoms ]
;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
     1    C     1   G5E    C1    1     0.545501     12.01000 ; qtot 0.546
     2   CZ     1   G5E    C2    2     0.075000     12.01000 ; qtot 0.621
     3    C     1   G5E    C3    3     0.508501     12.01000 ; qtot 1.129
     4   CK     1   G5E    C7    4     0.208200     12.01000 ; qtot 1.337
     5    C     1   G5E   C10    5     0.352800     12.01000 ; qtot 1.690
     6   CM     1   G5E   C12    6     0.002500     12.01000 ; qtot 1.693
     7   CM     1   G5E   C13    7     0.233400     12.01000 ; qtot 1.926
     8   CZ     1   G5E   C14    8    -0.087900     12.01000 ; qtot 1.838
     9   CZ     1   G5E   C15    9     0.072000     12.01000 ; qtot 1.910
    10   CZ     1   G5E   C16   10     0.028000     12.01000 ; qtot 1.938
    11   CD     1   G5E    C4   11    -0.048900     12.01000 ; qtot 1.889
    12   CZ     1   G5E    C5   12    -0.123300     12.01000 ; qtot 1.766
    13   CZ     1   G5E    C6   13    -0.161200     12.01000 ; qtot 1.605
    14   NB     1   G5E    N8   14    -0.082600     14.01000 ; qtot 1.522
    15   NB     1   G5E    N9   15    -0.125400     14.01000 ; qtot 1.397
    16   N*     1   G5E   N11   16    -0.261200     14.01000 ; qtot 1.135
    17   CZ     1   G5E   C17   17    -0.043900     12.01000 ; qtot 1.092
    18   DU     1   G5E   S18   18    -0.081400      0.00000 ; qtot 1.010
    19    F     1   G5E   F19   19    -0.100500     19.00000 ; qtot 0.910
    20    O     1   G5E   O20   20    -0.460300     16.00000 ; qtot 0.449
    21    O     1   G5E   O21   21    -0.449300     16.00000 ; qtot -0.000

[ bonds ]
;   ai     aj funct   r             k
     1      2   1    1.4600e-01    3.1782e+05 ;     C1 - C2    
     1     13   1    1.4600e-01    3.1782e+05 ;     C1 - C6    
     1     21   1    1.2290e-01    4.7698e+05 ;     C1 - O21   
     2      3   1    1.4600e-01    3.1782e+05 ;     C2 - C3    
     3     11   1    1.4680e-01    3.1045e+05 ;     C3 - C4    
     3     20   1    1.2290e-01    4.7698e+05 ;     C3 - O20   
     4     11   1    1.4280e-01    3.5129e+05 ;     C7 - C4    
     4     14   1    1.3040e-01    4.4267e+05 ;     C7 - N8    
     4     16   1    1.3710e-01    3.6819e+05 ;     C7 - N11   
     5     15   1    1.3870e-01    3.4886e+05 ;    C10 - N9    
     5     16   1    1.3830e-01    3.5480e+05 ;    C10 - N11   
     5     18   1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;    C10 - S18   
     6      7   1    1.3500e-01    4.5940e+05 ;    C12 - C13   
     6     16   1    1.3650e-01    3.7489e+05 ;    C12 - N11   
     6     17   1    1.4400e-01    3.3815e+05 ;    C12 - C17   
     7      8   1    1.4400e-01    3.3815e+05 ;    C13 - C14   
     7     19   1    1.3490e-01    2.9941e+05 ;    C13 - F19   
     8      9   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;    C14 - C15   
     9     10   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;    C15 - C16   
    10     17   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;    C16 - C17   
    11     12   1    1.3150e-01    5.0827e+05 ;     C4 - C5    
    12     13   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;     C5 - C6    
    14     15   1    1.3650e-01    4.2710e+05 ;     N8 - N9    

[ pairs ]
;   ai     aj    funct
     1     11      1 ;     C1 - C4    
     1     20      1 ;     C1 - O20   
     2      4      1 ;     C2 - C7    
     2     12      1 ;     C2 - C5    
     3     13      1 ;     C3 - C6    
     3     14      1 ;     C3 - N8    
     3     16      1 ;     C3 - N11   
     4      7      1 ;     C7 - C13   
     4     13      1 ;     C7 - C6    
     4     17      1 ;     C7 - C17   
     4     18      1 ;     C7 - S18   
     4     20      1 ;     C7 - O20   
     5      7      1 ;    C10 - C13   
     5     11      1 ;    C10 - C4    
     5     17      1 ;    C10 - C17   
     6      9      1 ;    C12 - C15   
     6     11      1 ;    C12 - C4    
     6     14      1 ;    C12 - N8    
     6     15      1 ;    C12 - N9    
     6     18      1 ;    C12 - S18   
     7     10      1 ;    C13 - C16   
     8     16      1 ;    C14 - N11   
     8     17      1 ;    C14 - C17   
     9     19      1 ;    C15 - F19   
    10     16      1 ;    C16 - N11   
    11     15      1 ;     C4 - N9    
    12     14      1 ;     C5 - N8    
    12     16      1 ;     C5 - N11   
    12     20      1 ;     C5 - O20   
    14     18      1 ;     N8 - S18   
    16     19      1 ;    N11 - F19   
    17     19      1 ;    C17 - F19   
    21      3      1 ;    O21 - C3    
    21     12      1 ;    O21 - C5    

[ angles ]
;   ai     aj     ak    funct   theta         cth
     1      2      3      1    1.8000e+02    4.4183e+02 ;     C1 - C2     - C3    
     1     13     12      1    1.8000e+02    4.6944e+02 ;     C1 - C6     - C5    
     2      1     13      1    1.1532e+02    5.4476e+02 ;     C2 - C1     - C6    
     2      1     21      1    1.2234e+02    5.8409e+02 ;     C2 - C1     - O21   
     2      3     11      1    1.1558e+02    5.4266e+02 ;     C2 - C3     - C4    
     2      3     20      1    1.2234e+02    5.8409e+02 ;     C2 - C3     - O20   
     3     11      4      1    1.2269e+02    5.3220e+02 ;     C3 - C4     - C7    
     3     11     12      1    1.1788e+02    5.4392e+02 ;     C3 - C4     - C5    
     4     11     12      1    1.2591e+02    5.3388e+02 ;     C7 - C4     - C5    
     4     14     15      1    1.0862e+02    6.1003e+02 ;     C7 - N8     - N9    
     4     16      5      1    1.2049e+02    5.5815e+02 ;     C7 - N11    - C10   
     4     16      6      1    1.0424e+02    5.9664e+02 ;     C7 - N11    - C12   
     5     15     14      1    1.0834e+02    6.1505e+02 ;    C10 - N9     - N8    
     5     16      6      1    1.2160e+02    5.8576e+02 ;    C10 - N11    - C12   
     6      7      8      1    1.2000e+02    5.4894e+02 ;    C12 - C13    - C14   
     6      7     19      1    1.1896e+02    5.6149e+02 ;    C12 - C13    - F19   
     6     17     10      1    1.8000e+02    4.7447e+02 ;    C12 - C17    - C16   
     7      6     16      1    1.2120e+02    5.8576e+02 ;    C13 - C12    - N11   
     7      6     17      1    1.2000e+02    5.4894e+02 ;    C13 - C12    - C17   
     7      8      9      1    1.8000e+02    4.7447e+02 ;    C13 - C14    - C15   
     8      7     19      1    1.1875e+02    5.5274e+02 ;    C14 - C13    - F19   
     8      9     10      1    1.8000e+02    5.3137e+02 ;    C14 - C15    - C16   
     9     10     17      1    1.8000e+02    5.3137e+02 ;    C15 - C16    - C17   
    11      3     20      1    1.2393e+02    5.7823e+02 ;     C4 - C3     - O20   
    11      4     14      1    1.2198e+02    5.6568e+02 ;     C4 - C7     - N8    
    11      4     16      1    1.2198e+02    5.6568e+02 ;     C4 - C7     - N11   
    11     12     13      1    1.8000e+02    4.7447e+02 ;     C4 - C5     - C6    
    13      1     21      1    1.2234e+02    5.8409e+02 ;     C6 - C1     - O21   
    14      4     16      1    1.1390e+02    5.8576e+02 ;     N8 - C7     - N11   
    15      5     16      1    1.1031e+02    6.1337e+02 ;     N9 - C10    - N11   
    15      5     18      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;     N9 - C10    - S18   
    16      5     18      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;    N11 - C10    - S18   
    16      6     17      1    1.1687e+02    5.8241e+02 ;    N11 - C12    - C17   

[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
     1      2      3     11      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C2-    C3-    C4
     1      2      3     20      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C2-    C3-   O20
     1     13     12     11      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C6-    C5-    C4
     2      1     13     12      9   180.00   0.00000   2 ;     C2-    C1-    C6-    C5
     2      3     11      4      9   180.00  12.02900   2 ;     C2-    C3-    C4-    C7
     2      3     11     12      9   180.00  12.02900   2 ;     C2-    C3-    C4-    C5
     3     11      4     14      9   180.00  16.73600   2 ;     C3-    C4-    C7-    N8
     3     11      4     16      9   180.00  16.73600   2 ;     C3-    C4-    C7-   N11
     3     11     12     13      9   180.00   0.00000   2 ;     C3-    C4-    C5-    C6
     4     11      3     20      9   180.00  12.02900   2 ;     C7-    C4-    C3-   O20
     4     11     12     13      9   180.00   0.00000   2 ;     C7-    C4-    C5-    C6
     4     14     15      5      9   180.00  16.73600   2 ;     C7-    N8-    N9-   C10
     4     16      5     15      9   180.00   6.06680   2 ;     C7-   N11-   C10-    N9
     4     16      5     18      9   180.00   6.06680   2 ;     C7-   N11-   C10-   S18
     4     16      6      7      9   180.00   7.74040   2 ;     C7-   N11-   C12-   C13
     4     16      6     17      9   180.00   7.74040   2 ;     C7-   N11-   C12-   C17
     5     16      4     11      9   180.00   7.11280   2 ;    C10-   N11-    C7-    C4
     5     16      4     14      9   180.00   7.11280   2 ;    C10-   N11-    C7-    N8
     5     16      6      7      9   180.00   7.74040   2 ;    C10-   N11-   C12-   C13
     5     16      6     17      9   180.00   7.74040   2 ;    C10-   N11-   C12-   C17
     6      7      8      9      9   180.00   0.00000   2 ;    C12-   C13-   C14-   C15
     6     16      4     11      9   180.00   7.11280   2 ;    C12-   N11-    C7-    C4
     6     16      4     14      9   180.00   7.11280   2 ;    C12-   N11-    C7-    N8
     6     16      5     15      9   180.00   6.06680   2 ;    C12-   N11-   C10-    N9
     6     16      5     18      9   180.00   6.06680   2 ;    C12-   N11-   C10-   S18
     6     17     10      9      9   180.00   0.00000   2 ;    C12-   C17-   C16-   C15
     7      6     17     10      9   180.00   0.00000   2 ;    C13-   C12-   C17-   C16
     7      8      9     10      9   180.00   0.00000   2 ;    C13-   C14-   C15-   C16
     8      7      6     16      9   180.00  27.82360   2 ;    C14-   C13-   C12-   N11
     8      7      6     17      9   180.00  27.82360   2 ;    C14-   C13-   C12-   C17
     8      9     10     17      9   180.00   0.00000   2 ;    C14-   C15-   C16-   C17
     9      8      7     19      9   180.00   0.00000   2 ;    C15-   C14-   C13-   F19
    10     17      6     16      9   180.00   0.00000   2 ;    C16-   C17-   C12-   N11
    11      4     14     15      9   180.00  41.84000   2 ;     C4-    C7-    N8-    N9
    12     11      3     20      9   180.00  12.02900   2 ;     C5-    C4-    C3-   O20
    12     11      4     14      9   180.00  16.73600   2 ;     C5-    C4-    C7-    N8
    12     11      4     16      9   180.00  16.73600   2 ;     C5-    C4-    C7-   N11
    13      1      2      3      9   180.00   0.00000   2 ;     C6-    C1-    C2-    C3
    14     15      5     16      9   180.00  16.73600   2 ;     N8-    N9-   C10-   N11
    14     15      5     18      9   180.00  16.73600   2 ;     N8-    N9-   C10-   S18
    15     14      4     16      9   180.00  41.84000   2 ;     N9-    N8-    C7-   N11
    16      6      7     19      9   180.00  27.82360   2 ;    N11-   C12-   C13-   F19
    17      6      7     19      9   180.00  27.82360   2 ;    C17-   C12-   C13-   F19
    21      1      2      3      9   180.00   0.00000   2 ;    O21-    C1-    C2-    C3
    21      1     13     12      9   180.00   0.00000   2 ;    O21-    C1-    C6-    C5

[ dihedrals ] ; impropers
; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
     3      4     11     12      4   180.00   4.60240   2 ;     C3-    C7-    C4-    C5
     5      4     16      6      4   180.00   4.60240   2 ;    C10-    C7-   N11-   C12
     6      8      7     19      4   180.00   4.60240   2 ;    C12-   C14-   C13-   F19
     7     17      6     16      4   180.00   4.60240   2 ;    C13-   C17-   C12-   N11
    11      2      3     20      4   180.00  43.93200   2 ;     C4-    C2-    C3-   O20
    11     16      4     14      4   180.00   4.60240   2 ;     C4-   N11-    C7-    N8
    18     16      5     15      4   180.00   4.60240   2 ;    S18-   N11-   C10-    N9
    21      1     13      2      4   180.00  43.93200   2 ;    O21-    C1-    C6-    C2